После перевода Синклера Джон Шеридан принимает командование Вавилоном-5, к которому приближается мятежный минбарский крейсер.

Франклин принимает радикальные меры для спасения Гарибальди, Деленн вылупляется из кризалиса, Лондо продолжает переговоры с Морденом, Г’Кар возвращается из экспедиции, в которой обнаруживает следы воскрешения древней расы.

Лондо продолжает использовать Мордена и его союзников для наращивания силы Центавра и повышения своего статуса. На станцию прибывают техномаги, а Иванова оказывается вовлечена в конфликт между двумя группировками дрази.

Шеридан проводит опасную операцию по спасению исследовательского судна, застрявшего в гиперпространстве. Авторитет Деленн в минбарском правительстве оказывается под вопросом из-за её трансформации.

Судно с криокапсулами, отправившееся с Земли за сотню лет до постройки Вавилона-5 и открытия гиперпространства, появляется вблизи станции. На борту судна оказываются женщина из прошлого, мертвое тело и смертельно опасное существо.

Старый друг Талии Винтерс убит человеком, якобы состоящим в марсианском сопротивлении. Однако, убийца числится мертвым.

К Лондо на станцию прибывают его три жены, а к Талии - её бывший муж, телепат, который смог избавиться от своего дара. Делен же пытается при помощи Ивановой свыкнуться со своей человеческой природой.

Бестер прибывает на станцию для расследования деятельности канала по переброске беглых телепатов, который создан кем-то из высшего командования станцией.

Император Центавра прибывает с визитом на станцию, что приводит к радикальным действиям как Г’Кара, так и Лондо с лордом Рифа. Гарибальди сталкивается с группой, называющей себя «рейнджеры».

Вавилон-5 становится базой для 25 тысяч пехотинцев под руководством генерала Ричарда Франклина, отца Стивена.

Во время полета Шеридан захвачен неизвестными инопланетным кораблем. Деленн вызвана Серым Советом, который готов вынести решение о её дальнейшей судьбе.

Г’Кар пытается получить дипломатическую и военную поддержку со стороны Земного Альянса для своего народа, а Иванова пытается наладить контакт с цивилизацией лумати.

Экипаж Вавилона-5 и служба безопасности Земного Альянса, каждый со своими целями, разыскивают бывшего врача президента, знающего тайну гибели предыдущего президента — Луиса Сантьяго.

Шеридан отстранен от командования и ему грозит суд за убийство минбарца в результате самообороны. Ивановой поручено курировать продажу сувенирной продукции станции.

Корреспонденты ISN проводят 36 часов на станции, снимая документальный фильм о её жизни, её обитателях, а также о развитии нарно-центаврской войны.

Шеридан обнаруживает связь между гибелью своей жены и таинственным мистером Морденом. Прибывший на станцию чиновник из новосозданного Министерства Мира вербует людей в «Ночную стражу».

С просьбой о помощи к Лондо прибывает старый друг, которого вскорости могут объявить предателем. В Шеридана вселяется инопланетное существо.

Смертельно опасная болезнь угрожает цивилизации маркабов, а, возможно, и всем на станции. Доктор Франклин пытается создать лекарство, пока не станет слишком поздно.

Лита, бывшая телепатом на станции в первый год её существования, возвращается с информацией, что кто-то из экипажа является шпионом пси-корпуса.

Центавр продолжает наступление на Нарн, готовя ловушку для нарнского флота при помощи тайного союзника Лондо, Теней. Г’Кар просит политического убежища. Деленн представляет Шеридану рейнджеров.

На станцию прибывает посланник Ворлона — «инквизитор», цель которого узнать истинные причины, побудившие Деленн и Шеридана на борьбу. Нарны на борту корабля ставят под сомнение лидерство Г’Кара.

Командный состав станции попадает между молотом и наковальней, когда Шеридан решает дать убежище нарнскому военному кораблю. Земля в то же время оказывает поддержку Республике Центавра. А «Ночная стража» начинает увеличивать своё влияние.

