Kaoru obriga Kenshin a ficar no quarto separado porque a viu nua enquanto tomava banho. Ele estava tentando perguntar se ela estava bem, mas pensou que ela estava quieta porque estava tentando se matar. (motivo = seus últimos alunos desistiram) Também perto do final do episódio, quando Kaoru convidou Kenshin para ficar com ela, ele disse que queria pode vê-la nua novamente. Ela deu um soco nele e se desculpou porque pensou que ele poderia se esquivar, visto que ele é o Battousai.

Depois de quase ser roubado pelo jovem menino de rua Myojin Yahiko, Kenshin se solidariza com o menino que se declara de uma família samurai. Após a morte de sua mãe, Yahiko foi forçado a trabalhar para a yakuza para pagar a dívida de sua falecida mãe. Kaoru vai resgatar o menino, mas se encontra em uma situação perigosa até que Kenshin apareça e derrote a yakuza sozinho. Kaoru então leva Yahiko como seu aluno a pedido de Kenshin, apesar da relutância de ambos.

Yahiko está descontente com os ensinamentos de Kamiya-Kasshin-ryū, querendo derrotar seus inimigos ao invés de proteger os inocentes. Um velho conhecido de Kenshin o convida para o serviço militar.

Hiruma Gohei, um homem que Kenshin havia derrotado anteriormente no episódio 1, contrata Sanosuke Sagara (também conhecido como Zanza por causa de sua arma característica, um zanbato) para derrubar Kenshin. Ele aceita, mas não pelo dinheiro.

Zanza retorna para lutar contra Kenshin, e revela o motivo de sua luta e seu passado com os Sekihoutai, onde seu capitão e companheiros foram usados como bodes expiatórios pelo governo. Kenshin o derrota e quebra o zanbatou, e eles se tornam aliados.

Funcionários do governo estão sendo assassinados. Jinei, um ex-hitokiri conhecido por sua atitude implacável, está fazendo isso e o governo pede ajuda a Kenshin. Quando Jinei vê Kenshin, ele percebe que tem um oponente digno e sequestra Kaoru, dizendo a Kenshin para encontrá-lo mais tarde.

Jinei sequestrou Kaoru para forçar Kenshin a voltar aos seus hábitos assassinos. Kenshin quase mata Jinei, mas Kaoru grita e ele o poupa. Jinei então tira a própria vida.

Um dos amigos de Sano morreu de ópio quando uma mulher misteriosa (Takani Megumi) aparece e precisa da ajuda dele e de Kenshin. Ela está sendo perseguida pelo Oniwabanshuu onmitsu, um grupo de elite de ninjas que protegia o castelo de Edo. Eles a protegem, mas Yahiko é envenenado.

Takeda Kanryū força Megumi a retornar ameaçando as pessoas no dojo. Sano a convence a voltar, mas Megumi é capturada por um dos subordinados de Kanryū.

O grupo vai resgatar Megumi, mas o grupo Oniwaban fica no caminho. Kenshin derrota Hannya por pouco e então ele e Sano confrontam o comandante Shinomori Aoshi. Aoshi derrota Sano com um golpe, e então ele e Kenshin começam a lutar.

Kenshin derrota Aoshi por pouco. Aoshi pede a Kenshin para acabar com ele, e quando Kenshin se recusa, Aoshi jura vingança. Kanryū aparece com uma metralhadora e mata os quatro membros do grupo Oniwaban, que morrem defendendo Aoshi. Megumi tenta se matar por seus crimes anteriores, mas eles a salvam bem a tempo. Aoshi enterra seus camaradas e jura que derrotará Kenshin por causa deles.

Yahiko conhece uma linda garota chamada Tsubame, que trabalha no Akabeko. Ela está sendo forçada a fazer uma cópia da chave do Akabeko por um grupo de bandidos, e Yahiko decide ajudá-la sozinho. Ele derrota os bandidos, embora com uma ajudinha do grupo.

Kaoru recebe Toramaru, um lutador de sumô que foi expulso de seu estábulo de sumô. O lutador líder teme ser ultrapassado e usa seu status para manter Toramaru no chão. Kaoru ensina Toramaru a ser autoconfiante e ele volta ao estábulo do sumô.

Megumi trata uma garota com um problema cardíaco com risco de vida, mas um curandeiro entra na cidade e começa a aparentemente fazer milagres para curar os doentes com somas exorbitantes, enquanto espalha rumores de que Megumi é uma charlatã. Quando a jovem é colocada em uma situação de risco de vida por causa do desespero de seus pais, o Kenshin-gumi corre para salvá-la antes que seja tarde demais.

