No caminho para a escola, um dia, Tomoya Okazaki conhece uma garota estranha falando sozinha chamada Nagisa Furukawa. Mais tarde, Tomoya conversa com Nagisa durante o almoço e descobre que está repetindo seu último ano do ensino médio, e quer se juntar ao clube de teatro agora dissolvido. Depois da escola, Tomoya vai à padaria da família de Nagisa e conhece seus pais; ele é convidado para jantar com eles.

Nagisa admite querer reiniciar o clube de teatro, e Tomoya ajuda Nagisa a criar pôsteres publicitários que eles colocam na escola. Na escola naquele dia, Tomoya conhece outras duas garotas: um estranho gênio chamado Kotomi Ichinose e um primeiro ano chamado Fuko Ibuki. Mais tarde naquele dia, Nagisa descobre que Tomoya costumava jogar basquete e o convida a jogar no dia seguinte. No entanto, mais tarde é revelado que seu pai machucou o braço de Tomoya em uma briga; Como resultado, ele não consegue mais jogar basquete.

Após os eventos da noite anterior, Tomoya vai ver se Nagisa está bem e descobre que ela esteve fisicamente fraca por toda a vida. Enquanto volta da padaria, Tomoya ajuda a tirar um congestionamento de um eletricista estranho e ele entrega seu cartão a Tomoya, descobrindo que seu nome é Yusuke Yoshino; Youhei revela mais tarde que Yusuke é um músico profissional aposentado. Depois da escola, no dia seguinte, Tomoya ajuda Nagisa a obter mais autoconfiança para o clube de teatro, agindo como um novo membro do clube, fazendo perguntas.

Tomoya encontra Fuko novamente na escola, e ela tenta convidá-lo para a cerimônia de casamento da irmã mais velha, mas Tomoya não está interessada. Tomoya leva Youhei para ajudar a reformar o clube de teatro, subornando-o com pão da padaria da família de Nagisa. Nagisa tenta obter a ajuda de Ryou e Kyou na reforma do clube de teatro, e Tomoya até tenta perguntar a Tomoyo e Kotomi se eles gostariam de se juntar; Tomoyo está tentando se tornar presidente do conselho estudantil e Kotomi não dá uma resposta. Tomoya e Nagisa depois vão ver Fuko sobre o clube, e ele descobre que Nagisa está supostamente inconsciente em um hospital.

Para ajudar Fuko a sair, Tomoya e Nagisa a levam para ficar na casa de Nagisa por enquanto. A família de Nagisa ajuda a esculpir mais estrela do mar em madeira, e na escola Tomoya e Nagisa ajudam a distribuí-las para os alunos. Mais tarde, Fuko fala sobre como ela queria assistir às aulas, mas nunca foi capaz. Tomoya faz acordos com Youhei, Kyou e Ryou para atuar como colegas na primeira turma do ensino médio de Fuko, e até Sanae vem como professora.

Tomoya e Nagisa convidam a irmã mais velha de Fuko, Kouko, para o Festival do Fundador. Enquanto isso, Fuko entrega mais estrelas do mar esculpidas para os alunos do festival, e seu fã-clube também ajuda a espalhar a notícia sobre o casamento de Kouko. Nagisa e Tomoya conhecem Tomoyo, que está usando uma roupa de urso para encontrar pessoas que estão causando problemas, e consegue bater em Youhei pela janela por incomodar uma garota. Quando Kouko finalmente chega, ela não pode ver ou ouvir sua irmã.

Tomoya e Nagisa convencem Kouko que Fuko gostaria que ela se casasse, apesar da condição de Fuko. Eles conversam com a administração da escola depois de descobrir que Kouko gostaria de se casar nas dependências da escola. Kouko informa que a condição de Fuko piorou e ela pode não acordar de seu coma, enquanto Youhei compartilha sua observação de que alguns estudantes não podem ver Fuko e outros estão começando a esquecê-la e os presentes que ela lhes deu.

Mais pessoas da escola não conseguem mais ver Fuko e agora até as pessoas próximas a Fuko no passado estão começando a esquecê-la. Primeiro você esqueceu depois que ele foi vê-la no hospital, seguida por Kyou e Ryou. Tomoyo consegue se lembrar com a ajuda de Tomoya. Mais tarde, Youhei consegue se lembrar de Fuko por um momento, mas não consegue mais se lembrar. Tomoya e Nagisa compram uma festa de aniversário para Fuko para animá-la. Quando eles voltam para a padaria, descobrem que o pai de Nagisa esqueceu Fuko e, embora a mãe de Nagisa não tenha esquecido completamente, ela não pode mais vê-la. Tomoya e Nagisa decidem levar Fuko de volta à escola por enquanto.

