En l'an 2009, un groupe d'enfants génétiquement modifiés s'échappent d'une installation militaire des montagnes du Wyoming. Malgré les efforts du colonel Lydecker et de ses hommes, Maxine, alias Max, ainsi que plusieurs autres enfants réussissent à franchir le périmètre de sécurité et à gagner leur liberté. Dix ans plus tard, les Etats-Unis se retrouvent en pleine dépression économique après « l'impulsion », une onde électromagnétique qui a endommagé les systèmes informatiques...

Max subit les effets secondaires de la modification de son ADN, qui contient désormais des gènes de félin. De ce fait, elle va se retrouver en chaleur trois fois par an ! Dans le but d'assouvir ses pulsions, Max fait la connaissance d'Eric...

Max est sujette à de graves crises qui l'affaiblissent, et contre lesquelles elle lutte en absorbant du Tryptophan. Convaincues qu'elle se drogue, Kendra et Original Cindy jettent les dernières pilules qu'elle avait conservées ! Pour se procurer la précieuse substance, Max décide de cambrioler la pharmacie de l'hôpital...

Nathan Herrero, un célèbre journaliste qui s'était fait de nombreux ennemis au cours de sa carrière, a été enlevé il y a deux ans. Sa fille Alina entreprend des recherches pour le retrouver. Logan, qui considérait Herrero comme un héros à l'époque où la liberté de la presse existait encore, décide d'aider la jeune femme. Ils obtiennent le soutien de Max...

Max est arrêtée, la nuit, par des officiers de la police corrompus qui lui confisquent sa moto et exigent, pour la lui restituer, une somme astronomique. Original Cindy lui suggère de consulter les petites annonces pour acheter une nouvelle moto. Max a la surprise de trouver dans le journal le numéro du code-barres imprimé sur sa nuque, assorti d'un rendez-vous...

Kendra est traductrice pour Yurio Tanaka, un célèbre généticien qui doit participer à un colloque à Seattle. Max apprend que le scientifique a réussir à guérir un enfant malade en modifiant son ADN. Peut-être pourrait-il l'aider à son tour ? Max décide donc d'assister à la conférence, sous l'identité de Rachel Glasser, reporter pour le magazine « Bio Tech ». Au congrès, Tanaka commence par présenter le jeune Jude, un garçon dont l'ADN a été manipulé...

Dans leur local à viande, deux épiciers découvrent le corps congelé d'une femme. Soudain, celle-ci, prénommée Brin, se lève et s'enfuit, à la terreur des deux hommes, persuadés qu'elle était morte. Comme Max, Brin est l'une des douze échappées de Manticore. Elle contacte Zack afin de réclamer son aide...

Lydecker a recours à une ruse diabolique pour retrouver Max : il fait imprimer des affiches la représentant comme une meurtrière et sa tête est mise à prix. Dénoncée par deux adolescents, la jeune femme doit s'enfuir et se cacher, mais Zack et Logan viennent à son secours...

Logan soupçonne un gangster du nom de Gerhardt Bronck de se livrer à un trafic lucratif : le vol des réserves de sang de la ville. Il envoie Max dans le hangar que possède Bronck afin de vérifier cette éventualité. Mais Max ne s'attendait pas à ce que l'endroit soit si bien gardé. Repérée, elle essuie une pluie de balles...

Logan Cale confie à Max la protection d'un important témoin au procès du maire. La jeune femme est chargée de l'emmener dans un endroit sûr. Lorsqu'ils se trouvent en présence de l'homme, les deux amis découvrent avec stupeur qu'il s'agit de Bruno Anselmo, le responsable de l'accident de Logan...

Max accompagne Logan à une cérémonie de mariage ennuyeuse. Pendant ce temps, un homme du nom de Runyon contacte Sketchy pour qu'il livre un colis de la plus haute importance à un marchand d'art. Le coursier, qui s'amuse avec Sky, ne remarque pas que le paquet est interverti avec un autre. Duvalier, le destinataire, s'aperçoit de la méprise : la peinture volée qu'il attendait n'est pas dans le colis...

Après la mort de l'un de leurs congénères, les « Rouges » projettent de kidnapper Max, afin de récupérer la structure de son ADN, et d'assurer ainsi leur survie. La jeune femme, qui ignore la menace pesant sur elle, arrive à Jam Pony pour un travail. Elle apprend qu'Original Cindy y a également trouvé un nouveau job. Désireuses de fêter cet heureux événement, les deux amies se donnent rendez-vous, le soir-même, au Crash... De son côté, Logan retrouve progressivement l'usage de ses jambes...

