明治十一年，东京下町流传「拔刀千人斩」杀手，连续於夜间出没，滥杀无辜，并自称师出神谷活心流，使得神谷道场的代理师父「神谷薰」急得四处搜寻。在误打误撞之下，神谷薰认识了浪人绯村剑心，并在其帮助下找到凶手原是当年被薰父逐出师门的比留间伍卫。「假拔刀斋事件」落幕，薰感激之馀，诚心留下浪人，央求他协助重振神谷道场。

「假拔刀斋事件」後，神谷道场的弟子流失殆尽，仅剩下食客绯村剑心。一日，小薰不耐日子的沈闷，硬是耍赖要剑心请大伙上街吃火锅。不料，路上竟遭小扒手(明神弥彦)所窃，小薰不服，逮到小扒手理论，剑心不以为忤，欲将钱包给弥彦，反遭自尊心极强的弥彦所悍拒。弥彦因无钱偿债，而被一帮混混痛打，小薰一时义愤挺身相助，使得二人深陷危境，幸亏剑心及时赶到，化解危难。弥彦深为小薰的奋不顾身之义气所感动，亦为仰慕剑心之高强剑法，在剑心的撮合之下，遂投入神谷活心流门下，成了小薰的头号弟子。

大批警察来到神谷道场抓拿剑心，小薰和弥彦因而得知原来剑心就是传说中的「史上最强」的剑士--拔刀斋千人斩。弥彦紧急上街欲通知剑心逃走，却因路见不平，当场和蛮横的剑客警官队大起冲突而被捕，险遭当场处决，幸赖剑心及时出手相救。特为游说剑心投效明治政府而来的山县有朋将军亦在此时出现，无奈剑心早已无意仕途，坚决辞谢将军所请。

小薰变卖爷爷生前画作，请大家上馆子吃牛肉火锅，却遇上一群高谈民主自由的酒鬼，起了摩擦，冲动的弥彦马上过去叫架，使得剑心不得不出面应付。此时，出现了一位身穿「恶」字袍的「打架专家」的斩左(相乐左之助)，俐落地赶走了那群酒鬼，在心怀鬼胎的比留间，看上斩左的身手，便私下雇他除掉剑心。斩左答应了，但不是为了钱，而是因为想和传说中的拔刀斋千人斩过招。剑心在不得已的情况下只好勉为其难地出面应战。

号称「打架专家‧斩左」的相乐左之助来意不善，扛著斩马刀执意与剑心一较高下，此举令小薰和弥彦十分担心。剑心逼不得已亮出逆刃刀，使出飞天御剑流而终於降伏了左之助。事後，左之助怅然道出为找维新志士复仇之因﹐经过剑心开导，左之助多年心结稍解，对剑心更添敬意，决意和他结为好友。

社会上出现了一位人称「黑斗笠」的杀人魔头，专杀维新志士出身的政府高官，而且在杀人前一定先送信通知准被害者，一时间，风声鹤唳，人心惶惶。剑心受警方之托到某高官府邸等待杀手「黑斗笠」刃卫的出现；黑斗笠认出剑心就是幕府末期的冷血杀手拔刀斋，於是改变目标，剑心反而成了「黑斗笠」下次的狙杀对象。

为了营救被「黑斗笠」劫持的小薰，剑心依约来到指定的决斗场所，但仍不愿开戒杀人，而被黑斗笠所击伤。然而黑斗笠处心积虑要剑心回复到以前的杀手身份，要和真正的「拔刀斋千人斩」一较高下，於是向一旁的小薰展以密技「心之一术」，令小薰濒临死境。剑心怒不可遏，潜藏的杀气爆发，随即制住敌手，欲下手杀人，紧急中，小薰拼命发声喝止，让剑心免於破了杀戒。然而，偏激孤执的黑斗笠却不领情而拔剑自尽。

