As meninas vão secretamente a uma jornada de shows com Ricky Mathis (Ricky Mathis é uma párodia do cantor Ricky Martin) para resolver o mistério de que sua música está tornando os adolescentes malucos, delinquentes destrutivos. Não demorou antes que elas descobrissem que Sebastian Saga, um antigo guitarrista que perdeu seu braço esquerdo, queria conquistar o mundo com sua música (a qual Clover tinha se tornado escrava também). Sobrou para Sam e Alex salvar o mundo dos adolescentes malucos e de Sebastian. Em outro momento, Clover se apaixona por um músico chamado Damon.

As Meninas estão cansadas de todas as interferências de Jerry em suas vidas. Elas estão completamente infelizes, então, quando um homem jovem chamado Mac Smit se torna superior da WOOHP, alegando que Jerry tinha se aposentado. Mac deu férias para as garotas e presentes de mau gosto, mas elas devolveram tudo para não serem pegas no laço! As espiãs logo compreenderam que algo suspeito estava acontecendo, e que Mac era na verdade Tim Scam (seu nome ao contrário), um antigo agente da WOOHP que queria destruí-la.

As meninas vão para a África para proteger a rainha da Lyróbia de ser sequestrada. E descobrem que era a invejosa irmã da rainha, Makeda, quem estava tentando raptá-la usando aparelhos anti-gravidade. Em outro momento, Clover e Mandy competem para se tornar a rainha de boas vindas da escola.

Um vilão está fazendo todos os adultos do mundo agirem como crianças, usando tecnologia do mal disfarçada como um antigo modelo de brinquedos, particularmente na forma de uma boneca chamada “Pequena Anne”. Sam também é afetada, começando a se comportar como uma criança. Em outro momento, Clover tenta impressionar um garoto por agir como uma adulta.

Um pai interesseiro sequestrava ganhadores do Prêmio Nobel e transmitia a inteligência deles para seu filho para fazê-lo o estudante mais inteligente da escola. As meninas batalharam com o pai do garoto, já que este tinha a cabeça do tamanho de um balão de ar quente! Em outro momento, Clover estava ciumenta e furiosa quando Sam roubou seu papel na peça de teatro da escola.

Um vilão criou clones das meninas usando o DNA delas. Os clones estavam roubando todos os bancos dos Estados Unidos e fazendo com que Sam, Clover e Alex parecessem as culpadas. Jerry pensou que as meninas eram aquelas que roubaram os bancos e planejou implantar microchips no cérebro delas, mostrando quão grande é sua burrice, pois qualquer pessoa sensata investigaria o que elas estariam fazendo na suposta hora do crime.

As meninas foram mandadas para investigar os sequestros de cientistas que pareciam ser feitos por um cavaleiro, quando elas observam outro cientista sendo capturado. Prontamente, seguem o criminoso através de um estranho portal. O portal as transporta de volta à Idade Média! O criminoso queria se tornar o governante do mundo usando seu moderno conhecimento, e captura Clover para ser sua rainha. Sobrou para Sam e Alex detê-lo! Em outro momento, as garotas e Mandy são rivais em concurso de fantasias no Halloween.

As meninas são chamadas quando criaturas estranhas parecidas com bolhas drenaram o conhecimento e as memórias de vários de cientistas em uma conferência em Bora Bora. Elas também precisam lidar com Mandy, que decidiu que é a melhor amiga de Sam, após esta ter salvado o cabelo da garota, em um incidente na olaria. Em outro momento, as meninas estão se preparando para o dia da foto.

As meninas vão secretamente a um game show para descobrir por que os outros competidores estão desaparecidos. Em outro momento, Alex está tendo problemas com uma valentona na escola.

Uma agência de modelos têm sequestrado meninas bonitas e combinado partes de seu corpo para criar um exército de modelos perfeitas. A agência pervesa é governada por Tuesday Tate, uma ex-modelo que foi atacada por um leão que ela teve de domar em um ensaio e, posteriormente, perdeu sua perna há alguns anos atrás

As meninas vão a uma missão para descobrir porque ataques ameaçando vidas estavam acontecendo por acaso com as pessoas. Descobriram que era Adam, que havia criado um programa de computador chamado C.H.A.D., que havia pedido a ele que aprontasse com os outros.

