O breve período de paz do Kenshin-gumi é interrompido pela presença do ex-capitão do Shinsengumi, Saito Hajime - agora usando o nome de Fujita Goro e trabalhando para a polícia de Tóquio - desperta algumas das memórias mais sangrentas de Kenshin sobre o Bakumatsu. Saito chega ao Kamiya dojo disfarçado de vendedor de remédios e luta contra Sanosuke, ferindo-o gravemente no processo.

Sanosuke está começando a se recuperar dos ferimentos infligidos por Saito, mas a mente de Kenshin está muito perturbada. Akamatsu, outro assassino contratado pelo mesmo homem que está pagando Saito luta contra Kenshin puxando-o para fora, mas perde para Kenshin enquanto Saito chega ao dojo usando seu status de policial para entrar. Kenshin e Saito começam a lutar, apesar da tentativa de Kaoru de detê-los enquanto ela implora a Kenshin para não voltar à sua personalidade de Battousai.

A batalha entre Kenshin e Saito continua depois que Kenshin é esfaqueado pelo Gatotsu Sanshiki de Saito. Kaoru fica assustada ao ver a persona Battousai de Kenshin começar a emergir e começa a perder a esperança de que ela verá o gentil Rurouni novamente. No entanto, um dos superiores de Saito aparece e interrompe a luta no momento em que está chegando ao clímax e Kenshin volta ao normal após dar um soco no próprio rosto. Okubo explica a Kenshin que Shishio Makoto, o homem que assumiu a posição de Kenshin como o Shadow Hitokiri para o Ishinshishi sobreviveu ao ser queimado vivo e começou a reunir um exército para derrubar o governo, e espera que Kenshin possa derrotá-lo, com a ameaça de Megumi. sendo entregue para fabricação de ópio, a menos que ele cumpra. Megumi afirma que prefere morrer a ser usada como peão contra Kenshin, e ele tem um prazo para decidir.

Conforme o prazo para a decisão de Kenshin sobre ir para Kyoto se aproxima, Kaoru fica ansioso com a possibilidade de sua partida. Após o assassinato de Okubo por Seta Sojiro, Kenshin decide ir para Kyoto e se despede emocionado de Kaoru, dando a entender que é provável que eles nunca mais se encontrem.

Kaoru está profundamente deprimida e angustiado desde que Kenshin deixou Tóquio. Com a ajuda de Tae, Yahiko, Tsubame e principalmente Megumi, Kaoru recupera a coragem e decide deixar Tóquio para ir a Kyoto ver Kenshin. Saito também briga com Sanosuke, dizendo-lhe para não ir para Kyoto. Sanosuke sai sozinho, apesar do aviso de Saito de que ele será um risco para Kenshin.

Aoshi Shinomori agora escolheu o caminho do caos. Ele fará qualquer coisa para derrotar Kenshin, pois sente que isso provará ao mundo que o Grupo Oniwaban foi o lutador mais forte da Revolução. Aoshi derrota quatro monges que trabalham para Shishio, que deveriam apenas testar a força de Aoshi, mas se recusa a se juntar a Shishio depois que Sojiro tenta convencê-lo.

Makimachi Misao, a garota bandida, que Kenshin conhece na floresta, é membro do Grupo Oniwaban. Ela quer muito ver Aoshi e os outros quatro membros do Grupo Oniwaban, embora ela não saiba o destino dos quatro ninjas Oniwaban, e ela ainda não saiba o paradeiro de Aoshi. Misao se recusa a parar de perseguir Kenshin, pois acredita que ele pode levá-la até eles.

No caminho para Kyoto, Kenshin e Misao encontram um homem quase morto com seu irmãozinho nos braços, Eiji Mishima. O homem morre e Eiji quer vingar a morte de seu irmão matando Senkaku, o homem que matou seu irmão mais velho. Kenshin, Eiji e Misao viajam para Shingetsu Village, a cidade natal de Eiji, e lutam contra alguns dos soldados de Shishio. Saito e Kenshin deixam Misao e Eiji para trás, enquanto vão para a mansão de Shishio nas proximidades.

