Kenshin sai para pescar para trazer comida para a mesa. No rio ele conhece um velho que lhe conta a lenda dos vaga-lumes. No final, é revelado que o velho estava contando a Kenshin a trágica história de seu amante morto, que morreu esperando que ele voltasse de sua longa busca para dominar a espada. Ele dá a Kenshin a mensagem de que uma vez na vida, todo homem encontra uma mulher que nunca esquecerá. Depois de ouvir sua história, Kenshin traz de volta uma flor de íris, que não dá a Kaoru.

Um príncipe estrangeiro é atacado por bandidos. Como Kenshin e Kaoru estão voltando de uma peça, eles veem isso e Kenshin intervém. Durante o ataque, o príncipe foi ferido, então Kenshin e Kaoru os levam de volta ao dojo. Acontece que o príncipe Shin se parece exatamente com Yahiko, então Yahiko é colocado em seu lugar para comparecer a um banquete. No banquete os bandidos atacam mais uma vez, mas nosso samurai favorito está lá para proteger Yahiko, junto com Sanosuke.

Quando ele se vê sob ataque de Kenwadan, uma gangue de homens mascarados, um político, o Sr. Takamori, joga a chave de seu cofre em um beco. Inesperadamente, a chave é prontamente apanhada por um cachorro, que foge com ela para um rio, apesar da perseguição frenética da gangue. Enquanto rezava no santuário para ter mais sorte nos dados, Sanosuke se depara com o cachorro, agora meio morto, e o carrega de volta ao Kamiya dojo para ser examinado por Megumi. Indique aventuras cômicas como o cachorro, que Sanosuke chama de Notaro, prontamente destrói as vidas do Grupo Kenshin, comendo sua comida, roubando e enterrando seus pertences e geralmente se tornando um estorvo. Mas não demora muito para a gangue Kenwadan rastrear Notaro. Kenshin e os outros serão capazes de afastá-los e encontrar a chave antes que a gangue o faça?

É Tanabata, 7 de julho. Tsubame-chan, Kaoru e Tae-san estão olhando as vitrines. Tae conta a Kaoru o que simboliza um anel de noivado. Kaoru começa a sonhar acordada com Kenshin pedindo-a em casamento, o casamento, a noite de núpcias e partimos para Kaoru desmaiada de costas no meio da rua com Tae inclinado sobre ela. Tae decide que Kaoru está frustrada e precisa de sua ajuda para encontrar a felicidade com Kenshin. Kenshin vai pescar e volta com um peixe-gato. Kaoru aparentemente odeia peixe-gato. Kenshin dá uma mordida no peixe e morde um anel. Tae o convence a dar o anel para Kaoru. Acontece que o anel pertencia a um cara que ia pedir sua namorada em casamento, imagine quantos problemas o grupo Kenshin teve para arrancar o anel do dedo dela. De jujutsu, a verificar sua calcinha, até inebriá-la com cerveja. Eles podem tirá-lo, a tempo de impedir que o romântico incurável cometa suicídio?

O Kenshin-gumi recebe uma carta de Misao. Ela relata um mistério de assassinato em Kyoto e um cadáver com esculturas estranhas na carne. Aoshi é abordado por um homem que busca proteção contra uma ameaça de morte por escrito. Aoshi se recusa, mas Misao vê a carta e a leva para Okina. Okina diz que a escrita é portuguesa ou holandesa, e o símbolo na parte inferior da carta era o mesmo símbolo esculpido no corpo do homem assassinado.

Amakusa Shougo aparece no local que Cho está protegendo. Ele derrota Cho e depois mata o homem que veio matar. Cho diz a Kenshin que Amakusa é melhor que Kenshin. Okina descobre que os três homens que Amakusa matou foram os responsáveis pela perseguição aos cristãos durante a dinastia Edo.

Em Shimabara, Yahiko quase é atropelado por uma carruagem que transportava o embaixador da Holanda, Elsten-dono. Kenshin e Elsten se reconhecem, já que Kenshin salvou a vida de Elsten há 10 anos no final da dinastia Edo. Os Kenshin-gumi vão à residência do embaixador para tomar chá e bolinhos. Magdaria e Shougo estão viajando de carruagem e depois de barco para Shimabara.

O homem redondo tem Kenshin caído e cercado pelos cachorros, mas depois perde o apito com o qual os controla. Kenshin acaba salvando a si mesmo e ao homem redondo dos cachorros. O homem redondo fica confuso, pois Kaioh-sama disse a ele que Kenshin é um demônio e deve ser morto, mas Kenshin salvou a vida do homem redondo. O homem redondo acorrenta Kenshin a uma árvore e vai até Magdaria para ver o que ele deve fazer com Kenshin.

