Après l'évasion, c'est un Bellick forcené qui prend la tête d'une gigantesque chasse à l'homme, tandis que la vice-présidente joue son va-tout pour accaparer le pouvoir.

Michael force Pope à transférer Lincoln de l'isolement à l'infirmerie, et les évadés parviennent tant bien que mal jusqu'au bureau de Sara.

Une fois le trou découvert, les détenus n'ont d'autre choix que de s'évader d'urgence, mais ils devront peut-être abandonner Lincoln qui est étroitement surveillé.

Michael cherche comment dérober la clé de l'infirmerie à Sara. Pendant ce temps, Lincoln découvre le rôle joué par son père dans les événements qui ont détruit sa vie.

Tandis que Michael aide le Disjoncté à se remémorer le tatouage manquant, les autres membres de l'équipe empêchent Bellick de réattribuer la cellule de Michael et Sucre.

Alors que Michael est placé à l'isolement, Sucre doit se débrouiller seul pour reboucher le trou creusé dans la salle de repos des gardiens.

Des flashbacks retracent les événements qui ont envoyé Michael, Lincoln, Sucre, C-Note et T-Bag en prison, et expliquent comment Sara en est venue à y travailler.

Lincoln obtient un report d'exécution quand le juge ordonne l'exhumation du corps de Steadman, et Sucre aide Michael à vérifier le nouvel itinéraire vers l'infirmerie.

Tandis que Michael se surpasse en sabotant la chaise électrique pour retarder l'exécution de Lincoln, Veronica et Nick essaient de faire exhumer le corps de Steadman.

Alors que l'exécution de Lincoln est imminente, Michael met son plan à exécution. Kellerman demande des comptes à Hale, et Veronica s'adresse aux médias.

Lincoln prévient Michael qu'il lui faudra abandonner un homme, et Abruzzi menace de tuer T-Bag s'il ne renonce pas à s'échapper.

Michael fabrique un appareil destiné à calculer le temps nécessaire à l'évasion du groupe auquel vient s'ajouter une nouvelle recrue, Westmoreland.

Pour reprendre le contrôle de l'équipe de travail pénitentiaire et ne pas perdre toute chance de s'évader, Abruzzi persuade Michael de livrer Fibonacci à Falzone.

T-Bag perd un esclave et jette son dévolu sur le suivant. Quant à Abruzzi, sa dégringolade dans la hiérarchie de la prison met en péril le plan d'évasion.

Tandis que Michael cherche un accès à la salle de repos des gardiens, Kellerman et Hale tentent d'assassiner Veronica et L.J.

Pendant l'émeute, Michael sauve Sara, l'assassin essaie de tuer Lincoln et Bellick met Pope au défi de parler au gouverneur.

Le stratagème de Michael, pour pouvoir creuser plus longtemps en provoquant un confinement en cellule, tourne à l'émeute. Kellerman paie un détenu pour qu'il tue Lincoln.

Kellerman et Hale se démènent pour faire transférer Michael, mais il parvient à déjouer leurs plans et teste la première partie de son itinéraire d'évasion.

Michael se procure les agents corrosifs nécessaires à son plan d'évasion. Son nouveau compagnon de cellule, le Disjoncté, s'intéresse d'un peu trop près à son tatouage.

En cherchant à recruter Abruzzi et Sucre, Michael se heurte à quelques difficultés. Quant à Lincoln, il veut qu'un membre de sa famille assiste à son exécution.

Michael essaie de mettre la main sur deux choses nécessaires à son plan d'évasion : un médicament qui le fera passer pour diabétique et une grande vis.

Michael Scofield, ingénieur en génie civil, se fait emprisonner pour pouvoir préparer sur le terrain l'évasion de son frère, un condamné à mort qui dit avoir été piégé.