Daniel Jackson objevuje adresu ztraceného města Antiků - Atlantidu. V SGC je připravena expedice, která má za úkol město prozkoumat, avšak energie vystačí pouze na cestu tam, takže se nemusí již vrátit zpět. Po příchodu naleznou město Atlantis, které je ale zcela opuštěné a pod hladinou moře. Energie města vystačí jen pár dní a až dojde, bude celé město zatopeno vodou...

Výprava, která se vydala hledat nový zdroj energie (ZPM), je napadena Wraithy - nepřítelem Antiků, kteří se živí energií lidí. Několik členů výpravy je uneseno. Při jejich záchraně je však wraithská královna zabita, ale ostatní Wraithové se probouzejí a začínají pustošit galaxii...

Dr. Beckett objeví způsob, jak aktivovat gen Antiků u lidí, kteří jej nemají. McKay se k tomuto pokusu přihlásí kvůli osobnímu štítu, který našel. Po jeho spuštění se stává McKay nezranitelným, avšak, když se chce najíst nebo napít, nápoj stéká po štítu dolů a McKay jej nemůže vypnout...

Puddle jumper se vrácí zpět na Atlantis, ale při průletu Hvězdnou bránou se zastaví, protože se část motoru zaseknula o okraj brány. Loď je tedy napůl v červí díře a zbývá 38 minut než se brána uzavře a loď i s cestujícími se rozpůlí...

Tým majora Shepparda se vrací zpět na Atlantidu - byl opět přepaden Wraithy. Je to již popáté, co byli napadeni a dr. Weirová se domnívá, že na Atlantis je špeh, který Wraithy informuje...

Tým majora Shepparda (Teyla, Ford, McKay a Sheppard) se vrací pod palbou. Wraithové po nich střílí stunnery (wraithská zbraň - paralyzátor). Po průchodu bránou dostane Rodney zásah. Je dočasně paralyzován a nemůže mluvit.

Při průzkumu planety M7G-677 musí puddle jumper nouzově přistát, jelikož přestane fungovat ovládání. McKay zjišťuje, že to způsobilo silné elekromagnetické pole. Vydávají se tedy co nejrychleji k Bráně, aby se vrátili na Atlantis. Cestou však nalézají skupinu lidí, kterým není více než 24 let a ZPM, které napájí generátor elektromagnetického pole...

Lidé z Atlantis narazili na poměrně vyspělou planetu Hoph. Místní obyvatelé se zde již po desetiletí snaží vytvořit přípravek, který má Wraithům znemožnit vysávání energie z lidí...

Jelikož na Atlantis dochází jídlo, vydává se Sheppardův tým na planetu Genii, jejíž obyvatelé jsou zemědělci. Avšak po příchodu se zjistí, že místní obyvatelé si na zemědělce jen hráli a tajně v podzemí vyvíjeli atomovou bombu, kterou mají v úmyslu umístit do lodí Wraithů...

Sheppard se svým týmem objevuje planetu, při jejímž povrchu se nachází mlha s velkým množstvím energie. Díky této energii je možné otevřít červí díru zpět na Zemi, ale nejprve musí být přemístěn krystal z ovládacího panelu na Atlantis, který cestu do jiné galaxie umožňuje...

K Atlantis se blíží bouře, která zaujímá 20% povrchu planety a vznikla spojením několika hurikánů. McKay zjišťuje podle antické databáze, že se bouře objevuje každých 20 - 30 let a město před ní chránil ochranný štít, který však nyní nefunguje. Začíná evakuace města, ale McKay přichází s plánem na záchranu města...

Záchranný plán se nedaří uskutečnít, protože město Atlantis bylo přepadeno lidmi z planety Genie. Ti žádají léky a výbušniny C-4. Štít není stále zprovozněn a bouře udeří do hodiny na Atlantis v plné síle...

Ve sluneční soustavě, kde se nachází Atlantida, je nalezen antický obranný satelit, který bránil Atlantidu před Wraithy a je zřejmě poškozený. U satelitu však puddle jumper zachytí nouzový signál, který vychází z povrchu blízké planety a je wraithského původu...

Když McKay, Zelenka a Ford kontrolují město po bouři, zaslechnou radiové volání o pomoc. V blízké chodbě narazí na mrtvého Wagnera a Johnsonovou. Ta brzy rovněž umírá. Vše nasvědčuje tomu, že se smrtelná nákaza rozšiřuje z poničené laboratoře...

Puddle jumper je pod útokem Wraithů, a tak se snaží dostat k Hvězdné bráně na povrchu planety. Wraithové jsou však náhle zničeni výbojem, který vychází z povrchu planety. Na planetě naleznou primitivní civilizaci, která nemá o Wraithech ani jejich útocích žádné tušení...

Při průzkumu města je nalezena žena ve stázi. Po jejím probuzení dr. Beckett zjišťuje, že je to 10 000 let stará dr. Weirová a že vlastní 5 adres světů, na nichž by se měly nacházet antické zdroje energie ZPM...

Sheppardův tým se vydává na jednu z planet, na níchž má být ukryto ZPM. Antický energetický zdroj byl střežen Bratrstvem, které však bylo vyvražděno Wraithy. Jedinou možností, jak ZPM získat, je najít 9 kamenů, které při spojení vytvoří mapu, na níž má být úkryt ZPM vyznačen...

Dr. McKay přichází na způsob, jak zaslat nové informace a poznatky z galaxie Pegasus na Zemi. Chce pomocí všech naquadahových generátorů otevřít červí díru po dobu 1,3 sekundy na Zemi a vyslat komprimovanou zprávu, kterou by na Zemi měli být schopni dešifrovat...

Teyla začne mít děsivé noční můry, ve kterých se objevují Wraithové. Zdá se, že má po svých předcích schopnost Wraithy vycítit, ale také vnímat jejich komunikaci...

Wraithské lodě mají proletět kolem antického obranného satelitu, a tak se vědci z Atlantis vydávají puddle jumperem k satelitu, aby jej opravili a tak zastavili hrozbu v podobě Wraithů blížící se k Atlantis...

Lodě Wraithů zpomalují, ale stále se blíží k Atlantis. Na ní však dochází k aktivaci brány. Je přijat kód SGC a z brány vycházejí pozemští vojáci. Země chce ubránit Atlantis za každou cenu, a proto by do 4 dnů měla přiletět nová loď Daedalus, která dopraví ze Země nové ZPM...

