После перевода Синклера Джон Шеридан принимает командование Вавилоном-5, к которому приближается мятежный минбарский крейсер.

Франклин принимает радикальные меры для спасения Гарибальди, Деленн вылупляется из кризалиса, Лондо продолжает переговоры с Морденом, Г’Кар возвращается из экспедиции, в которой обнаруживает следы воскрешения древней расы.

Лондо продолжает использовать Мордена и его союзников для наращивания силы Центавра и повышения своего статуса. На станцию прибывают техномаги, а Иванова оказывается вовлечена в конфликт между двумя группировками дрази.

Шеридан проводит опасную операцию по спасению исследовательского судна, застрявшего в гиперпространстве. Авторитет Деленн в минбарском правительстве оказывается под вопросом из-за её трансформации.

Судно с криокапсулами, отправившееся с Земли за сотню лет до постройки Вавилона-5 и открытия гиперпространства, появляется вблизи станции. На борту судна оказываются женщина из прошлого, мертвое тело и смертельно опасное существо.

К Лондо на станцию прибывают его три жены, а к Талии - её бывший муж, телепат, который смог избавиться от своего дара. Делен же пытается при помощи Ивановой свыкнуться со своей человеческой природой.

Бестер прибывает на станцию для расследования деятельности канала по переброске беглых телепатов, который создан кем-то из высшего командования станцией.

Император Центавра прибывает с визитом на станцию, что приводит к радикальным действиям как Г’Кара, так и Лондо с лордом Рифа. Гарибальди сталкивается с группой, называющей себя «рейнджеры».

Вавилон-5 становится базой для 25 тысяч пехотинцев под руководством генерала Ричарда Франклина, отца Стивена.

Во время полета Шеридан захвачен неизвестными инопланетным кораблем. Деленн вызвана Серым Советом, который готов вынести решение о её дальнейшей судьбе.

Г’Кар пытается получить дипломатическую и военную поддержку со стороны Земного Альянса для своего народа, а Иванова пытается наладить контакт с цивилизацией лумати.

Экипаж Вавилона-5 и служба безопасности Земного Альянса, каждый со своими целями, разыскивают бывшего врача президента, знающего тайну гибели предыдущего президента — Луиса Сантьяго.

Шеридан отстранен от командования и ему грозит суд за убийство минбарца в результате самообороны. Ивановой поручено курировать продажу сувенирной продукции станции.

Корреспонденты ISN проводят 36 часов на станции, снимая документальный фильм о её жизни, её обитателях, а также о развитии нарно-центаврской войны.

Шеридан обнаруживает связь между гибелью своей жены и таинственным мистером Морденом. Прибывший на станцию чиновник из новосозданного Министерства Мира вербует людей в «Ночную стражу».

С просьбой о помощи к Лондо прибывает старый друг, которого вскорости могут объявить предателем. В Шеридана вселяется инопланетное существо.

Смертельно опасная болезнь угрожает цивилизации маркабов, а, возможно, и всем на станции. Доктор Франклин пытается создать лекарство, пока не станет слишком поздно.

Лита, бывшая телепатом на станции в первый год её существования, возвращается с информацией, что кто-то из экипажа является шпионом пси-корпуса.

Центавр продолжает наступление на Нарн, готовя ловушку для нарнского флота при помощи тайного союзника Лондо, Теней. Г’Кар просит политического убежища. Деленн представляет Шеридану рейнджеров.

На станцию прибывает посланник Ворлона — «инквизитор», цель которого узнать истинные причины, побудившие Деленн и Шеридана на борьбу. Нарны на борту корабля ставят под сомнение лидерство Г’Кара.

Командный состав станции попадает между молотом и наковальней, когда Шеридан решает дать убежище нарнскому военному кораблю. Земля в то же время оказывает поддержку Республике Центавра. А «Ночная стража» начинает увеличивать своё влияние.