幕府末期京都新撰组的高手齐藤一，在明治初年出现在东京了，现在他是警政署的警官，却也以暗杀为副业。剑心在京都时曾经几次和他交手，但都未分出胜负，可见他的武功与剑心在伯仲之间。而这次，齐藤被小人以重酬雇来来杀死剑心，因为对手是剑心，他也乐意接下这份差事。然而当他第一天去神谷道场找剑心时，恰巧剑心等人全出去了，只有一个来吃白饭的左之助坐在门口。左之助看出齐藤有异，一言不和就打起来了，却被齐藤打成重伤。事後剑心看了左之助的伤势，知道是齐藤干的，觉得十分不安，他怀疑自己如果坚持不开杀戒，是否能敌得过齐藤‧‧‧。

剑心的宿敌新撰组的第一杀手齐藤一，在十年後终於又找上剑心了。他看到现在的剑心已经不再杀人，以往的杀人剑只用来保护身边的人，使得他十分焦虑愤怒，决定逼剑心一比高下，趁剑心在对付赤木的时候，以警官的身分进驻道场等待剑心回来。剑心解决赤木回来後，看见化名藤田五郎的齐藤一正坐大厅里，马上警觉到事情不妙。然而剑心眼见这场打斗是无法避免，便叫好友们让开与齐藤对打，然而在第一回，剑心的飞天御剑流龙槌闪居然败在齐藤的「对空牙突」之下，并且受了伤‧‧‧。

齐藤一和绯村剑心在十年後终於又对上了。然而这十年来剑心已经成为一个不杀人的浪人，剑法也不若以前俐落，所以跟齐藤过招时，总是处於下风，还因此身受重伤。然而拔刀斋终归是拔刀斋，剑心在为了保护好友的情况下，终於被迫激出原本的杀手本能，出剑毫不留情，剑剑直逼对方要害，使得齐藤也没有占上风，一样受了重伤。就在最後一回合决定胜负时，内务大臣大久保赶到了，即使阻止了这一场无谓的争斗，因为齐藤是被大久保派来探测剑心现在的实力，准备请剑心走一趟京都，杀掉恶魔志志雄真实。剑心在知道真相後十分犹豫，然而周遭的好友都不让剑心去京都。无奈之下，大久保只得请剑心仔细考虑，下次再来听他的回覆。

终於到了该给大久保大臣回覆的日子了。这一天剑心的好友们个个都非常紧张，深怕剑心会决定离开他们到京都去，小惠甚至准备了锁链想把剑心绑起来，真的绑不住的时候还准备灌他迷幻药。然而剑心依然出门去找大久保了。不料大久保在前往开会的途中，遭到了志志雄手下的暗杀，当场不治死亡。消息传来全国十分震惊，民众甚至开始恐慌起来，深怕政局会再度混乱，内战会再度发生。然而考虑到日本的未来，大久保的死使得剑心更下定决心走一趟京都，以铲除恶枭志志雄真实。剑心终於告别了神谷道场的夥伴们，以及心爱的小薰。

剑心不告而别，独自前往京都，只对小薰当面说了再见。剑心走後，小薰像失了魂般的茶不思饭不想，整日以泪洗面，连牛肉火锅店的阿妙和小燕带吃的来探望她，都还要受她的气，後来经过小惠和弥彦的开导，小薰终於化眼泪为勇气，准备前往京都寻找剑心。令一方面，左之助气剑心的不告而别，其实是担心剑心在京都可能需要帮忙，於是向好友月冈克浩借了盤缠，也随後往京都前去。唯有身为医生的小惠，因为有许多病患需要她照顾，只好忍泪留在东京，耐心等待剑心的归来。

小薰和弥彦终於启程前往京都了，好友们都到河边送他们，希望他们早日把剑心劝回来。而提早出发的左之助，一边赶路一边练武功，把自己弄得心急如焚，最後还在山里迷路了，不知道京都到底在何方。另外复出的御庭番众头目四乃森仓紫，又找上了神谷道场，准备找剑心一决胜负摘下最强的头衔，谁知剑心已经在京都的路上，被在虎视眈眈的志志雄手下盯上了，先派人试探他的实力，然後准备收买他为志志雄卖命。一代豪杰仓紫原本不屑跟志志雄挂钩，可是想到死去的夥伴们，也准备走一趟京都和志志雄联手除掉剑心。

