A narn faj hosszú ideje folytat harcot a centaurik ellen, és fogytán az utánpótlásuk. Elhatározzák, hogy utolsó erejükkel megsemmisítenek egy komoly centauri ellátó bázist, így időt nyerhetnek a készleteik feltöltésére. A centaurik azonban megtudják a tervet, és Londo Mollari nagykövet vezetésével végső csapást mérnek a narnokra. Londo maga is ellenzi ugyan a szörnyű kimenetelű hadműveletet, de nem tehet semmit főnökei ellen. G'Kar, a narn nagykövet kénytelen távozni a Babylon 5-ről, de megesküszik, hogy visszatér...

Sinclair parancsnok egy meghibásodott űrhajóból kiment egy földönkívülit, és az űrállomáson helyezi el. Ám Delenn nagykövetasszony felismeri az idegenben a rettegett Lélekvadászt, aki arról híres, hogy magához gyűjti a haldokló földönkívüliek lelkét, mielőtt azok megtalálnák az örök nyugalmat.

A Babylon 5-ön állomásozó Centauri nagykövet, Londo Mollari halálosan beleszeret a gigantikus űrközpont egyik egzotikus táncosnőjébe. Szerelmük gyakran elvonja a figyelmét kötelességének teljesítéséről. Sinclair parancsnok nagyon rossz szemmel nézi, hogy Londo késve érkezik egy fontos egyeztető tárgyalásra a Narn nagykövettel.

Dr. Franklin (Richard Biggs) megpróbálja megmenteni egy haldokló földönkívüli kisgyerek életét, miután a szülei nem engedélyezték az életmentő műtétet, mert ez összeegyeztethetetlen a vallásukkal.

Az intergalaktikus béke érdekében vallási fesztivált rendeznek a Babylon 5-ön. Minden nemzet küld képviseloket, akik bemutatják népük vallási szokásait. Közben kiderül, hogy a narni nagykövet egyik politikai ellensége felbérelt ellene egy bérgyilkost. A gyilkos a fesztivál vendégei között van - és egyelore mindenki egyformán gyanús.

Szövetségi katonaszökevény érkezik a Babylon 5-re. A fiú kivételes telepatikus képességekkel rendelkezik, ezért számos pszichológiai kísérletet végeztek rajta pszichés képességeinek továbbfejlesztésére különleges drogok és gyógymódok segítségével. A hadsereg különmegbízottakat állít a nyomába, mert azt gondolják, hogy a fiú hadititkokat készül kiszolgáltatni földönkívüli ellenséges hatalmaknak.

A racist group is terrorizing non-humans on Babylon 5. Meanwhile Londo has trouble with two young Centauri who want to break with tradition by ignoring their arranged marriages, and instead marry for love.

Sinclair is kidnapped and interrogated by two men determined to prove he betrayed earth during the Battle of the Line.

Furcsa, komor idegen érkezik a Babylon 5-re. A Narn nagykövet szárnysegédje, Na'Toth azon nyomban tiltakozni próbál. Kiderül, hogy évekkel korábban, a bolygóközti háború alatt Jha'dur, a hírhedt tudós és egyben háborús bűnös mészárolta le Na'Toth családját. Az űrállomás új vendégét akkoriban csak úgy emlegették: a halálhozó.

Dr. Franklin (Richard Biggs) megpróbálja megmenteni egy haldokló földönkívüli kisgyerek életét. A fiú szülei azonban nem engedélyezték az életmentő műtétet, mert az összeegyeztethetetlen a vallásukkal.

A Földi Szövetség elnöke és kísérete egy vadonatúj kikötő átadása alkalmából a Babylon 5 űrállomásra látogat. Ám percekkel az avatás előtt egy robbanás megsemmisíti az építkezés nagy részét, és többeket megsebesít. Az ügy kivizsgálására a Babylon 5-re érkezik az Elnök biztonsági szolgálatának vezetője, és rögtön konfliktusba keveredik a helyi biztonsági főnökkel, Mr.Garibaldival.

Tragikus kimenetelű baleset történik a Babylon 5 egyik túlzsúfolt kikötőjében: számítógépes hiba következtében egy Narn áruszállító űrhajó a dokknak ütközik. A dokk megsérül, egy munkás meghal. Az áldozat bátyja a Földi Szövetség által teremtett méltatlan munkakörülményeket és az elavult felszerelést hibáztatja a sajnálatos eseményért.

Amikor a Babylon 5 űrállomás közelében ismeretlen támadók kirabolnak és megsemmisítenek néhány teherszállító űrhajót, Sinclair parancsnok utasítja Ivanova parancsnokot és Garibaldi biztonsági főnököt, hogy készüljenek fel egy esetleges támadásra.

Az űrállomás biztonsági főnökéhez, Mr. Garibaldihoz látogatóba érkezik a Földről régi barátja, Walker Smith. Walker profi bokszolói pályafutásának egykor az vetett véget, hogy nem volt hajlandó elvállalni egy lefizetett mérkőzést. Most azért érkezett a Babylon 5-re, hogy ő lehessen az első ember, aki ringbe száll a hírhedt Mutai mérkőzésen.

A Szent Grálról azt tartják, hogy az a Világegyetem urának ivókelyhe, amit évszázadok óta keresnek mindazok, akiknek az emberiség sorsának megváltoztatása a célja. Aldous Gajic is a Grál nyomában van. A Föld elfelejtett szentélyei után az összes létező galaxist is fel akarja kutani. Most azért érkezett a Babylon 5-re, hogy a különböző idegen népek nagyköveteivel tárgyaljon lehetőségeiről.