Ochranný štít Atlantis je stále bombardován Wraithy, a proto se chce expedice pokusit odpálit nad štítem Genijskou atomovou bombu, převést veškerou energii do maskování a zamaskovat město, a tak simulovat jeho zničení...

Daedalus se vrací zpět na Atlantis společně se členy expedice. Dr. McKay ale zjistí, že systémy Daedala byly infikovány wraitským virem, který nastavil kurs loďi k těsnému průletu kolem slunce. Má tak zabít radiací posádku a Wraithové pak Daidala použijí k letu za svou potravou na nové planetě Zemi.

Výsadek při pátrání po poručíku Fordovi objeví štvance Ronona Dexe. Wraithové mu do zad voperovali zařízení, pomocí kterého jej sledují a pak jej pro zábavu loví. Za to, že mu doktor Beckett zařízení odstraní, Ronon slibuje, že chytí Forda...

Doktor McKay a poručík Cadmanová jsou náhle transportováni wraithskou stíhačkou, která je sestřelena. Energie v rozbité stíhačce však stačí k nouzovému zhmotnění pouze jednoho z nich. Doktoru Zelenkovi se podaří zhmotnit McKaye, ten ale zjišťuje, že své tělo sdílí spolu s vědomím Cadmanové...

Tým pplk. Shepparda se vydává v puddle jumperu na průzkum další planety. Narazí na skupinu trestanců, která je ale po chvíli zahnána lodí a tým je vzat do města. Zde se dozvídá, že díky trestancům je město již řadu let v bezpečí, protože se Wraithové krmí na nich...

Expedice objevuje zcela zničenou planetu, na jejímž povrchu se nachází jedna z Antických laboratoří. Antikové zde vyvíjeli vyspělejší zdroj energie než ZPM. Avšak udělali chybu a celý povrch planety byl zničen. McKay se rozhodne zdroj zprovoznit, ale během testu při nehodě jeden z vědců zemře...

Na jedné planetě se náhle zřítí wraithská stíhačka a vesničané všechny Wraithy zabijí a spálí až na jednoho. Tím je Wraithská dívka, o kterou se stará jeden z místních vesničanů. Tvrdí, že vynalezl lék, díky ketrému se již Wraithové nemusí krmit na lidech...

Pplk. Sheppard je infikován retrovirem, který by měl přeměnit Wraitha zpět na člověka, ale bohužel funguje opačně - pozměňuje lidskou DNA. Jedinou nadějí pro Shepparda jsou tak kmenové buňky z eratuských brouků, ze kterých se Wraithové vyvinuli a které musí dr. Beckett získat, aby mohl účinky retroviru zvrátit...

Senzory na Atlantidě objevují antickou válečnou loď Auroru. Při jejím průzkumu je zjištěno, že na palubě ve stázových komorách jsou stovky Antiků, kteří mezi sebou komunikují. Pplk. Sheppard se k nim připojí a zjistí, že je zde i jeden Wraith, který shromažďuje informace o Antickém hyperpohonu...

Pplk. Sheppard je spolu se svým týmem unesen Fordem. Ten všem až na Shepparda podá wraithský enzym, aby je přesvědčil, že opravdu funguje. Spolu s Sheppardovým týmem pak chce provést útok na jednu z Wraitských mateřských lodí...

Ford a ostatní jsou během útoku na wraithskou mateřskou loď zajati. Všem, kterým byl enzym naočkován, se začíná zhoršovat zdravotní stav. Potřebují novou dávku enzymu, rozhodnou se proto utéct, ale při záchraně lidí určených pro krmení jsou opět zajati a jeden z Fordových lidí kvůli chybějícímu enzymu zemře...

Dr. McKay zachytí energetické výkyvy a rozhodne se je prozkoumat. Tým se tedy vydá k horskému hřebenu a v něm nalezne průchod chráněný bariérou. Sheppard se rozhodne projít, ale jakmile se dotkne bariéry, je vtažen dovnitř bez možnosti návratu. McKay zjistí, že za bariérou plyne čas několikanásobně rychleji...

Na Zemi je zjištěno, že na základně Atlantis je bomba, která má explodovat při otevření červí díry na Zemi. Atlantis se podaří včas informovat, ale do systému někdo přidal program, který se opět pokusil spojit se Zemí a po té začal vysílat nouzový signál. Ten zachytily dvě wraithské lodě, změnily svůj kurs a nyní se blíží k městu...

Dr. McKay se při zkušebním letu s opraveným puddle jumperem zřítí do moře. Přední sklo praskne, jeho pilot zemře a on zůstává uvězněný v zadní části jumperu. Na Atlantidě se pokoušejí určit jeho polohu, ale on se zatím stále potápí a začíná se mu objevovat jako halucinace Samantha Carterová...

Sheppardův tým objevuje věž, podobnou centrální věži na Atlantis. V ní je umístěno ovládací křeslo, které s pomocí Střel chrání celou planetu před Wraithy. Vládnoucí rod, žijící ve věži, vlastní antický gen - ten bohužel s každou další generací slábne tak, že další potomci již zřejmě nebudou moci antickou technologii ovládat...

Na orbitě prozkoumávané planety jsou nalezeny kóje, které udržují život dvěma lidem. Jsou tedy převezeny na Atlantis a otevřeny. Těla uvnitř jsou v žalostném stavu, a tak bezpečnostní systém kóje přenese jejich vědomí do Weirové a Shepparda. Ale vědomí patří dvěma nepřátelům, kteří se v nových tělech chtějí navzájem zabít...

Atlantis kontaktuje Ladon Radim - člen Genijského přepadového týmu, který se během bouře pokusil obsadit město a nyní od Geniů zběhl. Nabízí ZPM výměnou za granáty, výbušninu C4 a zbraně, které chce použít během převratu, při němž má být svržena dosavadní Genijská vláda...

Dr. Beckettovi se podaří pomocí retroviru změnit Wraitha zpět na člověka. Ten trpí amnézií, a tak mu všichni začnou tvrdit, že je por. Michael Kenmore - člen expedice na Atlantisu. Později ale začne mít i noční můry s Wraithy a nakonec zjistí, co je ve skutečnosti zač. Podaří se mu utéct a jako rukojmí si vezme Teylu...

