Kapitan Hudson ma wysadzić górę lodową skierowaną w kierunku Arabii Saudyjskiej przez skorumpowanego biznesmena, aby znaleźć grupę uchodźców umieszczonych na szczycie góry lodowej, aby zapobiec jej zniszczeniu.

The seaQuest próbuje znaleźć przyczynę zniknięcia pewnej liczby wozideł z jednej z najodleglejszych kolonii w Strefie Wolnej, gdzie Hudson spotyka się z osobą z przeszłości.

Lucas nadzoruje dziewiczą podróż rewolucyjnego nowego podwodnego pociągu, podczas gdy Ford i Henderson udają się w tajną randkę jako pasażerowie.

Hudson musi uwolnić swojego starego dowódcę od służby na silnie uzbrojonej podwodnej bazie po podpaleniu bazy na Macronesii.

Kiedy Henderson zostaje schwytany przez Macronesię i skazany na śmierć, Hudson prowadzi tajny zespół, by uwolnić ją z bezpiecznego zakładu.

Lucas musi stawić czoła Bridgerowi nad jego potencjalnie ryzykownym rozwiązaniem walki z organizmem, który grozi osiągnięciem epidemii.

Po powtórnym popełnieniu śmierci po raz drugi, radykalny ekolog, Max Scully, wraca i zostaje ułaskawiony za swoje mordercze zbrodnie, a kapitan Hudson zostaje wysłany na eskortę do ekologicznej utopii pod wodą, nieświadomy prawdziwych intencji Scully.

Kapitan Bridger szuka pomocy seaQuest, aby wejść w głąb wód Makronezji i odzyskać tajne kryształy danych, które ujawniły niewyobrażalne okrucieństwa popełnione przeciwko ludzkości 20 lat wcześniej - zbrodnie, w które Bridger i Ford mogli być zaangażowani.

Członkowie załogi podróżują przez "czasoprzestrzenną sferę", która wysyła ich w rakieta do października 1962 r. I umieszcza ich w samym środku kryzysu kubańskiego, gdzie muszą próbować zapobiec nuklearnemu zagładzie.

Podczas gdy światowi przywódcy debatują nad przedłużeniem Karty UEO, podejmowanych jest kilka prób zamachu na delegatów.

Kiedy SeaQuest dokuje w kolonii karnej, w której uwięzieni są więźniowie, Henderson rozpoznaje jedną i nieumyślnie wywołuje zamieszki, pozwalając więźniom uciec - i bierze zakładników.

SeaQuest jest wciągany w niebezpieczny, neutralny obszar, w którym granice UEO i Macronesian spotykają się z terytorium cichej i nieuchwytnej potęgi azjatyckiej.