Alors que Lelouch et Rivalz sont en moto sur l'autoroute, ils manquent d'être percutés par un camion qui finit sa route dans immeuble en construction. Lelouch se précipite pour porter secours aux occupant. Mais il s'agit de terroristes pourchassés par l'armée pour le vol d'une arme de destruction massive. Et le jeune étudiant se retrouve pris dans une course poursuite sur laquelle il n'a aucune influence...

Usant de son nouveau pouvoir qui lui permet de contrôler les êtres humains, Lelouch s'empare d'un Knightmare de Classe Sutherland et vient en aide aux rebelles en leur transmettant les positions de l'ennemi et les actions à effectuer. Et peu à peu, les rebelles prennent le dessus sur l'armée impériale, totalement impuissante. Mais alors que tout semble jouer, Asplund propose au Prince Clovis d'essayer un nouveau modèle de Knightmare : la Septième Génération, le Lancelot. Piloté par Suzaku, le mecha surclasse à lui seul tous ses opposants...

Suzaku va être jugé pour l'assassinat du Prince Clovis. Un procès truqué où il ne pourra se défendre et où il servira d'exemple. Il permettra de plus à la faction des Puristes de faire une avancée ; ceux-ci souhaitent notamment que l'armée de soit accessible qu'aux Britanniens de souche, et non plus aux simples honoraires. Ne souhaitant pas que son ami meure pour un crime qu'il a lui-même commis, Lelouch se fait fabriquer un costume et devient le personnage de Zero, le chef de la rébellion. Mais avant que tous les rebelles le suivent, il va devoir leur démontrer qu'il peut réussir l'impossible...

À sa grande surprise, Lelouch découvre à son retour que C.C. a emménagé chez lui et dit à sa sœur qu'ils allaient se marier. La jeune femme, très désinvolte, ne tient aucun compte des remarques de Lelouch et semble agir à sa guise. Alors qu'il vient juste d'être libéré, faute de preuves dans l'assassinat du Prince Clovis, Suzaku voit tomber une jeune fille depuis une fenêtre du 1er étage. Celle-ci lui annonce qu'elle tente d'échapper à de méchants hommes. Même s'il ne la reconnaît pas, Suzaku sait qu'elle ment mais décide de passer la journée avec elle. En attendant l'arrivée imminente de la Princesse Cornelia Li Britannia, Sir Kewell est chargé de prouver la corruption du plus fidèle serviteur de l'empire, Sir Jeremiah, et de l'éliminer...

Suzaku vient d'arriver dans la nouvelle école de Lelouch. Les autres élèves, au courant de son implication dans l'assassinat de Clovis, le tiennent à l'écart, voire le stigmatisent. Lelouch l'accueille cependant chez lui, à la grande joie de Nunnally. Mais tous deux conviennent qu'il vaudrait mieux éviter de s'afficher ensemble en public, car cela pourrait nuire aux Lamperouge...

Cornelia a décidé de lancer une attaque sur le ghetto de Saitama et de l'annoncer précisément dans les médias. Le but est de faire sortir Zero de sa cachette. Lelouch a bien senti le piège, mais décide tout de même d'y aller, malgré l'interdiction de C.C : toute sa vie il s'est senti mort et inutile, alors qu'aujourd'hui, il a son destin en main...

Des Britanniens ont été pris en otage par des membres du Front de Libération du Japon, menés par Kusakabe. Parmi eux, des amies de Lelouch (chose qu'il ignore). Cornelia a déployé ses troupes, mais l'ennemi est bien préparé et résiste. Lelouch, drapé en Zero, a regroupé les résistants alors que la nouvelle de la prise d'otage se répand dans les médias. Il comprend rapidement que si la Vice-Reine n'a pas donné l'assaut, c'est que sa sœur Euphémia se trouve prisonnière dans le bâtiment. Il se rend alors sur place et déclare publiquement pouvoir la libérer...

L'Ordre des Chevaliers Noirs est devenu extrêmement populaire auprès de la population. Cependant, Karen s'interroge sur le sens à donner à leur action. Un autre problème la préoccupe plus : Milly Ashford, en tant que fille du directeur, vient à domicile lui apporter ses bulletins de notes depuis le collège. Elle sait donc qu'elle est à moitié Britannienne et à moitié Eleven, mais aussi maintenant que Karen habite dans la maison de son père et sa belle-mère, où sa mère biologique œuvre en tant que servante...

Lelouch a entendu parlé d'une opération visant les Forces de Libération du Japon, dans les montagnes de Narita. Opération menée par Cornelia. En secret, il se rend sur place en compagnie de ses Chevaliers Noirs et prépare les lieux en vue d'une embuscade...

La contre-attaque des Chevaliers Noirs se déroule comme prévue par Zero et l'armée Britannienne est rapidement mise en mauvaise posture. De plus, les renforts du FLJ menés par Todo arrivent et la victoire semble totale lorsque le Lotus Pourpre pièce le Knightmare de Cornelia. Mais c'est sans compter sur l'envoi du Lancelot...

Alors que les troupes Britanniennes déterrent un à un tous les corps des personnes ensevelies lors de la bataille de Narita, Zero demande aux Chevaliers Noirs de le présenter aux chef de la rébellion. Il ne sait pas alors que cette bataille, qu'il avait parfaitement planifiée, a fait des victimes civiles, dont une qui pourrait avoir des répercussions sur son engagement dans la lutte...

La mort de Joseph Fenette a profondément meurtri Lelouch, qui semble envisager l'abandon de la lutte. Mais C.C., jouant sur son orgueil, réussit à le remotiver. Il décide alors de profiter d'une opération des forces Britanniennes à l'encontre des derniers membres du FLJ pour tendre une embuscade. Déterminé, il prévient Karen que des sacrifices seront nécessaires dorénavant...

