Le gigantesque vaisseau Andromeda Ascendant est un navire, pourvu d'un système d'intelligence artificielle et spécialisé dans les missions diplomatiques et humanitaires. Pourtant son commandant, Gaheris Rhade, décide de mener une expédition punitive contre des vaisseaux nietzschéens. Le capitaine Dylan Hunt est chargé de superviser l'assaut. Mais ce dernier comprend rapidement que cette mission est un guet-apens mortel. Son seul refuge est un trou noir dans lequel il s'engouffre pour y rester prisonnier pendant 300 ans. A sa sortie, il est secouru par l'équipage du navire Eureka Maru, spécialisé dans la récupération d'épaves spatiales...

Dirigés par Gerentex, les mercenaires sont chargés de deux missions : tuer Dylan Hunt et investir l'Andromeda. Tyr, mercenaire nietzschéen, retrouve Dylan et tente de l'arrêter afin de retrouver son honneur perdu au cours d'une bataille. Mais son plan échoue et Dylan parvient à s'enfuir. C'est au tour de Trance Gemini, accompagnée par deux mercenaires, d'affronter Hunt. Mais celui-ci déjoue leur piège, une fois de plus. Beka, qui comprend que Hunt a toutes les cartes en main, propose à Gerentex d'abandonner temporairement la mission. Frustré par son échec, Gerentex abat froidement la jeune femme...

En patrouille dans un système envahi par les Magog, les membres de l'Andromeda sont à la recherche d'un endroit où ils pourraient effectuer quelques nécessaires réparations sur le vaisseau. C'est alors que le capitaine Hunt et ses hommes parviennent à une station spatiale complètement abandonnée. Alors qu'il pénètre dans la station à la recherche de pièces utiles, l'équipage de l'Andromeda découvre des locaux totalement dévastés et criblés de balles. Après quelques heures de recherches, ils font une découverte étonnante, un groupe d'enfants, qui vit dans les décombres de la gigantesque station, attendant l'apparition d'un hypothétique messie. L'arrivée de Dylan Hunt comble tous leurs espoirs...

Dylan parvient difficilement à imposer son autorité aux autres membres de l'équipage, et particulièrement à Beka et Tyr. Ils découvrent des ruines dans lesquelles Andromeda reconnaît un vaisseau d'assistance médicale non armé. Pourtant, un signal alerte l'équipage de la proximité d'un vaisseau de guerre...

Lors d'une mission diplomatique, Tyr rencontre un clan nietzschéen rival du sien qui lui propose d'errer sur l'astéroïde qu'ils habitent. Le canon à plasma des Nietzschéens constitue une menace pour l'Andromeda et Dylan veut essayer de signer un traité entre les Than et les Nietzschéens...

Anasazi initie Gemini au pilotage, estimant que chaque personne à bord doit en savoir le plus possible. Mais l'inexpérience de la jeune extraterrestre provoque un incident qui projette l'Andromeda dans le passé, à la veille d'une bataille ayant entraîné la chute de la République et la destruction de l'alliance...

L'Andromeda reçoit un appel de détresse de Khalsa, un personnage important chez les prêcheurs. Dylan accepte de l'aider car il est blessé. Une fois à bord, Beka est surprise de s'apercevoir que le pilote de Khalsa n'est autre que son frère, Rafe. Selon lui, leur vaisseau a été attaqué par des destructeurs...

À la demande des Perséens, l'Andromeda revient près du trou noir ayant provoqué sa perte. Un phénomène permet à Hunt de contacter un autre vaisseau, qui se trouve trois siècles dans le passé. Il découvre que sa fiancée Sara se trouve à bord...

Alors qu'ils venaient en paix sur Arazia afin de signer une nouvelle constitution dont le but est de restaurer la République galactique, Rommie et Dylan sont envoyés en prison sur une planète isolée. Il n'ont plus aucune possibilité de prendre contact avec le reste de son équipage, resté sur l'Eureka Maru. Ils se lient d'amitié avec deux jeunes prisonniers qui sont prêts à les aider à s'évader. Grâce à leur coopération ils parviennent à se libérer. Ensemble, ils préparent un plan qui leur permettra de vaincre l'ennemi et de modifier le sort de cette planète isolée, livrée aux mains de tyrans...

Lors d'une mission diplomatique à bord de l'Andromeda, le président de la République de Castalia est assassiné. Les soupçons se portent aussitôt sur Tyr...

L'Andromeda apprend que les deux plus grosses compagnies de transport vont s'associer, détruisant les chances des petites compagnies privées. Beka, qui faisait partie d'une de ces petites compagnies, est très affectée par la nouvelle. Elle reçoit un appel au secours émanant de Sid Barry, l'ex-associé de son père, expédié voilà trois ans. Elle décide d'aller lui prêter main forte sur Cygna Gamma Un, la planète où il se trouve. Trance se propose pour l'accompagner. Cependant, l'Andromeda, immobilisé par une avarie, est sous la menace d'un terrible ouragan solaire...

