Les relations entre les Narns et les Centauris se dégradent après que le régime Narn ait pris le contrôle de Ragesh 3, une colonie Centauri...Le commandant Sinclair doit gérer la situation sur la station. Le gouvernement Centauri a envoyé un nouvel assistant à l'ambassadeur Mollari: Vir Cotto. Babylon 5 accueille également sa nouvelle télépathe commerciale: Talia Winters. Mais le nouveau lieutenant-commandant, Susan Ivanova, ne semble pas très heureuse de son arrivée...Garibaldi de son côté, enquète sur des attaques menées par un commando (les Raiders) visant différents vaisseaux de transport.

Le professeur Vance Hendricks arrive sur Babylon 5 avec des éléments non identifiés provenant de la planète non habitée Ikaara 7. Il vient demander l'aide du Docteur Franklin afin de découvrir la nature de ces artéfacts. Après que son assistant, Nelson Drake, ait malencontreusement activé l'un d'entre eux, il se transforme en une sorte de machine tueuse bio-organique: son rôle est de détruire tout ce qui génétiquement n'est pas pur Ikaarien...

La station connait une vague d'attaques anti-extraterrestres, organisée par un groupe Pro-terrien. L'une de leurs premières victimes est Shaal Mayan, une poétesse minbari qui était venue rendre visite à son amie d'enfance Delenn. Le Commandant Sinclair décide alors de mener l'enquête. Susan Ivanova a la surprise de retrouver un de ses anciens amants: Malcom Biggs. Celui-ci prétend avoir l'intention de s'installer sur la station afin de rester auprès d'elle...D'autre part, un jeune couple de Centauris (Kiron Maray et Aria Tensus) vient demander l'aide de l'ambassadeur Mollari: ils refusent de se soumettre aux mariages arrangés que leurs familles respectives ont organisés pour eux.

La criminelle de guerre Jha'dur, appelée aussi la Brute, arrive sur Babylon 5 afin de vendre au plus offrant son sérum d'immortalité. Les problèmes commencent quand les officiels et les ambassadeurs apprennent sa présence: la Terre veut étudier son sérum d'immortalité alors que la Ligue des Mondes non Alignés veut qu'elle soit jugée pour ses crimes...L'ambassadeur Vorlon Kosh demande à Talia Winters de superviser des négociations avec un étrange homme appelé Abbut...

Le docteur Franklin doit s'occuper d'un jeune enfant extraterrestre, Shon, qui est mourant. Le seul moyen de le sauver consiste en une opération, mais les parents s'y refusent car d'après leurs croyances, si Shon est opéré, il perdra son âme. Pendant ce temps, le lieutenant-commandant Susan Ivanova, doit faire face aux attaques des Raiders.

Le major Lianna Kemmer, dont le père fut l'ami de Garibaldi, arrive sur Babylon 5 afin de superviser les derniers préparatifs pour la visite du président Santiago. La tension est vive entre Kemmer et Garibaldi, et le major saute sur l'occasion pour disgracier le chef de la sécurité lorsque celui-ci est accusé d'avoir posé une bombe sur la station. Garibaldi prend alors la fuite et décide de retrouver le véritable coupable par lui-même: mais un de ses vieux démons, son alcoolisme, va refaire surface...

Walker Smith, un boxeur professionel, arrive sur la station avec la ferme intention d'être le premier humain à combattre et gagner au Mutai (sport de combat alien). Un autre visiteur est arrivé en même temps sur Babylon 5: il s'agit du rabbin Yossel Koslov. Celui-ci a rejoint la station dans le but de convaincre Susan Ivanova de faire le deuil de son père, récemment décédé. Mais Susan, qui entretenait des relations difficiles avec son père, refuse...

L'ambassadeur Delenn et Lennier annoncent à Sinclair et Garibaldi la venue d'une personne très importante sur Babylon 5: il s'agit d'Aldous Gajic, un saint homme qui a voué sa vie à la recherche du Graal, et qui vient dans le but de discuter de sa quête avec les différents ambassadeurs extraterrestres. Mais à peine est-il arrivé qu'il est victime d'un pickpocket, Thomas, surnommé "La Guigne", travaillant pour le roi du crime Deuce. Lorsque Garibaldi finit par mettre la main sur "La Guigne", celui-ci supplie qu'on ne l'expulse pas de la station. Aldous décide alors de lui donner une deuxième chance et le prend sous sa protection: ils ne tarderont pas à devenir amis...