A földi titkosszolgálat "Fürkésző szemek" becenevű ügynöke a Babylon 5-re érkezik. Küldetésének célja, hogy az űrállomás parancsnokságának lojalitásáról tegyen jelentést. Kísérője egy katonai szakértő, aki genetikai úton kifejlesztett telepatikus képességekkel rendelkezik. Ivanova parancsnok nem hajlandó alávetni magát a telepata kutatásának, mert úgy érzi, senkinek nincs joga a gondolataiban kutatni. Sinclair parancsnok megígéri Ivanovának: megpróbálja elhalasztani a vizsgálatot.

Sinclair parancsnok legnagyobb meglepetésére minbari hadihajó érkezik a Babylon 5-re. Érdeklődésére az űrállomáson tartózkodó minbari nagykövet, Delenn elmagyarázza: a minbarik harcos törzsének tisztjei Shai Alit Neroon vezetésével végiglátogatják a Galaxis minbari-lakta állomásait, hogy nagy nemzeti hősük, Branmer ravatalát bemutassák. Sinclair engedélyezi a küldöttek leszállását, annak ellenére, hogy emlékeztetik saját összecsapására Branmerrel, a néhány évvel korábbi - a Földi Szövetség és Minbar közötti - nagy háború idején.

A Babylon 5 intergalaktikus űrállomás a lakatlan Epszilon 3 körüli pályán kering. Egy szép napon szeizmikus rezgésekre figyelnek fel az űrállomáson. Sinclair parancsnok a bolygóra küld egy geológust, hogy vizsgálja meg: egy esetleges vulkánkitörés kárt tehet-e az űrállomásban. Ám Dr. Tasaki űrkabinját tönkreteszi egy hirtelen kitörés, mely az Epszilon 3 felől érkezik...

Az előző heti epizód folytatásában Sinclair parancsnok és Ivanova parancsnok-helyettes kimentenek egy kómában lévő, 500 éves Varn nevű idegent az Epszilon 3-ról, és a Babylon 5-re viszik. Kiderül: Varn volt az a lény, aki valaha az Epszilon 3 igen fejlett védelmi rendszerét működtette...

Űrkabint lőnek ki a Babylon 5 űrállomásról, melynek küldetése az, hogy megvizsgáljon egy galaktikus energiaforrást. A kabint egyszer csak elnyeli valami fehér fény, a pilóta pedig meghal, miután az automata vezérlést beállította a visszaútra. Sinclair parancsnok és munkatársai megdöbbennek a boncolási jegyzőkönyv láttán: a pilóta belső szervei 100 évet öregedtek, miközben a külsején semmi változás nem látható...

Pszichopata gyilkost fognak el a Babylon 5 űrállomáson. Karl Muellert büntetése egy olyan speciális agymosás, amely eltörli személyiségének erőszakos oldalát és szelíd érzelmekkel helyettesíti azokat. Talia Winterst, az űrállomás bentlakó telepatáját kérik fel, vizsgálja át Mueller agyát a beavatkozás előtt, ám a lány, egy korábbi élménye miatt csak vonakodva vállalja a megbízatást.

The Centauri are about to withdraw from a quadrant of space because the Narn are harassing them, when Londo gets an offer to take care of the problem. Meanwhile, Garibaldi tries to find out what his informant stumbled upon that got him killed.

Mindenki meglepődik, amikor Sinclair kapitányt visszaküldik a Földre és utódjává John Sheridant nevezik ki. Az új parancsnok kinevezését nagyon ellenzik a Minbarik, mert tizenkét évvel korábban ő volt a felelős egy minbari őrjárat megsemmisítéséért. Michael Garibaldi, a biztonsági főnök kritikus állapotban van, mert egyik segédje hátba lőtte, amikor a Földi Szövetség elnöke elleni gyilkossági kísérletet próbálta meghiúsítani. Az új századpilóta, Warren Keffer kénytelen egy Tragati harcihajó támadásával szemben megvédeni az űrállomást.

A Centauri nagykövete, Londo Mollari egyre inkább Morden, az árnyékemberek ügynökének elkötelezettje lesz. Ezért megtámad egy narn katonai bázist, és tízezrek halnak meg. A narn nagykövet, G'Kar rájött arra, hogy egy, a világ peremén élő népcsoport újra megjelent a színen, és fel akarja szítani a régi ellentéteket a világ népei között. G'Kar kéri a tanácsot, hogy vizsgálják ki az ügyet, amíg nem késő. Franklin doktor közben megmenti Garibaldi életét, aki visszaemlékszik, hogy egyik segédje felelős azért, hogy ő majdnem meghalt. Így a férfit kötelességük visszaküldeni a Földre. Csakhogy a visszaúton eltűnik...

A Babylon 5-ön megjelennek a rejtélyes technomagek, akik szövetséget ajánlanak Londo Mollarinak. Mollari sikere egyre nagyobb népe körében azóta, hogy megsemmisítette a narn katonai bázist. Sheridan kapitány kinevezi Ivanovát parancsnoknak, és rögtön veszélyes küldetést is bíz rá: neki kell megoldania a drazi néppel kapcsolatos problémákat. Garibaldi fel-épül a lőtt sebe okozta betegségből, és azon gondolkodik, vajon elfogadja-e újra Sheridan kapitány ajánlatát...

Sheridan kapitány régi barátja, Maynard érkezik a Babylon 5-re. Maynard a csapatával és űrhajójával, a Cortezzel az univerzum még ismeretlen részeit térképezi fel. Munkája során aggasztó dolgokat tapasztal, az univerzum peremén különös, leírhatatlan sötét alakokat vettek észre. Sheridan majdnem úgy dönt, velük tart, és otthagyja kapitányi állását, de végül meggondolja magát. A Cortez folytatja útját, majd a 900-as szektorban furcsa robbanás történik, és az űrhajó a hiperűrben ragad. Sheridan kapitány fogja a vészjeleket, és úgy dönt, megpróbálja azt, ami még senkinek sem sikerült: visszahozza az űrhajót a hiperűrből.

