Michael Scofield, ingénieur en génie civil, se fait emprisonner pour pouvoir préparer sur le terrain l'évasion de son frère, un condamné à mort qui dit avoir été piégé.

Michael essaie de mettre la main sur deux choses nécessaires à son plan d'évasion : un médicament qui le fera passer pour diabétique et une grande vis.

En cherchant à recruter Abruzzi et Sucre, Michael se heurte à quelques difficultés. Quant à Lincoln, il veut qu'un membre de sa famille assiste à son exécution.

Michael se procure les agents corrosifs nécessaires à son plan d'évasion. Son nouveau compagnon de cellule, le Disjoncté, s'intéresse d'un peu trop près à son tatouage.

Kellerman et Hale se démènent pour faire transférer Michael, mais il parvient à déjouer leurs plans et teste la première partie de son itinéraire d'évasion.

Le stratagème de Michael, pour pouvoir creuser plus longtemps en provoquant un confinement en cellule, tourne à l'émeute. Kellerman paie un détenu pour qu'il tue Lincoln.

Pendant l'émeute, Michael sauve Sara, l'assassin essaie de tuer Lincoln et Bellick met Pope au défi de parler au gouverneur.

Tandis que Michael cherche un accès à la salle de repos des gardiens, Kellerman et Hale tentent d'assassiner Veronica et L.J.

T-Bag perd un esclave et jette son dévolu sur le suivant. Quant à Abruzzi, sa dégringolade dans la hiérarchie de la prison met en péril le plan d'évasion.

Pour reprendre le contrôle de l'équipe de travail pénitentiaire et ne pas perdre toute chance de s'évader, Abruzzi persuade Michael de livrer Fibonacci à Falzone.

Michael fabrique un appareil destiné à calculer le temps nécessaire à l'évasion du groupe auquel vient s'ajouter une nouvelle recrue, Westmoreland.

Lincoln prévient Michael qu'il lui faudra abandonner un homme, et Abruzzi menace de tuer T-Bag s'il ne renonce pas à s'échapper.

Alors que l'exécution de Lincoln est imminente, Michael met son plan à exécution. Kellerman demande des comptes à Hale, et Veronica s'adresse aux médias.

Tandis que Michael se surpasse en sabotant la chaise électrique pour retarder l'exécution de Lincoln, Veronica et Nick essaient de faire exhumer le corps de Steadman.

Lincoln obtient un report d'exécution quand le juge ordonne l'exhumation du corps de Steadman, et Sucre aide Michael à vérifier le nouvel itinéraire vers l'infirmerie.

Des flashbacks retracent les événements qui ont envoyé Michael, Lincoln, Sucre, C-Note et T-Bag en prison, et expliquent comment Sara en est venue à y travailler.

Alors que Michael est placé à l'isolement, Sucre doit se débrouiller seul pour reboucher le trou creusé dans la salle de repos des gardiens.

Tandis que Michael aide le Disjoncté à se remémorer le tatouage manquant, les autres membres de l'équipe empêchent Bellick de réattribuer la cellule de Michael et Sucre.

Michael cherche comment dérober la clé de l'infirmerie à Sara. Pendant ce temps, Lincoln découvre le rôle joué par son père dans les événements qui ont détruit sa vie.

Une fois le trou découvert, les détenus n'ont d'autre choix que de s'évader d'urgence, mais ils devront peut-être abandonner Lincoln qui est étroitement surveillé.

Michael force Pope à transférer Lincoln de l'isolement à l'infirmerie, et les évadés parviennent tant bien que mal jusqu'au bureau de Sara.

Après l'évasion, c'est un Bellick forcené qui prend la tête d'une gigantesque chasse à l'homme, tandis que la vice-présidente joue son va-tout pour accaparer le pouvoir.

Michael et ses acolytes faussent compagnie à Bellick, le forçant ainsi à passer la main à un agent du FBI qui parvient à déchiffrer le plan d'évasion de Michael.

Mahone fait de L.J. un appât pour piéger Lincoln et Michael. Alors qu'ils tentent désespérément de faire sortir L.J. du tribunal, les frères retrouvent leur poursuivant.