Dr. McKay zjišťuje, že Antická základna na Taranis je umístěna uvnitř kráteru nečinného supervulkánu. Místní lidé čerpali příliš mnoho geotermální energie do generátoru štítů a tím vulkán aktivovali. Dr. Weirová nabídne místním evakuaci na Atlantis, ale při přesunu lidí dojde k otřesu a bránu pohltí žhavé magma...

Atlantis kontaktuje blížící se Wraithská loď. Je na ní Michael - Wraith, kterého na krátký čas přeměnil dr. Beckett na člověka. Wraithové požadují Beckettův retrovirus, aby přeměnili Wraithy na lidi - svou potravu. Na oplátku zasílají veškeré informace o jejich technologii s ukrytým počítačovým virem...

V hyperprostotu jsou dvě wraithské mateřské lodi, které se blíží k Zemi. Na jedné z nich je však stále Rodney, Ronon a Sheppard, který s X-302 přistál u trupu lodi. Dr. Weirová proto nařídí na lodě zaútočit Orionem a Daedalem. Nebyl by to však McKay, kdyby nepřišel s nějakým nápadem, tentokrát, jak lodě sabotovat...

Několik Wraithů se pomocí Beckettova retroviru podaří změnit zpět na lidi tak, že wraithská část je potlačena. Vedení Atlantis se je rozhodne umístit na neobydlenou planetu bez brány, kde budou hlídáni a zkoumáni. Jenže bohužel někteří z bývalých Wraithů začínají něco tušit, dojde jim, že je něco v nepořádku a přestanou brát retrovirus. Tak se změní zpět ve Wraithy...

Sheppard a jeho tým prozkoumávají další planetu. Tam se setkají s mužem jménem Lucius Lavin, kterého všichni v jeho vesnici zbožňují a milují. Je známý jako obchodník s přírodními léky, a tak Johnovi nabídne, zda by nemohl jít s nimi na Atlantis. Po příchodu do ztraceného města začne mít Lucius na všechny vliv - na Carsona, Zelenku, Weirovou i na ostatní. John mu však nedůvěřuje a proto se vrací na planetu, kde zjišťuje, že Luciuse jeho lidé velmi postrádají a jsou smutní.

Tým pplk. Shepparda je na jedné misi napaden, Rodneymu se podaří utéct na Atlantis, avšak zbytek týmu je zajat. Vesničané jsou nepřátelští obzvlášť k Rononovi, který si uvědomí, že už zde vlastně jednou byl. Dříve, když měl ještě implantované wraithské sledovací zřízení, přivedl do této vesnice nechtěně Wraithy. Vesničané si přejí pomstu, a tak chtějí Ronona vydat Wraithům, kteří jim za něj slíbili ušetření jejich planety.

Sheppardův tým prochází bránou na další misi a zjistí, že jsou na další z antických základen. Vypadá to, že na planetě žijí Antikové. Přichází tedy i dr. Weirová, ale při odchodu týmu zjistí Oberoth, vůdce rasy Asuranů, že lidé pocházejí z Atlantis. Nechá je tedy zajmout. John a jeho tým zjistí, že Asurany vyvinuli Antikové pro boj s Wraithy, jenže se jim celý experiment vymknul z rukou a rozhodli se tedy Asurany vyhladit. Asurané jsou vlastně lidští replikátoři a chtějí nyní Atlantis kvůli pomstě zničit...

Jednoho krásného rána se dr. Elizabeth Weirová probudí v psychiatrické léčebně na Zemi. Neví, jak se sem dostala a kde je zbytek jejího týmu z Atlantis. Je jí řečeno, že vše, co podle ní posledních pár let prožila, je jen výmysl její představivosti a fantazie. Atlantis nikdy neexistovala, nikdo neví nic ani o hvězdné bráně a cestování mezi planetami. Všechno je prý zapříčiněno nadměrným stresem a zhroucením Elizabeth. Je jen na ní, zda tomu uvěří nebo ne...

Na jedné z dalších misí je tým pplk. Shepparda vlákán do léčky. Z ní se podaří všem utéct a dostat se zpět na Atlantis, jen John uvízne. Je chycen Kolyou a uvězněn. Kolya kontaktuje Atlantidu a chce provést výměnu - vůdce Genijů Ladona chce vyměnit za Shepparda. Jenže naráží do zdi, Weirová s výměnou nesouhlasí. S tím však Kolya počítal a tak nechává přivést uvězněného Wraitha, který se na Johnovi začíná krmit. Kolya dává Atlantidě ultimátum, jinak Sheppard zemře. John má naštěstí tuhý kořínek, jenže dlouho už nevydrží...

Jeanie Millerová, sestra Rodneyho McKaye, přijde na matematický důkaz, který by vyřešil problém s částicemi. Rodney tedy cestuje na Zemi, aby ji navštívil. Tam ji přemlouvá, že tento důkaz je velmi důležitý a chce po ní, aby s ním odešla na Atlantis. Když je společně s McKayem přenesena na palubu Deadala, je to pro ni šok. Jeanie se dozvídá o hvězdně bráně a Atlantis. Po příletu na Atlantis se jí, Rodneymu a Zelenkovi podaří úspěšně spustit komoru, která čerpá energii z alternativního vesmíru. Vše probíhá v pohodě a pořádku, jenže najednou se uvnitř komory objeví další McKay z paralelního vesmíru...

Tým majora Leonarda je na misi na jedné planetě, jenže se už dlouho neohlásili. Atlantis tedy vysílá tým pplk. Shepparda, kteří společně s dr. Beckettem mají zjistit, co se stalo. Na planetě naleznou několik mrtvých Geniů, tři mrtvé členy Leonardova týmu a videokameru. Když se podívají na záznam zachycený na kameře, nestačí se divit - vrahem členů Leonardova týmu je sám Leonard. McKay zachytí nějaký energetický signál, který vydává záhadné wraithské zařízení. Všichni z týmu začnou mít halucinace a vidiny...