Egy régi földi űrhajó dokkol a Babylon 5-ön. A fedélzeten egy férfi holttestét találják, a hibernálókamrában pedig a feleség fekszik, aki már 100 éve alszik ott. Franklin doktor feléleszti a nőt, Cirrust, aki még nem látott földönkívüli idegent, és nehéz hozzászoknia az új életkörülményekhez. Amikor először találkozik G'Karral, rémisztő képek bukkannak elő emlékezetéből. Franklin megpróbálja értelmezni az emlékeit, hogy megtudhassa, kik ölték meg a nő férjét.

Talia Winters, a telepata találkozik régi barátjával, Taro Isogi-val, aki segít neki tárgyalni a Mars konglomerátummal. Nem sokkal később Isogit meggyilkolják, és Talia tanúja lesz a gyilkosságnak. Sheridan kikérdezi Taliát, vajon mi célja lehetett Isoginak, igaz-e, hogy a marsi felkelőknek akart pénzzel segíteni. Talia azonban állítja, hogy ez nem igaz, Isogi békés megoldást akart a Mars problémájára. Kiderül, hogy a férfit Abel Horn, a Mars Felszabadítása nevű szervezet fanatikusa ölte meg, aki most Taliát is meg akarja gyilkolni. Garibaldi vállalja, hogy megvédi a lányt, és romantikus kapcsolat szövődik köztük.

Londo boldog, mert a császár engedélyezte, hogy elváljon két feleségétől, és csak azt tartsa meg, amelyik a legkedvesebb neki, vagyis Timovot. Garibaldinak meggyőződése, hogy Talia Winter volt férje gonosz céllal érkezett a Babylon 5-re. Stoner azt állítja, hogy ő az egyetlen, akit önként elengedtek a Psi hadtestből, mert elvesztette a szükséges telepatikus képességét. El akarja vinni Taliát magával, mert őt is ki akarja menteni a hadtestből.

Bester, a Psi hadtest nyomozója - aki illegális telepaták után nyomoz - érkezik a Babylon 5-re. A törvény szerint minden emberi telepatának regisztrálva kell lennie a Psinél, de vannak olyanok is, akik nincsenek nyilvántartva. Bester és Talia megpróbálja elkapni őket, de Bester életét veszti, Taliát pedig túszul ejtik, majd meggyőzik, hogy a Psi hadtestnél elharapózott korrupció megkérdőjelezi Talia jövőjét is...

Az idős Centauri császár látogatást tesz a Babylon 5-ön. G'Kar dühös Sheridan kapitányra, amiért felengedte a hajóra népe ellenségét. Sheridan viszont megpróbálja meggyőzni G'Kart, hogy békés tárgyalásokkal rendezze a háborúskodást. G'Kar titokban gyilkosságot tervez a császár ellen. Közben Londo a hatalmát próbálja növelni a rejtélyes árnyékok segítségével, és megszerez egy újabb narn bázist. A császár meghal, mielőtt véleményt mondhatna az ügyről, a miniszterelnököt pedig meggyilkolják Londo emberei.

A Babylon 5-öt elárasztja 25000 gropo, vagyis fegyveres katona. Bár mint béketeremtő csapat jelennek meg, titkos céljuk egy közeli bolygó elfoglalása. A katonák parancsnoka, Richard Franklin ezredes, Franklin doktor apja. Franklin ezredes azonnal felújíttatja a Babylon 5 védelmi és támadó rendszerét, ami nem nagyon tetszik Sheridannak, hiszen a Babylon 5 mégiscsak egy békefenntartó állomás. Franklin doktornak sincs könnyű dolga, hiszen homlokegyenest ellentétes nézeteket vallanak apjával. A katonák több kisebb működési zavart okoznak a hajón és Delenn nagykövet is bajba kerül miattuk...

Sheridan kapitány az egyik közeli szektorban hajt végre kutatómunkát, amikor elrabolja egy idegen faj. Ivanova parancsnok és Delenn nagykövet kiszabadítja az idegen hajóról, és felrobbantják azt. Mivel Delenn megváltoztatta külsejét, gyanút ébreszt a minbari tanácsban. Ki is zárják onnan és helyette egy harcost, Neroont választják be. Sheridant felkéri közvetlen főnöke, Hague ezredes, hogy vizsgálja ki a volt földi elnök, Santiago meggyilkolását. Az elnökgyilkosság mögött nagyobb összeesküvés gyanítható...

Egy rejtélyes faj, a lumati képviselői jelentkeznek a Babylon 5-ön, azzal a céllal, hogy csatlakozhassanak a Földi Szövetséghez. Ivanova parancsnok megmutatja nekik azt a helyet, ahol az állomás hajléktalanjait helyezték el. A lumatiknak még ez is tetszik, és aláírják a csatlakozást. A narnok és a centaurik viszonya igen feszült. A centaurik ártatlan narn állampolgárokat támadnak meg. Se a Földi Szövetség, se Minbar nem akar segíteni, mert félnek, hogy részrehajlással vádolják majd őket.

Cranston, a földi különleges ügynök érkezik a Babylon 5-re, és Dr. Everett Jacobs-ot keresi, az orvost, aki a meggyilkolt Santiago elnököt kezelte. Cranston szerint az orvos olyan katonai információkat szerzett meg az elnöktől, amelyek - ha kitudódnak - veszélyeztethetik a Föld biztonságát. Sheridan gyanítja, hogy az elnök meggyilkolása katonai puccshoz vezethet. Megtudja egy informátortól, hogy az orvost másért keresik: bizonyítéka van az összeesküvésre, ezért akarják megölni.