Sano está inconsciente e deitado no chão de uma caverna. Quando ele acorda, ele se vê olhando para o rosto de Magdaria. Ela percebe que ele está ferido e o leva de volta para sua casa no morro. Enquanto ela o conserta, eles discutem e ela o tranca no quarto. Enquanto isso, Kaioh, Santo e Amakusa Shougo estão planejando o fim do governo Meiji por meio da instigação de uma guerra civil, mas estão discordando sobre preço e metodologia. Portando uma arma, Magdaria volta para a sala onde trancou Sano, mas ele desapareceu.

Misao conta a Kenshin o que sabe, Shougo e Magdaria (Sayo) estão escondendo um segredo, no passado Shougo foi capaz de ajudar a curar doenças das pessoas porque estudou medicina, mas não pode curar sua irmã e ela está morrendo . Logo após Kenshin, Kaoru, Yahiko e Kenshin saem e são pegos por alguém. Mais tarde, Magdaria é informada de que Kaiou está com seu medalhão, então ela entrou no quarto dele e foi procurá-lo. Ela encontrou algumas coisas mais interessantes e descobriu que Kaiou vai trair ela e seu irmão. Sanosuke e Shouzo apareceram e estavam tentando parar Kaiou, mas ficaram presos na gaiola com Magdaria, para piorar a situação, ocorreu uma explosão e pedras caíram sobre eles.

Kenshin é pego por alguém e o tira rapidamente. Enquanto isso as pedras caíram e Shouzo ficou preso, Sanosuke e Magdaria conseguiram sair bem. Sanosuke e Magdaria trabalharam juntos e o libertaram. Shouzo escapou e foi relatar isso a Shougo. Enquanto isso alguém apareceu para tirar Sanosuke, não teve problema e ele foi derrotado, mas ele não desistiu, ele atacou mais uma vez mas Misao e Yahiko ajudaram. Juntos, eles saíram da caverna, mas Magdaria estava muito doente e Sanosuke correu o mais rápido que pôde para trazê-la para Elsten. Mais tarde, Shouzo ouviu os planos de Kaiou e tentou lutar contra ele, mas foi derrotado, como último recurso ele jogou algumas bombas caseiras que Sanosuke deu a ele e matou Kaiou.

O exército começou a se preparar para lutar contra Shougo e matar todos os outros. Sanosuke continuou tentando trazer Magdaria para Elsten. Depois de superar muitos obstáculos, Sanosuke encontra um pouco de sorte e vê Elsten. Elsten estava interferindo muito, então Santo tentou matá-lo, mas Magdaria pulou e foi baleada. Sanosuke espancou Santo e devolveu o medalhão de Magdaria para ela, logo após sua morte. Elsten saiu e tentou se apressar e chegar ao monte sagrado para parar a luta. Enquanto isso Kenshin finalmente chegou e tentou parar a luta, ele havia encontrado Shougo e iria lutar com ele se ele obrigasse as crianças a se sacrificarem.

Misao foi pega por dois homens e foi levada ao líder do exército, ela continuou dizendo a eles que Kenshin está negociando com Shougo. Finalmente Elsten chegou e tentou parar o ataque, ele só conseguiu parar por uma hora, depois da hora eles iriam atacar. Misao saiu para dizer a Kenshin que ele tinha uma hora e se ele tivesse sucesso, ela daria um sinal para avisá-lo. Kenshin já havia começado a lutar contra Shougo, finalmente ambos usaram a técnica de sucessão e Shougo foi derrotado. Kenshin recuperou a visão e Misao acabou de chegar.

A guerra acabou e Shougo se rendeu. Kenshin visitou Elsten para descobrir o que aconteceria com os crentes e assim por diante. Elsten aguarda a decisão do governo e deve chegar em breve. Um oficial chega e diz a eles que os crentes não podem mais ficar no Japão, Elsten agradece a decisão e decide que os crentes podem vir para seu país, a Holanda. Enquanto isso, Sanosuke dá uma carta a Kaoru e ela faz uma visita a Shougo. Kaoru entrega a carta para Shougo e vai embora. Shougo faz uma última visita ao túmulo da irmã e parte para a Holanda.