McKay je na palubě Deadala a chce vyzkoušet mezigalaktický most, který společně s Carterovou vymyslel. Jde vlastně o to, že mezi Zemí a Atlantis je umístěno více jak 30 bran a cestování z jednoho místa na druhé jde snadno a rychle. Při testu se však objeví na blízku nějaká cizí loď. Rodneymu se podaří loď kontaktovat. Ta je antického původu a na palubě se nacházejí Antikové. Mají však nějaké problémy s hyperpohonem, proto požádají, aby je Daedalus přepravil na Atlantis. Po příletu do ztraceného města Antikové chtějí, aby expedice opustila Atlantis, že už se o město postarají sami...

Atlantis je pod vedením Antiků. V městě se nachází i gen. O'Neill a Richard Woolsey z I.O.A., kteří mají s Antiky vyjednávat. Jenže město je napadeno replikátory. Tým pplk. Shepparda společně s dr. Weirovou a dr. Beckettem se i přes zákaz SGC vrací jumperem pomocí mezigalaktického mostu zpět na Atlantis. McKay dostane nápad, jak replikátory v Atlantis zlikvidovat. Chce využít Niama - replikátora, který se pohybuje na oběžné dráze.

Na Atlantis se zdá být všechno v pořádku, dokud Teyla nezačne mít zvláštní vidiny. Když se prochází městem, z ničeho nic vídá antickou ženu, která mluví divnou řečí, a popáleného antického pilota. Nikdo jí zprvu nevěří, vyšetření také nic neukáží, jenže později mají vidiny i ostatní členové expedice na Atlantis. Pod vodou se k městu také začnou přibližovat stovky velryb. Co mají ty dvě zdánlivě rozdílné věci společného? McKay nalezne na tuto otázku odpověď - velryby stahující se k městu se pomocí halucinací snaží lidi v Atlantis varovat před nebezpečným výronem ze slunce, jenž každých 15 tisíc let ohrožuje planetu.

Athosianové Teyle řekli, že na jedné planetě žije superhrdina, který se postavil několika ozbrojeným mužům a všechny je přemohl. Sheppardův tým se tedy vydává na danou planetu. Tady však zjistí, že oním hrdinou je jejich starý známý Lucius Lavin, který zaktivoval antický osobní štít. Jenže na planetě se objeví ještě někdo, koho všichni znají - genijský velitel Kolya. Problémy na sebe nenechají dlouho čekat...

Vědci v čele s Rodneym McKayem prochází město a snaží se vypnout všechna nepotřebná zařízení, která Antikové na Atlantis aktivovali. Jenže Rodney je náhle zasažen energetickým výbojem z nějakého zařízení. Vše vypadá v pořádku, ale pak McKay zjistí, že má nové schopnosti - slyší vše, co se jen šustne, ovládá telekinezii a umí číst myšlenky. Weirová pomáhá s překladem antických textů spojených s přístrojem. Dozvídá se, že se Rodney musí povznést, jinak zemře...

Po příchodu na Atlantis McKay se Sheppardem objevili záhadnou hru, kterou začali hrát. Jednalo se vlastně o real-time strategii - každý z nich se staral o národ na imaginární planetě. Alespoň si mysleli, že imaginární... Jednoho dne totiž tým majora Lorna navštíví planetu, kde má jeden národ na vlajce obličej McKaye. Planeta totiž byla součástí antického sociologického experimentu, který si však McKay se Sheppardem vyložili jinak. Mezi národy se vedou spory, které mohou vyústit ve válku. Tomu se však musí za každou cenu zabránit...

Tým pplk. Shepparda prozkoumává vesmírnou stanici zasazenou uvnitř malého měsíce. Po restartu počítače se zjistí, že se uvnitř stanice nachází ještě někdo další, počítač totiž detekuje známky života, i když zde předtím žádné nebyly. Dalším člověkem na stanici je Herick, který měl za úkol zachránit několik tisíc svých lidí pomocí wraithské transportní technologie právě před Wraithy. Jenže něco se pokazilo a tak tu uvízl také. Tým se mu snaží pomoci...

Je krásná slunná neděle a všichni v expedici na Atlantis mají mít volno. Alespoň to nařídila dr. Heitmayerová, protože si každý musí odpočinout. Elizabeth přijme pozvání na oběd od jednoho z vědců, McKay má schůzku s Katie Brownovou, nechce se mu totiž s dr. Beckettem na ryby. Sheppard je s Rononem, zástupce českého národa dr. Radek Zelenka hraje s několika soupeři šachy a Teyla se jen tak prochází po městě. Jenže najednou se ozve strašná rána, která nedělní klid přeruší. Exploze v části města zraní několik lidí včetně Teyly... jenže to není poslední smutná událost v tomto díle...

Vědci na Atlantidě zjistí, že se někde na dně oceánu nachází geotermální vrtná stanice. Tu by mohli použít, jako zdroj energie. Proto se Sheppardův tým, dr. Weirová a několik dalších vědců "nalodí" na jumpery a vydají se stanici hledat. Když ji najdou a začnou ji prozkoumávat, Teyla vycítí přítomnost Wraithů. Senzory však žádné známky Wraithů neodhalí. Teyla, aby dokázala, že má pravdu, se pokusí s wraithským návštěvníkem spojit. Jenže je ovládnuta wraithskou královnou a zraní několik lidí. Královna se do oceánu zřítila během války Wraithů s Antiky.

Sheppard, Ronon, McKay a Teyla cestují na jednu planetu, ze které se jim již dlouho nikdo neozval. Zdá se jim to proto divné. Když dorazí do osady, nikde ani živáčka... až na jednoho - McKay totiž objeví jednu známku života v podzemí. Sestupují tedy do podzemních chodeb, kde naleznou spoustu zavražděných a zmasakrovaných těl obyvatelů vesnice. Také zahlédnou nějaké stvoření, které až nápadně připomíná obrovské Eratruské brouky. Zjistí, že Wraith, kterého se snažili "polidštit" - Michael - zde na planetě prováděl experimenty...

Plukovník Abe Ellis přilétá na Atlantis s novou pozemskou lodí Apollo. Pořídili totiž snímky rozestavěných replikátorských lodí, které určitě staví k útoku na Atlantis. V tom se jim musí zabránit, a tak je naplánován útok jadernými bombami. Ten je úspěšný, jenže poté na orbitu planety, kde je ztracené město Atlantis, přilétá satelit, jenž má i hvězdnou bránu. Ta se aktivuje a skrz ni je na Atlantis vyslán silný energetický paprsek. Město okamžitě aktivuje štíty, ty ale věčně nápor nevydrží...

