Lelouch mène un vie normale d'étudiant, n'ayant aucun souvenir de l'influence qu'il a eu dans la rébellion japonaise. Rébellion matée par Britannia après l'annonce de la mort de Zero. Mais le jeune homme n'est cependant pas un citoyen pur et dur, qui mépriserait les Eleven. Mais alors que des émissaires chinois sont en visite à tokyo, les quelques Chevaliers Noirs encore en liberté préparent une opération de la dernière chance...

Lelouch a retrouvé toute sa mémoire : sa capture par Suzaku, et la découverte du Geass de l'Empereur. Et qui est ce frère qu'il n'a jamais eu ? Pour le moment, les forces Britanniennes encerclent la tour de Babel et se préparent à l'assaut. Heureusement, un plan d'évasion a été organisé par C.C. et Diethar pour l'évasion, le génie de Lelouch faisant le reste. Mais une imprévu survient : un mystérieux Knightmare de la même classe que le Lancelot, mais d'une rapidité qui dépasse les limites de la physique...

Une fois encore, Lelouch a dupé tout le monde : son discours était enregistré et c'est C.C. qui avait revêtu le costume. Mais Karen n'apprécie que moyennement ces subterfuges dont il n'informe même pas ses compagnons. Pendant ce temps, le service de renseignement dirigé par Villetta s'est réuni : rien ne permet d'affirmer que Lelouch a recouvré ses esprits et qu'il est entré en contact avec C.C. pourtant, il est surveillé comme le lait sur le feu, entre autres par son prétendu frère Rollo...

Lelouch a réussi à sauver sa peau en promettant à Rollo qu'il lui livrerait C.C. Mais le répit qui lui est offert est mis à profit pour échafauder un plan visant à sauver les Chevaliers Noirs de l'exécution qui les attend. Pas simple, car il est surveillé de toutes part, notamment par Rollo qui le tuera s'il lui a menti. Mais une fois de plus, Zero a tout prévu et compte bien battre Britannia avec une technique qu'il avait déjà employée avec succès...

Suzaku a été réadmis dans la même école que Lelouch. tous deux font comme s'ils étaient amis et que rien ne s'était passé, Lelouch étant censé avoir perdu la mémoire. Une grande fête est organisée par Milly pour son retour. Mais alors que Lelouch pense à une journée sans histoire, il aperçoit C.C. venue voir la pizza géante. C'est le début d'une réaction en chaîne où il risque d'être découvert, ce qui serait très problématique d'autant que deux Chevaliers sont également présents à la fête...

Grâce à la présence opportune de Rollo, Lelouch s'est sorti indemne du piège tendu par Suzaku. Mais il ne décolère pas de l'implication de Nunnally dans cette histoire de rébellion. Celle-ci doit arriver en Zone 11 dès le lendemain en tant que gouverneur. Et Lelouch est bien décidé à faire enlever sa sœur pour l'éloigner de tout cela. Mais les Chevaliers du cercle ont été informés des mouvement de Zero...

Tandis que Nunnally organise sa conférence et annonce la recréation de la zone d'administration spéciale, Lelouch sombre dans une profonde déprime. Il ne sait plus ce qu'il doit faire, comment il doit agir, de peur d'aller à l'encontre de sa sœur. Peu à peu, il en vient même à penser que Zéro doit retourner dans l'oubli. Car il voit la vie qu'il pourrait mener en tant que simple étudiant, entouré de ses amis. Mais il comprend aussi alors pour quelles raisons il se bat...

Zero a accepté de participer à la création de la Zone d'Administration Spéciale. Mais tandis que ses partisans s'interrogent sur ses motivations et sur le futur de leur action, le chef des Chevaliers Noirs négocie un exil avec les hauts fonctionnaires de Britannia. Ces derniers se demandent ce qu'il a en tête, ou s'il agit simplement par lâcheté. Toujours est-il que pour l'annonce de l'ouverture de la ZAS, près d'un million d'Eleven se massent devant l'entrée, et la sécurité est sur les dents...

À peine débarqués sur le territoire offert par la Fédération Chinoise, les Chevaliers Noirs découvrent qu'un mariage de convenance va avoir lieu entre Odysseus Wu Britannia et la princesse Tian Zi. Inévitablement, cette alliance orchestrée par les Eunuques met en jeu les rebelles, qui seront offerts en guise de dot. Mais puisque Kaguya Sumeragi est invitée à la réception qui a lieu la veille du mariage, Zero décide de se joindre à la fête où il tombe sur celui qui dirige els opérations en sous-main : son frère Schneizel...

