Plusieurs délégués du Commonwealth sont à bord de l'Andromeda afin de ratifier la Charte. Tandis que Dylan se lance dans un discours d'introduction, une violente déflagration en provenance de la salle des machines secoue le vaisseau. L'explosion, d'origine criminelle, semble avoir atteint l'intelligence artificielle de Rommie. Trance décide d'enquêter sur les invités à bord et remarque la présence d'une étrange personne, Severin, un Nitzschéen déguisé en humain. Tyr et Beka parcourent le vaisseau à sa recherche. Lorsqu'ils le retrouvent, celui-ci est interrogé par Dylan. C'est alors qu'une force mystérieuse blesse mortellement le Nitzschéen...

Le peuple auquel Tyr appartient est attaqué par les Genites. Aussitôt, il décide de venir en aide aux siens, d'autant que son épouse, Freya, est elle-même en grand danger. Solidaire, l'équipage de l'Andromeda accompagne Tyr dans son périple. Bientôt, il retrouve son épouse et apprend de sa bouche qu'ils ont un fils. Mais celui-ci a été kidnappé durant l'attaque. Tyr met alors tout en oeuvre pour délivrer ce fils inconnu...

Le capitaine Dylan Hunt et les membres de l'équipage de l'Andromeda tentent de sauver un groupe de vaisseaux alliés, menacé par les Nietzschéens...

Les habitants de la planète Savion, terrorisés par une mystérieuse créature, lancent un appel de détresse dans l'espace. Dylan et Trance interceptent ce S.O.S désespéré et mettent aussitôt le cap sur Savion. Quelque peu incrédules à l'idée d'y retrouver un monstre tout droit sorti de la mythologie, les deux compagnons ont tôt fait de se raviser à leur arrivée...

L'Andromeda capte un signal radio amenant Hunt à conclure que des réfugiés de la légendaire capitale républicaine Tarn Vedra ont fondé une colonie. Sur la planète en question, Hunt rencontre une scientifique Védranne qui possède un appareil donnant accès à la quatrième dimension spatiale, comme celui sur lequel travaille Harper...

Alors qu'il est de sortie dans l'espace, le capitaine Dylan Hunt est brusquement entraîné dans un trou noir. A son réveil, il découvre, stupéfait, un monde paradisiaque dans lequel il est marié à Liandra, une magnifique jeune femme, et père d'un adorable garçonnet, Ethan...

Beka, accompagnée de Dylan et Trance, part en mission pour découvrir l'emplacement du légendaire Moteur de la Création, une machine à laquelle on attribue le pouvoir de modifier la structure du temps et de l'espace. Sceptique au départ, Dylan finit par se montrer enthousiaste lorsqu'il réalise que cet engin pourrait permettre de restaurer la République. Débarqués sur Shintaida, les trois explorateurs découvrent un campement jonché de corps décapités. Soudain, trois formes inquiétantes apparaissent...

Après avoir pénétré à l'intérieur d'un vaisseau qui dérive dans l'espace, l'équipage d'Andromeda y trouve des personnes blessées à la suite d'une attaque. Les ayant ramenées à leur bord, ils s'aperçoivent avec horreur que les victimes ont été touchées par une arme biologique qui les transforme, aussitôt après leur mort rapide, en redoutables zombies. A bord de l'Andromeda, qui est simultanément victime d'une attaque inexpliquée de la part des Than, normalement alliés des Terriens, la résistance s'organise pour faire face au déferlement des zombies...

Beka reçoit un message provenant de la planète Cascada l'informant que l'un de ses anciens amis, un certain Bobby Jensen, est mort et l'a désignée comme héritière. Aussitôt, elle s'envole pour rejoindre cette planète et découvre sur place une situation très critique. La révolution, en effet, semble être en marche...

Le vaisseau spatial de Molly Noguchi, censé transporter des touristes, est réquisitionné par Dylan, qui doit urgemment faire face à une attaque ennemie...