Dans la salle d'interrogatoire, un médecin met en garde Lydecker : il est trop tôt pour donner à Zack une autre dose de drogue psycho-active. Mais Lydecker reste sourd à ces avertissements. Sous l'effet de la drogue, Zack commence à avoir des hallucinations. Il voit Max maîtriser le garde et pénétrer dans sa cellule...

Logan, dont les fonctions motrices commencent à se détériorer, va voir Adriana Vertes. Cette brillante femme médecin lui a prescrit un traitement protégeant ses cellules nerveuses régénérées. En enquêtant sur elle, Max découvre qu'elle faisait partie de l'équipe médicale de Manticore. Elle la sauve d'un attentat...

Max propose à Logan de passer une journée à la campagne pour décompresser et respirer au grand air. Réticent, il finit par accepter mais saisit l'occasion de se rendre sur les lieux d'un crime troublant : dix-huit personnes fuyant la loi martiale avaient été massacrées par un « escadron de la mort ». Les deux amis partent à Cap Heaven pour interroger un ancien policier impliqué dans un cette tuerie...

Max n'apprécie pas l'arrivée impromptue de Diamond, une amie de longue date d'Original Cindy, qui vient de s'évader de prison. Original est si heureuse de retrouver sa grande amie qu'elle lui propose de s'installer dans leur appartement... Max, en revanche, se méfie de la jeune femme qui lui paraît bien mystérieuse. Diamond, tout aussi suspicieuse, profite de l'absence de Max pour fouiller ses affaires avant de la suivre au cours d'un de ses cambriolages. Piégée par la police, Max est emprisonnée...

Un ami de Logan lui apprend qu'un cadavre, sur lequel est tatoué un code-barres, vient d'être déposé à la morgue. Max se rend sur les lieux et reconnaît le tatouage identifiant un X5, Ben, qui s'était évadé en même temps qu'elle. Or le corps de l'institut médico-légal n'est pas celui de Ben. Mais Max est obligée de se cacher quand surgit Lydecker, qu récupère la dépouille. Elle voit ensuite des hommes apporter un autre corps, avec la même marque sur la peau...

Trois voyous agressent Max dans un bar ; elle utilise ses pouvoirs pour s'en débarrasser prestement. Un homme étrange, vêtu d'un long manteau noir et coiffé d'un chapeau d'aviateur, assiste à la scène et filme la bagarre... Pendant ce temps, Logan enquête sur la mort de plusieurs prisonniers en liberté conditionnelle...

Max retrouve sa soeur Tinga et apprend qu'elle a un fils. Mais celui-ci, qui possède des pouvoirs spéciaux, est malheureusement atteint d'un virus mortel. Tinga décide de se rendre à Manticore pour y dénicher un remède malgré les nombreux dangers qui la guettent là-bas...

Logan prie Max de lui procurer un microprocesseur. Il ne lui dit pas qu'il lui servira à réparer l'exosquelette sur lequel il travaille sans relâche. La jeune femme, qui n'arrive pas à calmer ses instincts « félins », sollicite l'aide de son amie Cindy. Pour fêter l'anniversaire de leur première rencontre, Logan invite Max à dîner et lui réserve une surprise. Pendant ce temps, Lydecker acquiert une technologie qui devrait lui permettre de capturer Max...

Madame X charge Brin d'une double mission : capturer Max et éliminer Lydecker. Ce dernier révèle à Max qu'il n'est aucunement responsable de la mort de sa soeur et lui propose son aide pour détruire Manticore. Mais en menant cette opération, Max est grièvement blessée. Une seule personne peut la sauver : Madame X...

Logan diffuse un message piraté de Streaming Freedom expliquant en quoi consistent les expériences génétiques du Projet Manticore mises au point dans le but de créer le soldat parfait. Logan fait ainsi le serment de punir les gens responsables. Pendant ce temps là, à Manticore, Max se remémore la torture qu'elle a dû subir et qui l'a mené à se soumettre aux exigences de Manticore. De retour dans sa cellule, Max, lentement mais sûrement, réussit à ôter des parpaings du mur, en vue de s'échapper...