Tomoya, Nagisa e Fuko passam a noite na escola fazendo uma pré-celebração do casamento de Youko. De manhã, Tomoya e Nagisa se esqueceram de Fuko e não podem vê-la. Mais tarde, Tomoya e Nagisa sentem que há algo importante que estão esquecendo e, finalmente, lembram-se do casamento de Youko, que é também quando eles conseguem ver Fuko novamente. No dia do casamento, inicialmente os únicos alunos a chegar foram Tomoya, Nagisa e Fuko, mas após a cerimônia, é mostrado que todos que receberam uma estrela do mar vieram ao casamento. Fuko finalmente desaparece depois de agradecer a Tomoya e Nagisa pelo que fizeram e parabenizar sua irmã mais velha. Um boato ainda persiste na escola de Tomoya, em Fuko, como uma linda garota que está constantemente percorrendo a escola.

Como nenhum membro novo entrou no clube de teatro, Tomoya vai falar com Kotomi mais uma vez sobre a adesão. Tomoya a leva pela escola e a ajuda a se apresentar às pessoas para fazer mais amigos. Tomoya leva Kyou, Ryou e Kotomi para a sala de teatro depois da escola e, após uma rodada de apresentações, Tomoya pede que eles se juntem ao clube. Kyou inicialmente passa a chance, mas acaba cedendo depois que sua irmã diz que quer se juntar, e Kotomi se junta também. Durante a reunião, Kotomi sai quando ouve alguém tocando violino, mas quando lhe é dada a chance de tocá-lo, ela é dolorosamente horrível.

Kotomi ainda está tentando tocar violino, mas não melhorou nada; em suma, seu jogo é doloroso para quem ouve. Kyou teve a idéia de fazer Kotomi tocar seu primeiro recital de violino depois da escola, depois de amanhã, e nesse meio tempo Kotomi pode praticar. Um dia antes do recital, Tomoya visita Kotomi na biblioteca da escola e come sua deliciosa torta de maçã caseira. Logo depois, Tomoya adormece e tem um sonho muito estranho. No recital, Kyou chantageia vários alunos para que se apresentem como representante de classe. No final, Kotomi não melhorou nada, e o recital ainda era muito doloroso de ouvir. Quando Kotomi e suas amigas estão indo para casa, um homem estranho se aproxima de Kotomi, embora sai logo depois; Kotomi estava com medo dele

Kotomi devolve o violino a Rie Nishina e se torna amiga dela. Kotomi muda sua rotina habitual e começa a frequentar suas aulas. Devido à idéia de Kyou, ela, Ryou, Kotomi, Nagisa e Tomoya saem juntos como um grupo e se divertem na cidade. Enquanto estiver fora, Fuko aparece, mas ninguém se lembra dela.

Tomoya percebe que conheceu Kotomi quando criança, embora apenas ela tivesse se lembrado. Naquela época, Tomoya já havia visitado Kotomi com frequência e era sua única amiga. Por volta dessa época, no aniversário de Kotomi, seus pais foram embora por motivos comerciais, e mais tarde naquele dia ela descobriu que eles foram mortos em um acidente de avião.

Kotomi finalmente sai de casa e descobre que Tomoya trabalhou no jardim a noite toda e adormeceu. Quando ela volta para a escola, Tomoya, Kyou, Ryou e Nagisa estão esperando por ela. O estranho misterioso de quem ela estava com tanto medo, acreditando que ele queria roubar a tese de seus pais, também está lá. Kotomi e seus amigos descobrem que ele é seu tutor legal e que nunca houve notas escritas para a tese.

Para ajudar Nagisa a reformar o clube de teatro, suas amigas oferecem seus nomes para conseguir membros suficientes para se qualificarem, mas ainda precisam de um professor para aconselhá-los com o clube, o que os leva a pedir a Toshio Koumura. No entanto, ele já deve ser o conselheiro do clube coral, então Nagisa vai conversar com Rie Nishina sobre qual clube Koumura deve aconselhar. No dia seguinte, Nagisa encontra uma carta ameaçadora em sua mesa e Youhei descobre que era a amiga de Rie, Sugisaka, que estava por trás dela.