Ismeretlen tolvaj ellopja Sheridan kapitány kommunikátorát. A kapitány nyomába ered, és egy mellékfolyosón harcba keveredik egy minbari harcossal. Kénytelen megölni, mert az életére tör. A földiek egyetértenek a minbarikkal abban, hogy bíróság elé kell állnia Sheridannak. Hiába bizonygatja, hogy önvédelem volt, egy minbari tanú azt állítja, ő látta, hogy az ellenfél nem fenyegette meg a kapitányt. A minbari nagykövet viszont tudja, hogy a kapitány nem öl ok nélkül...

Cynthia Torqueman, az egyik nemzetközi hírcsatorna riporternője érkezik a Babylon 5-re. Mialatt ott tartózkodik, új konfliktus támad a narnok és a centaurik között. A riporternő kihasználja az alkalmat, és interjút készít a két nép nagykövetével. A két nagykövet előadja saját, előítéletektől sem mentes álláspontját, és ismerteti a narn-centauri ellentét történetét. Cynthia ezek után megpróbálja lencsevégre kapni a hajó személyzetét is...

Sheridan kapitány megpróbálja kideríteni, mi történt azon a kutatóhajón, amelyen odaveszett az egész legénység, többek között saját felesége is. Garibaldi segítségével kinyomozza, hogy a Babylon 5-ön van egy gyanús túlélő, a Centauri bolygóról származó Morden. Sheridan minden törvényt figyelmen kívül hagyva előkeríti Mordent, és órákon keresztül vallatja. A centauri állítja, hogy nem emlékszik semmire, mert a robbanástól elvesztette az eszméletét. Sheridan azonban tudja, hogy hazudik, és reménykedni kezd, hogy felesége mégis életben van.

A Babylon 5 a Szürke szektort vizsgálja, ahol állítólag szellemek járnak. Sheridan egy holttestet fedez fel, amelyből hirtelen átszáll a lélek Sheridanba. A kapitánynak ezután látomásai lesznek, egy szörnyről, majd a felesége űrhajójáról, amely felrobbant. Garibaldi felfedezi, hogy a holttest egy kereskedőé volt, aki átutazott a 14-es szektoron, ahol furcsa tér-idő-jelenségek is megtörténnek...

A markabok közül négyen hirtelen meghalnak és Dr. Franklin nem tudja, mit tegyen. Lazarenn, a markabok orvosa tagadja, hogy tudná, milyen betegségről van szó. Azonban amikor találkoznak egy markab űrhajóval, amelyen a legénység minden tagja meghalt, nem tagadhatja tovább, hogy gyógyíthatatlan betegségről, megállíthatatlan járványról van szó. A markab vezetők szándékosan nem vesznek tudomást róla, és erre utasítják Lazarenn-t is. Ám Dr. Franklin elhatározza, hogy megmenti a markabokat...

Lyta Alexander, egy titkos forradalmi szervezet embere - amely a Psi Corps ellen harcol - érkezik a Babylon 5-re. Lyta elmagyarázza Sheridannak, hogy új technikát fejlesztett ki a Psi Corps, amelynek segítségével egy ember lelkét észrevétlenül át lehet vinni egy másik emberbe. Amikor azonban elmondják neki a titkos jelszót, a rejtőző lélek átveszi az irányítást. Lyta szerint a Psi Corps kémet küldött a hajóra, és a kém valamelyik vezető tisztségviselőben rejtőzik, lehet az is, hogy Sheridanban.

Draal reveals himself to Sheridan, while Refa and Londo set a plan in motion that will lead to the final defeat of the Narns.

G'Kar most már civilként próbálja az ellenállási mozgalmat vezetni a centaurik ellen. Bár elvágtak minden kommunikációs lehetőséget a hazájával, azért megpróbál fegyvereket csempészni oda. Garibaldi úgy dönt, segít neki, és egy fegyvercsempészt szervez be az akcióba...

A centaurik - sikeres inváziójuk után - a drazik és a pakmarák világát támadják meg. Sheridan egyelőre tehetetlen az ügyben. A Földi Szövetség végre küld egy képviselőt a Békeügyi Minisztériumból. A képviselő azonnal beszélni kíván Mollarival, és a leigázott világok nagyköveteivel. Majd tárgyal Sheridannal, akinek kifejti különös álláspontját...

Sheridan kapitány személyesen köszöni meg Kosh-nak, a vorlon nagykövetnek, hogy megmentette az életét egy centauri bombától. Így Kosh kénytelen megmutatni igazi alakját. A Babylon 5-re érkezik Endawi, a földi titkosügynök, aki a gonosz árnyékok ügyében vizsgálódik. Sheridan engedélyével kikérdezi a személyzetet, és megmutatja a legelső árnyék űrhajó felvételét, amelyet egy Babylon 5 harci gép felrobbanása előtt készítettek. Sheridan állítja, hogy sosem látta a hajót. Mollari viszont, aki szövetségre lépett az árnyékokkal, azt mondja, látta a hajót álmában.

Robbanás történik az Alvilágban, ahol a Babylon 5 illusztris utasai tartózkodnak. Egy második robbanás pedig éppen akkor rázza meg az űrállomást, amikor Delenn visszatér a Minbariról. Szerencsére nem sérül meg. G'Kar és Londo egymás népét vádolja a támadással. Ezekután egy újabb robbanás miatt ketten beszorulnak egy szállítóalagútba. Sheridan vezetésével hamarosan megtalálják a tettest, aki azzal fenyegetőzik, hogy van egy még nagyobb bombája, amellyel az egész űrállomást a levegőbe repítheti...

