Batman enfrenta uma ladra sedutora e muito ágil conhecida como Mulher Gato. Ele consegue apanhá-la, mas por sentir atração por ela, não consegue prendê-la e aproveitando-se disso, a Mulher Gato consegue escapar. Ao mesmo tempo, Bruce Wayne conhece uma mulher chamada Selina Kyle, por quem ele acaba se apaixonando. Mas Selina, está apaixonada apenas por Batman e vê Bruce apenas como um amigo, sem perceber que os dois são a mesma pessoa. Então, surge um grupo terrorista liderado por uma criminosa conhecida como Garra Vermelha.

Batman descobre que a verdadeira identidade da Mulher Gato é Selina Kyle. Enquanto isso, Garra Vermelha e sua quadrilha atacam um comboio militar e roubam uma praga viral, que ela pretende lançar em Gotham City, se não lhe for pago um resgate. Batman e Mulher Gato precisam colocar de lado suas diferenças e trabalhar juntos para impedir a Garra Vermelha, antes que seja tarde demais. Porém no final, Batman acaba prendendo a Mulher Gato também, para que ela pague por seus crimes.

Quando uma horrível criatura com aparência de morcego aterroriza Gotham City, as autoridades concluem que deve ser Batman. Entretanto, a investigação de Batman o leva ao laboratório de Kirk Langstrom, um zoólogo, que após experimentar uma fórmula se converte em um Morcego Humano. O detetive Bullock se dirige com o esquadrão especial de policia para prender Batman, que é suspeito pelos ataques realizados por Langstrom. Batman precisa capturar o Morcego Humano para salvar a vida de Langstrom, e também limpar seu nome das acusações.

Victor Fries é um cientista que tenta salvar sua esposa Nora que está com uma doença rara no laboratório da Empresa Gothcorp, onde trabalha. Ele a coloca em estado criogênico para conservar o seu corpo até que encontre a cura. Porém durante as experiências para salvar Nora, ele é interrompido pelo dono da Empresa, Ferris Boyle, alegando gastos abusivos e com fins pessoais em seu laboratório. Fries entra em confronto com Boyle e recebe um chute do mesmo, caindo em uma mesa com produtos químicos, causando um acidente do qual ele sobrevive, mas descobre que só seria possível viver em temperaturas abaixo de zero. Um anos depois, ele aparece usando uma roupa especial com uma arma que emite raios congelantes e um novo nome: Sr. Gelo. Prometendo vingança contra Ferris Boyle, ele rouba os equipamentos da empresa Gothcorp com a finalidade de construir uma arma congelante gigante. Batman enfrenta o Senhor Gelo para por fim aos seus planos.

Bruce Wayne é acusado de tentativa de assassinato contra Lucius Fox. O verdadeiro culpado é o ator e mestre dos disfarces chamado Matt Hagen, que foi desfigurado em um acidente de carro anos atrás. A fim de manter sua fama, ele secretamente começou a trabalhar para Roland Daggett, que lhe proporciona um fornecimento mensal de um creme para o rosto conhecido como Renuyu, que pode remodelar temporariamente seu rosto e fazê-lo voltar ao normal. Para chantagear o ator, Dagget cortou o fornecimento do creme para Hagen e quando ele invade o laboratório querendo roubar mais Renuyu, os homens de Daggett jogam um barril inteiro da fórmula em Hagen. Enquanto isso, Bruce Wayne é preso e levado sob custódia.

Bruce Wayne é libertado da prisão sob fiança. Hagen sobreviveu à tentativa de assassinato, mas a um custo elevado: a fórmula entrou pelo seu corpo em cada uma de suas células, transformando-o em um mutante que muda de forma. Com seus novos poderes, Hagen, agora se tornou o vilão Cara de Barro e decide levar a sua vingança sobre Daggett e seus homens. Batman precisa prender Daggett e derrotar o Cara de Barro, antes que pessoas inocentes acabem feridas.

ma guerra entre os chefes do crime Rupert Thorne e Arnold Stromwell está chegando ao fim quando Stromwell, está para ser morto em um restaurante explodido por Thorne. Batman o salva no último momento e ajudado pelo irmão de Stromwell (agora um sacerdote que perdeu uma perna anos antes, em um acidente cujo Stromwell carrega uma culpa secreta), tenta convencê-lo a desistir de sua vida de crime e ajudar a polícia a capturar Thorne.