Shishio é então desafiado por Kenshin, mas Shishio se recusa a aceitar, dizendo que Kenshin é fraco como um andarilho, e que mesmo que houvesse 100 dele, Kenshin não poderia derrotar Shishio como Kenshin é agora. Shishio diz a Sojiro, seu braço direito, para lutar contra Kenshin. Shishio e Yumi saem da mansão. Sojiro e Kenshin usam a técnica de desenho battojutsu. A espada de Kenshin está quebrada em duas, e o Nagasoni Kotetsu de Shishio, que ele deu a Sojiro para lutar com Kenshin, também está gravemente danificado. Sojiro sai da mansão, dizendo a Kenshin para pegar uma nova espada antes de se encontrarem novamente.

Sanosuke se perde em uma floresta. Ele encontra um monge lá que atende pelo nome de Anji. Anji dá comida a Sanosuke. Sanosuke acaba convencendo Anji a ensiná-lo a usar o Futae no Kiwami, um soco muito destrutivo (tão destrutivo que pode pulverizar completamente pedras enormes em pó com um único soco). Sanosuke tem uma semana para aprender ou Anji o matará. Sanosuke finalmente descobre e parte para Kyoto.

Kenshin e Misao chegam a Kyoto. Lá, eles conhecem Okina e outros quatro membros do Grupo Oniwaban. Okina sabe que Kenshin é o lendário Battousai, o Assassino, no momento em que põe os olhos nele. Kenshin vai ver Sekku Arai, filho de Shakku Arai (Shakku foi quem fez a Espada Lâmina Reversa de Kenshin que quebrou) para obter uma nova Espada Lâmina Reversa. Sekku se recusa, dizendo que este é um tempo de paz e que todos os samurais jogaram suas espadas fora. Mais tarde, Chou, o caçador de espadas de Jupongottana, sequestra Iori, o filho bebê de Sekku. Kenshin exige que Chou liberte Iori.

Kenshin descobre que Sawagejo Cho sequestrou o filho do filho de Shakku para obter o trabalho final de Shakku para si mesmo. Kenshin é forçado a escolher entre manter sua promessa de não matar e salvar o bebê, decidindo salvar a criança e desembainhar a espada que lhe foi dada. No entanto, quando parece que ele quebrou sua promessa e matou Cho, é revelado que a espada que ele está segurando é o trabalho final de Shakku, Shinuchi, um sakabato, e Cho está apenas atordoado. Kenshin então sai para encontrar seu mestre, Hiko Seijuro, a fim de aprender a técnica final de Hiten Misturugi-Ryu.

Kenshin encontra seu mestre Hiko Seijuro vivendo como oleiro perto de Kyoto, mas Hiko inicialmente não quer aceitar Kenshin de volta devido à sua saída para se juntar à Revolução. Yahiko e Kaoru encontram Misao em Kyoto depois de saber que ela viu Kenshin saindo, e mais tarde leva o par agradecido até ele depois que eles encontram Okina no Aoi-Ya. Kenshin parece inicialmente chateado ao ver Kaoru, mas depois responde que está apenas "meio" zangado. Eles deixam Kenshin para treinar e, no caminho, a afiliação de Misao com os Oniwabanshu é revelada, bem como o fato de ela não saber do destino do grupo de Aoshi em Edo.

Misao nega depois de ouvir sobre as mortes dos homens de Aoshi e se desespera ao relembrar sua busca por Aoshi em todo o país, que terminou sem sucesso. Enquanto isso, Aoshi envia uma carta para Okina e eles se encontram em um mercado de Kyoto, onde Okina diz a Aoshi que seu desejo de matar Kenshin o transformou em um demônio e que, como líder do Oniwabanshu, Okina não pode permitir que isso continue. Seta Sojiro e vários outros Juppongatana encontram Aoshi e o convencem a se juntar a eles, pois compartilham o objetivo de destruir Kenshin. Após Okina sair misteriosamente com seu uniforme de shinobi, Misao percebe que os dois terão um confronto no templo e corre para pará-lo, mas prova ser tarde demais quando Okina cai para o Kaiten Kenbu Rokuren de Aoshi, e é informado por Aoshi que da próxima vez eles se encontram, ele vai matá-la.