Két küldött érkezik a Narnról, Na'Far és testőre, Ta'Lon. Na'Far lesz az új nagykövet, de előtte még vissza kell vinnie G'Kart a bolygóra. Sheridan ez utóbbit nem akarja engedélyezni, de Na'Far bevallja, hogy a centaurik megtorlást helyeztek kilátásba a Babylon 5 fedélzetén maradó bármely narnon. Garibaldi közben észreveszi, hogy Dr. Franklin furcsán viselkedik. Kiderül, hogy stimuláló szereket használ, hogy több műszakot is végigdolgozhasson egyvégtében.

Lyta Alexander, a telepata visszatér a Babylon 5-re, hogy segítsen Kosh-nak. Mindenki meglepetten hallja, hogy ellátogatott a rejtélyes Vorlon bolygóra. Franklin rutinvizsgálata megállapítja, hogy Lyta jobb egészségi állapotban van, mint mikor elment. Közben Edward, a nemrég érkezett földi papok egyike elárulja, hogy szörnyű rémálmai voltak, és hogy úgy gondolja, a saját múltjából származnak. Kiderül, hogy valaha gyilkos volt, akinek személyiségátültetésen kellett résztvennie.

Draal, a különös és rejtélyes teremtmény megérkezik a Babylon 5-re, hogy részt vehessen a Titkos Szövetség gyűlésén. A szövetséget az árnyékok elleni harc sikeressége érdekében hozták létre. Draal a saját bolygóján egy ősrégi szuperszámítógéppel dolgozik, amely információkat tartalmaz a régen élt, első fajról, akik sokszor harcoltak már az árnyékok ellen. A földi békeminisztérium közben egy politikai tanácsadót küld a hajóra, mert nem bíznak Sheridan döntéseiben.

Bester, a telepatikus Psi Corps tagja megjelenik a Babylon 5-ön, mert egy illegális drogkereskedőt keres. A kereskedő egy Dust nevű veszélyes szerrel foglalkozik, amely lehetővé teszi használója számára, hogy behatoljon más agyába és egy pillanat alatt átélje annak egész addigi életét. Természetesen a szer a katonaság számára lehet nagyon értékes. Sheridan és Ivanova attól fél, hogy Bester felhatalmazás nélküli agyleolvasásokat fog végrehajtani...

Marcus és Franklin egy kis idegen parazita által okozott haláleseteket vizsgál ki. Ehhez le kell menniük a hajón található alvilágba is, ahol az ott élők egyre nagyobb számban fertőződnek meg. Megtudják, hogy az idegen életforma lényei a vindrizik, akik más létformák testét használják arra, hogy megőrizzék és átadhassák összes tudásukat és tapasztalatukat. Nem minden élőlény reagál pozitívan a parazita támadására, és aki kiveti magából, mert nem akarja átvenni a vindrizik tudását, az meghal.

Dr. Mary Kirkish, a földi archeológus üzen Sheridannak, hogy évekkel ezelőtt egy lezuhant árnyék űrhajót fedezett fel a Marson. Utána pedig tanúja volt, hogy egy másik árnyék űrhajó megpróbálta kimenekíteni onnan a túlélőket. Garibaldi is a Marson szolgált akkor és bevallja, hogy ő vizsgálta a helyszínt annak idején, és hogy bizonyítékot talált arra nézve, hogy a Psi Corps is ott járt. Nemrég Kirkish talált egy lezuhant űrhajót a Ganymedén, a Jupiter egyik holdján is, de a földi kormány egyes tisztviselői titoktartásra kötelezték őt. Az ügy kezd egyre titokzatosabbá válni.

Dr. Mary Kirkish, a földi archeológus üzen Sheridannak, hogy évekkel ezelőtt egy lezuhant árnyék űrhajót fedezett fel a Marson. Utána pedig tanúja volt, hogy egy másik árnyék űrhajó megpróbálta kimenekíteni onnan a túlélőket. Garibaldi is a Marson szolgált akkor és bevallja, hogy ő vizsgálta a helyszínt annak idején, és hogy bizonyítékot talált arra nézve, hogy a Psi Corps is ott járt. Nemrég Kirkish talált egy lezuhant űrhajót a Ganymedén, a Jupiter egyik holdján is, de a földi kormány egyes tisztviselői titoktartásra kötelezték őt. Az ügy kezd egyre titokzatosabbá válni.

Sheridan megtudja, hogy bajtársa, Hague ezredes halott, egy, a Földi szövetséggel való konfrontáció során ölték meg. Közben az a szörnyű hír járja, hogy az árnyékok minden olyan világot megsemmisítéssel fenyegetnek, amely nem köt szövetséget velük. Amikor a Mars kormánya nem hajlandó megadni magát a Föld önkényuralmának, Clark elnök támadást indít ellenük. Clark megpróbálja leállítani a Csillagközi sajtót is, nehogy hadjáratot indítsanak ellene. Delenn elutazik a Minbarra, hogy visszautasítsa a tanács semlegességi szándékát. Rábeszéli a tanács öt tagját, hogy csatlakozzanak a Föld elleni szövetséghez. Sandra Hiroshi, egy űrhajó kapitánya arra figyelmezteti Sheridant, hogy a Föld támadásra készül a Babylon 5 ellen.

Miután a Babylon 5 függetlenné vált a Földtől, az éjszakai megfigyelőket kiszállítják az űrhajóról. Egy megfigyelő azonban marad, és majdnem meggyilkolja Sheridant. Egyik társa beszéli le róla, azzal, hogy várjon egy alkalmasabb időpontra. Helyette azonban ölje meg Delennt, amiért rábeszélte a Minbarikat, védjék meg a Babylon 5-öt. Egy csapat segítségével el is rabolják Delennt, Lenniert és Lenannt. Sheridan és Ivanova megpróbálja lokalizálni a terroristák búvóhelyét, és különböző trükköket alkalmaznak a túszok kiszabadítására, s arra, hogy ne kelljen teljesíteni a banditák követeléseit.

