京都から戻って間もないある日、剣心は夕食のおかずを調達するため、川へ釣りに出かけた。そこで剣心はある老人と会い、その地に古くから伝わるという「願い蛍」の伝説を語り聞かされたのだった。

剣心と薫は芝居見物の帰り道、悪漢に襲われていたジャガラタ国のシン王子とその忠臣・マルケス村上を助けた。翌日の晩餐会に、シン王子と瓜二つの弥彦が、代わりに出席することになったのだが…。

ある日、左之助は神社の境内で行き倒れていた犬を拾い、ノ太郎と名づけて面倒を見ることになった。だが、拳法使いのゴロツキ集団「拳和団」がノ太郎を狙って、左之助といるところを襲ってきた!!

七夕の日の前日、薫は牛鍋屋「赤べこ」の妙さんから、西洋に伝わる婚約指輪の風習を教えてもらう。七夕の日に大好きな男性から指輪を贈られると幸せになれると聞いた薫は、ひとり妄想の世界に…。

京都に、自らを「神の子」と名乗る暗殺者が現れ、謎の予告状のとおり、旧幕府の要人が殺される事件が勃発した。正体を見定めようとした操だったが、暗殺者の術を受け、昏睡状態に陥ってしまう。

暗殺者の正体は飛天御剣流の使い手・天草翔伍だった！京都に着いた剣心たちは、翔伍と一戦を交えて負傷した張から彼の強さを聞く。一方、左之助は山奥で奇妙な集会を開いていた小夜と庄三に出会う。

島原に「神の国」建国をもくろむ翔伍の野望を砕くため、剣心たちは長崎の地を訪れる。島原の地下洞窟に潜入した剣心と左之助は、翔伍の部下である宣教師・傀王が放った刺客に強襲されてしまう!!

翔伍の部下・源右衛門の案内で、岬で待つ剣心の元に姿を現した翔伍。ついに「飛天御剣流」を極めた者同士の壮絶な闘いが始まった。だが翔伍の「天上の剣」は、圧倒的な力で剣心を追い詰めていく!!

負傷した左之助と再会した小夜。左之助の手当てをした小夜は兄・翔伍の理想を否定する左之助に反発しながらも、惹かれていく自分にとまどう。一方、翔伍との決戦で、剣心は視力を失ってしまい…。

操が調べた情報により、翔伍と小夜の兄妹の過去を知った剣心たち。その頃、小夜はなくした「メダリオ」を探して「傀王の間」を訪れ、そこで翔伍暗殺をもくろむ、傀王の真の野望を目の当たりにする。

「聖霊の丘」で祈りを捧げる翔伍と88人の村人たちの周りを、軍隊が包囲していた…。翔伍は村人たちと殉教する覚悟を決める。一方、苦しむ小夜を抱えて、左之助はエルステン領事の元へ急いでいた。

エルステン領事の申し入れで「聖霊の丘」の攻撃は一時中断される。翔伍と再び対峙した剣心は降伏をすすめるが、翔伍にその声は届かない。「飛天御剣流」の理をかけた二人の最後の闘いが始まった!!

「神の子」から1人の人間に戻った翔伍は、88人の村人たちとともに、エルステン領事の尽力でオランダに移住することになった。一方、小夜の墓前で悔やみ続けていた左之助の前に庄三が姿を見せる。

島原からの帰途、赤間関に立ち寄り、ふぐ料理を堪能していた剣心たちは、店内で町のごろつき集団「天狗党」と小競り合いを起こした。その騒ぎに、突如「人斬り抜刀斎」を名乗る大男が現れて…!?

箱根の温泉旅館に立ち寄った剣心一行。だが剣心が大切な路銀を落としたため旅館で働くことに。そこで剣心たちは真の芸術を追い求める画学生・龍三郎と出会う。龍三郎は薫に一目ぼれしてしまい!?