L'atout maître de Michael est désormais entre les mains de Mahone. Quant à Bellick, il a été renvoyé et s'adjoint un partenaire pour remettre la main sur les évadés.

Bellick capture Michael et son équipe, mais ce n'est pas la récompense de la police qui l'intéresse. Quant à T-Bag, il échappe de justesse aux flics dans le Nebraska.

Les frères arrivent enfin dans l'Utah, mais ils ne sont malheureusement pas seuls. Inconsciente du danger, Sara invite Kellerman chez elle.

Pour récupérer les millions enterrés, Michael doit convaincre T-Bag de se rappeler le plan qu'il a mémorisé, tandis que Mahone s'approche dangereusement de sa proie.

Les évadés mettent la main sur le trésor, mais Sucre a d'autres desseins. De son côté, Lincoln risque tout pour retrouver L.J., et Sara atterrit sur le radar du Cartel.

Avec l'argent envolé et la police aux trousses, Michael et Sucre n'ont pas d'autre solution que de se jeter à l'eau, mais le fleuve leur réserve un piège mortel.

Michael rend visite à l'ex-femme de Mahone et commence à comprendre le sombre secret de l'agent. Quant à Kellerman, il continue sa traque morbide de Sara.

Bellick emploie la force pour contraindre T-Bag à cracher son secret. Michael revoit enfin Sara, mais leurs retrouvailles, interrompues par Mahone, sont de courte durée.

Pour mettre son fils à l'abri et rejoindre Michael, Lincoln doit se séparer de L.J. T-Bag échappe à la police, en payant le prix fort, et Kellerman torture Sara.

C-Note cherche des médicaments pour sa fille. Bellick est au centre d'une enquête. Aldo s'explique et se réconcilie avec Michael, mais il le paie très cher.

Arrêtés, Michael et Lincoln sont en route pour la prison de Fox River, mais Mahone et Kellerman font tout pour que les frères n'arrivent pas vivants à destination.

Kellerman met Michael et Lincoln en présence de Steadman, mais leur plan échoue. De son côté, Bellick se met à dos un dangereux prisonnier de Fox River.

Pendant leur cavale avec Kellerman, Michael et Lincoln racontent leur histoire à la télévision nationale, et Michael en profite pour envoyer un message codé à Sara.

Pendant le braquage d'un restaurant, C-Note doit laisser de côté la santé de sa fille pour sauver la vie d'une serveuse. Kellerman résout l'énigme de la clé de Sara.

Michael et Sara demandent à Pope de récupérer la preuve qui permettra de renverser le Cartel. De son côté, un évadé doit choisir entre sa fille et ses comparses.

Michael, Lincoln et Sara ont enfin mis la main sur l'enregistrement qui innocente Lincoln, mais il leur faut un allié au gouvernement pour faire éclater la vérité.

Michael rencontre enfin la présidente. Pendant ce temps, l'agent Wheeler propose à C-Note de le libérer, à condition qu'il trahisse Mahone.

Alors que les frères s'apprêtent à embarquer pour la liberté, Sara se sacrifie par amour pour leur permettre de fuir.

Michael est bien décidé à récupérer les 5 millions de dollars et à mettre fin au règne de la terreur de T-Bag. Pendant ce temps, le procès de Sara s'ouvre à Chicago.

Pour sauver son frère, Michael essaie de contourner les conséquences de la trahison de Mahone. Un témoin-surprise renverse la donne au procès de Sara.

À Sona, Michael se met à dos le criminel qui fait la loi dans la prison. À l'extérieur, Lincoln recherche Sara, avec des conséquences catastrophiques.

Michael essaie d'assurer la sécurité du prisonnier James Whistler dont sa liberté dépend. Quant à Lincoln, il enquête sur Sofia.

Après une série de contretemps, Michael finit par découvrir Whistler qui lui apprend la vérité. De son côté, Lincoln s'efforce de sauver Sara et L.J.

À Sona, Mahone est sujet à des hallucinations, T-Bag monte en grade dans la prison, et Michael conçoit un nouveau plan d'évasion.