První díl čtvrté sezóny pokračuje přesně tam, kde skončila poslední epizoda série třetí - Atlantida se pohybuje volně ve vesmíru kvůli předčasném vystoupení z hyperprostoru. Nikdo neví, ve které části vesmíru se město nachází a ještě do toho je těžce zraněna dr. Weirová. McKay společně se Zelenkou zjistí, že Atlantidě nebezpečně rychle klesá energie, protože paprsek replikátorů poškodil rozvody. ZPM se tedy vybíjí mnohem rychleji a moc dlouho již nevydrží. Rodney je tak nucen vypnout všechny nepotřebné systémy a postupně zmenšovat štít...

Atlantida je stále ve volném vesmíru, proto se Rodney McKay snaží dokončit hyperprostorový generátor určený pro jumper. Pokud se to podaří, může Sheppard a jeho tým vniknout na domovskou planetu replikátorů, aby ukradli ZPM potřebné pro Atlantidu. To se podaří, všechno je v pořádku, avšak Rodney najde ve zdrojovém kódu replikátorů příkaz, který je nutí útočit na Wraithy. Tým se tedy s pomocí dr. Weirové pokusí kód znovu aktivovat. Poté se Sheppardův tým vrátí jumperem na Atlantidu, kde ihned aktivují ZPM, vyberou vhodnou planetu a Atlantida tak přistane na novém místě...

Ronon a Teyla jsou na návštěvě v jedné vesnici. Tam Ronon potká své tři kamarády ze Satedy. Dozvídá se od nich, že Wraithové pracují v nějakém tajném zařízení a že se snaží vypnout replikátorský útočný kód. Tomu by však bylo dobré zabránit, a tak Ronon přemluví pplk. Shepparda, aby se mise zúčastnil i tým z Atlantidy. Po splnění úkolu chce Ronon opustit Atlantidu a přidat se ke svým přátelům. Jenže vše nejde podle plánu... Mezitím se rozhodlo o tom, kdo povede expedici na Atlantidě po doktorce Weirové. Novým velitelem se tedy stává plk. Samantha Carterová.

Tým pplk. Shepparda je na jedné planetě. Tu zkoumají hlavně kvůli Rodneymu, který si myslí, že by zde mohlo být něco důležitého. Všichni už jsou otráveni a chtějí se vrátit zpět na Atlantidu, ale McKay sleduje zvláštní známky energie. Zjistí se, že energii vydávají podivné krystaly rostoucí na stromech. John se krystalu dotkne a dostane elektrický šok. Tým se tedy vrací na Atlantidu, ale nezjistí se žádné problémy. Jenže postupně se všem ve městě začínají zdát noční můry, ve kterých figuruje právě Sheppard...

Podplukovník Sheppard sedí zrovna v jumperu a vrací se zpět na Atlantidu. Povídá si přes vysílačku s Rodneym, najednou na něj však někdo začne střílet. Zkratují mu všechny systémy, hovor s McKayem je přerušen a John je i s jumperem unesen. John zjistí, že je na palubě antické lodi, kterou obývají vesmírní cestovatelé v čele s krásnou a nevyzpytatelnou Larrin. Loď je však v celkem špatném stavu a Larrin požaduje od Shepparda pomoc. Chce, aby John zprovoznil antickou loď třídy Aurora.

McKay je sám v místnosti připoutaný ke stolu. Před sebou má tablet, ve kterém vidí sám sebe. Z něj zjišťuje, že se nedá nikomu věřit, obzvlášť ne vojákům a že má najít Teylu, která může pomoci, jinak spousta lidí zemře. Neví, kde je a kdo vlastně ta Teyla je. Atlantida je totiž zamořena Krisonskou horečkou, která se projevuje tím, že všichni zasažení postupně zapomínají, kdo jsou a co se stalo...

Teyla a doktorka Kellerová cestují na Nový Athos, kde by měla Jennifer provést lékařskou prohlídku. Jenže naleznou jen prázdnou vesnici, nikde ani živáčka. Teyla si myslí, že její lidé byli napadeni a uneseni Wraithy. Chtějí se vrátit, ale pak zahlédnou členy primitivního bojového kmene Bola Kai. Ti jsou velmi nebezpeční, a tak se rozhodnou počkat na záchranu z Atlantidy. Než je však Johnův tým zachrání, musí se o sebe postarat...

Teyla chce od jednoho věštce zjistit, kam se ztratili Athoisané. Vydává se tedy Sheppardovým týmem na planetu, na které věštec žije. Jejich příchod je již očekáván a jsou zavedeni k věštci. Ten ukáže nevěřícímu Rodneymu budoucnost - tým je během jedné mise přepaden a zajat Wraithy. Jaképak to je pro McKaye překvapení, když je poté kontaktuje Wraith, který byl s Johnem vězněn, a setkání je na místě, které Rodney viděl ve vizi... Na Atlantidy přichází Richard Woolsey, aby zhodnotil působení Carterové ve funkci velitele.

Rodney McKay a Radek Zelenka pořád zkoumají replikátorský kód, ale neví si s ním rady. Zelenku tedy napadne, že by měl Rodney napsat sestře, aby jim s tím pomohla. Nakonec se tedy McKay rozhodne Jeannie kontaktovat. Jenže její e-maily jsou sledovány a je záhy na to unesena. Rodney společně s Johnem cestují na Zemi, aby ji našli. McKay je však také zajat. Unesl je jistý Henry Wallace, protože jeho dcera trpí leukémií a chce po Rodneym a Jeanii, aby ji pomocí nanitů vyléčili.

Na Atlantidě už delší dobu nefunguje hvězdná brána. McKay a Zelenka se snaží bránu opravit, jenže jsou vyrušeni - do města spadne neznámý objekt. Sheppard trénuje boj s Rononem a je zraněn, než však dojde na ošetřovnu, tržná rána se mu zacelí. Nechá se vyšetřit, ale podle dr. Kellerové je v pořádku. To se mu nezdá a když s týmem spatří Elizabeth Weirovou, zjistí, že něco není v pořádku...