剑心在京都的路上，遇见一位用美色沿路打劫的少女卷田操，虽然小操打劫的对象是盗匪，依然被剑心给劝阻，将劫来的银两原封送还失主，并且帮小操打退了那帮盗匪。小操也在回京都的路上，正好可以和剑心同行，但是剑心深知此趟京都之旅，随时都可能遭人袭击，拼命的想摆脱小操的跟随，偏偏小操和御庭番众有一段渊源，得知道剑心曾与他们交过手，苦苦追问御庭番众的下落，剑心迟迟不肯回答，不死心的小操於是更跟定了他。剑心无奈之下只好答应她的跟随，只要她假装不认识剑心，以免惹祸上身。

剑心和少女小操一路往京都前进，沿途上小操不断设计想套剑心说出仓紫和御庭番众的事，奈何剑心守口如瓶硬是不肯说。接著两人来到了一个村外，发现村民三岛荣一郎浑身是血奄奄一息，手里还抱著弟弟荣次，由荣一郎的口中获知，整个村子已经被志志雄的手下所占据，而政府已经弃守这个村子，成了志志雄的领土，村民要是想脱逃就会被杀死，而志志雄现在也在村里。剑心帮荣次埋葬家人的屍体後，和随後赶到齐藤一起前去找志志雄，而志志雄听到风声，也已经有所准备。

志志雄真实终於让剑心和齐藤给找上了，并且说出他想称霸天下的志向，却无法得到剑心二人的支持，於是一场决斗在所难免。志志雄为了看清剑心招数，首先派出尖角来对付他，尖角是个大块头的人，力大无穷而且速度也十分神速。当剑心看出志志雄的伎俩後，故意不肯出招，只一味快速的跑给尖角追，跟他玩捉迷藏的游戏，後来尖角巨大的身体终於承受不了快速移动时，一转身变把自的脚扭断了。志志雄看了十分生气，放话要把尖角杀掉，剑心不忍，终於使出飞天御剑流龙翔闪，将尖角打伤在地，却也救了他一条命。

剑心打败尖角後，志志雄继而派出宗次郎挑战剑心，而宗次郎也是用剑高手，人称「天剑」宗次郎，也就是他暗杀了身手不凡大久保利通。可是外表稚气纯真的样子，甚至与人过招时也也没有半点杀气，使得剑心完全摸不透他，只得先发制人采取主动攻击。然而两人的决斗就在拔刀的瞬间‧‧‧

迷路的左之助走著走著在山里遇见了一位修行僧，这位修行僧自称「破戒僧」名叫悠久山安慈在山里苦修十年，创出了一种致命的拳法「双重的极致」。左之助对这个绝招十分著迷，恳求安慈一定要传授他。安慈於是把道理说给他听，并且要他在一个月之内练成，否则就要将他打死。自信的左之助扬言要在一星期内练成，不料此拳法果然困难，左之助历经辛苦，梦中遇见相乐队长，突然悟出拳法的诀窍，练成「双重的极致」，才继续赶往京都，寻找剑心。

剑心终於来到京都，落脚在小操家，小操家是一家高级餐馆，名叫葵屋料亭。而小操的爷爷翁老也是御庭番众出身，在幕末时期出任京都的密探头子，翁老不愿见京都被志志雄一帮人毁掉，决心助剑心一臂之力。首先找到了打造逆刃刀的刀匠新井赤空的儿子青空，拜托青空重新打造一把逆刃。然而，青空不愿再制造杀人刀器，剑心亦不忍强人所难。不过赤空死後尚留下一把刀，消息被志志雄手下「猎刀张」知道後，掳走青空稚子为胁，准备强夺那把名匠之刀。

