Sebastiano Bannelli viene trovato in casa in fin di vita colpito da un tagliacarte. Viene subito incolpata Béatriz, la ragazza salvata da Don Matteo in Brasile. In realtà non è stata lei, anche perché era incinta e il bambino è di Sebastiano. È stato qualcuno geloso della storia tra Sebastiano e Béatriz. Intanto il Capitano cerca casa, ma il Maresciallo fa di tutto per trovargli un appartamento lontano dal centro di Gubbio.

Sul greto del fiume viene trovato morto Yussef, un ragazzo arabo che lavorava nella cioccolateria di Vanessa. Lui e Vanessa erano innamorati e lei è accusata di omicidio, ma c'è qualcuno geloso di questa relazione. Nel frattempo il maresciallo e il capitano acquistano un biglietto della lotteria e il maresciallo pensa che il capitano abbia vinto e viceversa. In realtà la lotteria non l'ha vinta nessuno dei due, ma una persona insospettabile, che vuole portare via la persona amata.

Durante una festa viene rapito il nipote di un noto imprenditore, Lamberto Arcuati. I sospetti ricadono sul cugino del padre del piccolo, che aveva grossi debiti e aveva chiesto dei soldi sia al cugino che allo zio.

Fuori da una discoteca, il buttafuori viene investito da un motociclista e i sospetti cadono sull'ex della fidanzata della vittima. Soltanto Don Matteo crede alla ragazza mentre per i carabinieri è colpevole.

Un cantastorie del centro commerciale viene ritrovato morto all'interno dell'edificio. I sospetti cadono sulla guardia notturna del centro commerciale.

Un ciclista viene travolto e ucciso da un'auto pirata della strada, proprio dove sta passando Don Matteo in bicicletta ed è proprio lui che troverà la vittima. Intanto, a Gubbio, si sta svolgendo "Il giro dell'Umbria", a cui partecipa anche il capitano Tommasi.

Una cercatrice di tartufi viene quasi uccisa strangolata mentre sta chiamando il 112. Il marito di lei è il primo indiziato, perché avevano deciso di divorziare e spesso litigavano. Intanto Natalina trova un nuovo amico a quattro zampe, che poi si scopre essere il cane cerca tartufi della vittima.

Durante una sfilata di moda, dentro i camerini cade un proiettore che uccide una cameriera e ferisce l'organizzatrice. I Carabinieri scopriranno che non è stato un incidente. Intanto Don Matteo girando in bicicletta per Gubbio scopre che...

Un medico di un centro specializzato viene trovato morto all'interno della sua abitazione. I Carabinieri sospettano che l'assassino sia un ex paziente il quale crede che il medico gli abbia ucciso la figlia.

Durante una seduta spiritica, la Marchesa beve un bicchiere d'acqua avvelenata che la uccide. Si pensa all'inizio che sia stata la badante della Marchesa, perché il testamento della stessa diceva che tutti i suoi beni sarebbero andati alla badante.

Pamela, una giovane amazzone, muore cadendo da un cavallo nel corso di una gara. Intanto il capitano Tommasi si allena con Cecchini per vincere la gara di canoa anche se l'arrivo di Amanda potrebbe sconvolgere i piani del capitano.

Per le strade di Gubbio sembra aggirarsi un pericoloso lupo. Un professore che voleva evitare che l'animale fosse soppresso viene rinvenuto morto nel bosco.

Un uomo viene ritrovato morto su una giostra, denominata Giostra dei Desideri e, poco lontano, il proprietario viene ritrovato privo di sensi. I sospetti ricadono proprio sul proprietario della giostra, poiché sua moglie aveva deciso di sposarsi con la vittima ma, ancora una volta, Don Matteo riuscirà a far venire a galla tutta la verità, scoprendo che, in realtà, il movente dell'omicidio non è il tradimento amoroso. Pippo, intanto, decide di comprare una nuova casa popolare, a un prezzo molto basso, mentre il maresciallo Cecchini decide di partecipare al programma televisivo "La prova del cuoco".

La figlia di un importante industriale viene rapita e contemporaneamente un piccolo ragazzino del convento di suor Maria viene trovato gravemente ferito all'interno di un pozzo. I carabinieri sono convinti che i rapitori abbiano sorpreso il ragazzino e, per paura di essere scoperti, abbiano gettato il bambino nel pozzo. Don Matteo, però, riuscirà a scoprire la verità, scoprendo che il ragazzino non è stato gettato nel pozzo ma che vi era caduto da solo. Ora tocca solo scoprire il nome dei rapitori.

