マイケル、リンカーン、スクレ、アブルッチ、シーノートの5人は予定していた脱出用の飛行機に乗りそこない、森の中をひたすら走っていた。そして走ってきた列車をうまく利用して追っ手を振り切ることに成功する。

FBIがメキシコ、カナダの国境警備を固めたころ、マイケルはアブルッチ、スクレ、シーノートらに別れを告げていた。そして殺人罪の濡れ衣を着せられたリンカーンの息子LJを救うために裁判所へと向かうが……。

マイケルとリンカーンは逃走に使っている車をFBIにわざと探知させるとその車を橋から転落させ爆死を装う。思惑通りに現場に集まった捜査官を尻目に、兄弟はウェストモアランドの残した500万ドルを探しにユタへと旅立つ。

脱獄囚8人には莫大な懸賞金がかけられていた。それを知った元看守のベリックとギアリーはFBIとは別行動でマイケルたちを追跡、偽装死のトリックも見破り2人を拘束する。さらに詳細に調査したFBIのマホーンも彼らが生きていると確信する。

ユタへあと120kmと迫ったところで、マイケルとリンカーンは自分たちの死の演出が見破られたことを知る。トゥイーナー、Tバッグもそれぞれユタに到着、いよいよウェストモアランドの隠し金の埋まっている農場を目指すが……。

トゥエレの町。ウェストモアランドから聞かされていた農場は整備された住宅地へと変貌していた。農場は消えても隠した金は残っているかも知れないと、もとの地図からある民家の車庫に目星を付けると工事を装って潜入する。

車庫での穴掘り作業をしているときに入ってきた女性警官を、うまくやり過ごすことができず人質として拘束してしまい、またしても計画に狂いが生じる。一方、サラは様子がいつもと違っていた父親が気になり知事室に会いに行くが、知事は書斎で首吊り死体となっていた。

ついに床下から500万ドルを掘り当てたマイケルたちだったが、ティーバッグにより持ち逃げされてしまう。父親の自殺で意気消沈し帰宅したサラは突然何者かに命を狙われる。からくも逃げおおせたサラは、頼れるのはマイケルだけと思い“折り鶴”に記された暗号を解読する。

サラは“折り鶴”の暗号から待ち合わせ場所を推測し飛行機で向かう。先手を打つマホーン捜査官の執拗な追跡に対し、マイケルは思い切った行動に出る。直接電話してある取引を持ちかけるが、かえって逆上したマホーンは「近いうちに必ず会いに行く」と宣言するのだった。

市民の通報からアリゾナで捕まったリンカーンとLJ。パトカーで連行される途中、謎の集団に襲われるが、彼らはリンカーンの父親の仲間でリンカーン親子を救出に来たのだった。一方、無事に再会を果たしたマイケルとサラだったが、そこにマホーン捜査官の追っ手が迫り……。

無事に隠れ家で再会したリンカーンに、父親は組織と大統領の陰謀を暴く計画を話す。しかし、ここにも刺客が現れ、間一髪で難を逃れる。これ以上息子を危険な目に合わせられないと判断したリンカーンはLJを"組織"に預け、父とともにマイケルのもとへと向かう。

「ボリショイ・ブーズ」で落ち合ったマイケルとリンカーン、そして父親。マイケルは父の突然の出現に激しい拒否反応を示す。父はマイケルをなだめ、リンカーンの無実を晴らす証拠はサラが持っていること、まもなくすべてが解決することを話すのだった。

驚くべき知能と執念深さで追跡を続けるマホーンは、もはや二人の兄弟を捕らえることではなく殺すことを考えていた。そのため、わざと二人が逃げられるような罠を仕掛け、逃亡したところを追い詰めるが……。

マホーンに騙しうちにされたマイケルとリンカーンだったが、ケラーマンの寝返りで間一髪命拾いする。そしてリンカーンの無罪を証明できる唯一の生証人ステッドマンが軟禁されている山荘へと向かう。

潜伏先を警察に囲まれ絶体絶命のマイケルたちは、駆けつけたTV局のカメラマンを人質に逃走する。その後、カメラマンに自分達の告発映像を撮影させて解放しニュースで流すようにさせる。ニュースを見たサラは、その映像にメッセージに含まれる隠れたメッセージに気付く。

マイケルたちと合流したサラはケラーマンを見て激しい拒絶反応を示す。が、今はまだ利用価値がある、というマイケルの判断で一同は行動を共にする。ケラーマンの手引きで列車に乗るとサラの父親が残した鍵の手がかりがあるシカゴを目指す。

サラの父親が残した『鍵』はシガークラブのロッカーのものだった。クラブの会員の中にポープ元所長がいることを知ったマイケルは、捨て身の覚悟で協力を求めて訪ねる。中から出てきたデータに記録された会話の中身は……。

録音データを聞いいたマイケル、リンカーン、サラは驚愕の内容に愕然とするが、政府内の信用のできる有力者に渡し公表できるように画策する。しかし、録音された日付がないため法廷では証拠として採用するのは難しい、と告げられる。

正攻法ではもはや打つ手がないと知ったマイケルは、録音データをネタに大統領から恩赦をもらう計画をたてる。遊説中の大統領に近づくと「録音データを持っている」というメモを握手する振りをして大統領に渡すが護衛官に取り押さえられてしまう。

大統領の突然の辞任で、兄の無実を晴らす手段を失ったマイケル。残された最後の道、それは“姿を消すこと”だった。兄弟はパナマへ向かう船へと乗り込み、知らせを受けたサラもマイケルと運命を共にすると伝えるが、埠頭へ向かう途中でサラはマホーンに拘束されてしまう。

パナマシティでマイケルに再会したスクレは、「ティーバッグのことを伝言板に残してない」と言い、マイケルはこれがFBIの罠だと直感する。しかしなんとしてもティーバッグを刑務所に戻したいマイケルは、尾行して追い詰めると1対1の対決を挑む。

すべてを投げ打ちパナマまでマイケルを追ってきたマホーン。彼はマイケルの持つ金と船を奪い逃亡しようと目論んでいた。謎の男の命を受けたキムは、マホーンの裏切りを阻止しようとし銃撃戦となる。兄弟はそのどさくさに紛れて逃亡を図り、無事ヨットにたどり着くが……