剑心为了救青空之子伊织，不惜带著他的断剑前往神社找猎刀张要人，当猎刀张知道他就是千人斩拔刀斋时，明明知道剑心的逆刃刀已经断了，依然苦苦相逼想要跟剑心一决胜负。剑心只得用刀鞘和拳法对付他，当然不是猎刀张的对手，後来当猎刀张要伤及伊织时，父亲赶紧前往神社取出另一把逆刃刀「真打」，这也是斥空留下来的最後一把刀，青空将他送给剑心，终於制服了猎刀张。剑心不愿再连累任何人，也离开了小操家，然而小操随後追去，却在大街上遇见了小薰和弥彦‧‧‧。

阔别师父十五年，剑心终於又见到了教他飞天御剑流的师父﹣比古清十郎。清十郎是唯一全部习得飞天御剑流的人，也是现阶段飞天御剑流的继承人。十五年前幕末乱世，剑心不忍看著人们受战乱之苦，在最後的精髓尚未练成前便下山去救助人们；十五年後为了对付志志雄真实，再度回师门求教。小薰和弥彦亦来到山上，见到了剑心，再度重逢，剑心忧喜参半，担心二人之安危。

御庭番众的大头目四乃森苍紫，终於跟志志雄会面了。苍紫为了替死去的夥伴们冠上最强的头衔，不惜投靠志志雄，出卖京都分部葵屋的人让志志雄的手下去袭击翁老等人，只为取得剑心的下落。袭击虽然没有成功，却把翁老给惹火了，决定亲自出马收拾苍紫这个叛徒。小操得知後，火速前往阻止，却只见翁老奄奄一息，小操大受刺激，决定断绝情念，自立为御庭番众新头目，打算与剑心联手除掉志志雄及苍紫等人。

剑心为了对付志志雄那帮人回去找师父比古清十郎，要求授予「飞天御剑流」的精髓。经过几天的过招试炼，清十郎终於答应把精髓传授给他。首先清十郎教他飞天御剑流的九头龙闪，聪颖的剑心一学就学会了，但是因为腕力跟体重的关系，同样是九头龙闪却败在清十郎的剑下。

剑心习得飞天御剑流的精髓天翔龙闪，却将师父比古清十郎杀成重伤，剑心急忙找出以前师父为他疗伤的药方替师父疗伤，却不知是否能救回师父性命。第二天，清十郎终於醒来了，而且看起来并无大碍，原因并不在药方，而在剑心使用的逆刃刀真打，由於赤空的精心设计，使得这把刀在使用时会削弱用剑者的力道，才挽回清十郎的性命，剑心告别师父下山欲铲除志志雄等人。而志志雄这方面也集结了十本刀的九位高手，准备放火烧掉京都，也烧掉以前残害他的维新志士。

剑心终於跟齐藤、左之助会合，和警方合作开始展开围剿志志雄的行动。首先他们探出志志雄打算在夜里放火烧掉京都，於是联络御庭番众的新头目小操，立即飞鸽传书通知散布在全京都的御庭番众，和民众联手防范火灾的发生，终於阻止了京都大火。另一方面，志志雄带著手下亲信，搭乘「炼狱号」军舰准备开往东京，炮击东京，这个计画也被剑心识破，众人立刻赶到港边阻止志志雄出航，然而炼狱号的火力实在太强了‧‧‧。

志志雄展现他巨资建造的铁甲战舰「炼狱号」，准备用舰上的炮火轰死剑心他们，然而此时，左之助拼死将克浩送给他的炸弹丢进舰上，炸毁了炉锅室，引爆了弹药库，船也开始下沈了。由於志志雄的轻敌，使他火烧京都和炮击东京的计画双双失败。临走前，志志雄约剑心等人在比叡山大本营一决胜负，剑心也接受了，然而这一次剑心不再死斗，他答应小薰要活著跟大家一起回东京。

剑心一行三人终於来到志志雄的大本营，打算十本刀一决胜负。志志雄采纳方治的建言，留下盲剑宇水，明王安慈及天剑宗次郎三名高手出面迎战，剩下的六名十本刀则派往葵屋赶尽杀绝。剑心等人到了之後，由志志雄的亲信由美出面迎接，决斗方式采一对一，其馀的人只能观战不能插手，然而剑心下了一个但书，他只答应决斗但不允许有互相惨杀的情况出现，否则他必定出手干与。第一战由左之助出战安慈，两人的绝招都是「双重的极致」，然而左之助师承安慈，力道自然不能跟安慈相比，最後左之助凭他的聪明胆识，终於把安慈打倒在地，不料安慈却又站了起来‧‧‧。