Bien qu'il soit leur ennemi, les Eunuques choisissent d'utiliser Xing-ke pour récupérer Tian-zi car ils le savent loyal envers elle. Il surgit alors devant les Chevaliers Noirs aux commandes d'un Knightmare de classe inconnue. Sauf de Chawla, qui l'avait fabriqué pour la Fédération Indienne, mais qui s'était révélé trop complexe et puissant pour être piloté. Cependant, Xing-ke donne du fil à retordre à Zéro qui pense tout de même s'en sortir. Mais lorsque Karen est faite prisonnière à bord de son Lotus, il ne réagit pas comme il le devrait et s'expose à son ennemi, aussi fin tacticien que lui...

Retranché dans le Tombeau des Empereurs, les Chevaliers noirs sont pilonnés par la coalition Sino-britannienne. Les eunuques ont en effet décidé que Tian Zi était parfaitement remplaçable et qu'elle pouvait très bien être enterrée dans ce prestigieux tombeau. Mais alors que tout semble perdu, Zero tire un joker de sa manche : un nouveau modèle de Knightmare, utilisant une ancienne technologie de bouclier ultra-résistant. Le cours des événements s'inversent et Schneizel décide de rompre le combat. Mais de nombreuses choses restent encore à accomplir pour Zero, tandis que Lelouch voit sa petite vie d'étudiant sérieusement se compliquer...

De retour à l'Académie, Lelouch s'aperçoit avec horreur que Sayoko, sa doublure, a agi de façon inconsidérée, notamment en acceptant tous les rendez-vous que les filles lui proposait. Pire : pour échapper à une situation compromettante, elle a embrassé Shirley. Et pour corser le tout, Milly, afin de fêter son départ, lance un grand jeu visant à former des couples. Mais pendant que tout le monde s'amuse à l'Académie Ashford, V.V. et Gottwald ont mis en place les derniers réglages de leur terrible expérience...

A présent que Shirley a retrouvé la mémoire, elle se demande comment elle doit agir vis-à-vis de Lelouch. Elle décide d'organiser une sortie avec Suzaku et Lelouch afin de révéler au premier que le second est l'assassin de son père. Mais la jeune fille est très perturbée depuis que ses souvenirs sont revenus, occasionnant des cauchemars qui la poussent à adopter un comportement impulsif. De plus, Jeremiah gottwald est à Tokyo, à la recherche de Zéro...

Bien que bouleversé par la mort de Shirley, Lelouch continue de jouer le jeu face à Rollo. Mais sa haine de l'Ordre du Geass est arrivé à l'extrême-limite : désormais, il ne pourra être en paix qu'une fois cet ennemi détruit. Avec l'aide de Rollo et Jeremaih, il tente alors de localiser le centre d'expérimentation. Pendant ce temps, dans la Zone 11, tout le monde pleure Shirley, et Suzaku devient persuadé qu'elle ne s'est pas suicidée, mais que Lelouch l'a tuée...

Prisonnier dans l'autre monde, Lelouch est confronté à son père, l'Empereur Charles. Par réflexe, il tente de le tuer ; mais celui-ci a acquis l'immortalité depuis quelques temps, au détriment de V.V. Alors que le jeune homme est désemparée, C.C. surgit de nulle part afin que Charles exhausse son souhait, chose dont elle estime Lelouch incapable. Car enfin, la nature du contrat qui les lie est mis au jour : elle souhaite juste mourir, mais pour se faire, quelqu'un doit prendre sa place en tant qu'immortelle...

Zero s'apprête à faire ratifier la création de la Fédération des Nations Unies, un ensemble de nations qui s'opposent à Britannia. Seulement, si tout semble aller pour le mieux en surface, des menaces le guettent en profondeur, notamment au sein de ses propres troupes qui ont participé à l'assaut. De plus, Britannia ne semble pas avoir dit son dernier mot et commence à masser des troupes aux abords de la Zone. Et Zero n'est pas au bout de ses surprises...

Tandis que les Chevaliers Noirs, guidés par Li Xing-ke, attaquent le Japon afin de le reprendre à Britannia, Lelouch se rend au temple Kururugi pour rencontrer Suzaku. Prêt à tout pour sauver Nunnally, il se heurte à un mur : Suzaku l'oblige à avouer tous ses crimes et plus encore, car Lelouch assume des choses qu'il n'a pas commis. Le lien entre les deux semble définitivement rompu. Mais à leur grande surprise, ils découvrent que Kururugi a été suivi...

