Dziesięć lat po jego tajemniczym zniknięciu, seaQuest pojawia się z powrotem na Ziemi. Twardy oficer marynarki wojennej, który miał obsesję na punkcie poszukiwania łodzi podwodnej, przejmuje dowództwo nad morzem, dzięki nowemu, nieprzyjaznemu klimatowi świata.

The seaQuest próbuje znaleźć przyczynę zniknięcia pewnej liczby wozideł z jednej z najodleglejszych kolonii w Strefie Wolnej, gdzie Hudson spotyka się z osobą z przeszłości.

Lucas nadzoruje dziewiczą podróż rewolucyjnego nowego podwodnego pociągu, podczas gdy Ford i Henderson udają się w tajną randkę jako pasażerowie.

Hudson musi uwolnić swojego starego dowódcę od służby na silnie uzbrojonej podwodnej bazie po podpaleniu bazy na Macronesii.

Kiedy Henderson zostaje schwytany przez Macronesię i skazany na śmierć, Hudson prowadzi tajny zespół, by uwolnić ją z bezpiecznego zakładu.

Lucas musi stawić czoła Bridgerowi nad jego potencjalnie ryzykownym rozwiązaniem walki z organizmem, który grozi osiągnięciem epidemii.

Po powtórnym popełnieniu śmierci po raz drugi, radykalny ekolog, Max Scully, wraca i zostaje ułaskawiony za swoje mordercze zbrodnie, a kapitan Hudson zostaje wysłany na eskortę do ekologicznej utopii pod wodą, nieświadomy prawdziwych intencji Scully.

Kapitan Bridger szuka pomocy seaQuest, aby wejść w głąb wód Makronezji i odzyskać tajne kryształy danych, które ujawniły niewyobrażalne okrucieństwa popełnione przeciwko ludzkości 20 lat wcześniej - zbrodnie, w które Bridger i Ford mogli być zaangażowani.

Członkowie załogi podróżują przez "czasoprzestrzenną sferę", która wysyła ich w rakieta do października 1962 r. I umieszcza ich w samym środku kryzysu kubańskiego, gdzie muszą próbować zapobiec nuklearnemu zagładzie.

Podczas gdy światowi przywódcy debatują nad przedłużeniem Karty UEO, podejmowanych jest kilka prób zamachu na delegatów.

Kiedy SeaQuest dokuje w kolonii karnej, w której uwięzieni są więźniowie, Henderson rozpoznaje jedną i nieumyślnie wywołuje zamieszki, pozwalając więźniom uciec - i bierze zakładników.

SeaQuest jest wciągany w niebezpieczny, neutralny obszar, w którym granice UEO i Macronesian spotykają się z terytorium cichej i nieuchwytnej potęgi azjatyckiej.