Mindenki meglepődik, amikor Sinclair kapitányt visszaküldik a Földre és utódjává John Sheridant nevezik ki. Az új parancsnok kinevezését nagyon ellenzik a Minbarik, mert tizenkét évvel korábban ő volt a felelős egy minbari őrjárat megsemmisítéséért. Michael Garibaldi, a biztonsági főnök kritikus állapotban van, mert egyik segédje hátba lőtte, amikor a Földi Szövetség elnöke elleni gyilkossági kísérletet próbálta meghiúsítani. Az új századpilóta, Warren Keffer kénytelen egy Tragati harcihajó támadásával szemben megvédeni az űrállomást.

A Centauri nagykövete, Londo Mollari egyre inkább Morden, az árnyékemberek ügynökének elkötelezettje lesz. Ezért megtámad egy narn katonai bázist, és tízezrek halnak meg. A narn nagykövet, G'Kar rájött arra, hogy egy, a világ peremén élő népcsoport újra megjelent a színen, és fel akarja szítani a régi ellentéteket a világ népei között. G'Kar kéri a tanácsot, hogy vizsgálják ki az ügyet, amíg nem késő. Franklin doktor közben megmenti Garibaldi életét, aki visszaemlékszik, hogy egyik segédje felelős azért, hogy ő majdnem meghalt. Így a férfit kötelességük visszaküldeni a Földre. Csakhogy a visszaúton eltűnik...

A Babylon 5-ön megjelennek a rejtélyes technomagek, akik szövetséget ajánlanak Londo Mollarinak. Mollari sikere egyre nagyobb népe körében azóta, hogy megsemmisítette a narn katonai bázist. Sheridan kapitány kinevezi Ivanovát parancsnoknak, és rögtön veszélyes küldetést is bíz rá: neki kell megoldania a drazi néppel kapcsolatos problémákat. Garibaldi fel-épül a lőtt sebe okozta betegségből, és azon gondolkodik, vajon elfogadja-e újra Sheridan kapitány ajánlatát...

Sheridan kapitány régi barátja, Maynard érkezik a Babylon 5-re. Maynard a csapatával és űrhajójával, a Cortezzel az univerzum még ismeretlen részeit térképezi fel. Munkája során aggasztó dolgokat tapasztal, az univerzum peremén különös, leírhatatlan sötét alakokat vettek észre. Sheridan majdnem úgy dönt, velük tart, és otthagyja kapitányi állását, de végül meggondolja magát. A Cortez folytatja útját, majd a 900-as szektorban furcsa robbanás történik, és az űrhajó a hiperűrben ragad. Sheridan kapitány fogja a vészjeleket, és úgy dönt, megpróbálja azt, ami még senkinek sem sikerült: visszahozza az űrhajót a hiperűrből.

Egy régi földi űrhajó dokkol a Babylon 5-ön. A fedélzeten egy férfi holttestét találják, a hibernálókamrában pedig a feleség fekszik, aki már 100 éve alszik ott. Franklin doktor feléleszti a nőt, Cirrust, aki még nem látott földönkívüli idegent, és nehéz hozzászoknia az új életkörülményekhez. Amikor először találkozik G'Karral, rémisztő képek bukkannak elő emlékezetéből. Franklin megpróbálja értelmezni az emlékeit, hogy megtudhassa, kik ölték meg a nő férjét.

Talia Winters, a telepata találkozik régi barátjával, Taro Isogi-val, aki segít neki tárgyalni a Mars konglomerátummal. Nem sokkal később Isogit meggyilkolják, és Talia tanúja lesz a gyilkosságnak. Sheridan kikérdezi Taliát, vajon mi célja lehetett Isoginak, igaz-e, hogy a marsi felkelőknek akart pénzzel segíteni. Talia azonban állítja, hogy ez nem igaz, Isogi békés megoldást akart a Mars problémájára. Kiderül, hogy a férfit Abel Horn, a Mars Felszabadítása nevű szervezet fanatikusa ölte meg, aki most Taliát is meg akarja gyilkolni. Garibaldi vállalja, hogy megvédi a lányt, és romantikus kapcsolat szövődik köztük.

