忍者龜們慢慢地與腳部族發生衝突。在他們的巢穴被巴克斯特·斯托克曼的捕鼠者摧毀後，他們在下水道的其他地方找到了新家，並獲得了阿普麗爾·奧尼爾和凱西·瓊斯等新盟友。忍者龜們多次挫敗了施萊德、洪恩和斯托克曼的計劃，之後施萊德向萊昂納多提供和平祭品以換取他們的服務，理由是他們必須共同面對未知的邪惡。史普林特揭露了碎紙機和匈奴謀殺主人濱和耀西的陰謀，雙方在一場戰鬥中大打出手，最終似乎以碎紙機的失敗而告終。然而，忍者龜們不知道的是，碎紙機倖存下來，在他的忍者們野蠻伏擊並傷害了萊昂納多之後，摧毀了艾普麗爾的家，並相信他們已經死了，儘管忍者龜們、斯普林特、凱西和艾普麗爾倖存下來，並前往凱西家位於紐約鄉村的農舍。在萊昂納多的傷口癒合並且他們恢復決心後，一行人返回紐約面對足部部落。然而，在戰勝碎紙機後，史普林特消失了，在一個名為「守護者」的神秘組織的帶領下，忍者龜們發現了烏特羅姆人，一個隱藏在人類之中的外星種族，並且無法從他們手中拯救斯普林特。

The Turtles slowly come into conflict with the Foot Clan. After their lair is destroyed by Baxter Stockman's mousers, they find a new home elsewhere in the sewers and also gain new allies in the form of April O'Neil and Casey Jones. The Turtles foil the plans of the Shredder, Hun, and Stockman on numerous occasions before Shredder offers Leonardo a peace offering in exchange for their service, citing an unknown evil they must face together. Splinter reveals the Shredder and Hun's hand in murdering his master Hamato Yoshi, and the two sides come to blows in a battle that seemingly ends in the Shredder's defeat. However, unknown to the Turtles, the Shredder survives, and after his ninjas savagely ambush and wound Leonardo, destroys April's home and believes them dead, though the Turtles, Splinter, Casey and April survive and depart for Casey's family's farm house in rural New York. After Leonardo's wounds heal and their resolve is restored, the group returns to New York to face the Foot Clan. However, after their triumph against the Shredder, Splinter vanishes, and after following a lead from a mysterious group known as the "Guardians", the Turtles discover the Utroms, an alien race hiding amongst humanity, and are unable to save Splinter from them before being teleported into space.

В каналізації Нью-Йорка живуть мутанти Черепашки Ніндзя та їхній учитель, щур Сплінтер. «Мишероботи» вченого Бакстера Стокмана нападають на дівчину Ейпріл О'Ніл, яка розкрила його злочинні наміри. Але в цей момент Черепашки Ніндзя приходять їй на допомогу і вона стає їхньою подругою. Через напад мишероботів їм доводиться перенести свій сховок до нового місця. Пізніше вони знайомляться з Кейсі Джонсом — Нічним Месником в масці, котрий стає другом Ейпріл. Потім виявляється, що Стокман працював на Шреддера, керівника ніндзя з Клану Ноги. Черепашки дізнаються про мутаген, який спричинив їхній розвиток, і створив інших, не завжди добрих мутантів. Перешкоджаючи злим намірам Шреддера зі створення мутантів і поширення мафії, Черепашки стикаються зі Стокманом, який бажає помститися їм. Нарешті їм вдається проникнути до штаб-квартири Шреддера та відтяти йому голову. Однак, Сплінтер після цього таємниче зникає.