X7 poursuit un DAC (Combattant acclimaté au désert) en fuite après la destruction de Manticore, et l'amène au nouveau poste de commande. Original Cindy est joyeusement surprise lorsque Max se manifeste. Original Cindy décide de mettre bout à bout les pièces du puzzle : Max mit le feu à Manticore, a été infectée par un virus qui l'empêche de toucher Logan, et Logan se trouve être «Eyes Only»...

Joshua s'introduit par effraction dans une maison à la recherche de quelque chose qu'il ne trouve pas. Alors qu'il s'apprête à repartir, il est photographié par les résidents... Lydecker appelle Logan pour l'informer que l'échantillon d'ADN prélevé sur Max présente une bizarrerie...

Les habitants de Chinatown sont persuadés qu'un mutant est responsable de la mort mystérieuse d'un jeune Chinois... Max est démoralisée d'apprendre que les tentatives de Logan pour retrouver Sandeman ont échoué. L'arrivée d'Asha décide Max à partir. Mais alors qu'elle roule à vive allure, elle percute une voiture...

Max s'arrête chez Logan, et est surprise d'y voir Asha. A eux deux, ils essaient de faire dérailler une attaque planifiée sur une cible inconnue. Max sent qu'elle est de trop, d'autant plus que Logan décline son invitation à une soirée Halloween. Il lui explique qu'il devra travailler toute la nuit avec Asha afin d'arriver à leurs fins...

Max rentre par effraction dans une galerie, avec l'intention de voler une balle de baseball de valeur, mais Alec est juste derrière elle, animé par les mêmes intentions. Après une querelle, ils repartent bredouilles, mais ils déclenchent par mégarde, une alarme. Un garde rapplique aussitôt pour inspecter les lieux lorsqu'il est attaqué par une créature mi-homme, mi-chien...

Un groupe de Steelheads rentre par effraction dans un magasin électronique et le saccage. Logan se retrouve en possession de la vidéo de surveillance, qui révèle que l'un des membres du groupe n'est autre que Zack, le frère de Max. Logan montre les séquences à Max, heureuse de voir que Zack est toujours en vie, mais horrifiée à l'idée que la moitié de son visage a été remplacé par de la bio-mécanique. Elle est déterminée à le retrouver...

Logan appelle Max de toute urgence qui arrive illico à ses côtés. Elle découvre que l'aide ne concerne pas Logan, mais sa nièce de 6 ans, Brittany. Immédiatement, Max s'occupe d'elle et la distrait en lui contant l'histoire d'une sirène. Après le départ de Brittany, Logan tombe malade. Max constate une marque sur lui et est effrayée à l'idée que Brittany lui ait passée le virus de Manticore...

Max est chez Joshua en train d'étudier les substances biologiques de Manticore afin de trouver une solution au virus qu'elle véhicule, et ce à destination de l'ADN de Logan. Joshua, prêt à tout pour l'aider, recherche dans le sous-sol de la maison des éléments et tombe sur du matériel de peinture. Inspiré, Joshua se met à peindre et crée une oeuvre originale... De son côté, Logan espère également trouver un ancien docteur de Manticore qui l'aiderait à se débarrasser du virus dont il est victime...

Brainiac, un garçon obèse de 19 ans, se rend dans une salle d'arcade où se situent les quartiers généraux des S1W. Il devine apparemment qu'une descente de la police va avoir lieu et que le leader des S1W va être abattu lors du raid. Ce dernier a effectivement lieu. Asha et ses compatriotes sont donc arrêtés par la police. Brainiac quant à lui, tente de se faire arrêter à son tour afin de se joindre à Asha...

Alec accompagne Max à une livraison et est choqué à l'idée que leur destination n'est autre qu'un château qu'il a connu auparavant. Il puise dans ses souvenirs pour se remémorer un maximum d'éléments : il se rappelle arriver dans cette demeure, y apprendre comment jouer du piano à une fille, embrasser cette dernière avant qu'une explosion ne survienne. Max le questionne sur son étrange réaction, mais il l'ignore, dépose le paquet au pas de la porte sans signature et s'enfuit brutalement...

Au Crash, Logan accepte de concourir au billard face à Alec, et finit par le vaincre. Pour le féliciter, Alex lui offre une bière, mais oublie complètement le virus mortel que supporte Logan. Ce dernier se sent bien, mais Max en a assez de ce virus qui s'immisce entre eux. Elle part ainsi à la recherche d'un scientifique capable de venir en aide à Logan. Elle tombe sur la perle rare, mais ce docteur lui demande 20000 dollars pour mettre au point l'antidote...