Alors que Michael est à deux doigts de l'évasion, un nouveau détenu, qui semble connaître le passé de Whistler, fait son entrée en prison.

La tentative d'évasion est compromise lorsque Whistler est accusé de meurtre. Mahone se voit offrir un marché intéressant, et Lincoln et Sofia doivent droguer un gardien.

Une valse des allégeances s'engage à l'occasion du combat à mort entre Michael et Whistler, et le pouvoir de Lechero est sérieusement mis à mal.

Susan, dans un dernier effort désespéré pour sortir Whistler de Sona, met tout le monde en danger.

À Sona, un nouveau maton place Michael à l'isolement, avant de lui redonner espoir. Par la suite, Mahone et T-Bag se joignent aux détenus candidats à l'évasion.

Michael, Mahone, Whistler et Lechero essaient de s'enfuir par le tunnel, tandis que Sofia découvre un portefeuille caché dans le sac de Whistler.

Alors que Michael met le point final à son plan d'évasion, ses acolytes se retournent contre lui. De son côté, Whistler envisage la trahison quand Sofia est menacée.

Michael, Whistler, Mahone et McGrady échappent enfin à l'enfer de Sona, mais leur plan est compromis et l'échange tourne court.

Parmi les rebondissements du dernier épisode de la troisième saison, L.J. et Whistler sont échangés, et les machinations de T-Bag finissent par porter leurs fruits.

Alors qu'il cherche à se venger de la mort de Sara, Michael apprend quelque chose d'inimaginable. Pendant ce temps, T-Bag, en fuite, est abandonné dans le désert.

Le gang entre par effraction dans la maison bien gardée d'un membre du Cartel, Stuart Tuxhorn. Quant à T-Bag, il est réduit aux pires extrémités pour survivre.

Michael et l'équipe ont un jour pour localiser le détenteur de carte suivant, faute de quoi, ils retourneront en prison. Quant à Mahone, il cherche à se venger de Wyatt.

Pour récupérer la carte suivante, Michael, Lincoln et Sucre s'invitent au gala de la police. De son côté, T-Bag suscite la suspicion dès son premier jour de travail.

Avec l'aide de Don, le gang doit forcer un coffre du département du Trésor pour accéder à la carte Scylla suivante. De son côté, Gretchen parvient à s'échapper.

L'arrestation de Mahone attire sur lui l'attention de Wyatt et met toute l'équipe en danger. Pendant ce temps, la supercherie de T-Bag est révélée.

Lincoln, Sucre, Sara et Roland suivent le 5e détenteur de carte Scylla jusqu'à Las Vegas où Roland, pris en train de jouer, se fait confisquer l'appareil.

Un plan audacieux est échafaudé pour arracher la 6e carte des mains de Pad Man, et une alliance forcée est conclue avec Gretchen. Mais le gang abrite un traître.

L'équipe doit s'aventurer au péril de sa vie dans une canalisation d'eau pour accéder à Scylla. Pendant ce temps, T-Bag réchappe d'un interrogatoire.

Michael s'effondre et doit aller à l'hôpital, Sucre marche sur une mine antipersonnel, et l'étonnant secret de Trishanne est découvert.

Gretchen a quelque difficulté à récupérer la 6e carte, tandis que l'équipe, accompagnée de Michael au plus mal, poursuit son plan pour dérober Scylla.

Michael et le gang réussissent le casse du siècle au siège du Cartel pour récupérer Scylla. Malheureusement, une très mauvaise surprise les attend.

Tandis que le gang s'occupe de la trahison de Don, Lincoln est capturé. Quant à Don, il force Gretchen à l'aider en retenant sa fille et sa sœur en otage.

Don et Gretchen, Michael et le Cartel... Tout le monde est après Scylla. Quant à T-Bag, il doit décider quoi faire de la famille de Gretchen qu'il garde en otage.

Pendant son opération, Michael a des visions, et Westmoreland lui apparaît. Lincoln et Sucre s'efforcent de récupérer Scylla avant que Don et Gretchen ne la vendent.