L'Andromeda entre en communication avec un vaisseau frère, le Pax Magellanic, commandé par des androïdes qui entendent supprimer tous les membres d'équipage...

Après un crash avec l'Eureka Maru, Tyr se retrouve soudain amnésique : il ignore tout de ce qui s'est passé et ne se souvient même plus de son nom. Il échoue sur la mystérieuse planète Midden, où les Drako-Kasov règnent en maîtres. Yvaine, une humaine qui était partie pêcher avec son fils de seize ans, Breyon, assiste au crash de l'appareil et porte secours à Tyr. Elle l'aide à contrecarrer les plans de ses persécuteurs et à retrouver les siens. Pendant ce temps, Beka et Dylan sont sur l'Andromeda et tentent de retrouver la trace du Maru et de Tyr...

Alors qu'ils étaient allés chercher des provisions et qu'ils reviennent à bord du Maru, Beka et Harper entrent en collision avec un petit vaisseau. Ils y trouvent un Perseïde mortellement blessé. Juste avant de mourir, il mord Harper dans le cou. De retour sur l'Andromeda, ils apprennent que le Perseïde était recherché. Peu à peu, Harper fait preuve d'une intelligence qu'il ne possédait pas jusqu'alors. Son cerveau semble bientôt surchargé de connaissances...

Lors d'une mission de recherches à bord de Eureka Maru, Dylan, est capturé par l'équipage du Mobius. Il se retrouve confronté une fois de plus à ses agissements du passé, alors que les hommes du Mobius préparent son procès. Trois-cents ans auparavant, lors d'une mission effectuée avec Venetri, il avait tué le chef du royaume de Mobius et renversé le gouvernement. A son grand étonnement, Dylan retrouve Venetri sur Mobius. Celui-ci a succédé au chef défunt. De retour sur Eureka Maru, Trance s'aperçoit de l'absence de Dylan et découvre des traces laissées par les hommes qui l'ont capturé...

Le collectif des Composants, un regroupement de machines à la réputation sulfureuse, entre en contact avec l'Andromeda. Dylan découvre les lois particulières qui régissent l'organisation. Les unités sont assemblées d'une certaine façon pour chaque nouvelle mission, selon les prérogatives qui leurs sont demandées, avant d'être systématiquement démantelées, une fois leur tâche terminée...

Une mission de routine sur l'Eureka Maru tourne au cauchemar pour Harper et Gemini lorsque Gerentex refait surface. Celui-là même qui s'était assuré les services du Maru pour récupérer l'Andromeda s'empare du vaisseau, et oblige ses prisonniers à l'aider dans sa quête démente de pouvoir. Il veut proposer le vaisseau à une acheteur et vendre les bombes Novas au plus offrant. Gerentex compte ainsi trouver la solution à ses problèmes financiers. L'équipage doit tout faire pour se libérer et l'empêcher de réaliser ces odieux projets...

Elssbett Mossadim, devant rejoindre la planète des Faguars pour y retrouver l'élu de son coeur, demande la protection de Dylan pour effectuer le trajet. Les Dragans, ennemis jurés de Tyr, voient cette alliance d'un mauvais oeil. La future mariée nourrit d'ailleurs secrètement un très noir dessein. Malgré les avertissements d'une partie de l'équipage, Dylan accepte la mission. Mais l'arrivée d'Elssbett à bord de l'Andromeda se place vite sous le signe du désordre. La belle passagère monte les membres les uns contre les autres et transforme le poste de commandement en bureau privé...

L'équipage de l'Andromeda assiste impuissant à la destruction d'un vaisseau par une armée de Restauriens. Gabriel, un androïde, seul rescapé, parvient à s'extraire de la carlingue en flammes. Rommie ne semble pas indifférente à son charme...

Dylan se précipite en salle des machines à la suite d'une défectuosité du système principal. Soudain toutes les lumières s'allument et l'équipage apparaît au grand complet. Tous les membres de l'Andromeda se sont réunis pour fêter l'anniversaire de Dylan. Beka propose de lui offrir un magnifique cadeau, un retour sur sa planète d'origine, Tarn-Vedra. Mais le voyage, sur un territoire particulièrement dangereux, tourne très vite au désastre. D'autant que Beka, désorientée par ce trajet agité, n'a pas pu résister bien longtemps à l'insidieux appel de substances artificielles et s'est encore droguée au Flash...

Harper termine des réparations qui activent accidentellement une ancienne version de la personnalité d'Andromeda. Cette personnalité force le vaisseau à reprendre une mission non achevée dans son passé, avant le séjour de trois siècles dans le trou noir. Hunt et les autres sont considérés comme des intrus...