Pořád se nedaří zastavit replikátory, kteří pokračují ve vyhlazování planet. McKay společně s Wraithem pracují na kódu, který by měl vypnout útočení replikátorů. K Atlantis doletí i Daidalos s Apollem, na kterých jsou nainstalovány asgardské zbraně, těmi pár lodí neutralizují. Jenže replikátoři ustupují ke své domovské planetě, kde budou v přesile. Rodney má nápad - místo přerušení spojení mezi jednotlivými bloky replikátorů udělá opak, chce, aby se bloky přitahovaly. Velká bitva proti replikátorské planetě na sebe nedá dlouho čekat...

Týden po bitvě s replikátory zachytí dálkové senzory Atlantis signál z opuštěné wraithské mateřské lodi. McKay si myslí, že se jedná o loď wraithského "přítele". Tým tedy letí jumperem na loď. Loď je skutečně opuštěná, ale je poškozená, a tak se Rodney dává hned do práce. John, ač ke své nelibosti, na loď přiletí i s Teylou, která s lodí může létat. V záznamech lodi je však zmínka o nějakém tajném projektu, který pomohl Wraithům vyhrát válku s Antiky...

Rodney chce požádat Katie o ruku, a tak za ní přijde do botanické laboratoře. Ronon si při cvičení boje poranil ruku, proto jde za dr. Kellerovou na ošetřovnu. Plk. Carterová a dr. Zelenka společně nastupují do transportéru, aby se dostali do jiné části města. Teyla si přichází promluvit o svém těhotenství s Johnem do Rodneyho laboratoře. Vtom se ale automaticky spustí karanténa a dojde k uzavření všech částí města. Nikdo neví co se děje, komunikace také nefunguje. Co s tím?

John je společně s Rodneym na jedné planetě, kde je příjemně pohostí dvě mladé princezny. Požadují však po nich, aby doprovodili jejich mladší sestru ke starověkým ruinám, které určí, zda je mladá Harmony vhodná následnice trůnu. Při cestě však narazí na genijské vojáky, kteří chtějí Harmony zabít. John i Rodney se chtějí vrátit do vesnice, ale princezna si postaví hlavu, a tak společně putují až k antickým ruinám.

John Sheppard se od plukovníka Carterové dozvídá o úmrtí svého otce. Cestuje tedy společně s Rononem bránou z Atlantis na Zemi. Na pohřbu potká dívku, která ví až moc informací o tajném projektu s využitím nanitů. John a Ronon zjistí, že se na Zemi s nanity experimentovalo a že vznikla lidská forma replikátora. Ten však utekl a je velmi nebezpečný. Sheppard tedy rozjede po uprchlém replikátorovi pátrání, ve kterém mu pomáhá jeho starý známý z Atlantis - seržant Bates. Honba začíná...

Plukovník Carterová, Rodney McKay a dr. Jennifer Kellerová cestují na jednu planetu, aby přemluvili tamější obyvatelstvo k přestěhování na jinou část pevniny. V části, kde lidé bydlí, jsou totiž několikrát denně otřesy půdy. Na planetě dříve pobývali Genijové a využívali místní lid na těžbu nějaké rudy. Po cestě se však Rodney propadne do těžební místnosti. Sam a Jennifer mu chtějí pomoci, bohužel spadnou za ním. Otřesy jsou čím dál tím častější, proto se musí dostat ven. Vše se zkomplikuje, když si Carterová zlomí nohu...

I.O.A. si zve všechny mimozemské členy expedice na pohovor, který vede pan Coolidge, jenž nemá k cizincům důvěru. Teyla se už úspěšně vrátila, teď je řada na Rononovi. Carterová si myslí, že Ronon je impulzivní typ a tak pozve svého starého známého z SG1 Teal'ca, aby Rononovi poradil. Ten však pomoc odmítá, říká, že ví, co dělat. Čas schůzky z Coolidgem se blíží, a tak Ronon a Teal'c cestují na Zemi. Aby se zbytečně nevyčerpávalo ZPM, cestují přes stanici Midway, která je prostředníkem mezi galaxií Pegas a Mléčnou dráhou. Jenže tam jsou napadeni Wraithy, kteří se dostanou až na Zemi. Teal'c a Ronon je musí zastavit...

Teyla má sny o svém příteli, se kterým čeká dítě. Ten jí prostřednictvím vidin vzkazuje, aby ho nepřestala hledat. Proto se tým pplk. Shepparda vydává společně s Teylou do jedné vesnice, kde by mohly být vodítka k nalezení Athoisanů. Mezitím doktorka Kellerová informuje Carterovou o nové nemoci, která se vyskytla již na různých planetách. O této nemoci něco ví i Todd, Wraith, který byl na čas na Atlantis uvězněn. Proto kontaktuje Atlantis a požaduje po nich pomoc. Zjistí se, že za vším stojí další Wraith - náš starý známý Michael, který Teylu unese. Sheppardův tým se vydává Teylu najít, jenže nalezne něco, tedy spíš někoho, koho nikdo nečekal...

Na Atlantis zkoumá doktorka Kellerová nezvyklé anomálie u dr. Carsona Becketta. Je totiž velmi nepravděpodobné, že by se jednalo o pravého Carsona, každý totiž ví, že umřel... Zjistí se, že Michael experimentoval s lidskou DNA a stvořil proto Beckettův klon. Michael s Teylou přistane na neobydlené planetě, kde se vůdkyně Athoisanů setkává se svými lidmi. Michael má však s ní a jejím dítětem jiné plány. Z Atlantis je vyslán tým, který má za úkol Teylu najít a zachránit. Na planetě jsou napadeni Michaleovými muži, jenže Michael bohužel i s Teylou unikne...

Pplk. John Sheppard je na jedné planetě s týmem maj. Lorna. Zadá adresu Atlantis, projde bránou a nikde nikdo. Ztracené město Antiků je opuštěné a místo v moři leží v nekonečném oceánu písku. John se pokusí spojit s někým pomocí vysílačky. Nikdo se mu neozývá až najednou uslyší hlas Rodneyho. Jenže Rodney je mnohem starší, než si Sheppard pamatuje, a navíc je hologram. Dozvídá se, že se nějak dostal do budoucnosti. McKay mu vypráví, o tom co se stalo, o smrti Teyly, Ronona i plk. Carterové, o tom, jak Michael vyhrál svou válku v galaxii Pegasus a jak byli donuceni se vrátit z Atlantis na Zemi. Jenže tohle všechno může John změnit. Když se vše podaří, tak jak má, Sheppard se vrátí do přítomnosti a změní historii...

