Em uma linha do tempo alternativa em que Tomoya e Tomoyo estão namorando, Tomoyo se torna presidente do conselho estudantil, mas rumores ruins começam na escola devido à má reputação de Tomoya. Tomoyo fica ocupada durante o festival da escola e continua assim enquanto tenta salvar as árvores sakura na cidade. Tomoya percebe que ele está segurando Tomoyo de coisas maiores, e apesar de ambos os lados serem relutantes, eles terminam. O tempo passa à medida que a reputação de Tomoyo aumenta e Tomoya e Youhei assistem ao lado através de suas muitas realizações, uma delas sendo finalmente salvar as árvores de sakura no inverno. Naquele momento, Tomoya e Tomoyo se encontram e conversam pela primeira vez em meses e decidem se tornar um casal novamente.

Um ano antes dos eventos do início da história, Tomoya está começando seu segundo ano e Nagisa é sua primeira vez como aluna do terceiro ano. Nagisa está tendo problemas para fazer amigos, como de costume, enquanto Tomoya e Youhei estão ocupados sendo delinqüentes e fazendo brincadeiras nas despesas de Kyou e, inadvertidamente, de Nagisa. Depois que Nagisa é nocauteada por uma panela de metal que Tomoya e Youhei montaram como uma brincadeira para os alunos do primeiro ano, uma colega de classe de Nagisa finalmente encontra a chance de conversar com ela e eles se tornam amigos. Nagisa mantém a faixa da brincadeira (com uma mensagem para instilar confiança escrita por Tomoya), porque ela sente que isso a atribuiu a fazer um novo amigo.

Tomoya conta a Ushio sobre os eventos passados ​​que aconteceram desde que ele conheceu Nagisa, até depois que Ushio nasceu e Nagisa sobrevive. Quando Ushio adormece durante a história, ele começa a se lembrar claramente de um conjunto mais trágico de circunstâncias. No final desta recontagem, Tomoya, com Ushio e Fuko que estão dormindo, são mostrados debaixo de uma árvore no momento, fazendo um piquenique. Ushio acorda, pouco antes de Nagisa ligar para os três, dizendo que é hora de voltar para casa.

Em uma linha do tempo alternativa, Ryou confessa seu amor a Tomoya e os dois começam a namorar. No entanto, Tomoya logo percebe que Kyou está agindo de forma estranha e a confronta. Kyou admite que também está apaixonada por ele, mas nunca confessou porque estava com muito medo de correr o risco de ser rejeitada ou ferir os sentimentos de Ryou. Isso cria um desconfortável triângulo amoroso entre Tomoya, Kyou e Ryou, levando Tomoya a finalmente admitir que ama Kyou. Ryou, já sabendo que Tomoya ama mais Kyou, incentiva Kyou a ter coragem de confessar. Ryou termina com Tomoya sem ressentimentos, querendo valorizar as boas e dolorosas lembranças que eles tinham juntos. Tomoya e Kyou então se tornam oficialmente um casal.