Le colonel Ari Ben Zayne et le spécialiste militaire du Corps Psi, Harriman Gray, arrivent sur Babylon 5 afin d'évaluer la loyauté de l'équipage vis à vis de la Terre. Le colonel les informe que tous devront être scannés dans ce but. Le lieutenant-commandant Ivanova fait alors savoir au Commandant Sinclair qu'elle préfère démissionner plutôt que subir un scan. Sinclair, en étudiant la réglementation de l'Alliance Terrienne, découvre qu'un scan ne peut être demandé sur un officier tant qu'aucune charge ne pèse contre lui. Quand le Commandant utilise cet argument contre Ben Zaine, celui-ci l'accuse de travailler contre les intérêts de la Terre et le relève de ses fonctions: désormais Ben Zaine assure le commandement de la station...Lennier de son côté décide d'aider Garibaldi à mener un de ses projets à bien: la reconstruction d'un ancien modèle de moto terrienne datant du 20ème siècle...

Un croiseur minbari, transportant le corps du héros de guerre Branmer, arrive à Babylon 5. Neroon, un minbari de la caste guerrière qui a servi sous les ordres de Branmer durant la guerre Terre-Minbar, amène le corps sur la station dans le but de l'exhiber aux yeux de tous comme le symbole de la lutte des minbaris contre les humains. Quelques temps après, le corps disparait. Le commandant Sinclair et le chef de la sécurité Garibaldi partent alors à sa recherche dans le but d'éviter un incident diplomatique avec les minbaris...Talia Winters et le lieutenant-commandant Susan Ivanova doivent trouver un endroit d'accueil pour la jeune télépathe de 14 ans Alisa Beldon. Talia lui propose de rejoindre le Corps Psi, mais Susan est décidée à lui trouver une autre solution: elle lui arrange différents rendez-vous avec les ambassadeurs aliens de la station, dont G'Kar et Delenn, dans l'espoir qu'Alisa acceptera d'aller vivre dans un de leurs mondes...

Alors que le gouvernement Centauri demande à Mollari d'améliorer ses relations avec les autres races extraterrestres de Babylon 5, Londo a justement la visite de Lennier, l'aide de l'ambassadeur Delenn. Il décide de l'emmener faire un tour avec lui sur la station afin de compléter son "éducation": mais les choses tournent mal lorsque l'ambassadeur est accusé d'avoir triché aux cartes et que Lennier et lui se retrouvent impliqués dans une bagarre...Ivanova découvre que le docteur Franklin a ouvert une clinique illégale de soins gratuits dans les Bas-Fonds...De son côté, Franklin apprend qu'une femme, Laura Rosen, utilise une étrange machine extraterrestre pour soigner les gens: cette machine aurait la capacité de prendre l'énergie vitale d'un être et de la transférer dans le corps d'un autre...La justice demande l'aide de la télépathe Talia Winters pour régler l'affaire d'un meurtrier psychopathe...

Alors que Jeffrey Sinclair a été réassigné et est devenu le premier ambassadeur humain sur Minbar, Babylon 5 accueille son nouveau commandant: le capitaine John Sheridan. Si le gouvernement terrien voit d'un très bon oeil son arrivée aux commandes, il en est tout autrement pour les Minbaris: pour eux, Sheridan est le "tueur d'étoiles", le seul humain qui ait réussi à détruire un de leurs croiseurs durant la guerre. La première crise qu'il a à résoudre va d'ailleurs l'opposer à un croiseur minbari rebel: le Tragati. Son commandant, Kalain, n'a jamais accepté que les Minbaris aient signé la reddition face aux humains...

L'ambassadeur Mollari s'associe avec Lord Refa, un centauri haut placé qui intrigue en vue de prendre le pouvoir dès que l'Empereur Turhan sera mort. La station reçoit la visite de technomages . Lorsque Londo l'apprend, il devient obsédé par l'idée d'obtenir une entrevue auprès d'eux...Ivanova est promue au rang de commandant et est chargée par Sheridan de régler différents conflits diplomatiques sur la station: sa première mission sera de jouer les arbîtres entre deux groupes de Drazis, les verts et les violets...

Le Copernicus, un vaisseau envoyé en mission par la Terre il y a plus de cent ans, échoue sur Babylon 5. A bord, les deux humains de l'équipage sont en hibernation dans une suspension cryogénique: mais alors que la femme, Maria, est toujours vivante, son compagnon Will est mort durant le voyage. Maria devient alors la principale suspecte. Mais après être sortie de son état d'hibernation, la jeune femme affirme qu'elle n'y est pour rien. Elle est par contre hantée par d'horribles cauchemars et est persuadée qu'un monstre, un serviteur des forces du mal, était à bord du Copernicus et qu'il est donc sur la station à présent...

Le policier du Corps Psi, Bester, arrive sur Babylon 5: il vient enquêter sur la possible existence d'un réseau clandestin de télépathes qui se cacheraient sur la station. Quand des membres de ce groupe de télépathes tentent de l'assassiner, ils échouent mais réussissent à kidnapper Talia Winters...Le docteur Franklin avoue au Commandant Sheridan qu'il connaissait l'existence du groupe rebel de télépathes et qu'il les a déjà aidés auparavant. Sheridan et Ivanova sont furieux lorsqu'ils apprennent que l'Alliance Terrienne a augmenté leurs loyers et qu'ils devront déménager s'ils ne paient pas...Delenn demande un rendez-vous à Sheridan afin qu'ils aillent dîner au restaurant...