Po výbuchu skladiště v posledním díle čtvrté série, jsou Sheppard, Ronon, McKay a Lorne uvězněni pod sutinami. Poručík Edison se tak sám vrací na Atlantidu, odkud je okamžitě vyslán záchranný tým. Jenže s autodestrukcí se automaticky poslala zpráva i na Michaelovu loď, která okamžitě mění kurz a směřuje k planetě. Daedalus je však také na cestě, ale ihned po příletu je atakován Michaelovým křižníkem, na němž se nachází i Teyla. A tak se John s Rodneym a Rononem vydávají v zamaskovaném jumperu zachránit Teylu a její nenarozené dítě...

Nový velitel Richard Woolsey je transportován na Atlantidu a hned musí čelit novému problému - dr. Kellerová se nehlásí na své ranní směně. Teyla, McKay a dr. Beckett, který byl probuzen ze stáze, nalézají Jennifer v bezvědomí a s neznámými organickými končetinami přirostlými k jejímu tělu. Vypadá to jako nějaký další experiment Wraitha Michaela. Carson provádí lékařský výzkum, zatímco ostatní členové týmu jsou v karanténě, jejich tělo by totiž mohlo být také nakaženo neznámým virem. Mezitím se mimozemský organismus rozrůstá i do ostatních pater směrem k hlavní energetické síti...

Ronon je zajat svým bývalým přítelem ze Satedy - Tyrem. Ten ho přivede před Wraitha a požaduje odměnu za jeho chycení. Wraith se na Rononovi krmí znovu a znovu, snaží se jej tak změnit a vytvořit dalšího uctívače Wraithů, který by měl bez slitování bojovat proti velkému nepříteli Wraithů - Atlantidě. Mezitím se Sheppard, Teyla, McKay i změněný Tyre snaží Ronona najít...

Na orbitě planety, kde se nachází Atlantida, se zničehonic objeví pozemská loď Daedalus. Tým plk. Shepparda se vydá v jumperu prázdnou loď prozkoumat. Tam z lodních záznamů zjistí, že posádka v čele s kap. Sobolovou opustila loď se všemi zásobami a vybavením a transportovala se na nějakou obyvatelnou planetu. Rodney pracuje na obnovení energie, když v tom skočí loď do další reality...

Sheppardův tým se nachází v jumperu, když najednou přestanou fungovat veškeré systémy. Po příletu na Atlantidu se stejné věci začínají dít i tam, a tak se McKay snaží obnovit zpět energii. Poté zjistí, že Koracen, replikátorský vědec v týmu dr. Weirové, přišel na způsob, jak dosáhnout digitálního ekvivalentu povznesení. Replikátoři by tak mohli existovat jako čistá energie v subprostoru, což jim dovolí volný pohyb po galaxii. Když se John snaží dostat do uzamčené části města, objeví se ve dveřích F.R.A.N. - replikátorská žena vytvořená dr. McKayem v minulém roce. Ta tvrdí, že je Elizabeth Weirová...

Tým Johna Shepparda se vydává na průzkumnou misi další planety, brána je tam ale pod vodou. Po příchodu zpět na Atlantis začne být Rodney nemocný a postupně ztrácí paměť, nepamatuje se, kdo je, kde je a co dělá. Zasáhne ho totiž mentální nemoc podobná alzheimerově chorobě. Ta ho připraví o veškeré vzpomínky a uvede jej do stavu dítěte. Proto je ze Země přivolána jeho sestra Jeanie Millerová, aby se s ním rozloučila, Rodney totiž postupně umírá. Ronon má však nápad, jak McKaye zachránit...

Sheppard s Beckettem cestují na planetu, kde tým maj. Anny Teldyové našel něco zvláštního - na planetě se nachází výzkumné zařízení Michaela, které kdysi sloužilo k vytváření lidsko-eratuských hybridů. Objeví zde také 12 lidí ve stázích. Dr. Beckett a dr. Alison Porterová zůstávají v jeskyních, kde se pomalu sbližují, pplk. Sheppard, maj. Teldyová a kpt. Vegová se vydají do blízké vesnice, aby zahájili přípravy na přenocování. Ve vsi narazí na osamělého muže Mirella, který je varuje před kletbou vesnice. Mirellus však provede něco, co všechny dostane do potíží...

Sheppardův tým se společně s dr. Kellerovou dostává na mateřskou loď Wraitha Todda. Tomu nabízejí řešení, které by pro Wraithy znamenalo konec krmení na lidech - pomoci genové terapie by mohli přijímat obyčejnou potravu. Todd chce proto uskutečnit návštěvu další wraithské mateřské lodi, která je s ním ve spojenectví, aby přemluvil nejvyšší královnu. Teyla tak podstupuje lékařský zákrok, který z ní udělá Wraitha. Poté předstírá, že je Toddovou královnou. Oba musejí spolupracovat, aby jejich lest nevyšla najevo...

Rodney, Ronon a dr. Kellerová se vydávají na jednu planetu, aby uzdravili některé vesničany. Jennifer však někdo unese - štvanec Kiryk, jemuž bylo Wraithy implantováno sledovací zařízení, aby jej mohli pro zábavu lovit stejně jako kdysi dávno Ronona. Kiryk chce po doktorce Kellerové, aby zachránila asi desetiletou dívku, jenž jako jediná přežila nájezd Wraithů a která je vážně nemocná. Ronon s McKayem se vydávají Kellerovou zachránit...

Dr. Daniel Jackson má v SGC volno a tak se po dlouhých letech opět vrací na Atlantidu. Tentokrát je to kvůli výzkumu antického vědce Januse. Společně s McKayem naleznou jeho tajnou laboratoř ve městě, i když z příchodu Daniela není Rodney nijak nadšený. Při průzkumu laboratoře se aktivuje jeden antický přístroj, který subprostorem přivolá neznámou rasu v robotických oblecích. Ti se ve své lodi dostanou až na Atlantidu a Daniela s Rodneym unesou. Mezitím také probíhá na Deadalu jednání mezi Atlantidou a wraithem Toddem...

