Alors qu'il cherche à se venger de la mort de Sara, Michael apprend quelque chose d'inimaginable. Pendant ce temps, T-Bag, en fuite, est abandonné dans le désert.

Le gang entre par effraction dans la maison bien gardée d'un membre du Cartel, Stuart Tuxhorn. Quant à T-Bag, il est réduit aux pires extrémités pour survivre.

Michael et l'équipe ont un jour pour localiser le détenteur de carte suivant, faute de quoi, ils retourneront en prison. Quant à Mahone, il cherche à se venger de Wyatt.

Pour récupérer la carte suivante, Michael, Lincoln et Sucre s'invitent au gala de la police. De son côté, T-Bag suscite la suspicion dès son premier jour de travail.

Avec l'aide de Don, le gang doit forcer un coffre du département du Trésor pour accéder à la carte Scylla suivante. De son côté, Gretchen parvient à s'échapper.

L'arrestation de Mahone attire sur lui l'attention de Wyatt et met toute l'équipe en danger. Pendant ce temps, la supercherie de T-Bag est révélée.

Lincoln, Sucre, Sara et Roland suivent le 5e détenteur de carte Scylla jusqu'à Las Vegas où Roland, pris en train de jouer, se fait confisquer l'appareil.

Un plan audacieux est échafaudé pour arracher la 6e carte des mains de Pad Man, et une alliance forcée est conclue avec Gretchen. Mais le gang abrite un traître.

L'équipe doit s'aventurer au péril de sa vie dans une canalisation d'eau pour accéder à Scylla. Pendant ce temps, T-Bag réchappe d'un interrogatoire.

Michael s'effondre et doit aller à l'hôpital, Sucre marche sur une mine antipersonnel, et l'étonnant secret de Trishanne est découvert.

Gretchen a quelque difficulté à récupérer la 6e carte, tandis que l'équipe, accompagnée de Michael au plus mal, poursuit son plan pour dérober Scylla.

Michael et le gang réussissent le casse du siècle au siège du Cartel pour récupérer Scylla. Malheureusement, une très mauvaise surprise les attend.

Tandis que le gang s'occupe de la trahison de Don, Lincoln est capturé. Quant à Don, il force Gretchen à l'aider en retenant sa fille et sa sœur en otage.

Don et Gretchen, Michael et le Cartel... Tout le monde est après Scylla. Quant à T-Bag, il doit décider quoi faire de la famille de Gretchen qu'il garde en otage.

Pendant son opération, Michael a des visions, et Westmoreland lui apparaît. Lincoln et Sucre s'efforcent de récupérer Scylla avant que Don et Gretchen ne la vendent.

Lincoln, Don, Gretchen et T-Bag se rendent à Miami pour récupérer Scylla. De son côté, Michael, retenu captif, est sidéré par ce qu'il apprend sur sa mère.

Le Cartel jette Lincoln, Mahone, T-Bag et Don contre Michael et Sara dans une course vers Scylla où toutes les routes mènent à la mère.

Michael et Lincoln se préparent à se battre pour Scylla, tandis que Christina met son plan à exécution. Quant à T-Bag, il fait une scène à l'ambassade indienne.

Le chaos est indescriptible à l'hôtel Panda Bay après l'assassinat perpétré lors de la conférence mondiale sur l'énergie.

Alors qu'un vieil ami revient aider Michael à faire tomber le Cartel, Lincoln apprend quelque chose sur sa relation avec Michael.

Le général Krantz capture les frères et aggrave la situation en prenant d'autres membres de l'équipe, mais Michael réussit à s'enfuir avec Scylla.