L'Empereur Centauri Turhan se rend en visite officielle sur Babylon 5. L'ambassadeur G'Kar voit là l'occasion de venger son peuple et il se prépare à assassiner l'Empereur. Mais il n'en n'aura pas le temps: Turhan fait une attaque cardiaque et se retrouve au Medlab. L'Empereur envoie alors Franklin délivrer un message à l'ambassadeur Narn: il est désolé pour ce que les Centauris ont fait subir aux Narns et il souhaite réparer les choses .Mais alors que l'Empereur cherche à faire la paix, d'autres Centauris, aveuglés par leur ambition et leur arrogance, vont précipiter la guerre: Mollari, sous la pression de Lord Refa, demande une fois de plus l'aide des associés de Mr Morden afin de conquérir le Quadrant 14, sous contrôle narn...Garibaldi reçoit un étrange message de Sinclair, à présent ambassadeur sur Minbar: Jeffrey lui annonce que les ténèbres sont de retour mais que les Rangers sont là pour les stopper...

Alors que le Commandant Sheridan se trouve dans l'espace, il est attaqué et kidnappé par un vaisseau alien non identifié. Une fois à bord, les aliens effectuent sur lui certaines expérimentations et il est torturé. Il rencontre alors un Narn, Ta'Lon, qui se trouve dans la même position que lui...Delenn de son côté doit faire face au Conseil Gris qui refuse de la considérer encore comme l'une des leurs. Lorsque Delenn apprend que Sheridan a été kidnappé, elle décide de partir à son secours.

Sheridan a une longue conversation avec le général Hague: celui-ci lui révèle que l'assassinat de l'ancien président Santiago fait partie d'une gigantesque conspiration menée par le gouvernement terrien...

L'agent spécial des forces terriennes, Derek Cranston, arrive sur Babylon 5 pour organiser la poursuite du Dr Everett Jacobs, qui est accusé d'avoir mis en danger la sécurité de la Terre. Mais Sarah, l'associée du général Hague, révèle à Sheridan que la seule faute commise par Jacobs est de posséder un cristal de données contenant la preuve que le nouveau président Clark a joué un rôle dans l'assassinat de Santiago...L'équipage va alors devoir trouver un moyen de sauver Jacobs des griffes des hommes de l'Alliance Terrienne. Sheridan se rapproche un peu plus de l'ambassadeur Vorlon Kosh au cours de cette aventure.

Lors d'une altercation avec un minbari, Lovell, de la caste guerrière, le Commandant Sheridan tue ce dernier en état de légitime défense. Mais le capitaine se retrouve dans une mauvaise posture lorsque le seul témoin, Ashan, un autre minbari, va affirmer qu'il a tué Lovell de sang froid. Lennier décide alors de mener l'enquête afin de découvrir la vérité...Un magasin de souvenirs, l'Emporium, ouvre ses portes sur la station. Si au départ Sheridan y est plutôt favorable, l'un des articles vendus par l'Emporium va le faire changer d'avis...

Babylon 5 est le sujet d'un documentaire de la chaine ISN: "36 heures à bord de Babylon 5". La journaliste, Cynthia Torqueman, a interviewé l'équipage ainsi que les différents ambassadeurs de la station...

Alors que le Commandant Sheridan est en train de revisionner des photos de l'équipage de l'Icarus, que sa femme Anna lui avait envoyées avant la destruction du vaisseau, Garibaldi reconnait un des membres de l'équipage, censé être mort en même temps qu'Anna, comme étant Mr Morden. Sheridan ordonne alors l'arrestation de ce dernier et décide de passer outre toutes les réglementations afin de l'interroger. La désapprobation de Garibaldi et les plaintes du gouvernement Centauri n'y changeront rien. Mais Delenn et l'ambassadeur Kosh vont le convaincre de stopper son interrogatoire car cela les met tous en grand danger...Pierce Macabee, du Ministère de la Paix, vient présenter certains programmmes organisés par son ministère dont, entre autres, la Garde de Nuit, dans le but de recruter certains membres de l'équipage...

Londo Mollari retrouve un vieil ami, Urza Jaddo: celui-ci lui explique qu'il a été accusé de trahison et lui demande son aide afin de protéger l'honneur de sa famille. Mais lorsque Londo apprend que Lord Refa est à l'origine de l'accusation de trahison, il comprend qu'il ne pourra pas l'aider...De son côté, le capitaine Sheridan décide d'aller inspecter le Secteur Gris de Babylon 5, connu pour les étranges phénomènes qui s'y passent: il est alors attaqué par le cadavre d'un Markab...