左之助对安慈，「双重的极致」的决斗。两个人都打到遍体鳞伤，却依然没有人肯认输倒下去，後来安慈到出了他为什麼成为不动明王的悲惨过去，左之助听了十分痛心，因为这跟他十年前的遭遇十分类似，若不是遇见了剑心，他现在可能也跟安慈一样，变成一个丑陋仇恨的极端份子。左之助於是劝安慈想想那些死去的孩子们，安慈突然恍然大悟知道自己作错事，结束了这场打斗，并且告诉剑心等人，其馀的十本刀已经前去杀害葵屋的人，剑心虽然担心，却也决定尽快把比斗结束。下一个要面对敌手是剑术超群的盲剑宇水‧‧‧。

剑心等三人出战十本刀，第一战左之助赢了安慈和尚，并且唤醒了安慈原本的慈悲之心。第二战十本刀派出的高手是盲剑宇水，由齐藤出战，而剑心跟左之助赶去第三个人。宇水和齐藤之战，起初齐藤居於下风，连被宇水刺中两剑，後来齐藤使出牙突绝招，终於一剑夺下宇水的性命。另一方面，其他的十本刀趁剑心不在时，带著一百五十名士兵袭击葵屋，因为翁老受伤未愈不能亲自迎战，於是坐镇屋内指挥，派小操与御庭番众的人及小薰弥彦出去迎战，展开一场敌众我寡之战。而剑心与左之助赶往第三战时，在走廊上发现某个房间有异，而四乃森苍紫就在房内‧‧‧。

剑心和左之助在前往第三战的途中发现了四乃森苍紫，剑心曾答应小操要把苍紫带回去，之前也答应苍紫要跟他再度一决胜负，为了履行承诺，剑心毫不犹豫的退门而进，於是剑心跟苍紫的再战便正式展开了。苍紫的剑法比以前精进很多，而剑心自然也不在话下，最後剑心打赢了苍紫，并且为苍紫解开他心中的迷思，希望他为了死去的同志勇敢的活下去，不能因为丧失活的勇气，就拿死者当藉口挥动凶刀杀人。苍紫听了剑心这番话後突然恍然大悟，想起了为他壮烈成仁的同志们‧‧‧。苍紫是否为因此放下屠刀呢？

剑心唤醒苍紫心底真正的感情後，苍紫起初觉得有点恼羞成怒，频频对剑心出手，然而剑心毫不还手，等到苍紫不再是修罗，变回以前江户城御庭番众的大头目後，剑心终於履行承诺与苍紫决一胜负，在危急之际施展飞天御剑流的精髓天翔龙闪，由於剑心的天翔龙闪已经练到可以收空自如的境界，所以没有将苍紫杀死，只将他打倒在地全身无法动弹。苍紫败得心服口服，也决定回去葵屋跟同志们道歉。

剑心施展飞天御剑流的精髓天翔龙闪制伏了四乃森苍紫，随後立即赶往第三战。然而就在此时，葵屋已经一片战火，首先是四个御庭番众被大肉球夷腕坊给制伏，接著弥彦出战蝙也，蝙也身著蝙蝠装藉著炸弹爆炸的爆风飞上半空中，在由半空中丢掷炸弹炸人，弥彦被逼得走投无路，最後以门板当翅膀跃上比蝙也更高之处，学剑心的龙槌闪一剑将他击毙。

葵屋等人联手击退十本刀的蝙也、鎌足之後，夷腕坊见情势不对也逃之夭夭，以为已经没事了，却出现了十本刀的破军两人组才槌老人与不二。然而此时葵屋等人已经战得精疲力尽满身创痍，眼看只有不战而降之际，剑心的师父比古清十郎适时赶到，与不二展开一场超人对巨人之战，最後比古清十郎以飞天御剑流的九头龙闪击败不二巨人，救了葵屋等人也完成了剑心的托付。