剑心和左之助无意间救获一名被歹徒追杀的神祕女子高荷惠，才知她所得罪的是巨商武田观柳。观柳命密探头子苍紫派人去把她自神谷道场抓回来，苍紫於是命手下恶见前往处理，恶见派出喷火高手「丑男」前去要人，然而在一阵决斗後，「丑男」被左之助打败。恶见心有不甘，於是放暗器想致小惠於死地，不料弥彦却挺身出来挡了这一记毒标，小命奄奄一息‧‧‧。

原来神祕女郎小惠乃出身於会津的医药世家，父亲是一代名医，因为会津大战不幸丧生，母亲和两位哥哥也下落不明。富商武田观柳实为军火贩子，他为求财富，不择手段，胁迫小惠制造鸦片，图谋厚利。小惠不愿辱没门风制造鸦片害人，遂逃出观柳之处，而中途为剑心所救。然而观柳却不肯放手，威胁小惠乖乖回去，否则派人放火烧了道场。小惠不愿殃及无辜，遂不告而别，重回观柳处。这厢剑心等人却决意把小惠救出虎口。

剑心等人为了营救小惠，决定硬闯观柳邸。观柳知道剑心就是拔刀斋，欲重金收买想为贴身护卫，反而惹火了剑心。狡诈的观柳提出一个小时後交出小惠兔脱而去。一小时之後，赫然惊觉密探头子--苍紫所率领的御庭番众已经在屋内设好层层关卡，严阵以待。剑心等人一一硬闯，最後终於来到苍紫面前。苍紫不愧为江户城御庭番众的头目，几招之内便将剑心打得口吐鲜血‧‧‧。

剑心等人闯进观柳邸救小惠，连过几关後，剑心终於和头目苍紫正式交手。起初剑心处於下风，後来终於打败了苍紫，苍紫要求剑心一刀将他了结，四个御庭番众部下都出来劝阻，但苍紫依然执意要求剑心的最後一刀。然而下定决心不再杀人的剑心，还是没有杀他。後来，观柳见苍紫和御庭番众都不再听命於他，於是一怒之下抬出机关枪拼命的扫射，四个御庭番众全部葬生在枪口下，最後剑心一剑毁了机关枪把手，才救了其馀的人。小惠被救出後到玄齐大夫处继续学医术，立志成为一个好医生。

虎丸是一名相扑力士，因为潜力雄厚，被位居大关的师兄千两山忌妒，不择手段当他赶出相扑场。後来遇到好心的小薰收容他，还陪他一起练相扑。千两山知道虎丸没有放弃相扑，反而在剑道场加紧练习，遂萌生歹念欲将虎丸除之而後快。小薰为了保护虎丸，独力对付一群相扑力士，力士推倒石灯打算压死小薰，却被虎丸一掌推开。後来剑心和左之助赶到，摆平了其他力士，让千两山和虎丸单独较量，虎丸果然发挥实力打败了千两山‧‧‧。

玄齐大夫不慎扭到腰卧床休息，小惠於是代替玄齐看病，因为是个女医生，病人多少都怀疑她的医术，但小惠依然秉持仁医救人。一天，卍字帮的坏蛋和雷光联手，以假法术假病人诈骗村人，许多病人因而花大钱改找雷光大师看病。剑心等人看出这个骗局，直捣卍字帮巢穴，打得一帮人落花流水，救出了命在旦危的病人，破了这场骗局。雷光还突然大叫肚子痛，恳求小惠高抬贵手救他，弄得众人啼笑皆非。

社会上出现一群自称『神风队』的暗杀集团专杀一些贪官污吏，自许为正义之士。然而神风队的背後其实是位野心高官为铲除异己所利用之工具。神风队的东马队长心性偏激，苦逼早已退隐的师兄--私塾平八郎老师再度握剑杀人。......就当平八郎即将再度握剑杀人时，左之助和剑心出面阻止了他，并且打退了神风队。