Londo boldog, mert a császár engedélyezte, hogy elváljon két feleségétől, és csak azt tartsa meg, amelyik a legkedvesebb neki, vagyis Timovot. Garibaldinak meggyőződése, hogy Talia Winter volt férje gonosz céllal érkezett a Babylon 5-re. Stoner azt állítja, hogy ő az egyetlen, akit önként elengedtek a Psi hadtestből, mert elvesztette a szükséges telepatikus képességét. El akarja vinni Taliát magával, mert őt is ki akarja menteni a hadtestből.

Bester, a Psi hadtest nyomozója - aki illegális telepaták után nyomoz - érkezik a Babylon 5-re. A törvény szerint minden emberi telepatának regisztrálva kell lennie a Psinél, de vannak olyanok is, akik nincsenek nyilvántartva. Bester és Talia megpróbálja elkapni őket, de Bester életét veszti, Taliát pedig túszul ejtik, majd meggyőzik, hogy a Psi hadtestnél elharapózott korrupció megkérdőjelezi Talia jövőjét is...

Az idős Centauri császár látogatást tesz a Babylon 5-ön. G'Kar dühös Sheridan kapitányra, amiért felengedte a hajóra népe ellenségét. Sheridan viszont megpróbálja meggyőzni G'Kart, hogy békés tárgyalásokkal rendezze a háborúskodást. G'Kar titokban gyilkosságot tervez a császár ellen. Közben Londo a hatalmát próbálja növelni a rejtélyes árnyékok segítségével, és megszerez egy újabb narn bázist. A császár meghal, mielőtt véleményt mondhatna az ügyről, a miniszterelnököt pedig meggyilkolják Londo emberei.

A Babylon 5-öt elárasztja 25000 gropo, vagyis fegyveres katona. Bár mint béketeremtő csapat jelennek meg, titkos céljuk egy közeli bolygó elfoglalása. A katonák parancsnoka, Richard Franklin ezredes, Franklin doktor apja. Franklin ezredes azonnal felújíttatja a Babylon 5 védelmi és támadó rendszerét, ami nem nagyon tetszik Sheridannak, hiszen a Babylon 5 mégiscsak egy békefenntartó állomás. Franklin doktornak sincs könnyű dolga, hiszen homlokegyenest ellentétes nézeteket vallanak apjával. A katonák több kisebb működési zavart okoznak a hajón és Delenn nagykövet is bajba kerül miattuk...

Sheridan kapitány az egyik közeli szektorban hajt végre kutatómunkát, amikor elrabolja egy idegen faj. Ivanova parancsnok és Delenn nagykövet kiszabadítja az idegen hajóról, és felrobbantják azt. Mivel Delenn megváltoztatta külsejét, gyanút ébreszt a minbari tanácsban. Ki is zárják onnan és helyette egy harcost, Neroont választják be. Sheridant felkéri közvetlen főnöke, Hague ezredes, hogy vizsgálja ki a volt földi elnök, Santiago meggyilkolását. Az elnökgyilkosság mögött nagyobb összeesküvés gyanítható...

Egy rejtélyes faj, a lumati képviselői jelentkeznek a Babylon 5-ön, azzal a céllal, hogy csatlakozhassanak a Földi Szövetséghez. Ivanova parancsnok megmutatja nekik azt a helyet, ahol az állomás hajléktalanjait helyezték el. A lumatiknak még ez is tetszik, és aláírják a csatlakozást. A narnok és a centaurik viszonya igen feszült. A centaurik ártatlan narn állampolgárokat támadnak meg. Se a Földi Szövetség, se Minbar nem akar segíteni, mert félnek, hogy részrehajlással vádolják majd őket.

Cranston, a földi különleges ügynök érkezik a Babylon 5-re, és Dr. Everett Jacobs-ot keresi, az orvost, aki a meggyilkolt Santiago elnököt kezelte. Cranston szerint az orvos olyan katonai információkat szerzett meg az elnöktől, amelyek - ha kitudódnak - veszélyeztethetik a Föld biztonságát. Sheridan gyanítja, hogy az elnök meggyilkolása katonai puccshoz vezethet. Megtudja egy informátortól, hogy az orvost másért keresik: bizonyítéka van az összeesküvésre, ezért akarják megölni.