O Coringa foge da prisão e na fuga de carro, se desentende com um homem chamado Charles Collins no trânsito. O Coringa ataca o homem, depois que ele bate em seu carro. Charles implora por sua vida e o Palhaço do Crime deixa ele viver, porém pede um favor em troca. Dois anos depois, o Coringa pretende atacar uma festa organizada para o Comissário Gordon e se lembra de Charles pedindo a ele que o ajude no plano. Ele faz chantagem ameaçando matar a família de Charles, caso ele não o ajude. Resta a Batman impedir os planos insanos do Coringa e salvar o pai de família Charles.

Harvey Dent começa a namorar uma misteriosa mulher chamada Pamela Isley e acaba sendo envenenado após beijá-la. Batman descobre que Pamela se transformou na vilã Hera Venenosa. Ela envenenou Harvey por vingança porque há alguns anos atrás, ele idealizou um projeto de construção de uma nova penitenciária em uma área ambiental. Batman deverá lutar contra a Hera Venenosa para salvar a vida de seu amigo e a sua também.

Batman se encontra com um novo vilão, o Espantalho, quando este tenta incendiar a Universidade de Gotham por vingança. Pórem, durante a luta, Batman inala um gás de medo e começa a ter pesadelos que lhe fazem acreditar que foi o culpado pelo assassinato de seus pais. O Espantalho, o ex-professor da Universidade, Jonathan Crane, jurou vingança contra a entidade por ter sido demitido justamente por usar o gás do medo em seus experimentos. Batman consegue se recuperar e coloca fim nos planos malignos do Espantalho.

O Prefeito Hill inaugura uma obra voltada para a segurança, mas durante o evento, bandidos fogem da policia e entram no local estragando a inauguração. Batman aparece e prende os marginais. O Prefeito Hill dá uma entrevista na TV dizendo que a polícia vai combater os criminosos com mais rigor e que Batman também é uma ameaça assim como bandidos como o Coringa. O príncipe palhaço do crime assiste a entrevista e se irrita com o prefeito que o comparou a Batman jurando vingança.

Roland Daggett pretende explodir o beco do crime com todos os habitantes que insistem em ficar lá. Cabe a Batman salvar a todos, inclusive a uma velha amiga, a Dra. Leslie Thompkins, com quem se encontra todos os anos no beco onde os Wayne foram assassinados.

Quando Bullock estraga uma operação policial a oficial Montoya e o novato Wilkes, são investigados por assuntos internos. Bullock pretende salvar-se dando uma versão contraditória incriminando Batman, porém isto termina, com uma suspensão para os três. Ansiosa para limpar seu nome, Montoya segue algumas pistas que a conduz aos criminosos por trás deste incidente.

Depois de sua empresa ir à falência após um julgamento, Temple Fugate torna-se o vilão Rei dos Relógios. Fugate sai para buscar sua vingança contra o homem a quem ele culpa por seus infortúnios: o prefeito Hamilton Hill. O que aconteceu na verdade, era que o prefeito Hill simplesmente sugeriu que Fugate não fosse tão rígido com os horários e tirasse um tempo livre para que relaxasse antes do julgamento, o que levou Fugate a chegar atrasado após uma série de trapalhadas e assim, culpar injustamente o prefeito. O Rei Relógio sequestra Hill, com a intenção de acabar com a vida dele. Batman deve impedir o Rei Relógio de levar a cabo sua vingança e assim salvar a vida do prefeito.

Coringa espalha um gás letal através de uma balsa repleta de lixo tóxico. Esse gás altera a mente dos cidadãos de Gotham e faz com que todos fiquem rindo à toa feito dementes. Enquanto as pessoas ficam alteradas, o Coringa e seus capangas aproveitam para fazer seus roubos com tranquilidade. Se Batman não impedir o Príncipe Palhaço do Crime, logo todos ficarão completamente insanos, incluindo seu amigo e mordomo, Alfred. O Homem Morcego vai ao encontro do Coringa, que dentro da balsa aguarda com mais uma surpresa, um robô capanga chamado de Capitão Palhaço. Batman derrota o robô e prende o Coringa e seus capangas.

É inaugurado um balneário conhecido como "Spa Juventude Eterna", local que atrai a atenção de diversos empresários ricos e onde eles foram vistos pela última vez antes de desaparecerem. A única conexão entre eles é que todos tinham algo a ver com a morte de plantas. Bruce Wayne também recebe um convite (embora tenha sido um de seus ávidos diretores que quase fez o acordo para destruir uma floresta tropical antes que Bruce fechasse a operação), mas Alfred e sua amiga Maggie, vão em seu lugar. Porém, este lugar é dirigido por ninguém menos que Hera Venenosa, que utiliza uma nova forma de clorofila para converter as pessoas em árvores. Batman desconfia de algo errado e vai ao local para salvar Alfred e sua amiga das garras malignas da Hera Venenosa.