Lorsqu'elle arrive pour secourir Lelouch, C.C. le trouve seul près d'une marre de sang. Son arme a disparu et il est persuadé que les personnes présentes ont vu son visage. Rapidement, la piste s'aiguille en direction de Shirley, que le jeune homme est persuadé d'avoir vu lors de son combat. Celle-ci, désespérée par la révélation de l'identité de Zero, repart pour Narita, voir la tombe de son père, et faire le point. Mais sur place, un homme étrange s'approche d'elle et lui fait entrevoir une vérité sur elle-même, vérité qu'elle refuse d'assumer...

Mao représente désormais une menace que Lelouch se doit d'éliminer au plus vite, s'il ne veut aps que son identité soit révélée. C.C. se propose comme appât, vu que c'est après elle qu'il courre. En effet, elle lui a fait don du Geass lorsqu'il avait six ans mais la puissante de son nouveau pouvoir, qu'il ne pouvait contrôler, l'a isolé du reste du monde. A l'exception de C.C., dont il est incapable de lire les pensées et qui est la seule personne avec qui il peut vivre...

Alors que Lelouch pense retrouver une vie un peu normale, il découvre que Mao a kidnappé Nunnally et la retient prisonnière quelque part dans l'école. Une course contre la montre s'amorce alors, dans laquelle il bénéficie de l'aide inattendue et spontanée de Suzaku...

Lelouch a planifié la libération de Todo dans les prochaines heures : l'arrivée de nouveaux modèles de Knightmares le rend plus confiant. Cependant, conscient des risques de son ambition, il cherche quelqu'un susceptible de protéger sa sœur Nunnally, et verrait bien Suzaku. Celui-ci a été appelé par ses supérieurs pour remplacer le bourreau de Todo. Pris de panique, il pense être sauvé par l'intervention des Chevaliers Noirs venus libérer le stratège militaire. Mais rapidement, il se retrouve à les combattre et, cette fois-ci, Zero a préparé un plan de bataille pour lutter contre l'armure Blanche...

Malgré les conseils de son entourage, Euphemia a désigné Suzaku Kururugi comme son Chevalier. Sa première mission est de l'escorter pour une rencontre politique située sur une île disposant d'une protection assez faible. Zero veut profiter de l'occasion pour capturer Suzaku et son Lancelot et, si possible, le faire changer de camp...

Lelouch se réveille sur une île sans avoir la moindre idée de la façon dont il est arrivé là. Peu après, il rencontre Euphemia, qui a compris qu'il était Zero mais a choisi de ne rien dire à personne. Quelque part sur la même île, Suzaku tombe sur Kallen ; après un bref affrontement, il réussit à la maîtriser. Chaque couple commence à chercher un moyen de se nourrir en attendant des secours. L'occasion pour chacun de parler sans détour et d'exposer tout autant ses opinions que ses peurs.

Sawazaki, un ancien membre du gouvernement japonais, a envahi Kyushu, secondé par l'armée chinoise. Suzaku, gracié de son insubordination, est envoyé à bord du Lancelot pour infiltrer la base ennemie. Du coté des Chevaliers Noirs, Zero expose son plan : il refuse l'alliance avec Sawazaki, qui n'est pour lui qu'un pion des Chinois. Il vise l'établissement d'un état au sein même de Tokyo et souhaite y parvenir sans l'aide de qui que ce soit...

Lelouch aimerait pouvoir préparer son coup d'état tranquillement, mais la fête de l'école l'accapare, Milly lui faisant sentir qu'il est indispensable. De nombreuses personnes sont présentes, Britanniennes comme Eleven, et certains s'aperçoivent rapidement qu'ils mettent en péril leurs identités respectives. Mais c'est surtout la présence incognito d'Euphémia qui va bientôt provoquer un cataclysme que personne n'avait vu venir, pas même Lelouch...

De nombreux Eleven se pressent pour devenir citoyen Japonais. La cérémonie d'officialisation de la Zone Administrative Spéciale doit avoir lieu dans un stade et être retransmise dans le monde entier. Zero fait son apparition, à la grande joie d'Euphémia, et demande à lui parler seul à seul. Il a dans sa cape un plan pour ruiner la ZAS et faire de lui le héros des Japonais. Mais Lelouch a oublié que le Geass était une arme terrifiante, même pour celui qui le possède...

Les Chevaliers Noirs ont riposté face aux troupes Britanniennes, entraînant toute la population derrière eux. Zero se présente désormais comme le chef suprême de la rébellion japonaise (voire même du monde entier). Convergent de toutes les régions, les rebelles se massent autour de Tokyo où Cornelia prépare la contre-offensive. Mais pour avoir froidement tiré sur Euphémia, Zero s'est attiré la haine de Suzaku, qui ignore toujours sa véritable identité...

Les Chevaliers Noirs ont pris d'assaut la cité de Tokyo et se sont rapidement emparés des médias, mais aussi de l'école, où Zero a décidé d'installer son QG. Les troupes de Cornelia ont battu en retraite jusqu'au ministère de Britannia, en attendant les renforts qui vont bombarder la ville. Zero, à qui tout semble réussir, ne se doute pas du double danger qui le guette : Viletta, de nouveau en pleine possession des ses souvenirs, s'est introduite dans l'école ; tandis que Suzaku a été mis au courant du pouvoir de Zero par V.V...

Alors que la bataille fait rage et que les Chevaliers Noirs ont réussi à capturer le Lancelot, Zero apprend que Nunnally a été enlevée, sans que personne ne sache comment. Cependant, C.C. sent que tout va se passer à Kaminejima et tous deux foncent en direction de l'île, à la rencontre de leur destin...