На станцию прибывают рейнджер Маркус Коул, а также представитель военной разведки, ищущий информацию о кораблях Теней.

На станции происходит ряд взрывов, в результате одного из которых ранен Ленньер. После спасения Шеридана Кошем на Вавилон-5 прибывают группы различных паломников, в том числе католические монахи, во главе с братом Тео.

К Вавилону-5 приближается странный зонд, принадлежащий неизвестной расе. Г’Кар же вновь вынужден доказывать своё право на лидерство. И все это происходит на фоне непрекращающегося спора с представителями транспортников.

Монах, из организованной ранее постоянной миссии на станции, преследуем странными знаками и забытыми воспоминаниями. Лита Александер возвращается на станцию из пространства Ворлона.

Иванова и Маркус разыскивают Изначальных, способных помочь в надвигающейся войне. На станцию прибывает чиновница с Земли, назначенная политическим советником Шеридана.

На станцию снова прибывает Бестер, на этот раз расследующий торговлю «прахом» — наркотиком, увеличивающим телепатические способности и опасным не только для принимающего, но и для окружающих.

Франклин и Маркус расследуют появление паразита в трущобах. А Сьюзан пытается понять, насколько можно доверять лейтенанту Корвину.

Информация, с трудом полученная с Земли, вынуждает Деленн и Шеридана отправиться с опасной миссией в земное пространство.

Президент Земли вводит военное положение, и экипаж станции обязан передать командование Ночной страже. Известная предсказательница, вдова императора Центавра, посещает станцию.

Президент Кларк пытается взять станцию под свой контроль, чем вынуждает Шеридана применить оружие против своего правительства. Деленн вступает в открытую конфронтацию с Серым Советом.

Деленн устраивает минбарскую религиозную церемонию, дабы помочь экипажу и послам осознать события предыдущих дней. В то же время остатки Ночной стражи готовятся взять реванш.

Вир, преследуемый последствиями своей «работы» на Минбаре, возвращается на станцию для встречи со своей невестой, которую он раньше никогда не видел.

На станцию прибывает странный пассажир, считающий себя королём Артуром из британских легенд. Шеридан и Иванова пытаются решить вопрос с новым статусом Вавилона-5.

Тени открыто атаковали дальние миры — война Теней началась, и Шеридан вынужден просить помощи Коша. На фоне растущего числа пациентов, Франклин все больше и больше становится зависим от стимуляторов.

Джеффри Синклер, первый командующий станцией, организует миссию для спасения Вавилона-5 и всей Вселенной — возврат в прошлое и угон Вавилона-4.

Джеффри Синклер, первый командующий станцией, организует миссию для спасения Вавилона-5 и всей Вселенной — возврат в прошлое и угон Вавилона-4.

На станцию, вместо погибшего Коша, прибывает новый посол Ворлона. Шеридан решает использовать преимущество против Теней, раскрытое при помощи Бестера. А доктор Стивен Франклин продолжает блуждать по станции в поисках себя.

Гарибальди изучает «пропавший» уровень станции. Деленн становится новым главой рейнджеров — Энтил’За, но Нерун оспаривает право на лидерство.

Лондо готовит план, чтобы избавиться от лорда Рифа, своего политического соперника. К брату Тео прибывает делегация религиозных деятелей.

Шеридан, предугадывая место следующего удара Теней, готовится дать им отпор. Бродяжничество Франклина заканчивается для него серьёзным ранением.

Якобы погибшая четыре года назад, жена Шеридана уговаривает его отправиться на За’Ха’Дум для переговоров с Тенями. Лондо получает предложение стать советником императора по планетарной безопасности и покинуть станцию. Корабли Теней начинают окружать станцию.