东马受到野心政客桥爪的利用，组织了神风队暗杀集团，专门暗杀和桥爪对立的军政官员，而曾任京都巡查组的平八郎，以及陆军大臣山县将军，甚至绯村剑心都在名单之内，而平八郎更是以前东马的同门师兄。剑心得知这个消息後，前去阻止东马杀害陆军大臣，谁知东马执迷不悟，硬要和剑心过招，却一招就被剑心击倒；师兄平八郎也出面苦劝东马，放下屠刀接受法律制裁，而东马知道他被政客利用後，也十分懊悔，甘心接受法律制裁。

剑心等人上街逛街，遇见一个「惠比须炮弹术团」，此乃类似特技表演团，里面有个少女进入大炮里，然後由大炮射出直飞靶心的特技。由於惊险刺激，吸引了许多观众。然而隔壁的传统特技表演却无人问津，引来老板墨田的妒意，设计加害炮弹术团的团长，害他受重伤无法演出。後来因剑心等人出手搭救，还在舞台上表演了剑心的飞天御剑流剑法，将墨田手下一干为非作歹的特技演员打得落花流水，表演得以顺利演出，并且得到观众的鼓掌叫好，最後也将墨田送进了警察局。

弥彦凭著一把竹剑赶走在赤别户牛肉锅店行抢的强盗，事後自信满满，一直希望小薰跟剑心答应他使用真剑。但真剑容易伤人，剑心始终觉得不是好主意。一天，坏蛋伍兵卫又买通杀手想要剑心的命，蒙骗弥彦取出逆刃刀，并翻脸挟持弥彦，要剑心前来赎人。剑心为救弥彦，手无寸铁前往指定地点赴约，杀手施展法术将剑心困住，准备一举取下剑心的首级。‧‧‧‧‧‧危急中，弥彦挣脱捆绑，火速将逆刃刀送去给剑心，剑心终於轻松地擒下歹徒。

剑心等人到了伊豆花婆婆(玄齐大夫之妹)家度假，认识了当地望族之子--冢山由太郎。由太郎自小父母双亡，五岁便成了一家之主，傲慢的个性下却不失少年的正直之心。由太郎一直希望找个像他父亲一样厉害的师父习剑，碰巧遇上野心家雷十太带著真古流的同志来到伊豆企图在此独立建国，由太郎心仪他的剑术，遂拜雷十太为师。於是，雷十太趁机将真古流的同志带进冢山邸，筹谋建国计画。剑心得知消息後，十分担心由太郎的安危，一天终於和雷十太等人对上，为了救由太郎，败在真古流四大天王之手‧‧‧。

剑心击败雷十太一群人，从河里救出由太郎。然而由太郎醒来後并不由衷感谢剑心，只是嚷著要回家。弥彦知道他现在回家很危险，於是放话要由太郎打赢他才能回去，由太郎根本从未好好练过剑，虽然手持真剑，依然败在弥彦的竹剑下。小薰很欣赏少年由太郎，决定教他神谷活心流剑法，由太郎亦发愤习剑，企图在三天内击败弥彦。 ... 三天後，陆军包围了冢山邸，准备一举击溃真古流一帮人，由太郎得到这个消息後，匆匆赶回邸里。剑心等人也赶过去准备阻止这场战争，然而当他们抵达时已经开战了‧‧‧。

野心勃勃的雷十太率领旗下真谷流同志，与明治政府大批军警，双方於冢山砥开始一场廝杀，无数人因此丧命。剑心等人赶到为阻止双方继续残杀，决定和雷十太单打独斗一决胜负，以避免更多的流血发生。当剑心和雷十太准备过招时，由太郎出面相劝，雷十太不仅不与理会，还出手伤了由太郎，剑心看了十分愤怒，破了雷十太的祕剑饭纲，也把他给杀了。然而由太郎的右手因此无法练剑，决心前往德国找学医的叔叔疗伤。