La bataille de Tokyo fait rage, dans la plus totale confusion. Toute tactique semble avoir été abandonnée, même si Zero compte sur Rollo pour capturer Nunnally. Karen est elle délivrée de sa cellule par Sayoko et s'empare d'un Knightmare de dernière génération, basé sur le Lotus et beaucoup plus puissant que tous les robots présents sur le champ de bataille. Voyant les événements tourner à son avantage, Zero ordonne à Kallen de tuer Suzaku, ce dernier refusant d'utiliser le Freyia. Mais dans les rangs des Chevaliers Noirs, le doute concernant les motivations du chef grimpent encore et Asahina semble même avoir trouvé la preuve qu'il cherchait...

L'arme ultime créée par Nina a ravagée la moitié de Tokyo, faisant des millions de morts. Pris d'une soudaine folie, Zero invective ses troupes, leur ordonnant de chercher Nunnally ; mais Todo les fait battre en retraite. Sur le vaisseau amiral débarque bientôt Schneizel, venu en émissaire diplomatique libérer Cornelia. Et devant un auditoire restreint, il révèle aux Chevaliers Noirs la véritable identité de Zero, et la nature de son pouvoir, le Geass...

Tandis que Lelouch, esseulé, cherche un moyen de se venger de l'Empereur, Suzaku s'allie avec Schneizel pour renverser le pouvoir en place. Coup d'état qui nécessite l'assassinat de Charles...

Piégés dans un espace-temps situé entre les deux dimensions, Lelouch interroge Charles au sujet de la mort de sa mère. Celui-ci consent à lui révéler toute la vérité, que le jeune homme a du mal à croire puisque le coupable est mort. Cependant, Charles et Marianne, cachée depuis des années dans le corps d'Anya, ont établi ensemble le plan de la connexion Ragnarök qui doit amener un monde meilleur. Cependant, Lelouch ne semble pas vouloir accepter l'idyllique vision du futur que le couple impérial a choisi pour le monde...

L'Empereur Lelouch s'est rapidement rendu populaire en abolissant tout un tas de privilèges de l'aristocratie et en donnant leur liberté à tous les territoires conquis et transformées en "nombres". De leur coté, les Chevaliers noirs ne savent que penser : est-il leur ennemi ou leur allié ? Œuvre-t-il dans le même sens qu'eux ou pour son compte personnel ? A leur grande surprise, Lelouch demande à ce que Britannia intègre la Fédération des Nations Unies. Cela doit s'effectuer par un vote au deux tiers des représentants et Lelouch demande à ce que la rencontre ait lieu à l'Académie Ashford. Les Chevaliers Noirs préfèrent rester méfiants, notamment Kallen, chargé d'accueillir l'empereur et qui attend toujours la réponse à la question qu'elle lui avait posée...

Afin de se protéger, Lelouch feint de ne rien ressentir à la vue de sa sœur vivante. Au contraire, il déclare qu'il n'hésitera pas à la sacrifier elle aussi pour conquérir le monde. L'ultime bataille va commencer au dessus du Japon, mettant aux prises deux génies. Le moindre faux pas peut entraîner l'annihilation d'un camp, mais Schneizel comme Lelouch a plus d'un tour dans son sac et ne reculera devant aucun sacrifice pour parvenir à ses fins...

La bataille fait rage et le Freya cause de nombreux dégâts dans les rangs de Lelouch. cependant, celui-ci croit en sa stratégie et poursuit son accomplissement. De son côté, Schneizel montre son vrai visage, celui d'un homme pour qui rien ne compte, pas même sa propre vie. Lelouch décide de tenter sa chance et fonce au commandes de son Knightmare en direction de Damoclès. Schneizel y voit là une façon de conclure la guerre et déclenche le Freya à son encontre. Mais en travaillant aux côtés de Nina, Lelouch dispose désormais d'un moyen pour contrer le missile. Un moyen théorique et dont la réussite est très improbable...

L'ultime confrontation est en cours : Lelouch doit affronter Nunnally sur qui le charme du Geass ne produit plus son effet. Le jeune homme répugne à utilise son pouvoir sur sa sœur mais comprends peu à peu que celle-ci est prête à mourir pour faire cesser cette guerre et racheter les péchés de son frère. Cependant, ce dernier compte mener à bien son projet, coûte que coûte. Mais à se faire haïr du monde entier...