První díl čtvrté sezóny pokračuje přesně tam, kde skončila poslední epizoda série třetí - Atlantida se pohybuje volně ve vesmíru kvůli předčasném vystoupení z hyperprostoru. Nikdo neví, ve které části vesmíru se město nachází a ještě do toho je těžce zraněna dr. Weirová. McKay společně se Zelenkou zjistí, že Atlantidě nebezpečně rychle klesá energie, protože paprsek replikátorů poškodil rozvody. ZPM se tedy vybíjí mnohem rychleji a moc dlouho již nevydrží. Rodney je tak nucen vypnout všechny nepotřebné systémy a postupně zmenšovat štít...

Atlantida je stále ve volném vesmíru, proto se Rodney McKay snaží dokončit hyperprostorový generátor určený pro jumper. Pokud se to podaří, může Sheppard a jeho tým vniknout na domovskou planetu replikátorů, aby ukradli ZPM potřebné pro Atlantidu. To se podaří, všechno je v pořádku, avšak Rodney najde ve zdrojovém kódu replikátorů příkaz, který je nutí útočit na Wraithy. Tým se tedy s pomocí dr. Weirové pokusí kód znovu aktivovat. Poté se Sheppardův tým vrátí jumperem na Atlantidu, kde ihned aktivují ZPM, vyberou vhodnou planetu a Atlantida tak přistane na novém místě...

Tým pplk. Shepparda je na jedné planetě. Tu zkoumají hlavně kvůli Rodneymu, který si myslí, že by zde mohlo být něco důležitého. Všichni už jsou otráveni a chtějí se vrátit zpět na Atlantidu, ale McKay sleduje zvláštní známky energie. Zjistí se, že energii vydávají podivné krystaly rostoucí na stromech. John se krystalu dotkne a dostane elektrický šok. Tým se tedy vrací na Atlantidu, ale nezjistí se žádné problémy. Jenže postupně se všem ve městě začínají zdát noční můry, ve kterých figuruje právě Sheppard...

Podplukovník Sheppard sedí zrovna v jumperu a vrací se zpět na Atlantidu. Povídá si přes vysílačku s Rodneym, najednou na něj však někdo začne střílet. Zkratují mu všechny systémy, hovor s McKayem je přerušen a John je i s jumperem unesen. John zjistí, že je na palubě antické lodi, kterou obývají vesmírní cestovatelé v čele s krásnou a nevyzpytatelnou Larrin. Loď je však v celkem špatném stavu a Larrin požaduje od Shepparda pomoc. Chce, aby John zprovoznil antickou loď třídy Aurora.

McKay je sám v místnosti připoutaný ke stolu. Před sebou má tablet, ve kterém vidí sám sebe. Z něj zjišťuje, že se nedá nikomu věřit, obzvlášť ne vojákům a že má najít Teylu, která může pomoci, jinak spousta lidí zemře. Neví, kde je a kdo vlastně ta Teyla je. Atlantida je totiž zamořena Krisonskou horečkou, která se projevuje tím, že všichni zasažení postupně zapomínají, kdo jsou a co se stalo...

Teyla a doktorka Kellerová cestují na Nový Athos, kde by měla Jennifer provést lékařskou prohlídku. Jenže naleznou jen prázdnou vesnici, nikde ani živáčka. Teyla si myslí, že její lidé byli napadeni a uneseni Wraithy. Chtějí se vrátit, ale pak zahlédnou členy primitivního bojového kmene Bola Kai. Ti jsou velmi nebezpeční, a tak se rozhodnou počkat na záchranu z Atlantidy. Než je však Johnův tým zachrání, musí se o sebe postarat...

Teyla chce od jednoho věštce zjistit, kam se ztratili Athoisané. Vydává se tedy Sheppardovým týmem na planetu, na které věštec žije. Jejich příchod je již očekáván a jsou zavedeni k věštci. Ten ukáže nevěřícímu Rodneymu budoucnost - tým je během jedné mise přepaden a zajat Wraithy. Jaképak to je pro McKaye překvapení, když je poté kontaktuje Wraith, který byl s Johnem vězněn, a setkání je na místě, které Rodney viděl ve vizi... Na Atlantidy přichází Richard Woolsey, aby zhodnotil působení Carterové ve funkci velitele.

