Tyr et Beka ont quitté le Maru, mais personne ne sait comment ils ont disparu. Hunt et Rommie se lancent à leur recherche et tentent de localiser le passage qui mène à la réalité alternative duquel ont surgi les ennemis. L'équipement qu'utilise Harper pour accéder à la quatrième dimension permet de rouvrir le passage durant un court moment et ouvre un accès au journal de bord du Maru. Hunt apprend alors qu'Anasazi et Valentine ont quitté leur poste durant une attaque, un comportement pour le moins étrange...

Dylan est accusé de meurtre. Une personne cherche alors à le faire chanter, dans l'espoir de s'emparer d'un morceau de céramique qu'il possède...

L'Andromeda recueille un groupe de réfugiés qui ont été torturés mentalement et physiquement...

Sid, l'oncle de Beka, est de retour. Il souhaite se présenter à l'élection du chef de la République et compte se servir de l'Andromeda. Mais il ignore qu'un assassin a d'autres projets pour lui...

Après s'être échappés de l'Ogami, Dylan, Rommie, Tyr et Harper croisent un vaisseau, envoyé depuis la Terre il y a plus de trois-mille ans. Le vaisseau, d'une taille impressionnante, se déplace si rapidement que son équipage ne vieillit jamais...

Une onde de choc secoue l'Andromeda. En recherchant l'origine de la déflagration, Rommie détecte une super-nova d'origine artificielle. Dylan en conclut qu'une planète fabrique secrètement des bombes Nova et teste leur puissance sur des astres avoisinants. Il décide alors de les désamorcer, mais la République refuse d'apporter son aide. L'équipe de l'Andromeda se retrouve seule pour accomplir cette délicate mission...

Le capitaine Hunt part à la poursuite d'un assassin, appelé «le lépreux», qui projette de tuer l'un de ses amis, Man Ka-Lupe, un haut responsable de la République...

Après avoir sauvé la population sinistrée d'une tempête, Harper et Beka subissent l'attaque d'une créature. En dépit de leurs précautions, le parasite parvient à s'introduire à bord de l'Andromeda et à endommager les systèmes de communication du vaisseau. L'équipage découvre une autre présence mystérieuse à bord...

Tyr reçoit une communication en provenance d'une humaine vivant sur une planète abandonnée et va la rejoindre. A ce moment, un savant fou pénètre à bord d'Andromeda. Il déclare être amoureux de la femme qui est avec Tyr et vouloir la tuer...

Le capitaine Hunt examine la dépouille de son second Rhade, l'homme qui l'a trahi, lorsque le vaisseau est propulsé dans un univers parallèle. Dans ce monde, Rhade, qui est vivant, assassine Hunt. Tout comme le capitaine avant lui, il souhaite rallier les mondes désunis...

De mystérieuses attaques ont lieu dans les avant-postes et sur les planètes proches de l'Andromeda. Après une bataille très difficile, Rommie disparaît...

Afin d'empêcher l'explosion de l'Andromeda et la mort de ses amis, Trance entreprend plusieurs retours dans le passé. Elle découvre alors qu'un intrus s'est glissé à bord du vaisseau...

L'équipage de l'Andromeda assiste au lancement du premier vaisseau construit sous la République depuis 307 ans. Mais peu de temps avant le décollage, l'appareil explose. Les premiers indices trouvés dans les débris laissent penser à un sabotage. Les dirigeants de la République demandent au capitaine Hunt et à son équipage de retrouver les coupables. Valentine s'inquiète, car elle craint que le Maru ne soit la prochaine cible des saboteurs...

Beka rencontre un vieil ami accusé d'un crime : elle accepte de témoigner en sa faveur. Le procès se déroule sur Veras, planète où le mensonge a été éradiqué. Beka est arrêtée, mais elle parvient à s'évader...

Alors que l'Andromeda supervise l'évacuation des habitants d'une planète sur le point d'être anéantie, l'équipage intercepte la transmission d'un vaisseau en approche. Après avoir identifié le message, il réalise que c'est un appel à l'aide provenant de leur ami, Rev Bem, qui se trouve sur la planète...

Lorsque Rommie informe les membres de l'Andromeda que des vaisseaux pyriens détruisent les générateurs d'oxygène de la planète Samsarra, l'équipage décide de contre-attaquer en attendant le renfort de la flotte républicaine. Trance persuade ses équipiers de laisser gagner les Pyriens, qui sont mieux armés pour la guerre à venir contre les Magogs...

Lorsque Hunt reçoit, d'une planète inconnue, un appel de détresse qu'il est le seul à pouvoir entendre, l'équipage de l'Andromeda part secourir la population menacée. Le vaisseau pénètre un système planétaire où il découvre un palais de glace. Tyr détruit le nuage d'énergie qui recouvre ce monde, mais l'équipage se rend compte qu'il était vital pour la survie des habitants...

L'équipage de l'Andromeda est à la recherche d'une flotte nietzschéenne perdue depuis 300 ans. Ces vaisseaux pouvant rendre les Drago-Kasovs invisibles, Hunt doit les retrouver en premier...

Lorsque Hunt et son équipage pénètrent dans le système planétaire de Prolon, ils découvrent une capsule de survie occupée par une femme. Des vaisseaux prolons attaquent l'Andromeda et exigent que cette femme, une princesse, leur soit rendue...

Alors que Hunt et Tyr sont à la recherche d'une colonie disparue dans le désert d'Amarna, ils tombent dans une embuscade. Ils sont sauvés in extremis par un groupe inconnu, les Templiers...

Le Résolution est sur le point d'être lancé, lorsque Rommie est frappée de folie. Elle s'empare du vaisseau tout en bombardant ses amis. L'équipage de l'Andromeda cherche à comprendre ce qui contrôle Rommie...

Les Drago-Kasovs attaquent l'Andromeda et réclament la dépouille de Drago Musevini dont Tyr a la garde. Alors que Rommie et Harper découvrent que Tyr a saboté le vaisseau, le peuple nietzschéen abandonne la République pour créer sa propre flotte. Anasazi doit choisir entre l'équipage de l'Andromeda et les Drago-Kasovs, dont il est devenu le chef...