Ochranný štít Atlantis je stále bombardován Wraithy, a proto se chce expedice pokusit odpálit nad štítem Genijskou atomovou bombu, převést veškerou energii do maskování a zamaskovat město, a tak simulovat jeho zničení...

Daedalus se vrací zpět na Atlantis společně se členy expedice. Dr. McKay ale zjistí, že systémy Daedala byly infikovány wraitským virem, který nastavil kurs loďi k těsnému průletu kolem slunce. Má tak zabít radiací posádku a Wraithové pak Daidala použijí k letu za svou potravou na nové planetě Zemi.

Doktor McKay a poručík Cadmanová jsou náhle transportováni wraithskou stíhačkou, která je sestřelena. Energie v rozbité stíhačce však stačí k nouzovému zhmotnění pouze jednoho z nich. Doktoru Zelenkovi se podaří zhmotnit McKaye, ten ale zjišťuje, že své tělo sdílí spolu s vědomím Cadmanové...

Tým pplk. Shepparda se vydává v puddle jumperu na průzkum další planety. Narazí na skupinu trestanců, která je ale po chvíli zahnána lodí a tým je vzat do města. Zde se dozvídá, že díky trestancům je město již řadu let v bezpečí, protože se Wraithové krmí na nich...

Expedice objevuje zcela zničenou planetu, na jejímž povrchu se nachází jedna z Antických laboratoří. Antikové zde vyvíjeli vyspělejší zdroj energie než ZPM. Avšak udělali chybu a celý povrch planety byl zničen. McKay se rozhodne zdroj zprovoznit, ale během testu při nehodě jeden z vědců zemře...

Na jedné planetě se náhle zřítí wraithská stíhačka a vesničané všechny Wraithy zabijí a spálí až na jednoho. Tím je Wraithská dívka, o kterou se stará jeden z místních vesničanů. Tvrdí, že vynalezl lék, díky ketrému se již Wraithové nemusí krmit na lidech...

Pplk. Sheppard je infikován retrovirem, který by měl přeměnit Wraitha zpět na člověka, ale bohužel funguje opačně - pozměňuje lidskou DNA. Jedinou nadějí pro Shepparda jsou tak kmenové buňky z eratuských brouků, ze kterých se Wraithové vyvinuli a které musí dr. Beckett získat, aby mohl účinky retroviru zvrátit...

Senzory na Atlantidě objevují antickou válečnou loď Auroru. Při jejím průzkumu je zjištěno, že na palubě ve stázových komorách jsou stovky Antiků, kteří mezi sebou komunikují. Pplk. Sheppard se k nim připojí a zjistí, že je zde i jeden Wraith, který shromažďuje informace o Antickém hyperpohonu...

Pplk. Sheppard je spolu se svým týmem unesen Fordem. Ten všem až na Shepparda podá wraithský enzym, aby je přesvědčil, že opravdu funguje. Spolu s Sheppardovým týmem pak chce provést útok na jednu z Wraitských mateřských lodí...

Ford a ostatní jsou během útoku na wraithskou mateřskou loď zajati. Všem, kterým byl enzym naočkován, se začíná zhoršovat zdravotní stav. Potřebují novou dávku enzymu, rozhodnou se proto utéct, ale při záchraně lidí určených pro krmení jsou opět zajati a jeden z Fordových lidí kvůli chybějícímu enzymu zemře...

Dr. McKay zachytí energetické výkyvy a rozhodne se je prozkoumat. Tým se tedy vydá k horskému hřebenu a v něm nalezne průchod chráněný bariérou. Sheppard se rozhodne projít, ale jakmile se dotkne bariéry, je vtažen dovnitř bez možnosti návratu. McKay zjistí, že za bariérou plyne čas několikanásobně rychleji...

Na Zemi je zjištěno, že na základně Atlantis je bomba, která má explodovat při otevření červí díry na Zemi. Atlantis se podaří včas informovat, ale do systému někdo přidal program, který se opět pokusil spojit se Zemí a po té začal vysílat nouzový signál. Ten zachytily dvě wraithské lodě, změnily svůj kurs a nyní se blíží k městu...

Dr. McKay se při zkušebním letu s opraveným puddle jumperem zřítí do moře. Přední sklo praskne, jeho pilot zemře a on zůstává uvězněný v zadní části jumperu. Na Atlantidě se pokoušejí určit jeho polohu, ale on se zatím stále potápí a začíná se mu objevovat jako halucinace Samantha Carterová...

Sheppardův tým objevuje věž, podobnou centrální věži na Atlantis. V ní je umístěno ovládací křeslo, které s pomocí Střel chrání celou planetu před Wraithy. Vládnoucí rod, žijící ve věži, vlastní antický gen - ten bohužel s každou další generací slábne tak, že další potomci již zřejmě nebudou moci antickou technologii ovládat...

Na orbitě prozkoumávané planety jsou nalezeny kóje, které udržují život dvěma lidem. Jsou tedy převezeny na Atlantis a otevřeny. Těla uvnitř jsou v žalostném stavu, a tak bezpečnostní systém kóje přenese jejich vědomí do Weirové a Shepparda. Ale vědomí patří dvěma nepřátelům, kteří se v nových tělech chtějí navzájem zabít...

Atlantis kontaktuje Ladon Radim - člen Genijského přepadového týmu, který se během bouře pokusil obsadit město a nyní od Geniů zběhl. Nabízí ZPM výměnou za granáty, výbušninu C4 a zbraně, které chce použít během převratu, při němž má být svržena dosavadní Genijská vláda...

Dr. Beckettovi se podaří pomocí retroviru změnit Wraitha zpět na člověka. Ten trpí amnézií, a tak mu všichni začnou tvrdit, že je por. Michael Kenmore - člen expedice na Atlantisu. Později ale začne mít i noční můry s Wraithy a nakonec zjistí, co je ve skutečnosti zač. Podaří se mu utéct a jako rukojmí si vezme Teylu...

Dr. McKay zjišťuje, že Antická základna na Taranis je umístěna uvnitř kráteru nečinného supervulkánu. Místní lidé čerpali příliš mnoho geotermální energie do generátoru štítů a tím vulkán aktivovali. Dr. Weirová nabídne místním evakuaci na Atlantis, ale při přesunu lidí dojde k otřesu a bránu pohltí žhavé magma...

Atlantis kontaktuje blížící se Wraithská loď. Je na ní Michael - Wraith, kterého na krátký čas přeměnil dr. Beckett na člověka. Wraithové požadují Beckettův retrovirus, aby přeměnili Wraithy na lidi - svou potravu. Na oplátku zasílají veškeré informace o jejich technologii s ukrytým počítačovým virem...