剣心たちは暴漢に襲われていた勝海舟と、弟子の大五郎を助けた。海舟に破門を言い渡され、剣術を体得するため、神谷道場に居候することになってしまった大五郎。そこに海舟の娘・勝逸子が訪れる。

勝邸からの帰り道「紅葵」と名乗る賊に取り囲まれた剣心。不審に思った剣心は大五郎から事情を聞く。実は海舟は、西南戦争で西郷隆盛に資金援助を行った、と明治政府より嫌疑をかけられていた。

行方不明になった逸子を探す薫たち。剣心は事の真偽を確かめるため、海舟の元へ向かう。逸子をさらった紅葵は、逸子の身柄と引き換えに、徳川慶喜が海舟に託した隠し金を要求しているのだった!!

逸子を助けるため飛び出した大五郎は、懐に入れていた本が刀の切っ先を阻んだため、事なきを得た。剣心は紅葵の首領格・柴田を下し、黒幕・鉄馬の存在に気づく。海舟は鉄馬を諌めようとするが…。

神谷道場に懐かしい客人が訪れた。それは伊豆で起こった「雷十太事件」の際に知り合った塚山由太郎だった。だが由太郎の腕を治してくれたハンス博士はドイツの秘密結社「黒騎士団」に襲われる。

負傷したハンス博士に、聖なる霊薬を守ってほしいと頼まれた由太郎は、手帳を手がかりに剣心たちと諏訪へと向かう。黒騎士団と密約を交わした「真田忍群」偵察部隊は、剣心たちを突如襲撃する!!

旅の途中に偶然出会った猟師から情報を聞き、竜神湖の畔へ向かった剣心たち。だがそれは、猟師の姿に化けた御沙薙の計略だった。湖底を走る回廊の先に隠し扉を見つけて、剣心たちは潜入する!!

御沙薙の罠で奈落の底へ落ちた剣心たち。なんとか危機を脱した先で、深手を負った真田忍群の戒太に出会う。由太郎の治療で一命を取り留めた戒太とともに、剣心たちは再び霊薬の場所を目指す。

御沙薙は黒騎士団を「霊薬」のありかに導くが、メルダースは御沙薙との約束を守るつもりはなかった。卑劣なメルダースにシュナイダーは叛旗を翻す。そこに登場した剣心が、メルダースと対決開始。

聖なる「霊薬」を悪用し、暴利を得ようとするメルダース中尉の野望を、剣心が打ち砕いた。持ち帰った「霊薬」によりハンス博士の命も救われ、事件は一件落着。由太郎と博士はドイツへ帰国する。

神谷道場に長期滞在を続ける操を、憧れの蒼紫が迎えに来た。帰郷前に東京見物や土産物の購入をしようと、操は薫や恵達と連れ立って繁華街浅草へ。女性同士で、気の置けない楽しい時間を過ごす。

府内各地で天変地異が頻発。佐伯優之進と名乗る怪しい実業家が石碑を建て、異変を鎮静化している…。赤べこも異変に見舞われるが、石碑の建立を断ったとたん、剣心達は謎の式神に襲われることに!!

剣心達は、風水師「風一族」の陣風の味方により危機を救われた。佐伯の正体は「水一族」の幽水であることも判明する。そんな中、水一族が神谷道場に現われ、死に至る呪法を薫にかけてしまった。

剣心たちは薫にかかった呪法を解くため、武蔵野へ。一方、東京を守護してきた魔法陣が水一族の幽水により壊され、東京が危機に！

水一族の目的は、龍脈をぶつけることにより元老院に集まる政府の高官を葬ることだった。幽水は既に戦場ヶ原に風水の陣を敷き、府内に向けて龍脈を発動させんとしている。剣心は戦場ヶ原へ急ぐ!!

風と水、相容れぬ立場にある風水師同士が、命をかけて究極の技をぶつけ合う。剣心の活躍も手伝い、陣風は龍脈を粉砕する強大なエネルギーを放つことに成功。からくも東京府は壊滅の危機を免れた。