Juste après avoir créé son premier robot, le Bullbuster, le jeune ingénieur Tetsurô Okino est transféré dans l’entreprise Namidome Industries. Avec six employés au compteur et une santé financière déclinante, cette entreprise est spécialisée dans l’extermination de nuisibles géants qui ont élu domicile sur l’île abandonnée de Ryûganjima. Tetsurô et ses nouveaux collègues arriveront-ils à se débarrasser de la menace qui pèse sur l’île malgré leurs moyens limités ?

Grâce à son Bullbuster, Tetsurô a réussi à secourir Arumi et Ginnosuke et à exterminer son premier nuisible. Mais comment ces monstres aussi féroces que gigantesques ont-ils pu apparaître sur une petite île japonaise ? Que sont-ils exactement ? Que font l’armée et la police, et pourquoi Namidome Industries est-elle la seule à lutter contre cette menace ?

Plus aucun propriétaire ne veut prêter son bateau à Namidome Industries, ce qui rendra bientôt impossible toute mission sur Ryûganjima. Pour remédier à ce problème, M. Tajima a décidé de faire appel à l’agence de communication d’un ami de Tetsurô pour changer l’image de l’entreprise. Mais alors que l’horizon semble se dégager, le jeune pilote va faire une erreur qui mettra en danger l’avenir de Namidome…

Tetsurô a été suspendu une semaine suite à sa bourde. Plusieurs jours de remise en question plus tard, il décide de donner sa démission avant que Ginnosuke ne l’empêche de commettre l’irréparable. De son côté, M. Tajima a reçu le rapport d’analyse du labo et échafaudé une nouvelle théorie sur les monstres géants. Mais un nouveau nuisible apparaît sur l’île, qu’Arumi décide d’aller affronter seule…

Au cours d’une mission nocturne chaotique, Arumi et Tetsurô ont réussi à éliminer un monstre géant et à capturer Shiro, qui a été transféré à Shiota Bio pour être étudié. Ginnosuke a également été légèrement blessé et sera indisponible un mois. Qui Shiota Bio va-t-il envoyer pour le remplacer ? Que révèleront les examens de M. Inomata et de ses chercheurs sur les monstres géants ?

Mme Mizuhara, une chercheuse de Shiota Bio, a découvert que les monstres géants seraient en réalité des mammifères ayant muté au contact d’une bactérie. À sa demande, Tetsurô et Arumi décident donc d’aller relâcher sur Ryûganjima une souris de laboratoire pour étudier son évolution. Pendant ce temps, le P.-D.G de Shiota Bio décide, au grand dam de Tetsurô, d’envoyer un talentueux nouvel employé chez Namidome.

Quelques heures après avoir été relâchée par Tetsurô et Arumi sur Ryûganjima, la souris de laboratoire refait surface, sa mutation déjà bien entamée. Le mystère entourant les monstres géants s’épaissit lorsque Shiro meurt soudainement à Shiota Bio. De son côté, et alors qu’il est à peine arrivé à Namidome Industries, le nouvel employé en formation, Shûichi Namari, refuse de partir en mission et se met à dos Tetsurô…

Alors que tout le monde le croyait mort, Shiro est réapparu sous les traits d’un monstre géant, ravageant par la même occasion un laboratoire de Shiota Bio. Prévenus par M. Tajima, Tetsurô et Ginnosuke vont échouer à le neutraliser, et c’est finalement Arumi qui mettra un terme à sa cavale. Pendant ce temps, Mme Mizuhara a été promue à la tête d’une équipe dédiée à l’étude des monstres géants et Shûichi a lancé une campagne de crowdfunding pour financer le robot sous-marin qui devrait aider Namidome à résoudre le mystère des monstres géants.

Remonté à la suite des nombreux changements qui ont eu lieu à Namidome et au manque de respect qu’il perçoit de la part des jeunes de l’entreprise, M. Mutô a endommagé la centrale de Shiota lors de sa première sortie avec le Bullbuster. De leur côté, et ayant constaté de leur propres yeux la menace que représentait les monstres géants, les dirigeants de Shiota ont décidé d’intégrer Namidome à la maison-mère pour lutter de manière plus efficace contre les nuisibles. Mais est-ce là leur seule motivation ?

Shiota a décidé de faire de Namidome son nouveau département d’extermination des nuisibles. Ses motivations deviennent plus claires lorsque Mme Mizuhara, qui a réussi à déterminer les origines des monstres, remet à Arumi une clé prouvant l’implication de la multinationale dans la création de la bactérie. Une brouille survient alors entre les membres de Namidome sur l’avenir de l’entreprise. M. Tajima choisira-t-il la voie de la facilité en fusionnant avec Shiota ou bien celle, incertaine et risquée, de la vérité ?

M. Tajima a pris la décision de se battre contre Shiota pour faire éclater la vérité. Pendant ce temps, Shûichi est rappelé à la maison-mère et Arumi, Tetsurô et Miyuki convainquent M. Mutô de participer à un plan de la dernière chance. Ils vont retransmettre leur sortie à Ryûganjima en direct sur un site de streaming pour révéler l'existence des monstres au grand public, localiser les coraux et monétiser la vidéo. Mais une fois sur place, ils sont attaqués par un nouveau monstre…