Az új minbar-centauri összekötő tiszt, Vir szimpatizál a háborútépte narnokkal. Amikor Ivanova kérdőre vonja, vajon miért áramlott annyi narn a Babylon 5-re az elmúlt pár napban, Vir elárulja, hogy főleg olyan nőket és gyerekeket költöztetett ide, akik megsérültek a centauri támadás alatt. Vir különböző világokban kezeltette, majd ide telepítette őket, amikor újra egészségesek lettek. Londo azonban nem tud semmit az egészről.

Londo nem hajlandó felkérni a centauri kormányt, hogy ismerjék el a Babylon 5-öt, mint független államot. G'kar, a volt narn nagykövet azonban szívesen segít megvédeni az űrállomást. Sheridan bejelenti a Babylon egyezség létét, ami kimondja, hogy háború esetén a Babylon 5-öt béketárgyalások helyszíneként, semleges területnek kell elfogadni. A Nem Csatlakozott Világok Szövetségének szóvivőjének megválasztják a drazi nagykövetet. Marcus és Franklin közben találkozik egy furcsa jövevénnyel, aki középkori lovagi öltözetben kardot hord az oldalán, és azt állítja, ő a legendás Arthur király. Mivel nincs nála semmilyen azonosítási okmány, DNS-tesztet akarnak végezni rajta...

Sheridan vészjelzést észlel, és nehezen bár, de engedélyezi fő ellenségének, Besternek, hogy a Babylon 5 fedélzetére lépjen. Bester azt állítja hogy az árnyékok elárasztották a Földet, és Clark elnöknek minden döntését egyeztetnie kell velük. Bester állítólag tudja, hogy egy nagy fegyverszállítmányt kapnak az árnyékok a földről, s ezt meg kell semmisíteni. Sheridan el is foglalja az ellenséges hajót. A fedélzeten több száz elrabolt telepatát találnak, köztük Bester volt szeretőjét, Carolynt. A nő gyermeket vár Bestertől...

Morden, a gonosz árnyékok összekötője követeli Londótól, mondja meg, miért csak ilyen visszafogott centauri katonai kampányt folytatott. Morden fenyegetőzik, de Londo nem ijed meg tőle. Az összekötő erre megmérgezi Londo szeretőjét. Londo nem tudja, ki volt a tettes, és pont Mordent kéri meg, segítsen megtalálni a gyilkost. Franklin doktor kábítószerfüggő, ezt azonban nem hajlandó beismerni, csak akkor, amikor majdnem végzetes balesetet okoz egy operációnál. Ekkor beismer mindent, és lemond főorvosi tisztéről.

Garibaldi a 14-es szektort vizsgálja. Itt tűnt el a Babylon 4 annak idején. Sinclair nagykövet visszatér a Babylon 5-re, mert kapott egy ősrégi üzenetet. Az üzenetet Delenn is megkapta, aki elmagyarázza, hogy ezer évvel ezelőtt a minbarik és a vorlonok úgy győzték le az árnyékokat, hogy visszarepítették az időben a Babylon 4-et, és katonai támaszpontnak használták. Amikor a Babylon 4 nemrég újra megjelent, az árnyékok megpróbálták megsemmisíteni. Ha viszont ezt megteszik, akkor a Babylon 5 történelme is megszűnik, azaz mindannyian végzetes bajba kerülnek...

Sheridant hibás időgépe 17 évvel előre vitte a jövőbe. A kapitányt rögtön őrizetbe veszik. Londo, a centauri birodalom új császára tartja őt fogva, aki egy romba dőlt országot irányít. Londo Sheridant hibáztatja birodalma pusztulásáért, de később felajánlja neki, és az öreg Delenn-nek is, hogy szabadon bocsájtja őket, ha segítenek neki. Amikor elengedi őket, Sheridan visszakerül az időben a Babylon 4-re...

Sheridan sejti, hogyan lehetne legyőzni az árnyékokat, ezért összehívja a hajó személyzetét. Elmagyarázza, hogy szerinte az árnyékok érzékenyek a telepatikus interferenciára, ezért ezzel legyőzhetők. A múlt tapasztalataiból ítélve úgy tűnik, hogy a telepaták rövid időre védekezésre képtelenné tudják tenni az árnyék szállítóhajókat, így Sheridanék könnyen meg tudják semmisíteni őket. Ebben nagy segítségére lehet a hajó telepatája, Lyta Alexander is. Delenn beleegyezik, hogy minbari telepatákat hozzanak a fedélzetre. G'Kar azonban hiába próbálja meggyőzni katonai összekötőjét arról, hogy adjon egy narn harci űrhajót az akcióhoz.

Mivel kevés a telepata a hajón, Ivanova megpróbálja megtalálni Franklint. A doktor annak idején sok telepatának segített megszökni a Psi Corps-ból, ezért megkéri, árulja el, most azok hol vannak. Delenn megszerzi a Vadászok vezetésének jogát. Azonban Minbari riválisa, Neroon, aki a harcos kasztból származik, megfenyegeti őt. Azt mondja, Delenn meghal, ha nem adja át őneki a Vadászok vezetését. Lennier meggyőzi Marcust, hogy vívjon meg Neroonnal, így megvédhetik Delennt. Egy brutális harc során Neroon majdnem megöli Marcust, de végül átengedi a vezetést Delenn-nek.