Attratta dalla voglia di non trascorrere da sola San Valentino, Natalina si reca insieme alle sue due amiche ad un luogo di incontro. Proprio qui conosce un famoso giornalista Alfio Miceli, gentile e ricco che, però, la stessa notte viene trovato senza vita nella redazione del giornale di Gubbio. I sospetti si indirizzano prima verso il fratello di un'amica di Natalina, che, la sera prima, dinanzi agli occhi della simpatica perpetua, aveva aggredito la vittima, minacciandola e poi sul direttore della redazione del Giornale di Gubbio. Don Matteo, però, riuscirà a scoprire il vero colpevole, facendo venire a galla tutta la verità. Natalina, intanto, per una strana fatalità, sembra essere convinta che il capitano Tommasi si sia innamorato di lei.

Una giovane prostituta di colore viene misteriosamente uccisa, apparentemente per un "patto" non rispettato. Vicino alla scena del crimine è presente, all'arrivo dei carabinieri, anche la "maman" la migliore amica della giovane uccisa che pratica il culto Vudù, viene prontamente fermata in quanto maggiore sospettata. Per Cecchini, però, molto sospette si rivelano anche le incomprensibili parole pronunciate dalla stessa "maman" al momento del suo arresto e che sembrano essere la causa del malocchio che perseguiterebbe incessantemente il Capitano.

Un astronomo, molto stimato e conosciuto da tutti, viene trovato senza vita nella Gola del Bottaccione. Il principale indiziato sembra inizialmente essere, agli occhi di tutti tranne che a quelli di Don Matteo, il cognato che poche sere prima aveva fatto la sua comparsa dopo anni di assenza per rivedere la figlia, allevata, dopo la morte della madre, dalla stessa vittima. Impeditegli le sue volontà dall'astrologo, egli aveva minacciato quest'ultimo davanti a numerosi testimoni tra i quali si trovava anche Don Matteo, il maresciallo, Pippo e Natalina. E sempre quella notte degli stani fenomeni luminosi suggestionano Natalina e Pippo che cominciano a credere alla presenza degli UFO. Nel frattempo Patrizia chiede aiuto al capitano per studiare per il test d'ammissione all'università all'insaputa del padre, il quale crede che il capitano si sia innamorato di sua figlia.

In canonica si presenta Raniero, fratello di Natalina, con la figlia piccola Bianca. Quando una giovane donna viene aggredita e ferita con un colpo di pistola, l'uomo finisce tra i principali sospettati perché aveva dato un passaggio alla vittima.

Il capitano Tommasi ed Amanda si prendono una pausa di riflessione; intanto nel prato viene trovata morta una giovane donna: i sospetti, inizialmente, ricadono sul suo ex fidanzato. La donna lavorava in un importante negozio di abbigliamento e Don Matteo ed i carabinieri scoprono che aveva una relazione col futuro marito della proprietaria. La ragazza era stata licenziata il giorno stesso del delitto a causa di un tentato furto. Don Matteo riuscirà a far venire a galla la verità, scoprendo che, in realtà, colui che ha commesso il furto è anche l'assassino.

Un giovane sommelier viene ritrovato morto. Sembra un banale incidente provocato dalla caduta dalle scale, ma i carabinieri sospettano del proprietario della cantina dove la vittima lavorava. La moglie infatti potrebbe aver avuto una relazione col sommelier. Intanto Cecchini, Giulio e Patrizia si trovano ad imbiancare. Per un equivoco il maresciallo si affaccia alla finestra e crede che sua figlia e il capitano si siano baciati. Così Cecchini decide di aiutare personalmente il capitano,ma, mentre li tiene la scala, si distrae quindi Giulio cade e si rompe la gamba. Per farsi perdonare fa dormire il capitano da lui.

Un liutaio esperto viene trovato morto nel suo negozio e sua figlia, una chitarrista famosa mai riconosciuta dal padre, viene trovata col coltello tra le mani. Don Matteo, come sempre, riuscirà a far luce su quanto è avvenuto, scoprendo che, in realtà, il vero colpevole è un'altra persona. A Gubbio, nel frattempo, è giunta un nuovo Medico Legale, vecchia amica del capitano Tommasi: fra i due vi è una bella complicità e Cecchini pensa che sia la donna giusta per il suo capitano.

Durante una festa universitaria, a cui partecipa anche Patrizia Cecchini, una giovane ragazza cade dalla terrazza e viene trovata gravemente ferita alla testa. I medici affermano che nel corpo della giovane vi era una dose elevata di droga e i carabinieri indagano. Inizialmente i sospetti ricadono su un amico stretto di Patrizia, Luca. Intanto il maresciallo Cecchini è in crisi con sua figlia Patrizia.

Giorgio, promettente scenografo, viene trovato morto, apparentemente suicida. Il padre del ragazzo incolpa Don Matteo della disgrazia, colpevole di aver allontanato il giovane dalla sua famiglia. In caserma i carabinieri si preparano per ricevere delle onorificenze. Tutto sembra presagire una bella giornata di festa, ma la signora Tommasi rimane vittima di un incidente d’auto, scontrandosi proprio con Amanda. Sebbene la donna sia appena contusa, approfitta della situazione per attirare su di lei le attenzioni del figlio, rendendogli la vita impossibile.