Rodney McKay a Radek Zelenka pořád zkoumají replikátorský kód, ale neví si s ním rady. Zelenku tedy napadne, že by měl Rodney napsat sestře, aby jim s tím pomohla. Nakonec se tedy McKay rozhodne Jeannie kontaktovat. Jenže její e-maily jsou sledovány a je záhy na to unesena. Rodney společně s Johnem cestují na Zemi, aby ji našli. McKay je však také zajat. Unesl je jistý Henry Wallace, protože jeho dcera trpí leukémií a chce po Rodneym a Jeanii, aby ji pomocí nanitů vyléčili.

Na Atlantidě už delší dobu nefunguje hvězdná brána. McKay a Zelenka se snaží bránu opravit, jenže jsou vyrušeni - do města spadne neznámý objekt. Sheppard trénuje boj s Rononem a je zraněn, než však dojde na ošetřovnu, tržná rána se mu zacelí. Nechá se vyšetřit, ale podle dr. Kellerové je v pořádku. To se mu nezdá a když s týmem spatří Elizabeth Weirovou, zjistí, že něco není v pořádku...

Pořád se nedaří zastavit replikátory, kteří pokračují ve vyhlazování planet. McKay společně s Wraithem pracují na kódu, který by měl vypnout útočení replikátorů. K Atlantis doletí i Daidalos s Apollem, na kterých jsou nainstalovány asgardské zbraně, těmi pár lodí neutralizují. Jenže replikátoři ustupují ke své domovské planetě, kde budou v přesile. Rodney má nápad - místo přerušení spojení mezi jednotlivými bloky replikátorů udělá opak, chce, aby se bloky přitahovaly. Velká bitva proti replikátorské planetě na sebe nedá dlouho čekat...

Týden po bitvě s replikátory zachytí dálkové senzory Atlantis signál z opuštěné wraithské mateřské lodi. McKay si myslí, že se jedná o loď wraithského "přítele". Tým tedy letí jumperem na loď. Loď je skutečně opuštěná, ale je poškozená, a tak se Rodney dává hned do práce. John, ač ke své nelibosti, na loď přiletí i s Teylou, která s lodí může létat. V záznamech lodi je však zmínka o nějakém tajném projektu, který pomohl Wraithům vyhrát válku s Antiky...

Rodney chce požádat Katie o ruku, a tak za ní přijde do botanické laboratoře. Ronon si při cvičení boje poranil ruku, proto jde za dr. Kellerovou na ošetřovnu. Plk. Carterová a dr. Zelenka společně nastupují do transportéru, aby se dostali do jiné části města. Teyla si přichází promluvit o svém těhotenství s Johnem do Rodneyho laboratoře. Vtom se ale automaticky spustí karanténa a dojde k uzavření všech částí města. Nikdo neví co se děje, komunikace také nefunguje. Co s tím?

John je společně s Rodneym na jedné planetě, kde je příjemně pohostí dvě mladé princezny. Požadují však po nich, aby doprovodili jejich mladší sestru ke starověkým ruinám, které určí, zda je mladá Harmony vhodná následnice trůnu. Při cestě však narazí na genijské vojáky, kteří chtějí Harmony zabít. John i Rodney se chtějí vrátit do vesnice, ale princezna si postaví hlavu, a tak společně putují až k antickým ruinám.

John Sheppard se od plukovníka Carterové dozvídá o úmrtí svého otce. Cestuje tedy společně s Rononem bránou z Atlantis na Zemi. Na pohřbu potká dívku, která ví až moc informací o tajném projektu s využitím nanitů. John a Ronon zjistí, že se na Zemi s nanity experimentovalo a že vznikla lidská forma replikátora. Ten však utekl a je velmi nebezpečný. Sheppard tedy rozjede po uprchlém replikátorovi pátrání, ve kterém mu pomáhá jeho starý známý z Atlantis - seržant Bates. Honba začíná...