O episódio começa com Seijuro Hiko relembrando o passado sobre quando ele conheceu Kenshin e enquanto eles continuavam o treinamento Kenshin finalmente provou ser digno de aprender a técnica final, então Hiko começa ensinando-lhe o Kuzu-ryusen, uma técnica onde atingirá 9 alvos de artes marciais ao mesmo tempo. Então Hiko instrui Kenshin a tentar o ataque. Kenshin usa o ataque perfeitamente, mas Hiko executou um de sua autoria e o resultado final é que Kenshin perdeu esta escaramuça devido à sua falta de peso e tamanho. Então, depois de aprender isso, Hiko proclama "você deve derrotar essa técnica com o ataque final". Depois de muito se preocupar com seus amigos, Kenshin finalmente procura dentro de si o que estava perdendo na vida e aprende a técnica definitiva, o Amakakeru Ryu No Hirameki, que é a vontade de viver, dita ser "mais forte que tudo". Embora ele tenha que pagar um preço muito alto.

Os Juppongottana se reuniram no templo de Shishio em Kyoto e estão prontos para iniciar o Grande Incêndio de Kyoto e seguir seu caminho para a vitória.

Sanosuke, Saito e Kenshin vão para Osaka para encontrar Shishio e seus homens a bordo de um navio. Eles encontram Shishio, e Shishio lança o Purgatório, um encouraçado de aço que ele pagou uma fortuna para conseguir. Shishio planeja usar o Purgatório para lançar um ataque a Tóquio.

Sanosuke usa o Futae no Kiwami. Anji o ensinou a impedir que as balas da metralhadora Gatling o atingissem. Ele então joga as bombas que Katsu deu a ele antes de deixar Tóquio direto para o Purgatório, danificando o motor e deixando um buraco no navio. O Purgatório eventualmente afunda, mas não até que Saito, Kenshin e Sanosuke saiam com segurança. Shishio lança um desafio; Kenshin só pode encontrá-lo em sua base e chegar até ele completando lutas um contra um. Kyoto também é poupado do Grande Incêndio de Kyoto, graças à intervenção dos Oniwaban, agora liderados por Misao.

Sanosuke, Saito e Kenshin viajam para o Monte Hiei no Santuário dos Seis Arcos para acertar as contas com Shishio. O primeiro desafiante do Juppongottana no santuário é Anji, o Destruidor, o homem que ensinou a Sanosuke o básico do Futae no Kiwami. Anji e Sanosuke duelam, e Sanosuke usa um ataque Futae no Kiwami com força total, chamado Kiwami Hazuchi, e derruba Anji. Sanosuke pensa que está morto, até que se levanta mais furioso do que nunca.

Anji e Sanosuke continuam seu duelo, e Anji renasce para a salvação depois de falar sobre seu passado e ser convencido por Sanosuke e pelas memórias das pessoas de seu passado de que ele estava fazendo a coisa errada todos esses anos por ser um destruidor. Kenshin e Saito seguem na frente para enfrentar Usui, o segundo desafiante do Jupongottana.

Uonuma Usui confronta Saito enquanto os outros continuam pela mansão de Shishio. A alegação de Usui de "Verdadeira Visão" é testada por Saito, que a vê pelo que realmente é - simplesmente uma audição superaprimorada adotada por Usui para compensar sua falta de visão. Saito percebe que Usui é de fato fraco, já que seu desejo de vingança contra Shishio o levou a se tornar um mero peão no jogo de Shishio. Um Usui enfurecido fere Saito usando o timbe, um escudo de tartaruga e bloqueia sua visão, no entanto, Usui não é páreo para o Zeroshiki de Saito, um movimento que Saito estava guardando para uma luta contra Kenshin.

Kenshin sente algo vindo do quarto de Houji, e então sente que é Aoshi Shinomori. Ele entra na sala e está determinado a manter sua promessa a Aoshi Shinomori e a Misao Makimachi lutando e trazendo de volta Aoshi para Aoiya. Ao entrar na sala, Aoshi o cumprimenta, e ele diz que jogou tudo fora, inclusive seus quatro companheiros, apenas para o momento do duelo com ele e Kenshin. Aoshi está determinado a vencer a luta e matar o Battousai, para reivindicar o título de mais forte.

Enquanto o duelo entre Aoshi e Kenshin continua, Kenshin está sendo atacado por Aoshi enquanto ele tenta dizer palavras a Aoshi para tentar acordá-lo; para fazê-lo se tornar o homem que costumava ser. Kenshin está determinado a devolver Aoshi ao que ele costumava ser: um homem carinhoso e feliz, para que ele possa trazer de volta o verdadeiro Aoshi para Misao e manter as duas promessas que fez a ambos. Aoshi percebe que o que ele tem feito está errado o tempo todo, e os dois usam seus ataques finais um contra o outro. No final das contas, Kenshin saiu vitorioso e Kenshin, Sanosuke Sagara e Yumi Komagota passaram para a próxima batalha.

