突如、神谷道場にやって来た謎の男・藤田。彼の目的が剣心だと察知した左之助は闘いを挑むが、なす術なく倒されてしまう。なんと藤田の正体は、元・新撰組三番隊組長、斉藤一だったのだ…。

道場へ戻った剣心に、斉藤から決闘の申し入れが届く。しかし、決闘の場で剣心を待っていたのは、暗殺者・赤末有人だった。赤松を一蹴し道場へ帰る剣心。すると道場には不敵な斎藤一の姿が…。

かつての宿敵である斉藤一との壮絶な闘いの中で、次第に“人斬り抜刀斎”として覚醒していく剣心…。ついに2人が決着をつけようとしたそのとき、明治政府内務卿・大久保利通が道場に現れる。

大久保から志々雄暗殺を依頼された剣心は、答えを出すため大久保の元へ向かう。しかし大久保は志々雄の刺客の手で暗殺されてしまう…。剣心は志々雄の謀略を断つべく、京都への旅立ちを決意する。

剣心に別れを告げられ、ふさぎ込んでしまう薫。ただ哀しむばかりの薫を、恵は一喝する。叱咤により恵の切ない心中に気がついた薫は、自分の心と向き合い、弥彦とともに剣心を追う決心を固める。

志々雄の側近・瀬田宗次郎は、四乃森蒼紫の力量を知るため、蒼紫の元に阿武隈四入道をしむける。阿武隈四入道を一蹴した蒼紫に宗次郎は、気が向いたら京都を訪れるように言い残し去って行く。

箱根の山中で追いはぎをしていた少女・巻町操と出会った剣心は、操が四乃森蒼紫の行方を捜していることを知る。一方、操は、剣心から蒼紫の情報を聞き出そうと、剣心に付きまとうのだが…。

森の中で、三島栄一郎から弟・栄次を託された剣心と操は、栄次の両親を救うために新月村へ向かう。しかし村で剣心たちが目にしたのは、志々雄の部下・尖角に惨殺された栄次の両親の姿だった。

新月村で斉藤と合流した剣心は、瀬田宗次郎の出迎えを受け、ついに志々雄真実と対峙。しかし、謀略を止めるために志々雄に剣を抜いた剣心に、栄次の両親と栄一郎を惨殺した尖角が襲いかかる。

剣心の｢龍翔閃｣を見た志々雄は、宗次郎にその場を預け、｢京都で待つ｣と言い残して去る。残った宗次郎と対峙する剣心。2人の刃が交錯したそのとき、なんと剣心の逆刃刀が折れてしまう…。

剣心を追い京都へ向かう途中の森で道に迷った左之助は、悠久山安慈という僧に出会う。岩をも砕く｢二重の極み｣という極意を使う安慈に、左之助は強くなりたい一心から、伝授を願いでるが…。

操とともに、無事に京都に到着した剣心は、新たなる逆刃刀を求め、折れた逆刃刀の作り主である新井赤空の息子・青空の元を訪ねる。しかし青空は、｢人を殺める刀はもう作らない｣と剣心に言い放つ。

新井赤空が最後に作ったという刀をねらう十本刀の一員・刀狩の張は、青空の息子・伊織を人質に取る。伊織を救うため、張と対峙した剣心は、刀が無いために、張の殺人奇剣に苦戦を強いられる。

志々雄に対抗するため、飛天御剣流の奥義習得を決意した剣心は、かつての師匠・比古清十郎の庵を訪れ、伝授を乞う。しかし比古は奥義の伝授を拒否。そこへ、剣心を追ってきた薫と弥彦が現れる。

蒼紫が志々雄と同盟を組んだことを知った翁(柏崎念至)は、御庭番衆・御頭としての誇りを失った蒼紫を、自らの手で葬ることを決意。忍装束と鋼の鉤棍を手に、蒼紫に一対一の勝負を挑むのだが…。

飛天御剣流・奥義の伝授を受ける剣心。しかし師匠・比古清十郎は剣心が｢欠けているもの｣に気がつかない限り、奥義会得ができないばかりか、比古の｢九頭龍閃｣で命を落とすことになると告げる。

斎藤一と会うため、京都の獄中にいた左之助は斉藤と再会。同じく捕らえられていた十本刀の一員・張から、志々雄の陰謀を聞く。一方、志々雄の元には、全国から精鋭部隊・十本刀が集結する。

張から聞いた志々雄の陰謀｢京都大火｣。その計画に疑問を持った剣心と斉藤は、｢京都大火｣の裏に志々雄の真のねらい｢東京への砲撃｣が隠されていると見抜き、阻止すべく左之助とともに大阪へと急ぐ。

