Alors que Lelouch et Rivalz sont en moto sur l'autoroute, ils manquent d'être percutés par un camion qui finit sa route dans immeuble en construction. Lelouch se précipite pour porter secours aux occupant. Mais il s'agit de terroristes pourchassés par l'armée pour le vol d'une arme de destruction massive. Et le jeune étudiant se retrouve pris dans une course poursuite sur laquelle il n'a aucune influence...

De retour à l'école, Lelouch comprend pourquoi la jeune fille pilote de Knightmare ne lui était pas inconnue : il s'agit d'une élève de sa classe, Karen Stadtfeld. Seulement celle-ci feint d'une santé fragile et est régulièrement absente. Il décide de la faire parler grâce à son pouvoir, mais peu à peu, il perd le contrôle et découvre qu'il ne peut l'utiliser deux fois de suite sur la même personne. Cependant, les quelques brides d'informations qu'il a laissé filtré ont éveillé les soupçons de Kallen qui se demande s'il ne serait pas la voix qui les a commandé durant la bataille de Shinjuku...

Suzaku vient d'arriver dans la nouvelle école de Lelouch. Les autres élèves, au courant de son implication dans l'assassinat de Clovis, le tiennent à l'écart, voire le stigmatisent. Lelouch l'accueille cependant chez lui, à la grande joie de Nunnally. Mais tous deux conviennent qu'il vaudrait mieux éviter de s'afficher ensemble en public, car cela pourrait nuire aux Lamperouge...

Cornelia a décidé de lancer une attaque sur le ghetto de Saitama et de l'annoncer précisément dans les médias. Le but est de faire sortir Zero de sa cachette. Lelouch a bien senti le piège, mais décide tout de même d'y aller, malgré l'interdiction de C.C : toute sa vie il s'est senti mort et inutile, alors qu'aujourd'hui, il a son destin en main...

Des Britanniens ont été pris en otage par des membres du Front de Libération du Japon, menés par Kusakabe. Parmi eux, des amies de Lelouch (chose qu'il ignore). Cornelia a déployé ses troupes, mais l'ennemi est bien préparé et résiste. Lelouch, drapé en Zero, a regroupé les résistants alors que la nouvelle de la prise d'otage se répand dans les médias. Il comprend rapidement que si la Vice-Reine n'a pas donné l'assaut, c'est que sa sœur Euphémia se trouve prisonnière dans le bâtiment. Il se rend alors sur place et déclare publiquement pouvoir la libérer...

L'Ordre des Chevaliers Noirs est devenu extrêmement populaire auprès de la population. Cependant, Karen s'interroge sur le sens à donner à leur action. Un autre problème la préoccupe plus : Milly Ashford, en tant que fille du directeur, vient à domicile lui apporter ses bulletins de notes depuis le collège. Elle sait donc qu'elle est à moitié Britannienne et à moitié Eleven, mais aussi maintenant que Karen habite dans la maison de son père et sa belle-mère, où sa mère biologique œuvre en tant que servante...

Lelouch a entendu parlé d'une opération visant les Forces de Libération du Japon, dans les montagnes de Narita. Opération menée par Cornelia. En secret, il se rend sur place en compagnie de ses Chevaliers Noirs et prépare les lieux en vue d'une embuscade...

Alors que les troupes Britanniennes déterrent un à un tous les corps des personnes ensevelies lors de la bataille de Narita, Zero demande aux Chevaliers Noirs de le présenter aux chef de la rébellion. Il ne sait pas alors que cette bataille, qu'il avait parfaitement planifiée, a fait des victimes civiles, dont une qui pourrait avoir des répercussions sur son engagement dans la lutte...

La mort de Joseph Fenette a profondément meurtri Lelouch, qui semble envisager l'abandon de la lutte. Mais C.C., jouant sur son orgueil, réussit à le remotiver. Il décide alors de profiter d'une opération des forces Britanniennes à l'encontre des derniers membres du FLJ pour tendre une embuscade. Déterminé, il prévient Karen que des sacrifices seront nécessaires dorénavant...

Lorsqu'elle arrive pour secourir Lelouch, C.C. le trouve seul près d'une marre de sang. Son arme a disparu et il est persuadé que les personnes présentes ont vu son visage. Rapidement, la piste s'aiguille en direction de Shirley, que le jeune homme est persuadé d'avoir vu lors de son combat. Celle-ci, désespérée par la révélation de l'identité de Zero, repart pour Narita, voir la tombe de son père, et faire le point. Mais sur place, un homme étrange s'approche d'elle et lui fait entrevoir une vérité sur elle-même, vérité qu'elle refuse d'assumer...

Mao représente désormais une menace que Lelouch se doit d'éliminer au plus vite, s'il ne veut aps que son identité soit révélée. C.C. se propose comme appât, vu que c'est après elle qu'il courre. En effet, elle lui a fait don du Geass lorsqu'il avait six ans mais la puissante de son nouveau pouvoir, qu'il ne pouvait contrôler, l'a isolé du reste du monde. A l'exception de C.C., dont il est incapable de lire les pensées et qui est la seule personne avec qui il peut vivre...

Alors que Lelouch pense retrouver une vie un peu normale, il découvre que Mao a kidnappé Nunnally et la retient prisonnière quelque part dans l'école. Une course contre la montre s'amorce alors, dans laquelle il bénéficie de l'aide inattendue et spontanée de Suzaku...

Malgré les conseils de son entourage, Euphemia a désigné Suzaku Kururugi comme son Chevalier. Sa première mission est de l'escorter pour une rencontre politique située sur une île disposant d'une protection assez faible. Zero veut profiter de l'occasion pour capturer Suzaku et son Lancelot et, si possible, le faire changer de camp...

Sawazaki, un ancien membre du gouvernement japonais, a envahi Kyushu, secondé par l'armée chinoise. Suzaku, gracié de son insubordination, est envoyé à bord du Lancelot pour infiltrer la base ennemie. Du coté des Chevaliers Noirs, Zero expose son plan : il refuse l'alliance avec Sawazaki, qui n'est pour lui qu'un pion des Chinois. Il vise l'établissement d'un état au sein même de Tokyo et souhaite y parvenir sans l'aide de qui que ce soit...