A batalha no Aoiya continua, enquanto Iwanbo, Henya e Kamatari lutam contra o Grupo Oniwaban e Yahiko e Kaoru. Yahiko consegue derrotar Henya, depois de quase ser morto por seu ataque Hikku Happa. Depois disso, Kamatari, Kaoru e Misao lutam. Misao leva costelas esmagadas na luta contra Kamatari, e é incapaz de continuar até que ela acorde de um sonho com Hannya, e ela e Kaoru derrotam Kamatari por meio de um esforço combinado. Parece que eles venceram, até que dois outros membros do Juppongatana, Fuji e Saitsuchi, aparecem. As coisas não parecem boas para aqueles que permaneceram no Aoiya.

Apenas quando toda a esperança parece perdida, Seijuro Hiko aparece e luta contra Fuji. Ele conversa com Fuji e o faz perceber que estava sendo usado e pede uma luta justa. Ele derrota Fuji com o Kuzu Ryu Sen. O Aoiya está a salvo, mas Kenshin ainda tem que lutar contra Sojiro para lutar contra o próprio Shishio.

Sojiro e Kenshin têm seu segundo duelo, já que o da Vila Shingetsu nunca foi finalizado. Sojiro mostra a Kenshin o ataque Shukuchi, um ataque que o leva até seu oponente em um instante, porque ele usa um poderoso trabalho braçal. Kenshin consegue se machucar bastante na luta, e Sojiro não foi atingido nem uma vez. Ele até se esquiva do Kuzu Ryu Sen, um ataque que Hiko disse ser desbloqueável.

Enquanto Sojiro se ocupa constantemente em amarrar o sapato, ele pensa nos momentos de seu passado e em todas as coisas ruins que aconteceram nele. O passado de Sojiro é mostrado ao longo de todo o episódio. A família de Sojiro nunca o amou e só o queria para poder usá-lo. Eles o fizeram carregar centenas de baldes de arroz e, quando Sojiro devolve um balde de arroz para sua casa, um dos membros da família de Sojiro quebra o balde de propósito. Então, outra pessoa que gosta de causar problemas a Sojiro e usá-lo, chamada Yanosuke, chama seu pai que está lá dentro, culpando Sojiro por quebrar o balde. Ele então conhece Makoto Shishio, que poupou sua vida. Shishio deu a ele uma espada Wakizashi. Quando sua família o encurralou, ele os assassinou com esta espada. Então, Sojiro segue Shishio, enquanto Shishio diz a Sojiro que ele se tornará forte.

Continuando com o último episódio, Sojiro pensa um pouco mais sobre seu passado, e pensa na "sobrevivência do mais apto" de Shishio e na maneira de Kenshin de não matar pessoas. Sojiro fica muito confuso, sem saber em quem acreditar, e de repente desmorona durante a luta. Ele enlouquece e diz a Kenshin que ele só está atrapalhando, e que o próprio fato de ele estar na sala o deixa irritado. Sojiro então luta com Kenshin com toda a sua força, usando um ataque que ele chamou de Shu Ten Satsu, uma combinação da velocidade do shukchi e do Battojutsu do tenken. Então ambos fazem uma postura de Battojutsu. Kenshin sai vitorioso usando seu ataque final, o Amakakeru Ryu no Hirameki nele. Sojiro então diz a Yumi para devolver seu Wakizashi para Shishio, e também dá a Yumi os detalhes do ataque final de Kenshin, como um presente de despedida, Sojiro deixa o lado de Shishio para sempre, e Kenshin e os outros seguem para a batalha final com Makoto Shishio.

Enquanto Kenshin, Sanosuke e Yumi caminham para o topo da Arena Inferno, Kenshin pensa sobre seu passado e o que o espera a seguir, todo o caminho até onde o próprio Shishio está esperando. No entanto, Kenshin está pronto e preparado para a batalha final com o assassino conhecido como Shishio. Ao chegar à porta no topo, Yumi puxa o interruptor para abrir a porta. Shishio está parado no meio da arena e Houji também está lá. Depois de algumas palavras iniciais com Kenshin e Shishio, Shishio promete a Yumi que a batalha terminará rapidamente. Ele dá um beijo em Yumi, vai embora e a luta entre os dois assassinos começa! Shishio mostra seu primeiro ataque com a Espada Secreta, a Homura Dama. Ele então morde um pedaço do ombro de Kenshin.