O Promotor Público Harvey Dent esconde um grande segredo. Ele possui dupla personalidade, uma boa e uma má. No entanto, a personalidade má, o Duas-Caras, só aparece de vez em quando. Harvey sempre usa uma moeda de cara e coroa para decidir o que vai fazer. Quando Rupert Thorne, o maior inimigo do Promotor descobre a condição de Harvey, tenta chantageá-lo. Harvey infelizmente, sofre um acidente provocado pela quadrilha de Thorne: metade do seu rosto fica deformado e seu cérebro também é atingido; tornando a sua personalidade maligna dominante; abandonando tudo inclusive sua noiva, se voltando para o mal e jurando destruir Thorne. Ele agora se denomina Duas Caras, o mais novo vilão de Gotham.

Harvey Duas-Caras forma uma quadrilha depois do acidente que o tornou um vilão, criando uma agressiva campanha de vingança contra Rupert Thorne assaltando vários estabelecimentos ligados a ele. Thorne, por sua vez, fica irritado com esses assaltos e oferece uma recompensa de dois milhões de dólares para quem acabar com o Duas Caras. Batman quer encontrar o Duas-Caras o mais rápido possível, porém os homens de Thorne armam uma armadilha usando como isca, Grace Lamont, a ex-noiva de Harvey Dent. Batman combate Thorne, salva a moça, mas não consegue fazer com que Harvey volte ao normal. Então, a policia prende o Duas-Caras e o leva para o Asilo Arkham.

O Espantalho injeta um poderoso pó químico do medo nos principais atletas de Gotham City através de telegramas. Com isso, vários atletas são infectados e o pó químico age no corpo quando a adrenalina está alta fazendo com que eles se abalem e não consigam vencer nos seus esportes devido ao medo. O Espantalho aproveita e aposta contra os atletas em apostas ilegais faturando assim muito dinheiro para financiar suas novas experiências doentias. Batman tenta solucionar o caso e junto de Robin, (que também foi afetado pelo pó químico) vai atrás do Espantalho para prender o vilão e fazer com que todos os atletas e o próprio Robin voltem ao normal.

Oswald Cobblepot, o Pinguim, rouba o Ovo de Fabergé, porém duas crianças testemunham o roubo feito pelo Pássaro do Crime e são perseguidas. Batman aparece e tenta prender o Pinguim, mas é atingido pelo guarda chuva pistola do criminoso. Ele é socorrido pelas duas crianças e é levado para o porão da casa delas. Agora as crianças devem proteger o Homem Morcego do Pinguim e seus capangas.

Dois homens condenados que irão a julgamento são sequestrados misteriosamente e nas cenas dos sequestros, Batman encontra pistas que levam ao detetive Bullock. Ele começa assim uma investigação acreditando que Bullock, mesmo não sendo seu amigo, é inocente. Batman descobre também uma escama de réptil como pista deixada no local de um dos sequestros e isso o leva a crer que o ex-lutador, Waylon Jones vulgo Croc Assassino, pode estar por trás desses crimes. Croc nasceu com uma anomalia genética fazendo com que seu corpo e seus hábitos se assemelhem a um crocodilo. Ele começou a cometer crimes depois que sua carreira como lutador fracassou. Batman consegue localizar os detentos sequestrados e descobre que o Crocodilo tentava culpar Bullock por vingança, depois de ter sido preso pelo mesmo anos atrás.

Batman investiga uma seita chamada "Irmandade", fundada pelo profeta místico Nostromos, depois de ouvir sobre uma série de histórias de seus colegas sobre sua capacidade de prever o futuro. Batman descobre que Nostromos é o autor dos acidentes quase fatais ocorridos e que ele fez isso para ganhar a confiança dos magnatas de Gotham e assim extorquir dinheiro deles.

Quando homens indigentes começam a desaparecer em uma doca, Bruce Wayne se disfarça para investigar. Porém, acaba sofrendo uma amnésia e sendo vítima de trabalhos forçados em um remoto acampamento de minério. Agora, ele depende de Alfred que deve localizá-lo e ajudá-lo a escapar para assim libertar o restante dos prisioneiros.

