剑心和小薰等人终於回到东京神谷道场，过著和以前一样平静安和的日子，弥彦还是勤於习剑，左之助依然在这里当食客混饭吃，当然免不了要做些杂活。然而因为长久的旅行，小薰几乎已是身无分文，於是拜托剑心去河边钓鱼回来当晚餐。剑心到了河边遇见一位隐士剑客，听他谈起「祈愿萤火虫」的故事，有个女孩对著萤火虫祈愿，希望她的心上人能早日放下屠刀回到她身边。21年後，男子回来了，然而女孩却在一年前死了。

爪哇国的席恩王子来日访问，正值爪哇国王过世不久之际，所以西方列强看准了爪哇，想把它攻下当殖民地，於是买通日本国内的暗杀集团准备暗杀王子。王子第一次遭袭时，恰巧遇见剑心仗义相助而逃过一劫，但王子却因身体虚弱无法参加隔日的国宴，老侍卫见弥彦长得跟王子十分相似，於是请求弥彦扮成王子前去赴宴，剑心等人则扮成他的随从。

左之助在神社附近救了一只狗，当时这只狗已经奄奄一息，左之助立刻请小惠帮它诊治，并且为它取名「野太郎」。野太郎是只像熊一样的大狗，爱偷东西厚脸皮又爱吃，因为捡到政府机构祕密金库的钥匙，被坏人追杀才流落在外。到了神谷道场後又把剑心的逆刃刀跟丁字裤，以及小薰的新草鞋、弥彦的竹剑都咬去藏起来，气得小薰将它逐出家门。

七夕到了。好心的阿妙看剑心跟小薰的感情一直没什麼进展，想在一旁使点力撮合他们。七夕这天，阿妙一早就到神谷道场骗剑心今天是小薰的生日，叫他准备特别的礼物。谁知剑心居然跑去河边钓鱼，钓了一尾好大的鲶鱼回来，却得不到小薰的欢心，因为小薰期待著七夕这天剑心会送他一只订婚戒指向她求婚。

剑心等人回到神谷道场後过著祥和的日子。一天京都的小操来信说京都发生很可怕的事情，有人陈屍在河面，屍体上刻著西洋文字和图样。经葵屋御庭番众调查结果显示，这些人的死跟天主教徒有关，并且那个杀手也练得一身高超的飞天御剑流，并且也习会天翔龙闪。

仁志田兵卫曾是飞天御剑流门下弟子，但在最後学习天翔龙闪的时候没有成功，坠入瀑布生死未卜。十几年後有人在中国大陆见过他，才知道他人在大陆并且收了一个徒弟天草翔伍。兵卫原是天主教徒，翔伍也是天主教徒，兵卫将飞天御剑流传授给翔伍，希望翔伍能用它来发扬天主教，谁知翔伍一意想为在日本被迫害的教徒报仇，凭他习剑的天份超越师父兵卫的功力，并且自创了一招「雷龙闪」，将师父伤成失明。

剑心为了阻止天草翔伍发动宗教报复，带著小薰等人前往岛原一探究竟，途中遇见旧识荷兰领事馆的领事艾尔斯坦先生，还到领事官邸小叙。领事是一为虔诚的天主教徒，听剑心说岛原可能会有宗教之乱，立即答应剑心必定倾全力相助。

俩个同习飞天御剑流的剑客终於对上了，绯村剑心对天草翔伍。剑心决定应战是因为，飞天御剑流是用来帮助人们拯救人们的性命，而不是用来残害生灵，所以他认为翔伍没有资格使用飞天御剑流，希望让翔伍了解做人的道理。第一招，剑心使出「龙卷闪」，翔伍随後也使出「龙卷闪」，威力在剑心之上。

剑心中了天草翔伍的雷龙闪，双目失去了光明，暂时在岛原的一处破屋里疗伤，然而剑心若想恢复光明，则必须和翔伍同时使出天翔龙闪再度决战，可是以剑心目前的情况来看似乎十分困难。翔伍是个有宗教热情的人，对於同是遭受迫害的天主教信徒们怀著崇高的使命感，希望为大家建立一个上帝的国度，让大家过著幸福的日子。

鬼王其实不是虔诚的天主教徒，而是信奉恶魔的大坏蛋，他投靠翔伍只是为了实现自己的野心，在日本国内发动战乱，将政权交给荷兰人，然後自己当殖民地的国王。由於翔伍不知道他的野心，也反对和荷兰人合作，因此鬼王决定除掉翔伍，自立为大主教发动战乱。左之助及小夜发现鬼王的阴谋企图阻止他，却被鬼王关了起来，就在第二天的圣灵之日鬼王即将除掉翔伍。