Attristée par les tensions persistantes qui subsistent entre elle et Logan, Max décide d'aller faire un tour de moto. Sur son chemin, elle tombe sur une fusillade et est touchée. Emmenée d'urgence à l'hôpital, au service chirurgie. Elle ne se souvient plus de son identité, mais le numéro de Logan figure sur son agenda électronique. L'hôpital s'empresse de prévenir Logan. Ce dernier se rend immédiatement compte que leur patiente est Max et lui invente aussitôt un autre nom, Linda Eastman, et déclare qu'elle est sa femme...

Max et Cindy décident d'aller passer la nuit dans un night club, mais leur soirée est compromise lorsque 4 «Bloods» s'introduisent dans le club, le mettant sens dessus-dessous, et attaquant et dévalisant son patron, car ils possèdent les codes du bar. Logan entend parler d'attaques similaires qui ont eu lieu...

Max aide Logan à persuader le comptable d'un syndicat du crime de piéger son patron. Au club 49, elle s'arrange pour faire la connaissance de Bougie, le fameux comptable. Celui-ci, atteint de narcolepsie, s'endort lorsque Max le séduit. Mais le petit jeu de séduction de Max est remarqué par Mia, jeune fille qui est apparemment la petite amie de Dougie. Mia ordonne à Max d'oublier Dougie ainsi que la conversation qu'elles viennent d'avoir et lui demande de rentrer chez elle. Bizarrement, Max se soumet...

Wendy White appelle Logan pensant avoir retrouvé la trace de son fils Ray, enlevé par son père, Ames. La communication est interrompue mais Max et Logan ayant repéré l'endroit de l'appel se rendent sur les lieux dans l'hôtel de la région. Ils découvrent très vite que l'enfant se trouve dans un pensionnat privé. Max y pénètre la nuit pour retrouver Ray...

Max et Alec discutent au Crash. Alec insiste pour que Max quitte Logan car comme tout transgénique, elle constitue un danger pour lui. Enervée, Max va pour partir quand Logan la rattrape par le bras pour l'en empêcher... Cependant il a oublié un détail, à savoir qu'il n'a pas le droit de la toucher ! Le virus que porte Max est alors instantanément transmis à Logan, qui perd connaissance. Emmené d'urgence à l'hôpital, le docteur informe Max qu'aucun antidote n'existe...

Pendant que Joshua se languit d'Annie, Max procure à Alec un faux certificat de naissance qui démontre qu'il a un frère jumeau. Ce document le tire d'affaire et prouve que son «frère» aurait commis le meurtre. Par ailleurs, à la télévision, un ministre tient un discours à l'encontre des transgéniques, affirmant qu'ils ne sont pas humains...

Après que Max ait empêchée Normal de tuer par erreur un livreur avec apparemment un code barre tatoué sur le cou, Normal et Sketchy commencent à se demander d'où vient cette force surhumaine dont elle dispose. Fatiguée, Max s'interroge sur ce qu'aurait donné sa vie si elle avait vécu ailleurs. Soudain, on la voit dans une sorte d'univers alternatif, mariée, heureuse, et mère d'un enfant. Par la suite, l'Agent White et ses hommes rentrent par effraction dans la maison de cette «Max» et l'attaquent. Celle-ci se défend, mais est rapidement maîtrisée, et son mari ainsi que sont fils sont enlevés. White la nomme 452, mais «Max» lui explique qu'il s'est trompé de transgénique et que son code est... 453. Elle est un clone appelé Sam, mais elle veut revoir sa famille, elle va devoir aider White à retrouver Max, 452...

Dans un asile, une cérémonie de culte prend place. C.J., interné, regarde la cérémonie en préparant son évasion. Un scanner de la police indique qu'un transgénique est en fuite, une fusillade avec les forces de l'ordre commence. Max l'intercepte et le sauve in extremis...

Terminal City. Un «X» en bois géant est en train de brûler. Une foule qui s'agite scandant des messages de protestation envers les transgéniques pendant qu'un reporter les interroge sur la haine qu'ils éprouvent pour eux. Contre l'avis de White, une nouvelle équipe est envoyée pour traiter avec Max. De son côté, celle-ci se rend chez Logan pour lui montrer de nouvelles runes qui apparaissent sur sa peau. Il les prend en photo dans le but de les traduire......