Quando Mei aparece, ela limpa o quarto imundo de seu irmão, mas não pode ficar no dormitório exclusivo de Youhei, então Nagisa se oferece para ficar em sua casa enquanto estiver na cidade. Tomoya e Youhei facilmente convidam Kyou para ajudar no jogo de basquete, e ela fica animada depois de um comentário sobre se juntar a esses perdedores.

Depois de assistir ao jogo de basquete, o clube do coral decide compartilhar Koumura com o clube de teatro, mas o conselho estudantil não permite. Nagisa entra em colapso na escola e não pode ir à escola por alguns dias. Durante esse período, Tomoyo começa a acordar Tomoya e Youhei antes do início das aulas, para que não se atrase mais. Kyou continua a criar situações em que Tomoya e Ryou estão juntos, como almoçar juntos.

Durante o tempo em que Tomoya é suspenso da escola, Tomoyo continua a ir a sua casa, acordá-lo e fazer o café da manhã, embora quando ela tenta lhe perguntar sobre o relacionamento dele com o pai, ele não responde. No domingo, quando Tomoyo o faz almoçar, Kyou, Ryou e Kotomi chegam cada um trazendo um monte de comida, e até Fuko aparece com comida; Tomoya acaba comendo tudo.

O clube de teatro é finalmente restabelecido e Koumura é compartilhado com o clube de coral. O professor da sala de casa de Tomoya vai à casa de Tomoya para perguntar ao pai sobre seu futuro, mas o pai de Tomoya diz que é algo que Tomoya precisa decidir por si mesmo. Vendo o relacionamento tenso entre Tomoya e seu pai, Nagisa se oferece para que Tomoya fique na casa dela por enquanto, o que ele aceita.

Depois de ouvir Nagisa falar sobre a história da peça que ela quer apresentar, Tomoya tenta perguntar aos pais de Nagisa sobre isso, mas eles não conhecem nenhuma história como essa. Depois que Akio pega Tomoya e Nagisa no galpão, ele pede para eles saírem, e depois leva Tomoya de lado para contar sobre o que aconteceu no passado.

Nagisa e suas amigas continuam praticando para a peça, como recitar trava-línguas, escolhendo qual música usar para a peça, iluminação e direção do palco. O pai de Nagisa aluga uma peça em vídeo, e Nagisa acha isso muito emocionante, além de ter sido a primeira peça que ela viu.

Depois que Nagisa descobre o passado secreto de seus pais, ela não consegue se esquecer de como arruinou seus sonhos e se torna emocional e deprimida. No dia do festival escolar, todo o clube de teatro percebe que Nagisa não é ela mesma e tenta animá-la, mas sem sucesso.

Agora é durante as férias de verão, mas apesar de já estar saindo há semanas, Tomoya e Nagisa ainda estão muito nervosas com isso e não fizeram muito para progredir no relacionamento, o que é um choque para os amigos. Mei volta para outra visita e depois de aprender sobre o atual relacionamento estagnado de Tomoya e Nagisa, decide ser seu cupido pessoal de amor, a fim de avançar as coisas. Mei pensa em um plano que Nagisa tenta seguir, apesar de às vezes ser muito embaraçoso para ela. Depois que Tomoya chama Mei, ela foge, apesar de Nagisa impedir que Tomoya a persiga. Com algum tempo restante no dia, Tomoya e Nagisa caminham juntos.

Em uma linha do tempo alternativa em que Tomoya e Tomoyo estão namorando, Tomoyo se torna presidente do conselho estudantil, mas rumores ruins começam na escola devido à má reputação de Tomoya. Tomoyo fica ocupada durante o festival da escola e continua assim enquanto tenta salvar as árvores sakura na cidade. Tomoya percebe que ele está segurando Tomoyo de coisas maiores, e apesar de ambos os lados serem relutantes, eles terminam. O tempo passa à medida que a reputação de Tomoyo aumenta e Tomoya e Youhei assistem ao lado através de suas muitas realizações, uma delas sendo finalmente salvar as árvores de sakura no inverno. Naquele momento, Tomoya e Tomoyo se encontram e conversam pela primeira vez em meses e decidem se tornar um casal novamente.

As férias de verão já terminaram e o segundo semestre começou na escola de Tomoya. O pai de Nagisa, Akio, pede a Tomoya que forme um time de beisebol para um jogo local contra o time do distrito comercial vizinho.