O cientista Jervis Tech está obcecado por uma jovem chamada Alice e tenta conquistá-la de qualquer jeito, mesmo sabendo que a moça está noiva. Ele assume a alcunha de Chapeleiro Louco para controlar a mente de Alice e de quem quiser impedi-lo. Batman investiga o caso e enfrenta o Chapeleiro para salvar a jovem moça do pior.

Batman investiga Josias Wormwood, um criminoso que conseguiu roubar um fundo de caridade. Além disso, o Barão Waclaw Jozek ofereceu a Wormwood, uma recompensa para trazer a capa e o capuz de Batman. Wormwood é um mestre na criação de armadilhas para suas vítimas e não exita em usá-las para caçar o Batman.

Bruce Wayne acorda e descobre que sua vida está completamente diferente: seus pais não estão mortos, a Batcaverna não existe, Alfred não se lembra de Robin e para sua surpresa, agora ele está noivo de Selina Kyle. No entanto, Batman ainda existe mas ele e Bruce não são a mesma pessoa. Bruce começa a se perguntar o que aconteceu e uma série de pistas o levam à conclusão de que tudo não passa de uma farsa elaborada pelo Chapeleiro Louco que utiliza um dispositivo de controle mental.

O Chapeleiro admite que criou aquele mundo ilusório de sonhos para simular tudo o que Bruce sempre quis e assim tirasse o Batman de uma vez por todas de sua vida, embora o dispositivo de controle da mente não revelasse nada para o mundo exterior e assim a identidade secreta do herói não foi descoberta pelo vilão. Bruce exige que o Chapeleiro Maluco o libere, mas este diz que é impossível. Recusando-se a viver uma mentira, Bruce percebe que há uma possível saída e pula para a morte certa.

Batman encontra crianças misteriosas cometendo pequenos delitos. Logo, ele descobre que esse grupo de meninos abandonados vive nas profundidades do esgoto. Seu líder, o louco Rei do Esgoto, obriga os pequenos a roubar para ele. Batman deve lutar contra enormes crocodilos e armadilhas do Rei do Esgoto para salvar essas crianças da escravidão.

Batman enfrenta um misterioso ninja, Kyodai Ken, um antigo rival nas artes marciais que conheceu durante seu treinamento no Japão, o qual foi expulso do dojo depois de tentar roubar seu mestre e ser descoberto por Bruce. Desde aquele dia, Kyodai jurou vingança contra Bruce e agora pretende destruir as empresas Wayne roubando todas as suas subsidiárias. Batman tem dificuldades na luta contra Kyodai, já que ambos possuem as mesmas habilidades em combate e conta com a ajuda de Robin, para manter sua identidade secreta de uma repórter e assim, colocar fim nos planos do ninja ladrão.

A Mulher Gato é sequestrada para uma ilha onde são criados híbridos de humanos e animais pelo engenheiro genético, Dr. Dorian e assim, se torna sua mais recente experiência. Batman tenta salvá-la, porém terá de enfrentar Tygrus, um Mutante Homem Tigre.

Batman vai até um SPA, onde um criminoso injetava um estranho produto na água potável do local. Batman luta com ele, mas é atingido por um estranho gás. Ele começa a ter alucinações com seus principais inimigos. Ciente de que aquilo é efeito do gás, Batman busca ajuda no hospital, mas não aceita se tratar no momento, pois teria que ficar dois dias fora de ação, o impedindo de desvendar o envenenamento que poderia acontecer em outros pontos da cidade. Como os efeitos eram ligados ao medo, ele imagina que tudo aquilo seria obra do Espantalho.

Simon Trent, um ator muito conhecido por seu papel como "O Fantasma Cinzento", está à beira da miséria graças a sua carreira em declínio. Para resolver seus problemas financeiros, ele vende todo o seu material de cinema. Logo em seguida, uma série de crimes relacionados com o antigo programa de Trent começam a ocorrer. Batman, que no passado tinha se inspirado em parte pelo programa do Fantasma Cinzento (o qual era seu herói de infância), agora pede ajuda a Trent para pôr fim aos crimes. Eles precisam deter o incendiário maluco que anda explodindo os prédios de Gotham. Por fim, Bruce Wayne ajuda financeiramente Trent, para que ele pudesse reerguer sua carreira.