明治初年，日本第一次从英国引进了蒸汽火车，当东京的新桥站到横滨站通车後，剑心和小薰等人也来坐火车，然而当时因为民智未开，许多人依然视火车为庞然怪物，左之助就是其中一个，吓得他在车上直打哆嗦。火车上遇见了一个盗贼集团想劫走商人的金币，还好剑心等人仗义相助才打退了盗贼，商人还送剑心金币以表谢意。到了横滨後，小薰提议大家拍照留念，然而照相这种新技术未能被大家普遍接受，甚至传言照相机是恶魔的机器，会把人的灵魂吸走，而左之助更是深信不疑，打死不肯拍照，最後还是在小薰的压迫下勉强拍了。

进藤带刀原是维新志士，维新後成了警察的高级干部，十年前他嫁祸给赤报队，害得赤报队被政府军给杀了，而左之助和月冈克浩就是当初赤报队幸存下来的两人。十年後，左之助再度重逢，克浩化名为月冈津南，成了一位很受欢迎的浮世绘画师，两人唯一不同的是，左之助遇见剑心之後已经放弃报仇；但是克浩这十年来却一直在准备报仇的工作。此时，进藤又率手下冒名赤报队馀党，四处烧杀抢掠，最後被左之助和克浩查出，两人联手把进藤的巢穴给毁了。

左之助和以前赤报队的同志月冈重逢，月冈花了十年的时间制造了许多炸弹，准备推翻明治政府，邀左之助一起参与行动，左之助明知事不可为，但为当年的同志之谊愿舍命相陪。为了答谢神谷道场好友对他的照顾，摆了一桌酒菜欢宴好友，众人未察觉这是生死离别宴，唯独剑心。当大家都酒醉入睡後，左之助和月冈会合，前往内务省，准备从内务省开始下手。不料，剑心早已恭候多时，誓死阻止他俩的复仇暴行。左之助为了月冈，再度和剑心过招，却也再度输给剑心，并且受了重伤，月冈为了帮左之助疗伤，只好终止这场行动。

剑心、左之助及弥彦三个人整天无所事事，完全没有收入，就靠小薰一个人教剑赚钱养他们，有一天终於穷到要三男个人分吃一条鱼，却还对小薰发牢骚，小薰气不过骂了他们一顿，三个男人只要外出找工作。结果他们来到一艘船上当保镖，保护船货免得被海盗抢走，上工那一天居然发现小薰也在船上当厨娘。後来船只果然遇到海盗「海龙」的袭击， ‧‧‧剑心为了救小薰，自愿和小薰交换，让海盗把他抓走‧‧‧。

剑心被女头目朱罗绑回海盗窝，原抱著必死的决心来到了海盗岛。然而朱罗却无意下杀手，只要求跟剑心再比试一次，因为剑心在刚才的一战中，故意对她手下留情。然而剑心却无意和她过招，因为她救了小薰一命，而且本质上她并不是个穷凶恶极的坏女孩，只是继承父业於趾高气扬。後来，朱罗手下的海盗造反，联合起来打算杀死朱罗，剑心挣脱绳索挺身相救，却不幸双双跌入深谷中，身死未明。

银丈等人不服朱罗的领导，群起反抗想致朱罗於死地，还好有剑心和忠心耿耿的猿次郎救了她。朱罗伤势稍愈後，请剑心带猿次郎和岩藏伯离开海盗岛，独自回村里找银丈算帐，银丈的武功在朱罗之下，没几招就被朱罗打败了，跪著求朱罗饶他一命，就在朱罗心软的时候银丈偷袭她的旧伤，将朱罗撂倒在地。此时，剑心出现了，使出飞天御剑流龙槌闪，一招便将银丈打败了。手下见银丈输了很不甘心，居然拿出弹炮对付剑心，却不慎引起了弹药库的爆炸，把整个岛都烧成了灰烬。此时，小薰等人也赶到了，和剑心带著受伤的朱罗乘船逃离了海盗岛。