Dylan parvient difficilement à imposer son autorité aux autres membres de l'équipage, et particulièrement à Beka et Tyr. Ils découvrent des ruines dans lesquelles Andromeda reconnaît un vaisseau d'assistance médicale non armé. Pourtant, un signal alerte l'équipage de la proximité d'un vaisseau de guerre...

À la demande des Perséens, l'Andromeda revient près du trou noir ayant provoqué sa perte. Un phénomène permet à Hunt de contacter un autre vaisseau, qui se trouve trois siècles dans le passé. Il découvre que sa fiancée Sara se trouve à bord...

Une mission de routine sur l'Eureka Maru tourne au cauchemar pour Harper et Gemini lorsque Gerentex refait surface. Celui-là même qui s'était assuré les services du Maru pour récupérer l'Andromeda s'empare du vaisseau, et oblige ses prisonniers à l'aider dans sa quête démente de pouvoir. Il veut proposer le vaisseau à une acheteur et vendre les bombes Novas au plus offrant. Gerentex compte ainsi trouver la solution à ses problèmes financiers. L'équipage doit tout faire pour se libérer et l'empêcher de réaliser ces odieux projets...

Le révérend Bem reçoit un appel au secours de Thaddeus Blake. Son ami a besoin d'aide pour sauver le peuple Hajina, une ethnie pacifique dont les installations sont à la merci d'un peuple avide de pouvoir. Dylan accepte tout naturellement de leur venir en aide. Mais pour cela, il doit leur enseigner les bases des techniques de combat et de défense, ce qui risque d'altérer pour toujours le capital génétique de la race...

L'équipage de l'Andromeda apporte son aide aux habitants de la planète Mobius, qui se préparent à une violente attaque. Tandis qu'un système de défense se met en place, Rommie a pour mission de découvrir les plans de bataille de l'ennemi. L'androïde révèle à cette occasion des aspects d'elle-même que personne jusque-là ne soupçonnait...

L'équipage de l'Andromeda se voit confier une mission hautement risquée. Une fièvre destructrice se propage rapidement et le convoi de médicaments destiné à lutter contre cette épidémie est mis sous la protection de l'Andromeda. L'itinéraire de traverser par une zone contrôlée par les Nietzschéens...

Les signataires de la charte commune de défense se réunissent à bord de l'Andromeda pour finaliser et parapher le nouvel accord. C'est à ce moment précis que le comportement de Harper change brusquement, sans qu'aucun des membres d'équipage n'en comprenne la raison...

Le vaisseau spatial de Molly Noguchi, censé transporter des touristes, est réquisitionné par Dylan, qui doit urgemment faire face à une attaque ennemie...

Le capitaine Dylan Hunt et les membres de l'équipage de l'Andromeda tentent de sauver un groupe de vaisseaux alliés, menacé par les Nietzschéens...

Sid, l'oncle de Beka, est de retour. Il souhaite se présenter à l'élection du chef de la République et compte se servir de l'Andromeda. Mais il ignore qu'un assassin a d'autres projets pour lui...

Après s'être échappés de l'Ogami, Dylan, Rommie, Tyr et Harper croisent un vaisseau, envoyé depuis la Terre il y a plus de trois-mille ans. Le vaisseau, d'une taille impressionnante, se déplace si rapidement que son équipage ne vieillit jamais...

Le capitaine Hunt examine la dépouille de son second Rhade, l'homme qui l'a trahi, lorsque le vaisseau est propulsé dans un univers parallèle. Dans ce monde, Rhade, qui est vivant, assassine Hunt. Tout comme le capitaine avant lui, il souhaite rallier les mondes désunis...

Afin d'empêcher l'explosion de l'Andromeda et la mort de ses amis, Trance entreprend plusieurs retours dans le passé. Elle découvre alors qu'un intrus s'est glissé à bord du vaisseau...

Lorsque Rommie informe les membres de l'Andromeda que des vaisseaux pyriens détruisent les générateurs d'oxygène de la planète Samsarra, l'équipage décide de contre-attaquer en attendant le renfort de la flotte républicaine. Trance persuade ses équipiers de laisser gagner les Pyriens, qui sont mieux armés pour la guerre à venir contre les Magogs...

Alors que Hunt et Tyr sont à la recherche d'une colonie disparue dans le désert d'Amarna, ils tombent dans une embuscade. Ils sont sauvés in extremis par un groupe inconnu, les Templiers...

Le Résolution est sur le point d'être lancé, lorsque Rommie est frappée de folie. Elle s'empare du vaisseau tout en bombardant ses amis. L'équipage de l'Andromeda cherche à comprendre ce qui contrôle Rommie...

Doyle s’inquiète de toujours faire le même cauchemar. Alors qu’elle est troublée par ces rêves récurrents et inexplicables, elle rencontre un homme mystérieux qui prétend venir du futur et lui révèle qu’elle est une androïde...

Seefra un assiégée par les troupes d’Ormuz. Des millions de réfugiés se retrouvent sans médicament et sans nourriture. Dylan décide de venir en aide à ces populations en leur envoyant, par téléportation, du matériel de secours...