Daniel Jackson a Rodney McKay jsou stále v antickém zařízení, kde právě zprovoznili přístroj, jenž neumožňuje Wraithům používat na svých lodích hyperpohon. Jenže aktivace zařízení má vedlejší účinek - samovolné autodestrukce bran. Dr. Kellerová je spolu s Rononem pronásledována na Deadalu, na nímž převzal moc Todd. Jenže Ronon se jen tak nevzdá, i když má od Todda ultimátum - pokud se bude snažit cokoliv udělat, wraithové postupně pozabíjejí členy posádky. Atlantidu kontaktuje rasa Cestovatelů, a tak se s nimi Sheppard a Zelenka setkávají na jejich lodi. Společně pak letí zachránit McKaye a Jacksona. Jenže Todd tam letí také. Kdo tam bude dřív?

Tým složený ze členů expedice společně s dr. Beckettem přesídlí některé Balarany, jenž přežili zamoření Hoffanským proteinem, na novou, ale obydlenou planetu. Jenže k planetě se blíží wraithská mateřská loď a tak musí všichni neprodleně planetu opustit. Sheppard navrhuje, aby se vesničané přesunuli na Atlantidu, odkud se následně dostanou na novou planetu. Svůj domov však nechtějí někteří opustit, bránu navíc hlídá wraithská hlídka...

Sheppardův tým kontaktují představitelé koalice lidí z různých světů. Mají se s nimi setkat na jedné z jejich planet. Brzy po příchodu však zjistí, že nebyli pozváni kvůli koalici, ale mají být postaveni před soud kvůli činům, které spáchali v galaxii Pegasus (existence Michaela, zamoření Hoffanským proteinem). Major Lorne proto cestuje se zástupcem koalice na Atlantidu, aby vše vysvětlil Woolseymu. Ten se nakonec sám vydává na planetu podpořit svůj tým.

V tiché a hluboké noci dorazí na Atlantidu v puddle jumperu Michael se svými muži - hybridy. Okamžitě po příletu se aktivuje nějaké silové pole, které omráčí všechny v tomto podlaží. Michael chce Teylino dítě, se kterým má své vlastní plány. Dostává se do ovládání a po prolomení ochranných klíčů získává početnou kontrolu nad městem. Každý nově příchozí, který se dostane do kontaktu se silovým polem, také okamžitě upadá do bezvědomí, a tak má Michael celkem dostatek času na uskutečnění svého plánu. Když získá Teylino dítě, chce spustit autodestrukci města...

Sheppard je spolu se dvěma botanickými pracovníky na pevnině planety, kam se před rokem a půl přesunula Atlantida. Najednou jej někdo unese a sváže. Když se snaží uniknout, zastaví ho někdo, koho opravdu nečekal a koho sám před dvěma roky zastřelil - Acastus Kolya. Na Atlantidě se mezitím Woolsey setkává s novou členkou expedice - dr. Vanessou Conradovou, která přiletěla na Apollu. Zároveň je Woolsey podroben analýze IOA, zda je pořád způsobilý vést expedici na Atlantidě. McKaye spolu se Zelenkou však čeká další nečekané zjištění - na planetě se nachází i prastará rasa, která potřebuje přežít...

McKay je pozván, aby na Zemi navštívil svého dávného akademického rivala dr. Malcolma Tunneye. Rodney je naštvaný, protože Tunney na Zemi dosáhl velkých úspěchů. Tunney pořádá večírek kvůli ukázce svého nového vynálezu - zařízení na boj s globálním oteplováním, a tak McKay bere s sebou dr. Kellerovou. Jenže po spuštění nejde zařízení vypnout, proto musí Tunney a Rodney spolupracovat, aby zachránili životy všech v budově...

Poblíž Atlantidy se objevila wraithská loď, a tak ji Sheppardův tým spolu s týmem maj. Lorna prozkoumává. Plavidlo se zdá být opuštěné, ale když jeden z vojáků zaslechne nějaký hluk, už si tím nikdo není tak jistý. Na lodi se vyskytuje několik divných wraithských válečníků, se kterými se už členové expedice setkali. Sheppard s Lornem musí vymyslet, co udělají. Mezitím trpí dr. Kellerová nedostatkem sebedůvěry, musí si totiž rozšířit znalosti o wraithské fyziologii a je na ni vyvíjen velký nátlak. Rodney ji však pomáhá a snaží se ji povzbudit.

Vědomí dr. Kellerové je přeneseno do ženy jménem Neeva. Neeva je zmatená - je v jiném těle v neznámém městě, a proto chce v těle Jennifer z Atlantidy utéct. Je to díky antickému přístroji, které musí být neustále aktivní, aby se přesun vědomí udržoval. Mezitím Jennifer zjistí, že se nachází v těle Neevy a že je ve vězení na neznámé planetě. Představitelé vesnice ji chtějí popravit za to, co Neeva udělala. Je sice zachráněna svými zlodějskými komplici Jannikem a Bordalem, avšak ti začínají tušit, že je něco v nepořádku. Tým plk. Shepparda musí najít jak Kellerovou, tak mimozemské zařízení, které přesun způsobilo.

V poušti nedaleko Las Vegas bylo nalezeno tělo. Na místo přijíždí detektiv John Sheppard. Vypadá to, že ve městě řádí divný sériový vrah. Mrtvola v poušti je již jeho osmá oběť. Všechny oběti byly seschlé, jako kdyby z nich někdo vysál život. John se setkává s agentem Woolseym z FBI, který jej vezme do Oblasti 51. Tam se od dr. McKaye dozvídá různé tajné a neuvěřitelné věci. Vrah však mezitím zabije další oběť a John jej musí najít a zneškodnit...

Na Atlantidě se aktivuje brána - Todd pomocí rádiového spojení varuje expedici, že jeden z jeho vědců a důstojníků jej zradil. Při válce s replikátory Todd tajně ukradl několik ZPM a jeho nejlepší vědci pracovali na upravení mateřské lodi, aby mohla čerpat energii právě ze ZPM. Když na to jeden wraithský vědec přišel, rozhodl se obrátit proti Toddovi. Nová mateřská loď by se tak stala zcela neporazitelnou. Daedalus v čele s plk. Caldwellem se snaží ještě nedokončenou loď zničit, avšak nevyjde to. Naopak dostane zprávu, že Wraithi obdrželi souřadnice Země a chystají se ji napadnout. Všichni tak společně musí odvrátit nevyhnutelnou katastrofu...