O esquadrão Jinpuu está realizando assassinatos de vigilantes. Eles tentam forçar Sasaki, um professor local, a pegar sua espada novamente, mas Sano e Kenshin lutam contra eles. Toma, o líder Jinpuu, jura matar Kenshin.

Toma era um ex-aluno de Sasaki. No final das contas, o esquadrão Jinpuu é derrubado e Toma se arrepende de seu antigo mestre.

O grupo vai ao circo e Yahiko começa a gostar da garota "Canhão Humano", Marimo. Um chefe de circo tenta sabotar o show e fazer Marimo trabalhar para ele, mas o Kenshin-gumi entretém a multidão até que Marimo encontre a mistura certa de pólvora e voe do canhão.

Hiruma Gohei retorna e contrata os irmãos Onizaki para matar Kenshin. Gohei engana Yahiko para trazer a espada de lâmina reversa para ele, e então ele amarra Yahiko. Kenshin é derrotado pelos irmãos Onizaki, mas Yahiko escapa e traz a espada, permitindo que Kenshin vença.

Os Kenshin-gumi vão de férias para Izu. Lá, um menino rico Yutaro cai sob a influência de Raijuta, que pretende criar um reino com seus guerreiros. Kenshin luta contra os homens de Raijuta pelo bem de Yutaro, mas eles levam a melhor.

Kenshin deixa os guerreiros de Raijuta para salvar Yutaro do afogamento. Kaoru ensina a Yutaro o estilo Kamiya Kasshin de esgrima, embora ele não entenda seus aspectos morais. Os militares atacam Raijuto e sua gangue.

Kenshin interrompe a batalha desafiando Raijuta para uma batalha individual. Ele descobre o truque do corte a vácuo de Raijuta e o derrota. Yutaro é ferido na batalha e decide se mudar para a Alemanha para obter melhores cuidados médicos.

Os Kenshin-gumi fazem uma viagem de trem para Yokohama para se divertir. Segue-se um roubo de trem e eles derrotam os ladrões. O tempo todo, Sanosuke reclama que a tecnologia é obra do diabo.

Sanosuke dá uma festa no Kamiya Dojo para todos. Mal sabem todos, exceto Kenshin, que Sanosuke está realmente planejando deixar o grupo Kenshin para sempre para reviver o Sekihoutai há muito perdido com seu amigo Katsuhiro. Kenshin vai impedir Sanosuke e Katsu de destruir o Departamento de Assuntos Internos com bombas. Kenshin para Sano, e Sano se junta ao grupo de Kenshin, e Katsu para de fazer bombas.

Neste episódio, Kaoru finalmente se cansa de Kenshin, Yahiko e Sanosuke rondando o Kamiya Dojo, sem trabalhar ou pagar qualquer dinheiro para ajudá-la a alimentar todos. Eles se sentem mal e saem em busca de um emprego para ajudar a pagar suas despesas. Eles se inscrevem para uma equipe de guerreiros que foram contratados para capturar os piratas Kairyu, um grupo de rouges bizarros que tem invadido navios de seda em alto mar. No cruzeiro, eles encontram Kaoru, que também se inscreveu para arrecadar dinheiro para o dojo. Eles ficam surpresos ao se verem e Kenshin está preocupado com a segurança de Kaoru. Os piratas Kairyu são conhecidos por sua violência, e alguns chegam a chamá-los de demônios. Seu líder, Shuura, é um lutador mascarado implacável com nunchaku. Durante a noite, Kenshin está tomando ar. Kaoru sai e eles compartilham um pequeno momento. É interrompido, no entanto, quando eles veem os piratas Kairyu se aproximando.

Shura e Kairyu pousam na Ilha Kairyu com Kenshin. Shura não tem coragem de matar Kenshin, então Ginjo, um dos Kairyu que quer ser o novo líder em vez de Shura, elabora um plano para matar Shura e se tornar o líder em seu lugar. Shura leva um tiro na perna de Geki, outro de seus seguidores que agora se juntou a Ginjo.

Kenshin ajuda a cuidar de Shura de volta à saúde, então Shura descobre que Ginjo deu ópio ao Velho Iwa. Shura sai para lutar e derrotar Ginjo. Ela é derrotada por ele, já que ele pregou uma peça suja nela. Kenshin então entra e usa o Ryu Tsui Sen para encerrar a luta. Geki então lança uma bomba, destruindo a Ilha Kairyu e todos os seus habitantes, exceto Kenshin e Shura.