A luta entre Kenshin e Shishio continua. Kenshin e Shishio então começam a falar sobre o maior shura de Shishio que ele treinou, Sojiro. Shishio não acredita que Kenshin entenda as leis da natureza, e então tenta mostrá-lo a Kenshin, usando o Homura Dama. No entanto, depois de criar um círculo de chamas ao redor de Kenshin, ele o pega e acende a pólvora escondida dentro de sua manopla. Este é o segundo ataque da Espada Secreta, conhecido como Guren Kaina. Isso nocauteia Kenshin, quase causando sua morte! No entanto, nem toda a esperança está perdida. Saito entra pela porta, usando seu ataque Gatotsu (o primeiro estilo). Devido a uma proteção de metal na testa de Shishio, isso não o afeta. Depois de tentar todos os estilos Gatotsu, Saito é nocauteado por Shishio. Sanosuke tenta atacá-lo, mas falha. De repente, quando toda a esperança parece perdida, Aoshi parece entrar em combate com Shishio.

Após uma breve conversa entre Aoshi e Shishio, os dois se envolvem em combate um com o outro. No entanto, mesmo com Kaiten Kenbu Rokuren de Aoshi, ele não pode derrotar Shishio. De repente, depois de ganhar tempo suficiente para Kenshin, o próprio Kenshin parece estar de pé! Devido ao seu espírito de espadachim, ele conseguiu sobreviver aos ferimentos causados pelo Guren Kaina. Agora começa a segunda rodada. Quando Shishio está prestes a acabar com Kenshin com outro Guren Kaina, ele se lembra da promessa que fez a Kaoru de voltar para Tóquio juntos. Ele então usa um combo de cinco golpes em Shishio, e faz o Ku Zu Ryu Sen, do estilo Hiten Mitsurugi. Shishio se levanta por causa de seu espírito de espadachim, e a rodada final está prestes a começar.

Voltando a se levantar após o Ku Zu Ryu Sen, Shishio se prepara para usar o último e definitivo ataque da Espada Secreta, o Kaguzuchi. Kenshin também se prepara para usar seu golpe final, o Amakakeru Ryu no Hirameki. Os ataques acabam se cancelando, mas o vácuo resultante imobiliza temporariamente Shishio. Sem perder a chance, Kenshin ataca. Shishio milagrosamente se levanta, mas como já se passaram muito mais de quinze minutos, seu sangue começa a evaporar. Com medo da vida de Shishio, Yumi entra correndo e implora a Kenshin para poupá-lo. No entanto, Shishio esfaqueia Kenshin através de Yumi! Ele está determinado a continuar lutando e Yumi morre, sabendo que ela fez algo útil pela primeira vez. A batalha está mais uma vez paralisada. Então, de repente, o calor escaldante do corpo de Shishio faz com que ele seja queimado vivo mais uma vez, desta vez de forma fatal.

Sano e Aoshi arrastam Kenshin inconsciente enquanto fogem do prédio em chamas. Eles finalmente escapam, mas Saito foi deixado para trás porque suas pernas estavam muito feridas para pular a ponte / passarela que desabou. Portanto, Saito agora é dado como morto. Chou, o Caçador de Espadas, também aparece para contar ao grupo o que aconteceu com o resto de Juponggottana. O episódio termina com Makoto Shishio, Yumi e Houji se reunindo no inferno, planejando como assumir o controle.

Yahiko visita o Monte Hiei e Sanosuke mostra a ele onde ocorreu a batalha com Shishio. Enquanto isso, Kenshin visita o túmulo de uma mulher desconhecida e coloca flores perto dele. Também neste momento, Megumi explica a Kaoru a gravidade dos ferimentos de Kenshin e que é importante impedi-lo de fazer algo tão perigoso novamente. Finalmente, a turma pega o trem para Tóquio, com Misao acenando para eles e dizendo para visitá-los novamente. Depois que o trem parte, Saito é visto dizendo que ele e Kenshin se encontrarão novamente um dia e acertarão as contas que eles têm. Quando a gangue chega à estrada para o dojo, Kaoru estende a mão e dá as boas-vindas a Kenshin. Kenshin sorri e diz: "É bom estar em casa."