Plukovník Carterová, Rodney McKay a dr. Jennifer Kellerová cestují na jednu planetu, aby přemluvili tamější obyvatelstvo k přestěhování na jinou část pevniny. V části, kde lidé bydlí, jsou totiž několikrát denně otřesy půdy. Na planetě dříve pobývali Genijové a využívali místní lid na těžbu nějaké rudy. Po cestě se však Rodney propadne do těžební místnosti. Sam a Jennifer mu chtějí pomoci, bohužel spadnou za ním. Otřesy jsou čím dál tím častější, proto se musí dostat ven. Vše se zkomplikuje, když si Carterová zlomí nohu...

I.O.A. si zve všechny mimozemské členy expedice na pohovor, který vede pan Coolidge, jenž nemá k cizincům důvěru. Teyla se už úspěšně vrátila, teď je řada na Rononovi. Carterová si myslí, že Ronon je impulzivní typ a tak pozve svého starého známého z SG1 Teal'ca, aby Rononovi poradil. Ten však pomoc odmítá, říká, že ví, co dělat. Čas schůzky z Coolidgem se blíží, a tak Ronon a Teal'c cestují na Zemi. Aby se zbytečně nevyčerpávalo ZPM, cestují přes stanici Midway, která je prostředníkem mezi galaxií Pegas a Mléčnou dráhou. Jenže tam jsou napadeni Wraithy, kteří se dostanou až na Zemi. Teal'c a Ronon je musí zastavit...

Teyla má sny o svém příteli, se kterým čeká dítě. Ten jí prostřednictvím vidin vzkazuje, aby ho nepřestala hledat. Proto se tým pplk. Shepparda vydává společně s Teylou do jedné vesnice, kde by mohly být vodítka k nalezení Athoisanů. Mezitím doktorka Kellerová informuje Carterovou o nové nemoci, která se vyskytla již na různých planetách. O této nemoci něco ví i Todd, Wraith, který byl na čas na Atlantis uvězněn. Proto kontaktuje Atlantis a požaduje po nich pomoc. Zjistí se, že za vším stojí další Wraith - náš starý známý Michael, který Teylu unese. Sheppardův tým se vydává Teylu najít, jenže nalezne něco, tedy spíš někoho, koho nikdo nečekal...

Na Atlantis zkoumá doktorka Kellerová nezvyklé anomálie u dr. Carsona Becketta. Je totiž velmi nepravděpodobné, že by se jednalo o pravého Carsona, každý totiž ví, že umřel... Zjistí se, že Michael experimentoval s lidskou DNA a stvořil proto Beckettův klon. Michael s Teylou přistane na neobydlené planetě, kde se vůdkyně Athoisanů setkává se svými lidmi. Michael má však s ní a jejím dítětem jiné plány. Z Atlantis je vyslán tým, který má za úkol Teylu najít a zachránit. Na planetě jsou napadeni Michaleovými muži, jenže Michael bohužel i s Teylou unikne...

Pplk. John Sheppard je na jedné planetě s týmem maj. Lorna. Zadá adresu Atlantis, projde bránou a nikde nikdo. Ztracené město Antiků je opuštěné a místo v moři leží v nekonečném oceánu písku. John se pokusí spojit s někým pomocí vysílačky. Nikdo se mu neozývá až najednou uslyší hlas Rodneyho. Jenže Rodney je mnohem starší, než si Sheppard pamatuje, a navíc je hologram. Dozvídá se, že se nějak dostal do budoucnosti. McKay mu vypráví, o tom co se stalo, o smrti Teyly, Ronona i plk. Carterové, o tom, jak Michael vyhrál svou válku v galaxii Pegasus a jak byli donuceni se vrátit z Atlantis na Zemi. Jenže tohle všechno může John změnit. Když se vše podaří, tak jak má, Sheppard se vrátí do přítomnosti a změní historii...