На станцию прибывают рейнджер Маркус Коул, а также представитель военной разведки, ищущий информацию о кораблях Теней.

На станции происходит ряд взрывов, в результате одного из которых ранен Ленньер. После спасения Шеридана Кошем на Вавилон-5 прибывают группы различных паломников, в том числе католические монахи, во главе с братом Тео.

К Вавилону-5 приближается странный зонд, принадлежащий неизвестной расе. Г’Кар же вновь вынужден доказывать своё право на лидерство. И все это происходит на фоне непрекращающегося спора с представителями транспортников.

Монах, из организованной ранее постоянной миссии на станции, преследуем странными знаками и забытыми воспоминаниями. Лита Александер возвращается на станцию из пространства Ворлона.

Иванова и Маркус разыскивают Изначальных, способных помочь в надвигающейся войне. На станцию прибывает чиновница с Земли, назначенная политическим советником Шеридана.

На станцию снова прибывает Бестер, на этот раз расследующий торговлю «прахом» — наркотиком, увеличивающим телепатические способности и опасным не только для принимающего, но и для окружающих.

Франклин и Маркус расследуют появление паразита в трущобах. А Сьюзан пытается понять, насколько можно доверять лейтенанту Корвину.

Информация, с трудом полученная с Земли, вынуждает Деленн и Шеридана отправиться с опасной миссией в земное пространство.

Президент Земли вводит военное положение, и экипаж станции обязан передать командование Ночной страже. Известная предсказательница, вдова императора Центавра, посещает станцию.

Президент Кларк пытается взять станцию под свой контроль, чем вынуждает Шеридана применить оружие против своего правительства. Деленн вступает в открытую конфронтацию с Серым Советом.

Деленн устраивает минбарскую религиозную церемонию, дабы помочь экипажу и послам осознать события предыдущих дней. В то же время остатки Ночной стражи готовятся взять реванш.

Вир, преследуемый последствиями своей «работы» на Минбаре, возвращается на станцию для встречи со своей невестой, которую он раньше никогда не видел.

На станцию прибывает странный пассажир, считающий себя королём Артуром из британских легенд. Шеридан и Иванова пытаются решить вопрос с новым статусом Вавилона-5.

На станцию прибывает Бестер с информацией, что Кларк сотрудничает с Тенями и собирается передать им оружие. В благодарность за информацию, Бестер хочет, чтобы Шеридан захватил судно с грузом.

Тени открыто атаковали дальние миры — война Теней началась, и Шеридан вынужден просить помощи Коша. На фоне растущего числа пациентов, Франклин все больше и больше становится зависим от стимуляторов.

Джеффри Синклер, первый командующий станцией, организует миссию для спасения Вавилона-5 и всей Вселенной — возврат в прошлое и угон Вавилона-4.

Джеффри Синклер, первый командующий станцией, организует миссию для спасения Вавилона-5 и всей Вселенной — возврат в прошлое и угон Вавилона-4.

На станцию, вместо погибшего Коша, прибывает новый посол Ворлона. Шеридан решает использовать преимущество против Теней, раскрытое при помощи Бестера. А доктор Стивен Франклин продолжает блуждать по станции в поисках себя.

Гарибальди изучает «пропавший» уровень станции. Деленн становится новым главой рейнджеров — Энтил’За, но Нерун оспаривает право на лидерство.

Лондо готовит план, чтобы избавиться от лорда Рифа, своего политического соперника. К брату Тео прибывает делегация религиозных деятелей.

Шеридан, предугадывая место следующего удара Теней, готовится дать им отпор. Бродяжничество Франклина заканчивается для него серьёзным ранением.

Якобы погибшая четыре года назад, жена Шеридана уговаривает его отправиться на За’Ха’Дум для переговоров с Тенями. Лондо получает предложение стать советником императора по планетарной безопасности и покинуть станцию. Корабли Теней начинают окружать станцию.