A Mulher Gato é condenada a cinco anos de liberdade condicional por roubo. Ela volta para casa e descobre que sua gata foi sequestrada por Roland Daggett, que planeja um complô para envenenar os cidadãos de Gotham, utilizando-se de animais geneticamente alterados, através de uma praga viral criada pelo Professor Milo. O caso ganha uma nova urgência quando a Mulher Gato torna-se infectada com esse vírus durante sua busca por sua gata. Agora, Batman deve encontrar um antídoto para salvar a mulher que ama e impedir os planos de Dagget.

O Comissário Gordon foi seriamente ferido em um confronto por um bandido conhecido como Jazzman. Batman tem uma crise por achar que foi o culpado e fica em dúvidas sobre seu futuro, pensando até mesmo em desistir da vida de herói e de proteger Gotham City. Robin tenta ajudá-lo mas deprimido, Batman não consegue reagir, principalmente porque passou a ver Gordon como alguém muito mais importante do que um parceiro na luta contra o crime, considerando-o como um de seus melhores amigos. Buscando forças e lembrando do quanto é importante para Gotham, o Cavaleiro das Trevas ressurge. Quando Robin está decidido a resolver os problemas do Comissário em seu lugar, Batman o impede, pedindo para deixar tudo com ele e assim, partindo com tudo para prender o Jazzman.

Coringa, Duas-Caras, Pinguim, Hera Venenosa e Croc Assassino fogem da polícia e se escondem no mesmo bar, onde se envolvem em um acirrado jogo de cartas. Os vilões então, começam a contar histórias de como quase triunfaram sobre Batman.

Batman investiga o aparecimento de um lobisomem em Gotham, não percebendo que o monstro possa ser um dos associados de Bruce Wayne - Anthony Rômulo, ex-campeão olímpico que está sendo chantageado afim de obter o antídoto para reverter sua mutação. Por trás do esquema, está o asqueroso Professor Milo.

Quando um morcego gigante aparece nos portos de Gotham, Batman suspeita que o Dr. Kirk Langstrom está novamente tomando a fórmula para se transformar no Morcego Humano. Depois de iniciar uma investigação, Batman descobre que esta criatura não é Langstrom, mas sim sua esposa, Francine, que se transformou após seu pai recriar a fórmula para torná-la ainda mais forte, mas após deixar o vidro contendo ela cair no chão, sua filha se cortou e assim teve início a mutação. Percebendo o mal que fez, o cientista, envergonhado, destrói permanentemente a fórmula enquanto Batman e Langstrom partem para encontrar Francine, que se transformou novamente no Morcego Humano durante um vôo de avião e assim fazer com que a moça volte ao normal.

Depois de escapar do Asilo Arkham no Natal, Jack Napier, o Coringa, toma o controle da TV de Gotham City tomando como reféns, o Comissário Gordon, o Detetive Bullock e a repórter Summer Gleason. Ele desafia Batman e Robin para uma batalha e causa alguns desastres no caminho, para manter os dois ocupados naquela noite. Sem escolhas, Batman e Robin correm contra o tempo para libertar os reféns e acabar com mais uma loucura provocada pelo Coringa em pleno Natal.

Vários roubos estão ocorrendo em grandes empresas, incluindo as Empresas Wayne e Batman descobre que o ladrão é na verdade uma pasta mecânica. Depois, ele se encontra com seu velho amigo, Karl Rossum, um especialista em robótica, sua bela assistente, Randa Duane e sua criação definitiva: um protótipo de inteligência artificial conhecido como Computador Digital Analógico Holográfico Alternativo e Recíproco (HARDAC). Bruce convida Duane para jantar e na mesma noite, alguns de seus conhecidos começam a agir de forma estranha. O mais surpreendente é quando Duane deixa inesperadamente a Mansão Wayne enquanto Bruce está ao telefone e no final, os computadores da Batcaverna atacam Batman.

Batman consegue libertar-se dos computadores da Batcaverna e mantendo de volta seu controle, mas não encontra Duane. Depois disso, Barbara Gordon convoca Batman para informá-lo da súbita mudança no comportamento de seu pai, o Comissário James Gordon. Uma luta brutal entre Batman e Bullock ocorre em seguida, com o Homem Morcego empurrando o detetive para o Batsinal e revelando assim, que aquele na verdade é um androide, o que significa que o verdadeiro Bullock e o Comissário Gordon desapareceram. Batman já sabe quem é o culpado: HARDAC, que tem como objetivo substituir os humanos por robôs inteligentes. O Cavaleiro das Trevas deve parar o supercomputador maligno antes que seja tarde demais.