A Babylon 5-re egy centauri előkelőség, Virini érkezik, Refa katonai parancsnok kíséretében. Virini azt reméli, sikerül megbékítenie Londót Refával. Londo azt hiszi, Refa volt a felelős Londo szeretőjének meggyilkolásáért. Ezenkívül Londo már kitervelte, hogy úgy juthat előre a centauri előkelőségek ranglétráján, ha bajba keveri Refát. Londo ráveszi Virt, régi segítőjét, hogy kényszerítse G'Kar-t, térjen vissza a Narn-ra. G'Kar a hajón biztonságban volt, bárhol máshol viszont érvényes rá a centaurik halálos ítélete. Refa persze azonnal a nyomába ered, hiszen saját maga szeretné elkapni G'Kar-t. Londo terve sikeresen működik...

Sheridanék aggasztó híreket hallanak. Az árnyékok rengeteg menekültet visznek egy közös szektorba. Delenn meggyőzi a Nem Elkötelezett Világok Ligáját, hogy adjon katonai segítséget az árnyékok ellen. Sheridan pedig parancsot ad Ivanovának és Marcusnak, hogy a Fehér Csillaggal utazzanak az érintett szektorba, és nézzenek körül. Sajnos bajba kerülnek, amikor egy árnyék szállítóhajóval találkoznak. Marcus rögtön megtámadja, mert sejti, hogy a hajó azonnal jelezné az árnyék hadihajók felé, hogy idegen tolakodott a szektorba...

After he has recovered from the shock of seeing her, Anna gives Sheridan an ultimatum - come to Z'ha'dum with her, or never know what happened to her there.

In the aftermath of the explosion on Z'ha'dum, Sheridan is presumed dead and Garibaldi is missing. Delenn struggles to keep the alliance against the Shadows together, and Londo takes up his new position on Centauri Prime as security advisor to the emperor.

On Z'ha'dum, Sheridan floats somewhere between life and death. Meanwhile, G'Kar risks imprisonment to try to find Garibaldi.

Ivanova and Marcus take a White Star out to search for more first ones to aid in the war, while Londo tries to convince G'Kar to swallow his pride so Cartagia will find him entertaining. A mysterious spacecraft makes its way towards Babylon 5.

With the Vorlons destroying whole worlds, Babylon 5 is struggling to cope with the refugees. And with one Vorlon aboard, they cannot make a move without them knowing about it, so Sheridan decides to kill him. On Centauri Prime, Cartagia explains to Londo how he will become a god when the Vorlons destroy the planet.

As reports that the Shadows are destroying planets too start to come in, Sheridan prepares for one final showdown with the Shadows and the Vorlons. Meanwhile on Narn, Londo makes everything ready - G'Kar's chains have been weakened and an undetectable weapon has been acquired. Tonight Cartagia must die.

In the hours before the Shadows and the Vorlons meet Sheridan's alliance at Corriana 6, Ivanova and Lorien search the last of the First Ones, and Londo races back to Centauri Prime in hope of removing all Shadow influence before the Vorlon planetkiller arrives.

Bester comes to Babylon 5 with information about President Clark's plans to discredit the station. But it has a price tag attached - he wants them to go to Z'ha'dum to look for any leftover technology that might help revive his lover. Garibaldi resigns his position as security chief.

A team of ISN reporters arrives at the station wanting to do a story about Babylon 5. Sheridan refuses at first, but finally agrees on the theory that at least a small part of their side of the conflict will be shown.

When her clan has doubts about her reason for taking Sheridan as a mate, Delenn is required to go to Minbar to attend "the Dreaming". Sheridan sends Marcus and Franklin to Mars to make contact with the resistance there.

Marcus and Franklin meet their liaison to the Mars resistance, but are greeted at gunpoint by the resistance itself. Meanwhile, Sheridan confronts Garibaldi about his attitude.

Delenn investigates attacks on ships of races allied with the Minbari, and encounters the Drakh for the first time. On Mars, Franklin rallies the resistance leaders to Sheridan's cause.

Garibaldi gets his first assignment from his new employer - helping someone getting on and off the station without having to pass through customs. He is quite surprised at who this person is. Meanwhile, Ivanova makes preparations for the first broadcast of "The Voice of the Resistance".

Sheridan hatches an eccentric plan to convince the League to accept White Star patrols on their borders, while Delenn seeks help from Neroon to end the civil war that has broken out on Minbar.

The warrior caste has surrounded the religious caste's stand in the capital city on Minbar, and demand they surrender or be destroyed. Meanwhile, Bester makes Lyta an offer for her body.

With Clark having killed 10,000 unarmed refugees, Sheridan once again mobilizes for war. The first target is Proxima 3, which is being bombed into submission. At the same time, Londo tries to get G'Kar to partake in a joint Centauri-Narn statement in support of the war against Clark.

As Sheridan's forces continue towards Earth, Garibaldi is finally allowed to meet his employer, William Edgars, face to face on Mars, and is after telepath assisted interrogation finally told what he must do to gain Edgars' complete trust. Meanwhile, Dr. Franklin discovers that Lyta can influence the Shadow modified telepaths.

After arranging for the arrest of Sheridan's father, Garibaldi gives his former commander the news, and urges him to come to Mars to arrange a rescue operation. But Garibaldi drugs Sheridan as soon as he gets there, and hands him over to Clark's forces. Finally, Edgars reveals his plans to Garibaldi.

Edgars halálával Sheridan teljesen magára marad a földi erők fogságában a Marson. Könyörtelen vallatói lelki kínzás, éheztetés és alvásmegvonás segítségével akarják elérni, hogy Sheridan nyilvánosan ismerje el az ellene felhozott vádakat. Foglyul ejtői mindent megtesznek, hogy megtörjék Sheridan ellenállását és képesek legyenek befolyásolni az akaratát. Garibaldi árulásának hírére Franklin, Lyta és a többi ellenálló elhatározza, hogy bosszút állnak. Elfogásakor majdnem megölik, de Garibaldi azzal védekezik, hogy a Psi Corps irányította minden tettét...