Um vilão estava encolhendo monumentos e marcos históricos para criar seu próprio mundo em miniatura. Ele até mesmo conseguiu encolher Clover! Apesar de pequeno, este vilão poderia causar um grande problema. Mas as espiãs foram mais espertas e o derrotaram. Em outro momento, Clover procurava pelo estilo perfeito para vestir em um encontro, mas teve um problema porque ficou do tamanho de uma boneca.

Quando Alex e outras pessoas são abduzidos possivelmente por extraterrestres, as garotas entram em conflito com uma organização secreta.

Todo mundo estava ficando louco por Biscoitos da Paixão, uma nova marca de biscoitos deliciosamente viciantes. Os biscoitos faziam com que cada um que os comesse ficasse viciado, e também que ficasse extremamente gordo rapidamente. Clover comeu um biscoito como espiã investigadora, e se tornou desesperadamente viciada por eles, também!

As garotas investigavam o desaparecimento das Abelhinhas Animadoras de Torcida, que foram sequestradas pelas Viúvas Negras, um grupo rival que era treinado por uma mulher chamada Docinho Doce. As coisas ficaram mais estranhas quando uma delas teve um curto circuito e descobriu-se que todas elas eram robôs e iriam matar todos que estivessem na plateia do seu próximo show.

As meninas vão a uma missão para achar um cruzeiro desaparecido e seus passageiros, só que elas não achavam que uma estilista maligna era quem estava transformando as pessoas em animais híbridos.

Uma equipe antiga de espiãs que foram dadas como mortas retorna do nada, e todos se iludem à pensar que elas estão de volta do lado do bem. Porém, quando as espiãs antigas detonam uma bomba em uma missão "sem querer", Sam começa a suspeitar das espiãs, suspeitando se elas ainda são do bem.

Sam conhece James, um estudante de intercâmbio de Londres. O que ela não sabe é que seu namorado é um dos vilões que ela e as outras espiãs estão perseguindo. Na verdade, James é o ladrão que fugiu com uma fórmula inovadora que dá a ele a invisibilidade.

Um fabricante de Video games cria jogos que prendem os maiores em um mundo virtual. As meninas começam a "jogar o jogo", impedindo a vilã disfarçada de boazinha. Em outro momento, Alex descobre que a sua celebridade favorita é feita pelo computador.

Vários estudantes foram misteriosamente drenados de sua juventude. Eles mantêm seu corpo jovem, embora eles não estão nada ligeiros, eles têm sua composição química de pessoas bem mais velhas. As meninas investigam, e encontram o diário do diretor, o qual ele têm mantido desde o século 13.

Um mágico que acreditado morto, começa a secretamente roubar artefatos inestimáveis. Agora cabe as espiãs capturá-lo, mesmo com seus truques de mágica. Em outro momento, as meninas são rivais de Mandy em um concurso de fotografia.

As espiãs são enviados em uma missão para observar os comportamentos estranhos dos líderes mundiais. Em outro momento, Alex e Clover dizem que Sam é sem graça.

Alex e Clover investigam porque as lojas estão sequestrando pessoas ao redor do mundo. Em uma de suas investigações, Sam é raptada e é levada até um tipo de centro de treinamento. Em outro momento, Mandy coloca um perfume na bolsa de Clover, e os seguranças do shopping à acusam de o ter roubado.

As meninas investigam as diferenças bizarras de temperatura em todo o mundo que estão acontecendo de repente, e Clover acaba sendo raptada. Em outro momento, Clover não aceita ser chamada de "Rainha do Gelo".

Duas estrelas de cinema são raptadas pelo cineasta do mal Marco Lumière. As espiãs são enviadas para proteger a próxima vítima, mas mesmo com elas tentando proteger a estrela, a estrela é sequestrada. Alex se disfarça como a próxima estrela, como isca.