Lincoln, Don, Gretchen et T-Bag se rendent à Miami pour récupérer Scylla. De son côté, Michael, retenu captif, est sidéré par ce qu'il apprend sur sa mère.

Le Cartel jette Lincoln, Mahone, T-Bag et Don contre Michael et Sara dans une course vers Scylla où toutes les routes mènent à la mère.

Michael et Lincoln se préparent à se battre pour Scylla, tandis que Christina met son plan à exécution. Quant à T-Bag, il fait une scène à l'ambassade indienne.

Les retrouvailles de Michael et de sa mère sont tendues. Elle lui fait une révélation horrible concernant Lincoln qui, de son côté, fonce pour contrer son plan sinistre.

Le chaos est indescriptible à l'hôtel Panda Bay après l'assassinat perpétré lors de la conférence mondiale sur l'énergie.

Alors qu'un vieil ami revient aider Michael à faire tomber le Cartel, Lincoln apprend quelque chose sur sa relation avec Michael.

Le général Krantz capture les frères et aggrave la situation en prenant d'autres membres de l'équipe, mais Michael réussit à s'enfuir avec Scylla.

7 ans après la mort de Michael Scofield, Lincoln Burrows est retombé dans ses vieux travers, Sara Scofield a refait sa vie et T-Bag est libéré de Fox River pour bonne conduite. Ce dernier récupère un courrier anonyme contenant une photo de Michael, laissant supposer qu'il est en vie, et le nom d'une prison au Yemen : Ogygia. Lincoln demande l'aide de C-Note, devenu religieux, pour se rendre dans ce pays en guerre civile et retrouver son frère…

Au Yemen, alors que la ville est assiégée par l'État islamique, Lincoln et C-Note reçoivent un message leur demandant de trouver le « Sheik de la lumière ». Emprisonné sous le patronyme de Kaniel Outis, terroriste accusé d'avoir tué un agent de la CIA, Michael prépare son évasion avec son compagnon de cellule, Whip. Après avoir eu la preuve que Michael est en vie, Sara contacte le département d'État où elle a la désagréable surprise de tomber sur Paul Kellerman…

Lincoln et Sucre reçoivent un nouveau message de Michael, leur indiquant le point de rendez-vous après son évasion de la prison d'Ogygia, prévue le soir-même. Mise en garde par T-Bag sur les deux personnes qui la poursuivent, Sara découvre que son téléphone a été piraté lors de son entrevue avec Kellerman…

Daesh étant sur le point de prendre le contrôle de la prison d'Oygia, Michael et ses amis codétenus pactisent avec le diable pour s'évader en s'alliant avec le chef des terroristes, Abu Ramal. T-Bag apprend par Kellerman qu'un ex-agent infiltré de la CIA, agissant pour son propre compte, tirerait les ficelles de toute cette affaire…

Maintenant qu'il a retrouvé son frère, Lincoln exige des explications de Michael, qui lui confie avoir accepté de disparaître et de travailler pour Poséidon pour protéger sa famille. Sara découvre l'implication de son mari, Jacob Anton Ness, que T-Bag a pris en photo avec les deux tueurs…

Pour sortir de la ville et alors qu'ils sont toujours poursuivis, les deux frères et les évadés d'Ogygia n'ont d'autre choix que de fuir à travers le désert. De leur côté, les deux agents de la CIA font appel à la NSA pour localiser Kaniel Outis, qu'ils ont pour mission de tuer…

Lincoln parvient à embarquer avec Michael pour la Crète où Sara les rejoint pour soigner ce dernier, blessé et empoisonné. Les deux frères rejoignent ensuite Sucre sur un autre navire pour traverser l'Atlantique. Lorsqu'il voit la photo de son mari, Michael confirme à Sara que Jacob Anton Ness est bien Poséidon…

Récupérés en mer et débarqués à Marseille, les deux frères parviennent à prendre un avion pour les États-Unis où ils échappent une fois de plus aux deux agents de Poséidon. Mais ce dernier détient Mike et Sara…

Poséidon retient toujours son fils mais Michael met en exécution le plan qu'il prépare depuis 7 ans pour faire tomber celui qui l'a piégé…