Mei ficou preocupada com o irmão mais velho, porque ele ainda não tem um plano após o colegial e, por enquanto, fica no Nagisa. Baseado em um breve comentário de Youhei, Tomoya teve a idéia de pedir a uma garota que se apresentasse como sua namorada, para que Mei parasse de se preocupar com ele.

Yohei e Sanae saem em um encontro, acompanhado por Mei, Tomoya e Nagisa. Durante a data, o grupo testemunha uma jovem sendo intimidada por alguns meninos um pouco mais velhos. A cena é resolvida pelas meninas irmão mais velho correndo para ajudar sua irmã.

Youhei não vem às aulas ultimamente, e seus amigos e Mei estão preocupados com a situação dele. Mei, Tomoya e Nagisa visitam o clube de futebol e tentam convencê-los a deixar Youhei voltar. Após uma árdua tarefa de buscar bolas de futebol, o clube ainda não deixará Youhei voltar ao time.

Tomoya e Nagisa visitam Youhei e passam algum tempo conversando com Misae e Tomoyo, que vem atrás deles. Mais tarde, quando Tomoya e Nagisa estão conversando com Misae em particular, Tomoya começa a adormecer.

Depois de superar Igarashi, Misae começa a sair mais com Katsuki e começa a se apaixonar por ele. Um dia, Katsuki percebe depois de ir para sua casa com dois amigos de Misae que ele não é de fato Katsuki Shima, mas um gato que foi enviado pelo moribundo Katsuki Shima para atender ao desejo de Misae.

Tomoya, Nagisa e Youhei finalmente descobrem que Yukine é respeitada pelas duas gangues rivais da cidade, pois ela ajuda os membros de ambos os lados depois que eles se machucam. Seu irmão mais velho é o líder de uma das gangues, e um garoto chamado Yu vem até ela para encontrar sua irmã mais velha, que aparentemente está namorando um cara da gangue de irmão de Yukine.

Tomoyo fala com Yukine e os outros sobre ouvir que a polícia tenta se envolver na briga entre duas gangues, e se as coisas piorarem. Tentando evitar uma grande briga, Yukine vai com Tomoya para tentar convencer uma outra gangue a sair de uma briga, e o líder decide uma briga entre ele e o irmão de Yukine, Kazuto.

Tomoya e seus amigos estão se aproximando da formatura e discutindo o que farão depois que se formarem. Kyou deseja ser professora de jardim de infância, Ryou espera ir para uma escola de enfermagem, Kotomi quer estudar na América e Youhei aspira a ser modelo.

Logo após sua formatura, Tomoya decide ser mais independente e trabalha para esse objetivo, primeiro contratando um emprego na padaria. Enquanto isso, Nagisa começou seu novo ano letivo, embora faça poucos amigos e sua tentativa de restabelecer o clube de teatro termine em fracasso.

O trabalho tem altos e baixos para Tomoya. Ele não quer que seu chefe descubra que ele tem um ombro ferido, com medo de perder seu novo emprego. Ele promete a Nagisa que ele se juntará a ela no Festival dos Fundadores, mas o trabalho fica ocupado e, enquanto seus colegas de trabalho o teriam coberto, ele queria provar seu valor.

Yusuke conta a Tomoya um pouco sobre seu passado e como ele conheceu Kouko no ensino médio. Depois de se formar, Yusuke se tornou um cantor e compositor de sucesso, mas no final tudo desabou e ele começou a usar drogas.

Tomoya tenta convencer Akio a conversar com ele sobre sua decisão de se casar com Nagisa. Akio, no entanto, só conversará com ele se conseguir um golpe decente com uma partida de beisebol. Tomoya continua praticando bater a bola até ficar bom o suficiente para enfrentar Akio novamente.

Nagisa e Tomoya agora são um casal morando juntos. Nagisa tenta encontrar trabalho e começa a trabalhar em um restaurante familiar com Nishina. Akio e Tomoya visitam Nagisa no trabalho e assustam alguns clientes que estavam atingindo Nagisa.

Nagisa fica cada vez mais acamada devido a enjôos matinais. Nagisa quer dar à luz em casa, então Sanae apresenta Yagi, uma parteira que deve ajudar no parto. Mais tarde, Sanae diz a Tomoya que dar à luz será difícil por causa do fraco corpo de Nagisa e pode até colocar a vida de Nagisa em perigo, para que eles tenham que escolher o aborto.

