マイケルは何不自由なく暮らす優秀な建築設計士。しかしある日、兄のリンカーンが副大統領の兄弟殺しの罪で逮捕され、死刑判決を受けたことから人生が一変する。

マイケルは天才的な頭脳を使って完璧な計画を練っていた。だが、所内で暴動が発生、彼に危機が迫る！マイケルは脱出に必要なボルトをティーバッグのベンチから抜き取るが、運悪く見つかり取り上げられてしまう。

同房のスクレの協力がどうしても必要なマイケルは、石鹸を携帯電話に見せかけて隠し、彼が信用できる男かを試す。スクレは恋人との面会をあきらめてまで秘密を守るが、テストだったと知って激怒、房を移ってしまう。

ヘイワイヤーのせいで思うように“仕事”ができず、計画が遅れ気味のマイケル。所長に同房者の変更を嘆願するが、それに気付いたベリックからは逆に厳しく締めつけられる。

マイケルは、所長から明日移送すると告げられ、愕然とする。古株のウエストモアランドの知恵を借りて移送差し止めの申請をするが、それも影の力が作用して握りつぶされる。そうとは知らないマイケルは逃走ルート確認の大胆な行動を起こすが……。

寸前で移送を免れたマイケル。だが、兄リンカーンの死刑執行が刻一刻と迫る。一気に“仕事”を進めたいマイケルは、囚人たちをイラつかせ看守がやってこないロックダウン（拘禁状態）を演出、騒動の間に壁の穴を広げる。

刑務所内の暴動は激しさを増し、州兵が出動する事件に発展、知事のタンクレディも現場にやってくる。この騒ぎに乗じてスクレとアブルッチは協力して壁の穴を広げる作業を進める。すると、マイケルの計画通り古い下水路がみつかる。

自分の房を通らずに脱出ルートの下水路へ入るため、ある倉庫の床に穴を開ける必要があると説明するマイケル。しかし、そこは看守たちの休憩室に変わっており、忍び込むことすら困難だった。

ティーバッグの“恋人”セスが自殺した。助けを求められても何もしてやらなかったマイケルは自分を責め、ティーバッグに次の恋人候補として目を付けられた新入りのトゥイーナーは守ろうと決意する。

アブルッチの組織がベリックへの賄賂を打ち切ったために、大事な刑務作業を他の囚人チームに奪われるという事態が起きる。なんとか取り戻さないと床の穴が見つかるのも時間の問題だ。焦ったアブルッチはマイケルを脅し、組織が探している男の情報を引き出す。

一人娘が末期がんに侵され、余命短いと告げられたウエストモアランド。何とかひと目会いたいと思い、一度は断ったマイケルの脱出計画に加わると申し出る。

「メンバーを一人減らさなければ、成功しない……」この一言に一同はお互い疑心暗鬼に陥り、自分だけは脱出したいと勝手な行動をとり始める。

リンカーンは死刑執行まで懲罰房に監禁されることになってしまった。マイケルにとってはリンカーン抜きの脱走では意味がない。

リンカーンのいる診療室真下までたどり着いていながら、脱出を断念せざるを得なくなったマイケルたち。「電気椅子に不具合があれば死刑は3週間延期される」とウエストモアランドから聞いたマイケルは、ネズミをブレーカーに仕込みヒューズが飛ぶよう細工する

突然、死刑執行が延期された！　ホッとすると同時に事情がわからず呆然とするマイケル。リンカーンは「電気椅子に座らされた時、立会い室に行方不明になっている父親の姿を見た」と言うがベロニカもマイケルも幻覚だと言ってとりあわなかった。

3年前――マイケルは設計事務所に勤め、順調な人生を送っていた。唯一の悩みは、問題をしては起こしては助けを求めてくる兄リンカーン。ある日リンカーンは借金のカタに殺人を強要され、もし断れば大切な人を殺すと脅される。

新しい脱出ルートの下見に行き背中に火傷を負ったマイケル。火傷で失った部分のタトゥーこそが実は脱出に不可欠な図柄＝地図だった。思い出せず焦るマイケル…しかもどうして火傷を負ったのか所長に尋ねられても答えられず懲罰房に入れられてしまう。

精神科棟にはマイケルの元同房者、ヘイワイヤーがいた。タトゥーを地図だと見抜いていた彼の記憶力を利用して、マイケルは火傷で失った図柄を手に入れようとする。

一般房に戻ったマイケルはいよいよ準備にとりかかる。新しい脱出ルートには診療室の鍵がどうしても必要だ。マイケルは診療室でサラと2人きりになった時に彼女のポケットから鍵を抜き取ろうとするが、後ろめたさが先行して思い切れない。

休憩室の床の穴がベリックに見つかってしまった！　そこへ偶然来合わせたウエストモアランドは、捨て身で殴りかかりベリックを気絶させ穴に放り込む。

ベリックがいないことで、所内では今にも捜索が始まろうとしていた。マイケルは油断していた所長をナイフで脅して捜索をやめさせると、殴って気絶させてクローゼットに押し込める。その後、房へ何事もなかったように戻ると自由時間に続々とメンバーがマイケルのもとへ集合。

クローゼットに閉じ込められていた所長が発見された！　所内に鳴り響く警報、狂ったように闇をかきまわすサーチライト。すぐに非常線が張られるが、その追っ手の網の目を縫ってマイケルたちは隠してあったバンに乗り込み、一路飛行場を目指す。そこにはアブルッチが手配した飛行機が、待っている……!!