Menacé par l'éclosion imminente de l'oeuf de Magog qui lui a été implanté, Harper reçoit l'aide de tout l'équipage de l'Andromeda...

Alors que le capitaine Dylan Hunt est nommé commandant suprême des forces alliées, Harper apprend que la Terre, sous domination nietzschéenne, est au bord de l'implosion. La révolution semble en effet imminente sur la Planète Bleue...

Le capitaine Dylan Hunt et l'ensemble de l'équipage de l'Andromeda prêtent main-forte au seul survivant d'une famille royale massacrée, afin qu'il puisse réconquérir son trône et assumer au mieux les futures responsabilités qui l'attendent...

Les signataires de la charte commune de défense se réunissent à bord de l'Andromeda pour finaliser et parapher le nouvel accord. C'est à ce moment précis que le comportement de Harper change brusquement, sans qu'aucun des membres d'équipage n'en comprenne la raison...

Un étranger prend contact avec l'équipage de l'Andromeda et leur affirme que sa planète accueille des survivants et des descendants de l'ancien équipage. Il va même jusqu'à transmettre à Dylan un message de sa fiancée, pourtant présumée morte. Dylan décide de mettre le cap sur cet endroit et d'y conduire son équipage...

L'équipage de l'Andromeda se voit confier une mission hautement risquée. Une fièvre destructrice se propage rapidement et le convoi de médicaments destiné à lutter contre cette épidémie est mis sous la protection de l'Andromeda. L'itinéraire de traverser par une zone contrôlée par les Nietzschéens...

L'équipage de l'Andromeda apporte son aide aux habitants de la planète Mobius, qui se préparent à une violente attaque. Tandis qu'un système de défense se met en place, Rommie a pour mission de découvrir les plans de bataille de l'ennemi. L'androïde révèle à cette occasion des aspects d'elle-même que personne jusque-là ne soupçonnait...

Un ancien leader politique, retiré de la vie publique, pourrait être d'une grande utilité à la nouvelle République. L'équipage se lance à la recherche de l'homme charismatique, une initiative que les Kalderan ne voient pas d'un bon oeil. Déterminés à les empêcher d'accomplir leur mission, les affreux prennent le capitaine Dylan Hunt et les siens en embuscade dans un bar...

Dylan et l'équipage de l'Andromeda enquêtent sur une affaire d'attaques surprises contre des vaisseaux. Trance fait quant à elle office d'ambassadeur sur Inisi. Les habitants l'interrogent sur ses origines. Il s'avère qu'elle appartient au même groupe d'hommes à la peau violette venu des années plus tôt semer la zizanie, provoquant une terrible guerre civile. Ses hôtes l'emprisonnent, persuadés que Trance est venue finir ce qu'ils avaient commencé...

L'équipage de l'Andromeda participe à une tentative de négociation entre deux partis. La tâche s'avère ardue pour les médiateurs, tant l'objet du désaccord semble profondément ancré. Afin de simplifier les tractations, le capitaine prend la décision de remplacer une relique disparue, visiblement source de conflit, par sa copie...

Dylan, Beka, Rev Bem et Tyr, de retour d'une délicate mission, sont pris à parti par une escadrille de Nietzschéens. Surpris par la violence de l'attaque, l'équipage de l'Andromeda, après avoir tenté en vain de réparer de graves avaries, est contraint d'effectuer un atterrissage forcé sur une planète de glace...

Une attaque du Magog Worldship abîme de façon préoccupante l'Andromeda. L'équipage est touché, tandis que Tyr et Harper, blessés, sont retenus à l'intérieur du Magog Worldship. Rev Bem se porte à leur secours, mais il se trouve également menacé. C'est au tour de Dylan et Rommie de lancer une opération de sauvetage. Il leur faut pénétrer dans le vaisseau de l'ennemi et délivrer les trois membres d'équipage...