O inverno chega e Nagisa entra nos meses finais de sua gravidez, mas ela fica doente novamente. Em um dia de neve, Nagisa entra em trabalho de parto duas semanas mais cedo e sua família, incapaz de transportá-la para um hospital a tempo, é forçada a fazê-la dar à luz em casa.

Cinco anos depois de Tomoya deixar Ushio com Sanae e Akio, ele passa seus dias no trabalho e gasta dinheiro em fumar e beber. Sanae e Tomoya saem juntos para a cidade, e ela pede que ele vá com ela e Akio em uma viagem em família; depois que Sanae continua a perguntar, ele aceita.

Durante a viagem, Tomoya compra um robô de brinquedo que ele escolhe para Ushio brincar depois que eles chegam ao campo. No dia seguinte, depois de ficar em uma pousada na noite anterior, Tomoya e Ushio dão um passeio pela área e encontram um campo de flores.

Tomoya e Ushio voltam da viagem juntos. Depois de passar uma noite com os pais de Nagisa, eles partem para o apartamento de Tomoya, onde ambos viverão a partir de agora. Algum tempo depois, Tomoya tira um dia de folga do trabalho e os dois se encontram com Kouko, cuja irmã Fuko foi libertada do hospital.

Quando Tomoya leva Ushio para a escola, ele conhece sua professora, que não é outra senão Kyou Fujibayashi, e eles conversam. Depois disso, Tomoya vai trabalhar e Yoshino pede que Fuko jogue com Ushio, já que ela gosta dela. Tomoya concorda com isso e Fuko chega em sua casa para brincar até a noite em que ela volta para casa.

A febre de Ushio não diminui e Tomoya decide ficar em casa para cuidar dela. Caso ele tenha que sair de casa, ele chama Akio e Sanae para substituí-lo. Ushio diz a Tomoya que ela quer viajar novamente como na última vez, mas ele recusa e diz que isso acontecerá quando ela melhorar.

A garota no Mundo Ilusório está morrendo na neve, e o robô se arrepende de tê-la viajando. A garota pode finalmente ouvir o robô e diz a ele que eles já existiram em outro mundo. Enquanto ela canta a música de "Dango Daikazoku", o Mundo Ilusório começa a entrar em colapso.

Um ano antes dos eventos do início da história, Tomoya está começando seu segundo ano e Nagisa é sua primeira vez como aluna do terceiro ano. Nagisa está tendo problemas para fazer amigos, como de costume, enquanto Tomoya e Youhei estão ocupados sendo delinqüentes e fazendo brincadeiras nas despesas de Kyou e, inadvertidamente, de Nagisa. Depois que Nagisa é nocauteada por uma panela de metal que Tomoya e Youhei montaram como uma brincadeira para os alunos do primeiro ano, uma colega de classe de Nagisa finalmente encontra a chance de conversar com ela e eles se tornam amigos. Nagisa mantém a faixa da brincadeira (com uma mensagem para instilar confiança escrita por Tomoya), porque ela sente que isso a atribuiu a fazer um novo amigo.

Tomoya conta a Ushio sobre os eventos passados ​​que aconteceram desde que ele conheceu Nagisa, até depois que Ushio nasceu e Nagisa sobrevive. Quando Ushio adormece durante a história, ele começa a se lembrar claramente de um conjunto mais trágico de circunstâncias. No final desta recontagem, Tomoya, com Ushio e Fuko que estão dormindo, são mostrados debaixo de uma árvore no momento, fazendo um piquenique. Ushio acorda, pouco antes de Nagisa ligar para os três, dizendo que é hora de voltar para casa.

Em uma linha do tempo alternativa, Ryou confessa seu amor a Tomoya e os dois começam a namorar. No entanto, Tomoya logo percebe que Kyou está agindo de forma estranha e a confronta. Kyou admite que também está apaixonada por ele, mas nunca confessou porque estava com muito medo de correr o risco de ser rejeitada ou ferir os sentimentos de Ryou. Isso cria um desconfortável triângulo amoroso entre Tomoya, Kyou e Ryou, levando Tomoya a finalmente admitir que ama Kyou. Ryou, já sabendo que Tomoya ama mais Kyou, incentiva Kyou a ter coragem de confessar. Ryou termina com Tomoya sem ressentimentos, querendo valorizar as boas e dolorosas lembranças que eles tinham juntos. Tomoya e Kyou então se tornam oficialmente um casal.