剑心跟宗次郎终於交手了。宗次郎是个在「喜怒哀乐」的情感中，只有「乐」的情感的人，永远都是心平气和笑咪咪的，没有人猜得出他的心思，所以剑心在与他过招的时候显得特别艰。这次交手，宗次的心思，所以剑心在与他过招的时候显得特别艰难。

宗次郎是小老婆所生的孩子，父亲去世後将他交给正室的儿子扶养。那时宗次郎还小，受尽了同父异母的兄嫂家人的虐待，於是他学会了用笑容来保护自己，不管受到什麼虐待总是笑咪咪的。後来他遇见了逃亡中的志志雄，让他躲在家中的仓库里，志雄点醒他「弱肉强食」的道理，并且把自己的剑送给他。

宗次郎一直相信志志雄「强者生存，弱者灭亡」的论调，如今面对剑心坚持「不杀」的原则，以及「剑是用来保护弱者」的论调时，感到不解与不满。为了寻求答案，宗次郎决定使出他的绝招「瞬天杀」，剑心无奈之下也只好使出」天翔龙闪」，最後剑心赢了宗次郎，但并没有杀了他。於是宗次郎找出了答案，认为剑心是对的，志志雄是错的。

绯村剑心与志志雄真实之战终於开始。同样曾经驰骋幕末时代的两个两个人，拥有著同样杀手「千人斩」的过去，挥动著同一个刀匠打造的剑，而内心却完全不同，剑心的剑在於保护弱小，志志雄的剑在於弱肉强食。为了阻止志志雄继续残害弱小，剑心决定倾出全力阻止他，第一招剑心使「龙翔闪」，被志志雄轻易地化解，因为志志雄在新月村一战已经见识过这一招。

剑心在连战苍紫与宗次郎之後，体力大量消耗，跟志志雄几招过下来明显不是志志雄的对手，後来终於被志志雄的「贰之祕剑‧红莲腕」击倒，昏死在地。接著齐藤一出现，负伤跟志志雄过招，也败在志志雄手下。左之助为报剑心之仇，使出「双重之极致」，打算与志志雄同归於尽，却也被志志雄一掌击倒。

剑心、左之助、齐藤连续被打败後，四乃森苍紫负伤挑战志志雄，使出他的绝招御庭番式小太刀二刀流「回天剑舞‧六连」，然因负伤体力不够，依然不是志志雄的对手。然而聪明如志志雄也看出苍紫冒死一博只是在拖延时间，希望剑心能够醒过来，而剑心在强韧的求生意志下终於不负所望地甦醒了。

志志雄真实对绯村剑心，「飞天御剑流精义天翔龙闪」对「终极祕剑‧火产灵神」，剑心终於打败了志志雄。然而志志雄不肯服输，撑著火热的身体继续想向剑心挑战，却被由美挡了下来。由美告诉剑心，志志雄的身体因为全身烧伤的後遗症，所有的排汗组织完全坏死，体内宿著异常的高温，只能打斗十五分钟，然而十五分钟早就超过，由美担心志志雄的身体会产生不堪设想的後果，求剑心就此罢手。

剑心终於打败志志雄，带著垂死的重伤回到葵屋，小薰立即捎信给东京的小惠，小惠也立即赶到京都为剑心疗伤。一个月之後，剑心的伤势已无大碍，一天十本刀的猎刀张又找上剑心等人，使得众人十分紧张，以为又有一场打斗。原来，被捕的猎刀张和政府私下交换条件，成为警视厅的密探，此趟前来的目的是十本刀众人的近况告诉剑心等人。

剑心伤势痊愈後，一群人准备返回东京。小惠特地把小薰叫出去，将剑心的身体状况告诉她，虽然这次把命捡回来了，如果再有类似的打斗，下次丧命可能不稀奇了，小薰听了十分震惊，决意要坚强起来当剑心最有力的求生支柱。离开京都之前，剑心到一处坟前献花悼祭，墓碑上没有刻名字，只知是十年前认识的人，师父比古清十郎随後也出现在坟前，鼓励剑心抛掉过去，迎接未来更美好的人生。