大阪湾へ到着した剣心一行は、志々雄有する大型甲鉄艦｢煉獄｣の出航を命がけで阻止。怒りに燃える志々雄は、比叡山六連ねにあるアジトで闘いの決着をつけようと剣心に告げ、その場を去って行く。

志々雄のアジトに乗り込んだ剣心、左之助、斉藤の3人。最初に彼らを待っていたのは、左之助に｢二重の極み｣を伝授した悠久山安慈だった。左之助は、安慈の信念を確認するため決闘をかってでる。

左之助の放った渾身の｢二重の極み｣が安慈を直撃。しかし、安慈が懐に入れていた位牌でその威力は削がれてしまう。位牌によって難を逃れた安慈は、悲痛な面持ちで破戒僧となった過去を語り始める。

安慈を下した剣心たちを次に待っていたのは、十本刀の中でも1、2の実力を持つ魚沼宇水。対することになった斉藤は、剣心たちを先へ進ませ、｢心眼｣の使い手である宇水と激しくぶつかり合う。

先を急ぐ剣心が鋭い剣気を察知した部屋には、四乃森蒼紫が佇んでいた…。最強と謳われた“人斬り”の剣心と闘うため、すべてを捨ててきた蒼紫に対し、剣心は“緋村剣心”として闘うことを告げる。

互いの剣技を駆使し激突する剣心と蒼紫。蒼紫は、闘いの最中に投げかけられる言葉の数々を聞き、かつての自分を取り戻していく。そして自身が“前”へ進むため、全力を尽くして最後の勝負に挑む。

志々雄の十本刀たちの襲撃を受けた京都・葵屋では、激しい攻防が繰り広げられていた。葵屋を守ると剣心と約束した弥彦は、空中からの爆撃を得意とする飛翔の蝙也に、1人立ち向かっていく。

轟音とともに突如出現した、破軍の才槌老人と不二。不二の桁外れの巨体と力を目のあたりにした葵屋の面々は、ただ圧倒される…。そんな葵屋の窮地に現れたのは、剣心の師匠・比古清十郎だった。

新月村での決着をつけるべく、剣心の前に立ちはだかる十本刀の最後の1人・天剣の宗次郎。天賦の剣の才能に加え、神速をさらに超えた神速｢縮地｣を使う宗次郎に、剣心は背後を取られてしまう。

｢強ければ生き、弱ければ死ぬ｣という志々雄に教えられた弱肉強食の理念で闘う宗次郎だが、剣心の｢不殺｣の信念に触れ動揺を覚える。そして心の奥底に封じ込めていた、幼き頃の惨劇を思い出す。

幼き頃、生き残るために人を殺めた宗次郎。しかし、その心は今も後悔の念に震えていた…。貫いてきた理念と自分の心との矛盾に気がついた宗次郎は、自らを肯定するためにも剣心を倒そうとする。

志々雄が待つ「大灼熱乃間」にたどり着いた剣心。日本の命運をかけた剣心と志々雄の最終決戦の幕がきって落とされた！満身創痍で剣心は果敢に攻めるが、志々雄の壱の秘剣「焔霊」が剣心を襲う!!

志々雄がとなえる「自然の摂理」という志々雄に、剣心は憤りを覚え、全身全霊をかけて抗う。だが志々雄の弐の秘剣「紅蓮腕」を受け、ついに剣心は倒れてしまう。そのとき突如、斎藤が現われ…!!

斎藤に続いて左之助も倒れ、志々雄の圧倒的な力の差を前に苦戦する蒼紫。そのとき蒼紫の背後で、強烈な剣気をまとって剣心は立ち上がった。極限状態を超えた剣心は神速の五連撃を志々雄に放つ!!

二人の剣客が雌雄を決する闘いの最終局面！剣心の「天翔龍閃」を受け、悶え苦しむ志々雄。志々雄を庇おうと、由美が間に割って入った一瞬の隙をついて、志々雄は由美ごと、剣心の身体を貫いた…。

志々雄のアジトから無事脱出を果たした左之助と蒼紫は、傷ついた剣心をかかえ、仲間が待つ葵屋に帰って来た。それから一ヶ月後のある日、刀狩の張が残された「十本刀」の処遇を伝えにやってきた。

東京へ帰る日を明日に迎えた剣心一行。出発の前日、京都で己の中の「人斬り」に決着をつけた剣心は、十年ぶりに墓参りに訪れていた。翌日、剣心たちは操に見送られて、東京への帰路に着いた…。