Egy titkos föld alatti labirintuson keresztül Garibaldi vezetésével Franklin és Lyta kiszabadítja Sheridant, bár Garibaldi súlyos sérüléseket szenved a mentés során. G'Kar csatlakozik Londóhoz és a többiekhez és hazája katonai támogatását ígéri a Babylon 5-nek. Ivanova folytatja Sheridan tevékenységét, és sikeres győzelmet arat néhány földi cirkáló felett, miközben a tudomására jut, hogy a hozzájuk átállt földi katonák között vannak olyanok, akik kémkednek a Föld számára. Egy titkos terv szerint Ivanova egyesítené csapatait más egységekkel a Marson, hogy aztán közösen támadjanak a Földre, de kiderül, hogy Clark tudja, mire készülnek, és a Marson már várják őket a földi csapatok. Már nincs idő lefújni az akciót, ezért Ivanova egy Fehér Csillag rajjal eltereli a földiek figyelmét. A hősies vállalkozás során súlyos károkat szenved a flotta, Ivanova pedig halálos sebet kap...

The only obstacle remaining between Sheridan and Earth is a fleet near Mars. With the help of the resistance, Sheridan plans to smuggle Shadow modified telepaths onto the fleet, hopefully disabling it long enough for him to take Earth. Meanwhile, Marcus is determined to find a way to help Ivanova.

Clark is dead and the civil war over, but several issues are unresolved. Ivanova is grief-struck at Marcus death and Lise is missing, and Sheridan must now face the consequences of his actions. He did the right thing - but in the inconvenient way.

Far into the future, someone is archiving video clips pertaining to the fate of Earth and the Interstellar Alliance.

Lochley takes command of Babylon 5 and Byron petitions her for asylum aboard the station. An assassin pledges to kill Sheridan at his inauguration.

Londo collapses from a heart attack, and must battle with his guilt in a dream state. Delenn learns that Lennier is planing to leave Babylon 5 to join the Rangers.

A small world plagued by raiders begs the alliance for help. Garibaldi tries forming an intelligence unit of telepaths.

We see the action from the viewpoint of two maintenance workers as a race of savage aliens attacks the station.

Four rangers come from Minbar with a status report to Delenn, while a Downbelow racketeer decides it's time to get rid of Zack.

Bester arrives at the station to arrest the Downbelow telepaths, and Londo barely escapes an assassination attempt when the ship he was to be aboard explodes.

As more telepaths arrive at the station, the denizens of Downbelow start taking notice. Tensions build until one of the telepaths is assaulted, and the others decide to take revenge - against Byron's wishes. Meanwhile, Franklin tries to find out why the Hyach are hiding part of their medical history.

The Brakiri buy a part of Babylon 5 for a religious ceremony where the dead are supposed to return. Comedians Rebo and Zooty arrive to do a show on the station.

Londo starts to suspect that all is not right on Centauri Prime, when a good friend is murdered. On Babylon 5, Byron tries to force the council to give him and his telepaths a homeworld of their own.

The telepaths have barred themselves inside an area of Downbelow, and their telepathic tricks force Lochley to ask Bester for help. G'Kar finds an old friend locked in a cell in the Centauri palace.

More bloodhound units arrive and the fight with the violent faction of Byron's followers intensifies until the rogues seize Medlab - with Garibaldi and Franklin in it.

It looks like the Alliance will get a break in the investigation of the recent shipping line attacks, when a possible witness may have survived the latest attack and taken refuge on the Drazi homeworld. Garibaldi is sent to find him, but the Intelligence Chief's alcohol problem complicates the mission. G'Kar returns to Babylon 5 to discover that his book has been published, and he is now a revered religious figure.

A telepath murders his roommate and escapes on a ship bound for Babylon 5. Bester is given the job of capturing him, and brings along two PSI Cop interns to show them how he works.

Delenn reassigns Lennier to a Ranger training mission on the border of Centauri space, hoping he can find some proof regarding the Centauri involvement in the shipping line attacks. Vir undergoes some dramatic changes when he learns that he is the new Centauri ambassador to Babylon 5.

Lennier investigates Centauri signals that may be connected to the attacks. Lyta tries to continue Byron's dream of finding a homeworld for telepaths. Lise visits Garibaldi only to discover he's drinking again.

The evidence collected against the Centauri is presented to the council of the Interstellar Alliance, and a boycott against the Centauri is issued. In reaction, the Centauri withdraw from the Alliance and make it clear that they will circumvent the blockade by force if necessary.

Sheridan finally authorizes the White Star fleet to participate in the war. Delenn travels to Minbar to start a Minbari-Earth joint project to build a prototype White Star destroyer class ship. Vir hires Franklin and Lyta to investigate why the Drazi don't return the bodies from destroyed Centauri ships.

As Centauri Prime is being bombarded, the Drakh, the real masters behind the war, reveal themselves to Londo. They force him to go along with their plan to alienate the Centauri from the Alliance, and use what's left as their new home.

Earth Force orders the arrest of Lyta for financing terrorism against the PSI Corps. Sheridan confronts Garibaldi about his drinking. G'Kar struggles with his growing mass of worshippers.

Tessa Holloran, former Number One of the Mars resistance, arrives with a warning for Lise and Michael: an assassin has been hired to kill them. Meanwhile, G'Kar gets ready to leave, though not everybody is happy about it.

It is near the end of 2262, and many changes are abound. Londo, G'Kar and Garibaldi have already left, and Franklin will be taking up his new position on Earth shortly. Finally, Sheridan and Delenn leave for Minbar, where the Alliance's recently finished headquarters are located.

Twenty years after his death and resurrection at Z'ha'dum, Sheridan feels his life force ebbing away, and invites some old friends for a final gathering.