L'Enterprise è ormai da sei settimane nella Distesa delfica e non è ancora riuscita a ottenere alcuna informazione sugli Xindi.

Dopo essere stata attaccata dai pirati osaariani, l'Enterprise segue i predatori fino a giungere nei pressi di una sfera misteriosa.

Mentre esplorano un pianeta, Archer, Reed e Sato si trasformano in alieni.

L'equipaggio aiuta una schiava prostituta. Una volta a bordo, l'aliena usa le proprie capacità per raccogliere dati biometrici sugli esseri umani.

L'Enterprise interviene per rispondere a una richiesta automatizzata di soccorso proveniente dalla nave vulcaniana Seleya, smarrita nello spazio da nove mesi.

Hoshi Sato è contattata da un alieno telepatico di 400 anni, mandato in esilio su un pianeta della Distesa a causa delle proprie abilità.

L'Enterprise scopre un laboratorio xindi dove viene raffinata la kemocite, l'ingrediente base dell'arma che sarà usata per distruggere la Terra.

Rifiutando di abbandonare T'Pol, il capitano Archer finisce infettato da parassiti che gli impediscono di sviluppare nuovi ricordi.

L'Enterprise indaga sulle origini di una colonia sconosciuta di umani che vive come ai tempi del Far West, sopprimendo una razza aliena.

Il capitano Archer autorizza la creazione di un clone di Tucker per salvargli la vita, mentre l'Enterprise è bloccata in un campo di particelle nucleoniche.

Il capitano Archer e T'Pol tornano sulla Terra nel 2004 per fermare tre rettili xindi.

Un gruppo di fanatici religiosi cattura l'Enterprise per usarla contro una fazione nemica di eretici.

L'Enterprise individua il luogo in cui gli Xindi stanno per testare la loro arma e riceve un aiuto inaspettato.

Mentre Reed e Hayes litigano e Trip suscita la gelosia di T'Pol, l'equipaggio s'imbatte in un alieno in fin di vita e alla deriva in una capsula.

Al comando dell'Enterprise perché l'intero equipaggio è in uno stato comatoso, il dottor Phlox comincia a sentire strani rumori.

Il capitano Archer ordina all'equipaggio dell'Enterprise di portare in salvo alcune uova di insettoidi xindi.

Il capitano Archer decide di mettersi alla guida di una navetta kamikaze per distruggere l'arma xindi, ma Daniels lo induce a riflettere sulla questione.

Il consiglio degli Xindi riporta il capitano Archer sull'Enterprise ma la nave, gravemente danneggiata in un attacco, deve procedere senza la propulsione a curvatura.

Il capitano Archer prova a convincere Degra e Jannar che la distruzione della Terra rientra nel piano di conquista dell'universo dei costruttori delle sfere.

Mentre la nave si prepara a entrare in un corridoio subspaziale, viene fermata da un suo clone.

L'Enterprise raggiunge la sede del Consiglio degli Xindi, dove il capitano Archer rivolge un appello alle cinque specie che lo compongono.

Mentre i Rettili costringono Hoshi a decriptare il codice di protezione, Archer cerca di bloccare l'arma xindi insieme a Primati e Arboricoli.

Archer riceve un aiuto inaspettato guidando la nave di Degra e cercando di impedire la distruzione della Terra. Intanto l'Enterprise prova a far esplodere la Sfera 41.