鬼王背叛的阴谋被小夜等人发现後，命令属下将小夜、庄三、左之助等人关进铁牢里炸死。炸弹爆发时，庄三用身体护住小夜和左之助，自己身受重伤，小夜看了十分不忍，和左之助两人合力清除残垣想救出庄三，却被鬼王的爪牙发现，想把他们三人一网打进。

鬼王出卖翔伍等人，向县令密告翔伍将带领信徒造反，县令於是带领大批军队来到岛原，企图一举消灭这些隐藏的天主教徒。翔伍在知道被军队包围之後，向圣灵之丘的88名教徒喊话，希望他们拿起武器消灭上帝的敌人和军队作战，翔伍将带大家上天堂。信徒们在翔伍的号召之下抱著死後上天堂的必死决心奋勇和军队作战，也一一阵亡了。

剑心为了阻止天草翔伍继续让更多无辜信徒牺牲，苦劝翔伍企图唤醒他心中的善良仁慈，翔伍深知杀人之後的痛苦与愧疚，可是就是无法面对自己不是上帝只是一介凡人的事实，最後依然选择和剑心以天翔龙闪做一了结。剑心虽然双目失明，但却更能洞悉翔伍的动静，速度也比以前快很多，瞬间将翔伍击倒在地，幸好剑心使用的是逆刃刀，翔伍才不至於毙命。

剑心降伏天草翔伍之後，翔伍与信徒们即被官方押禁在看守所，信徒们可能被判流放，翔伍可能被判极刑。剑心与荷兰领事艾尔斯坦为了拯救他们四处奔走，艾尔斯坦甚至上书日本政府要求释放翔伍等人，最後日本政府为了不愿重蹈迫害宗教信仰自由的悲剧，却不能不对这帮人造成的混乱做出惩戒，最後决定取消翔伍的极刑，判他跟信徒们一起流放国外，不过要在有国家愿意收容他们的情况下。

剑心等人一路搭船返回东京，因为船只耽搁使他们不得不在下关待上三天。下关是个港都，吃不完海鲜美味，尤其河豚更是出名，剑心还吃到过敏手指发麻。後来在镇上遇见一个自称拔刀斋的彪形大汉，本名小川兵藏，仗著拔刀斋的名号在镇上仗义相助，保护民众吓阻地皮流氓的欺压，得到民众的爱戴，常常给他一些保护费。

剑心等人在回东京的路上，一路来到了箱根。箱根是个出名的温泉乡，众人於是决定在这里享受一晚，偏偏剑心把小薰托他保管的旅费搞丢了，只得求旅馆老板让他们打工还债。旅馆里住著一名学画的学生龙三郎，看见小薰後执意要为小薰作画，接著又要求小薰跟他交往，小薰委婉的拒绝了。

剑心一行人终於回到东京，在路上遇见胜海舟的弟子大五郎，大五郎是个喜爱好科学的人，当时日本的科学并不发达，於是他每天沈浸在西洋科学的翻译书籍里。这天，大五郎跟老师胜海舟外出遇见歹徒袭击，正巧剑心等人路过出手相救，事後胜海舟假装嫌大五郎没出息保护不了老师，於是叫他跟小薰习剑，学不好剑术就不准他回来。

剑心在探访胜海舟的归途上遇见歹徒埋伏，这名歹徒是「红葵」的人名叫柴田，以为剑心是胜海舟雇来来对付他们的，想把剑心除掉，事後知道剑心只是一个浪人剑客，也就没有再为难他。

明治十一年，东京下町流传「拔刀千人斩」杀手，连续於夜间出没，滥杀无辜，并自称师出神谷活心流，使得神谷道场的代理师父「神谷薰」急得四处搜寻。在误打误撞之下，神谷薰认识了浪人绯村剑心，并在其帮助下找到凶手原是当年被薰父逐出师门的比留间伍卫。「假拔刀斋事件」落幕，薰感激之馀，诚心留下浪人，央求他协助重振神谷道场。

德国名医汉斯博士治好由太郎的手伤，带著由太郎一起前来日本，神谷道场的友人见到由太郎归来个个欣喜若狂，尤其弥彦更急著找由太郎比剑，後来由太郎正式入门神谷活心流，成了弥彦的师弟。然而汉斯博士此次来日其实是为了寻找「神圣灵药」，而德国的神祕组织黑骑士也随後赶到，想要夺取汉斯博士身上的地图，抢到了地图後还想把汉斯博士杀掉，幸好剑心即使赶到救了汉斯博士一命。