Kenshin e o resto estão comendo no restaurante, de repente um grupo chamado Tengu cria uma confusão, Yahiko e Misao os levam para fora e lutam contra eles. Então, um homem que afirma ser o lendário Battousai chega e os assusta. Kenshin e o resto estão procurando um lugar para ficar, mas estão todos lotados. Eles vão até a casa do falso Battousai e veem que ele está administrando um dojo. Kenshin e os outros ajudam e têm um lugar para ficar. O grupo Tengu está ficando inquieto e quer matar o Battousai, um homem chamado Anzai chega e diz que vai matar o Battousai. Ele chega no dojo e quer lutar contra o Battousai, Kenshin chegou na hora e o derrotou. Kenshin permitiu que ele mantivesse o nome e ele e o resto partiram para voltar para casa.

Kenshin e os demais estão caminhando pela floresta, acabam indo a um restaurante para comer, e na hora de pagar, Kenshin havia perdido o dinheiro de Kaoru. Kenshin e o resto se ofereceram para trabalhar com o dinheiro. Kaoru e Misao estavam fazendo viagens para enviar comida às pessoas e acidentalmente entraram no quarto errado. Mais tarde naquela noite, Misao e Kaoru estavam nas fontes termais e avistaram alguém. Eles perceberam que era um artista em busca de inspiração e Kaoru era isso. O artista se apaixonou por Kaoru, mas Kaoru estava apaixonada por Kenshin, Misao teve uma ideia e disse a Sanosuke, Sanosuke disse ao artista que se ele pudesse bater em Kenshin, ele o ligaria a Kaoru. Por mais que o artista tentasse, ele não conseguia acertar Kenshin. Finalmente ele teve sua inspiração e desenhou um retrato de Kaoru e deu a ela. Kenshin e o resto saíram e viram a foto de Kaoru, era um desenho abstrato e eles riram enquanto fugiam.

Um homem está falando que as pessoas podem ir à lua, mas os outros riem dele, ele saiu com a professora e esqueceu os livros. Yahiko foi devolver os livros, mas o homem (Daigoro) e seu professor seriam atacados. Yahiko e todos ajudaram e foram capazes de protegê-los, então Tetsuma apareceu e os assustou. O professor de Daigoro então o expulsou de seu dojo porque ele não era muito bom com a espada. Kaoru decidiu aceitá-lo como aluno e tentou ensiná-lo a ser forte. Uma garota chamada Itsuko veio e tentou trazê-lo de volta, mas Daigoro recusou e Itsuko ficou para trás. Kenshin saiu e foi contar ao professor de Daigoro (Katsu) que sua filha estava hospedada no dojo, pois Kenshin deixa os homens mais cedo tentando atacar Kenshin.

Um bando de homens está pronto para atacar Kenshin, mas Kenshin não tem ideia de quem são essas pessoas, eles dizem a Kenshin que são os Beni Aoi, Kenshin ainda não sabe quem são, o líder descobre que Kenshin não foi contratado como um guarda-costas e saiu. Daigoro continua treinando e tem uma luta contra Yahiko. Daigoro ataca, mas puxa as costas e não consegue se mover. Itsuko está cozinhando e Kaoru aparece, ela a ensina a cozinhar, mas se esqueceu de comprar algo e foi embora. Do lado de fora do Beni Aoi estava esperando por ela e a sequestrou. Kaoru gritou e não sabia o que fazer, a cozinha estava pegando fogo, Kenshin sentiu que algo estava errado e perguntou onde estava Itsuko, ele saiu e encontrou o grampo de cabelo dela no chão.

Itsuko foi sequestrado e Katsu recebeu uma carta sobre isso, Kenshin fez uma visita a ele e descobriu que Katsu estava escondendo o dinheiro de alguém e o Beni Aoi o queria. Katsu deveria chegar às 2h em um templo e, se ele cooperasse, sua filha não seria prejudicada. Kenshin foi avisado para não vir, mas ele foi assim como todos os outros, incluindo Daigoro. Eles chegaram primeiro ao templo e Daigoro disse Itsuko, ela tentou correr, mas tropeçou, Daigoro avançou e foi esfaqueado.

Yutaro retorna ao dojo com o professor Hans. Yahiko vê Yutaro e eles têm uma luta amigável. Enquanto isso, os Cavaleiros Negros estão atrás do professor Hans e querem algo dele. Já que Yutaro está de volta, Kenshin e todos vão a um restaurante e comem para comemorar o retorno de Yutaro. A refeição terminou e o professor Hans e Yutaro saíram, quando Kenshin estava saindo ele notou alguém então ele ficou para trás. O professor Hans foi atacado e um mapa foi tirado dele, ele estava gravemente ferido e Yutaro não podia fazer nada, Kenshin interveio e lutou contra um dos homens, mas eles recuaram porque ouviram pessoas chamando Kenshin. O professor Hans foi trazido de volta para ser tratado e disse a Yutaro que havia um mapa sob o dojo e ele deveria proteger o remédio divino. Enquanto isso, os Cavaleiros Negros tinham o mapa e estavam comemorando que alguém causou uma confusão e se revelou.

