神谷活心流の師範代を務める神谷薫は、活心流の名を騙る辻斬りを追っていた。辻斬りを見つけ、闘いを挑むものの 歯が立たない。そこに、自らを"流浪人"と名乗る剣客・緋村剣心が現れる。

剣心と薫が町で出会った少年スリ・明神弥彦。彼が関東集英組からスリを強いられていることを知った薫は、関 東集英組に単身乗り込む。しかし、博打でだまされ、弥彦とともに窮地に追い込まれる！

弥彦は町の人々に乱暴を働く剣客警官隊と遭遇し、立ち向かうが捕えられてしまう。その場に居合わせた剣心は、 彼らを押さえ込む。その時、剣心と幕末維新を闘ったかつての同志・山県有朋が現れた。

弥彦は町の人々に乱暴を働く剣客警官隊と遭遇し、立ち向かうが捕えられてしまう。その場に居合わせた剣心は、 彼らを押さえ込む。その時、剣心と幕末維新を闘ったかつての同志・山県有朋が現れた。

剣心と左之助の闘いが始まった。剣心相手に苦戦する左之助の脳裏に浮かんだのは、赤報隊一番隊隊長・相楽総三。総三と同じ理想を目指し、今も闘い続ける剣心の姿に、左之助は心を揺さぶられる。

政府要人を狙う暗殺事件が続発し、陸軍省幹部の護衛を依頼された剣心たち。暗殺者の正体は“黒笠”という異名を持つ鵜堂刃衛だった。刃衛は、剣心が“人斬り抜刀斎”だと知り、新たな標的に選ぶ。

剣心の怒りを誘うため、薫を連れ去った刃衛。剣心の“人斬り”の本性を呼び戻すべく、卑劣な手段で薫を苦しめる。薫を救うために“人斬り”に立ち戻った剣心は、刃衛にとどめを刺さんとするが…。

剣心と左之助は、青年実業家・武田観柳の私兵に追われる高荷恵という女性を助けた。その夜、隠密御庭番衆の火男と?見が、恵を奪還すべく神谷道場に現れる。弥彦は恵をかばい、負傷してしまう。

恵を救出するため、観柳邸に乗り込んだ剣心たち。苦戦しながらも、剣心は御庭番衆の1人、般若を打ち破る。剣心と左之助が恵の元へと急ぐが、御庭番衆御頭・四乃森蒼紫が2人を待ち構えていた！

蒼紫の小太刀から繰り出される必殺技「回転剣舞」が剣心を襲う。激しい闘いとなるが、蒼紫の一瞬の動きを見切った剣心が勝利。そこに突然、最新式の回転式機関砲を持ち出した観柳が現れた！

三条燕という少女と知り合った弥彦。彼女は、江戸時代より主従関係にある長岡幹雄に盗みの手引きを強要されていた。そのことを知った弥彦は、燕を救うため幹雄一派に1人で立ち向かう決心をする。

剣心たちは、兄弟子・千両山にいじめられ自信を失った力士・虎丸と出会う。見かねた薫は虎丸を稽古することに。妨害に現れた千両山の仲間を一蹴した剣心は、虎丸と千両山のサシの勝負を提案する。

雷光という男の罠にかかり、やぶ医者だと吹聴された恵。雷光は、人々から大金を巻き上げる偽の祈祷師だった。祈祷を受けるために絶対安静の娘を連れ出した夫婦を追い、恵たちは雷光邸に向かう。

暗殺集団“神風隊”を束ねる榊東馬は、兄弟子・佐々木平八郎を脅し、政府要人の暗殺を強要する。佐々木と同じ長屋に住む左之助はそれを知り、暗殺を阻止。次いで現れた剣心も東馬と剣を交える。

“神風隊”の黒幕から政府陸軍卿・山県有朋暗殺の命を受けた東馬。それを察知した剣心は、愚行をいさめるため、東馬を待ち構えていた。東馬は、必殺技「紫電連牙の太刀」で再び剣心に襲いかかる。

見世物小屋の恵比寿砲術団を見物した剣心たち。弥彦は、チンピラに襲われていた看板娘のマリモと父親を助ける。父親が重傷を負い、一人になったマリモのために、弥彦は興行の手伝いをかってでる。

比留間伍兵衛に挑発され、真剣での勝負を受けてしまった弥彦。剣心の逆刃刀を持ち出した弥彦は伍兵衛に捕えられてしまう。丸腰のまま伍兵衛に呼び出された剣心に逆刃刀を渡すべく、弥彦が走る！

伊豆を訪れた剣心一行は塚山由太郎という少年に出会う。剣客を夢見る由太郎は盗賊から助けてくれた石動雷十太に心酔し、自宅に住まわせていた。雷十太の目的は、伊豆で独立国を建てることだった。

海に落ちたところを剣心に救われた由太郎。薫から稽古を受けることになり、由太郎は剣術のすばらしさを知る。一方、雷十太の不穏な動きを察知した陸軍の特殊部隊は、塚山邸を包囲し始めていた。

塚山邸で雷十太と相対した剣心は、一対一の勝負を申し出る。激闘の中、闘いを止めようとした由太郎の右手に雷十太の秘剣「飯綱」が直撃。雷十太の卑劣な行為に対し、剣心の怒りが頂点に達した！

気晴らしにと、陸蒸気に乗り込んだ剣心一行。その車内には、積み荷を狙う強盗団が潜んでいた。そのことを知り、阻止しようとする剣心たちだが、待ち伏せしていた強盗団一味に襲撃されてしまう。

赤報隊の相楽総三の錦絵を描く月岡津南を訪ねた左之助。その正体は、赤報隊の同志・月岡克浩だった。赤報隊に汚名をきせた明治政府転覆を画策する津南の想いを汲み取り、左之助は協力を決意する。

左之助は“最後”とばかりに剣心たちを呼び出し、宴会を催す。その晩、内務省に侵入した左之助と津南の前に、2人の凶行を察知していた剣心が立ち塞がる。剣心の逆刃刀と左之助の拳が激突した！

海賊“海龍”から積み荷を守る用心棒として、千本屋の輸送船に乗り込んだ剣心たち。襲撃を受けた剣心は海賊の頭・朱羅と闘う。しかし、危険にさらされた薫に代わり、剣心は自分の身を差し出す。

朱羅は捕虜となった剣心に再戦を望むが、剣心の覚悟を感じ、決着を諦める。その頃、頭の座を狙う銀丈が銃器弾薬を手に入れていた。朱羅に銃弾が放たれた瞬間、剣心は朱羅を抱えて滝壷へ飛び込む。

仲間に裏切られた朱羅は、絶望のあまり自害しようとするが剣心に諭され、誇りを取り戻す。頭の責任を全うすべく、朱羅は独りで銀丈たちの元へ乗り込む。苦戦する朱羅の前に、剣心が駆けつけた！