汉斯博士的地图虽然被黑骑士团夺走，但他已经将地图所示的灵药所在地写成一篇文章，剑心等人於是照著文章的提示来到了诹访湖。而另一方面，黑骑士团等人勾结上真田忍者的大头目御沙雉，御沙雉是位少女，答应黑骑士团将灵药找出来给他们，但是也要求黑骑士团在完成支配世界大业後将日本归她，双方达成协议结成同盟。

剑心等人为了寻找汉斯博士所说的「灵药」，来到了信州的诹访湖，巧碰遇到小操前来调查真田忍群的动向，於是便结伴同行。路上，弥彦突然肚子痛，幸好碰到一位好心的猎人相助，并且从猎人口中得知新线索，一群人便来到了龙神湖，顺著汉斯博士的文章一路找下去，终於到了最後一关，打开最後一道门。

剑心等人中了御沙雉的陷阱跌落地底洞穴，藉著左之助神拳击碎石墙才顺著地下水脉流出脱困。到了水潭边遇见被真田忍群逐出师门的忍者戒太，戒太当时身受重伤，由太郎不顾他是敌军依然出手相救，戒太感恩於是带领剑心等人走祕密通道回到原来的地方，准备抢救灵药。

剑心等人出战真田三人众，因不得其法连连败退，不仅剑心的土龙闪失灵，连左之助都受伤不轻，後来得戒太的提醒，破了蝙蝠群才降伏真田三人众。另一方面，真田忍群的大头目御沙雉依约带黑骑士团来到种满「神圣灵药」的花园，梅达斯中尉见大功告成居然想杀御沙雉过河拆桥，薛奈特少尉看不起这种背信行为，挺身保护御沙雉，却不敌梅达斯而受伤倒地。

剑心等人为了保护神圣灵药之花，和黑骑士团展开一场决斗，由於梅达斯中尉御马工夫精湛，使得剑心无法接近他而频频败退。後来梅达斯用长矛在地上画出火花，使得灵药花海变成一片火海，剑心於是使出天翔龙闪将中心变成真空引来火焰，逼得马儿开始奔窜，梅达斯终於落马坠地，到了地上的梅达斯当然不是剑心的对手。

小操留在神谷道场作客，乐得不想回京都去。这天阿增和阿近特地带来翁老的信函，催小操尽快回京都，别老待在神谷道场麻烦剑心等人，最令小操惊讶的是，苍紫居然也来了。起初小操还有点闹彆扭，後来终於乖乖的跟苍紫回去，还跟小薰等人上街买了许多礼物准备送给葵屋的人。

两三百年前江户风水师的风族及水族的恩怨在今天明治时代的东京再度爆发，大街小巷发生怪事，接著就有风水师出现指点迷津，然後就是企业家出场买地设置「石敢当」，连阿妙的「赤别户」都遭鱼池之殃，一把无名火几乎烧掉整个店面，接著企业家佐伯出面请他们搬到别处经营。

大和风水的水族一派，企图破坏德川家康时代由风族摆下的「永劫之阵」，到处制造灾变收购土地，想改变龙脉的流向。如果成功整个关东地区将毁之一旦，而赤别户和神谷道场都在法阵范围之内。一天风族後裔阵风出现在神谷道场，向剑心等人说明这个事件的来龙去脉。

由於中了水族族长灵水的邪气法术，小薰的身体将会腐烂而死。而解药只有武藏野的地下龙脉泉水。剑心与阵风冒著生命危险来到武藏野，在隧道里突破层层障碍後终於找到泉水，却发现龙脉之气已经被水族歹徒所利用，并且朝著东京府内前进，意图毁坏著名的德川家。

剑心与阵风终於取回龙脉泉水，救回小薰的性命。二人随即又启程转往日光东照宫，欲找寻改变龙脉流向的地点，以拯救整个东京。然而，关键所在却是德川家康所留下来的一枚翡翠纹章。该纹章原本被嵌在家康灵庙的阳明门上，当剑心寻到时却已遭人掉包。

剑心、阵风、左之助三人赶到战场之原，企图阻止灵水发动「玉座之阵」来操纵龙脉行凶。由於剑心和左之助进不了结界，只剩阵风和灵水二人展开一场「风与水的决斗」。最後，灵水身亡，但佐伯依然操纵著「玉座之阵」，而阵风已身负重伤，於是只能靠剑心和左之助独力破除「石敢当」毁掉「玉座之阵」。