Os Sanada Ninjas se juntaram aos Cavaleiros Negros na busca pela Medicina Divina, mas os Sanada Ninjas vão dominar o Japão. Enquanto isso, Yutaro está com o caderno do professor Hans, ele logo descobre que existe um remédio que pode curar qualquer doença. Os Cavaleiros Negros estão atrás da Medicina Divina para que possam vendê-la, ganhar dinheiro e começar a governar o mundo. Kenshin descobre que a Medicina Divina está em algum lugar no Mar de Suwa, então eles fazem uma viagem até lá, tentando encontrar alguma pista que Kenshin faça perguntas aos habitantes locais. Enquanto eles se movem, Sanada Ninjas atacam Kenshin e os outros, o Oniwabanshu ajudou e parou o ataque. Os ninjas recuaram e voltaram para a base, o líder daquele grupo estava ficando irritado com os forasteiros e estava discutindo com o líder dos ninjas, os Cavaleiros Negros entraram e lutaram contra aquele grupo em particular. Mais tarde, Misao acompanha Kenshin e eles se preparam para entrar na base de Sanada.

Kenshin e o resto continuam a usar suas dicas e procurar o remédio divino, de repente Yahiko não consegue mais andar, ele estava com febre. Um caçador apareceu e trouxe Yahiko e o tratou, ele deu a Kenshin mais algumas pistas de onde estava o remédio divino, Yahiko melhorou e eles foram embora. Depois de usar todas as dicas, Kenshin e os outros conseguiram entrar em uma caverna e estavam no caminho, finalmente perto do fim, o caminho estava aberto. Logo os cavaleiros negros chegam e incluindo o líder dos Sanada Ninja, Misanagi. Uma coisa que Yutaro não conseguiu ler foi o último parágrafo e o chão desabou e eles caíram no chão.

Kenshin e o resto caíram no subsolo e não tinham ideia do que fazer. Enquanto isso, Misanagi e os Cavaleiros Negros entram no caminho e começam a se mover em direção à medicina divina. Mais tarde, o gás estava vazando e em menos de meia hora Kenshin e os outros estariam perdidos. Sanosuke deu um soco na parede e a água saiu correndo, por isso eles conseguiram escapar. Lá fora Yutaro encontrou alguém, era um ninja chamado Kaita. Ele estava ferido e iria morrer se não fosse tratado. Yutaro trabalhou duro e tratou das feridas de Kaita, ele acordou e os ajudou usando um atalho para que pudessem ser pegos. Finalmente entrando havia três guardas, Zan, Ren e Baku, eles atacaram todos e Ren conseguiu anular um dos ataques de Kenshin.

Kenshin e Sanosuke continuam lutando contra Zan e Ren enquanto Baku passa despercebido. Sanosuke está tendo um pouco de dificuldade, mas com a ajuda de Kaoru, Sanosuke consegue derrotar Zan. Os sentidos de Kenshin estão sendo distorcidos e está tendo problemas com Ren, Kaita disse a Kenshin para atacar os morcegos, depois disso tudo ficou mais claro, Ren e Baku foram derrotados logo. Um morcego voou lentamente e tentou relatar de volta, Kenshin e os outros o seguiram e encontraram o remédio divino. O tenente Melder havia traído Misanagi e Schneider não iria tolerar isso, então ele lutou contra Melder, mas se machucou. Kenshin chegou e iria lutar contra o Tenente Melder.

Tenente Melder avança e ataca Kenshin, parece que Kenshin tem uma desvantagem e foi gravemente ferido, Melder continua a atacar, mas cria uma faísca e acende uma chama com o óleo no chão, o remédio divino começou a queimar rápido e Renz foi para obter uma amostra, mas Yahiko e Yutaro tentaram impedi-lo. Kenshin usa sua técnica de sucessão e derrota Melder, mas ficou gravemente ferido. Kaoru ajudou a levar Kenshin para um local seguro. Kaita ajudou a derrotar Renz e o colocou em segurança, Yutaro correu para as chamas e pegou uma amostra do remédio divino, Sanosuke correu e agarrou Yutaro. O remédio divino foi queimado e todos saíram, exceto Melder, o professor Hans se recuperou graças ao remédio e recebeu um relatório dizendo que os Cavaleiros Negros se entregaram e os Cavaleiros Negros restantes serão examinados de perto. Mais tarde, o professor Hans e Yutaro estão prestes a partir e Kenshin e o resto se despedem deles.