Ismeretlen tolvaj ellopja Sheridan kapitány kommunikátorát. A kapitány nyomába ered, és egy mellékfolyosón harcba keveredik egy minbari harcossal. Kénytelen megölni, mert az életére tör. A földiek egyetértenek a minbarikkal abban, hogy bíróság elé kell állnia Sheridannak. Hiába bizonygatja, hogy önvédelem volt, egy minbari tanú azt állítja, ő látta, hogy az ellenfél nem fenyegette meg a kapitányt. A minbari nagykövet viszont tudja, hogy a kapitány nem öl ok nélkül...

Cynthia Torqueman, az egyik nemzetközi hírcsatorna riporternője érkezik a Babylon 5-re. Mialatt ott tartózkodik, új konfliktus támad a narnok és a centaurik között. A riporternő kihasználja az alkalmat, és interjút készít a két nép nagykövetével. A két nagykövet előadja saját, előítéletektől sem mentes álláspontját, és ismerteti a narn-centauri ellentét történetét. Cynthia ezek után megpróbálja lencsevégre kapni a hajó személyzetét is...

Sheridan kapitány megpróbálja kideríteni, mi történt azon a kutatóhajón, amelyen odaveszett az egész legénység, többek között saját felesége is. Garibaldi segítségével kinyomozza, hogy a Babylon 5-ön van egy gyanús túlélő, a Centauri bolygóról származó Morden. Sheridan minden törvényt figyelmen kívül hagyva előkeríti Mordent, és órákon keresztül vallatja. A centauri állítja, hogy nem emlékszik semmire, mert a robbanástól elvesztette az eszméletét. Sheridan azonban tudja, hogy hazudik, és reménykedni kezd, hogy felesége mégis életben van.

A Babylon 5 a Szürke szektort vizsgálja, ahol állítólag szellemek járnak. Sheridan egy holttestet fedez fel, amelyből hirtelen átszáll a lélek Sheridanba. A kapitánynak ezután látomásai lesznek, egy szörnyről, majd a felesége űrhajójáról, amely felrobbant. Garibaldi felfedezi, hogy a holttest egy kereskedőé volt, aki átutazott a 14-es szektoron, ahol furcsa tér-idő-jelenségek is megtörténnek...

A markabok közül négyen hirtelen meghalnak és Dr. Franklin nem tudja, mit tegyen. Lazarenn, a markabok orvosa tagadja, hogy tudná, milyen betegségről van szó. Azonban amikor találkoznak egy markab űrhajóval, amelyen a legénység minden tagja meghalt, nem tagadhatja tovább, hogy gyógyíthatatlan betegségről, megállíthatatlan járványról van szó. A markab vezetők szándékosan nem vesznek tudomást róla, és erre utasítják Lazarenn-t is. Ám Dr. Franklin elhatározza, hogy megmenti a markabokat...

Lyta Alexander, egy titkos forradalmi szervezet embere - amely a Psi Corps ellen harcol - érkezik a Babylon 5-re. Lyta elmagyarázza Sheridannak, hogy új technikát fejlesztett ki a Psi Corps, amelynek segítségével egy ember lelkét észrevétlenül át lehet vinni egy másik emberbe. Amikor azonban elmondják neki a titkos jelszót, a rejtőző lélek átveszi az irányítást. Lyta szerint a Psi Corps kémet küldött a hajóra, és a kém valamelyik vezető tisztségviselőben rejtőzik, lehet az is, hogy Sheridanban.

Draal reveals himself to Sheridan, while Refa and Londo set a plan in motion that will lead to the final defeat of the Narns.

A centaurik - sikeres inváziójuk után - a drazik és a pakmarák világát támadják meg. Sheridan egyelőre tehetetlen az ügyben. A Földi Szövetség végre küld egy képviselőt a Békeügyi Minisztériumból. A képviselő azonnal beszélni kíván Mollarival, és a leigázott világok nagyköveteivel. Majd tárgyal Sheridannal, akinek kifejti különös álláspontját...