Um dia no dojo onde Yahiko está treinando, Yahiko está treinando com Misao e ela está decidindo que é hora de partir. Omasu, Ochika e Aoshi chegam e estão prontos para levar Misao de volta a Kyoto. Misao muda de ideia e decide que não quer voltar, e então as mulheres decidem ir às compras. As fêmeas vão embora e Sanosuke e Yahiko estão tramando algo, eles acreditam que vão comer alguma coisa sem eles, então eles vão junto. As meninas vão às compras e esbarram em um bolso de carteira, batem nele e recuperam o dinheiro. O batedor foi e pegou todos os seus homens, mas eles foram derrotados, enquanto Kenshin e Aoshi conversam e bebem chá, eles decidem dar um passeio e veem as garotas.

Dois clãs concorrentes de usuários de Feng Shui criam uma poderosa magia ao redor da terra onde Tóquio fica por volta de 1604. Após 275 anos, essa magia começa a se reativar e causar desastres em Tóquio. Após cada um desses incidentes, um homem que afirma ser um mestre do Feng Shui aparece para aconselhar as vítimas. No entanto, assim que o homem sai, um misterioso empresário aparece para oferecer seus serviços, como proteger pedras com o poder do Feng Shui. Quando o Akobeko pega fogo em um de seus fogões, Tae e Tsubame vão morar no Kamiya dojo, onde são atacados por calouros do Feng Shui após a visita do empresário, cujos serviços Tae recusou.

O Mestre Fusui Jinpu tinha acabado de salvar Kenshin, eles voltam para o dojo e ele explica tudo. Ele mostra o mapa a Kenshin e diz a ele que seu clã tinha uma formação Eigou que protegeria a cidade, o clã da água também queria uma formação, mas os dois entrariam em conflito, então eles tentaram destruir a formação Eigou. Agora o clã da água voltou e está criando sua formação. Já começou e o clã da água atacou o dojo agora o dojo e o restaurante não são mais necessários e a formação já começou.

Kaoru foi ferida e a única maneira de curá-la é ir para as montanhas e encontrar a fonte do dragão e pegar a água só então ela será curada. Jinpu cria um plano, ele e Kenshin irão buscar a água, Sanosuke e seu amigo encontrarão algum tipo de estátua e a destruirão e Yahiko ficará para trás para proteger Kaoru. Até agora tudo deu certo. Sanosuke está indo bem, e Kenshin e Jinpu estão a caminho. Enquanto isso, o clã da água está destruindo lentamente a formação Eigou, Kenshin e Jinpu finalmente conseguem chegar à montanha e Kenshin agarra a água, as cavernas começaram a desmoronar e Kenshin e Jinpu saíram. O Ryu Myaku começou a se mover para o leste de Musashino e a batalha ainda não havia terminado.

Kaoru recebeu a água e ela começou a se recuperar, Kenshin e Jinpu partiram para Nikko vencer o Ryu Myaku antes que fosse tarde demais. Sanosuke e seu amigo procuraram pistas, finalmente conseguiram um livro que dava muitas pistas úteis. Era difícil de entender, então Sanosuke e seu amigo foram procurar o autor e ele explicou tudo. Kenshin e Jinpu chegaram a Nikko e a crista havia sumido, pistas e dicas foram sendo reunidas e os planos do clã da água começaram a ficar mais claros. Sanosuke encontrou Kenshin e Jinpu e explicou tudo, o Ryu Myaku mudaria de direção então eles foram até Senjo Gahara.

Kenshin, Sanosuke e Jinpu foram até Senjo Gahara e encontraram o clã da água, Jinpu foi e atacou Reisui, e Reisui usou sua formação e provou ser mais poderoso que Jinpu. Enquanto isso, o autor chegou e disse à polícia e ao amigo de Sanosuke para colocar a estátua do dragão no centro para parar o Ryu Myaku. O Ryu Myaku havia chegado e estava destruindo o local, atingiu a estátua do dragão mas estava apenas enfraquecido, Jinpu conseguiu detê-lo e o clã da água foi derrotado assim como o Ryu Myaku. O departamento de polícia reconstruiu lentamente suas estações e Kenshin se despediu de Jinpu.