Quando Edward Nygma, o gênio por trás do jogo de computador "The Riddle of the Minotaur" reivindica a sua parte dos lucros para o empresário ganancioso e manipulador, Daniel Mockridge, acaba sendo despedido sem justa causa. Dois anos mais tarde, quando Mockridge tenta vender sua companhia para a Wayne Enterprises, Nygma começa sua vingança com uma nova identidade, o Charada. Então, ele sequestra Mockridge e atrai Batman e Robin a um labirinto gigante, onde devem resolver uma série de enigmas mortais.

Cameron Kaiser inaugura um cassino com o nome do Coringa que não gostou da brincadeira e tenta matar a todos destruindo o local. No entanto, é exatamente isso que Kaiser quer que ele faça como parte de uma reivindicação de seguro. Mas seu plano fracassa, quando o Palhaço do Crime o captura e está prestes a matá-lo também. Cabe a Batman, capturar o Coringa e impedi-lo que destrua o cassino e mate as pessoas.

Batman age como sempre, mas este não é Bruce. Então, quem é este homem que tem seu rosto, personalidade e memórias?

Um criminoso chamado Conde Vertigem começa à roubar uma tecnologia avançada. Batman em meio à essa busca conhece Talia Al Ghul, sem saber que ela é filha do lendário Ra's Al Ghul. Talia descobre a identidade secreta de Batman. Os dois se unem mesmo assim, para impedir os planos do Conde Vertigem. Na tentativa de sair de uma casa tomada de armadilhas e ilusões do Vertigem Batman segura a mão de Talia e aí começa o romance entre eles.

Buscando provar de uma vez por todas que sua inteligência é muito superior a de Batman, o Charada retorna, provocando um caos no sistema de computadores de Gotham, excluindo arquivos e registros e em seguida, criando um jogo misterioso de realidade virtual que coloca em risco a vida do Comissário Gordon. Com a ajuda de Robin, Batman tenta salvar Gordon resolvendo os enigmas dentro do computador e escapando das armadilhas do Charada.

O Coringa cria uma toxina que afeta os peixes deixando-os com sua aparência e tornando-os Peixes-Coringa. Alguns mega-empresários no ramo da pescaria se aborrecem ao descobrir isso. Batman faz uma investigação minuciosa para descobrir o estranho plano do vilão. Logo, o Coringa revela que planeja matar todos esses empresários, caso estes não lhe paguem os "direitos autorais", pelo fato dos peixes possuírem o seu rosto e já começou a atacá-los com o gás do riso. Além disso, ele ainda ameaça matar o Detetive Bullock jogando-o num aquário com um tubarão gigantesco. Batman precisa salvar Bullock e impedir os planos malignos do Coringa.

Depois de ser despedida pelo Coringa, Arlequina conhece a Hera Venenosa e as duas resolvem unir forças para destruir Batman e dominar Gotham.

O Pinguim conhece o mecânico responsável pelo Batmóvel e o ameaça. Então, ele sabota o carro e coloca Batman e Robin em sérios apuros.

Um homem desconhecido, criminoso pé de chinelo, conta como matou o Batman por acidente, porém isso deixa o Coringa furioso, pois ele queria ter matado o morcego. Agora, o homem que eliminou supostamente Batman corre perigo nas mãos do palhaço do crime. Resta a Batman, que na verdade escapou do acidente, ajudar o seu suposto assassino a livrar-se das loucuras do Coringa.

Uma antiga amiga de Bruce Wayne chamada Zatanna é envolvida em um roubo multimilionário. Batman deve ajudar Zatanna a combater um ilusionista do mal chamado Montague Kane.

Batman e Robin interrogam um bandido que trabalha para um chefe do crime chamado Billy Marin. Batman investiga o caso, enquanto Robin é forçado a permanecer na Batcaverna. No Batcomputador, descobre-se que o Sr. Marin não é outro senão Tony Zucco, o criminoso que sabotou o show que levou os pais de Robin à morte.

Batman continua sua investigação sobre Zucco enquanto Robin, desobedecendo Batman, prepara-se para vingar a morte de seus pais. Paralelamente a história conta a origem de Dick Grayson, desde seus primeiros laços com Bruce Wayne, até seu encontro com Zucco. Robin fica frente a frente com Zucco, mas Batman o impede de matá-lo. Zucco é preso e levado para a cadeia para pagar pelos seus crimes.

O Pinguim consegue liberdade condicional e anseia voltar a nata da sociedade, mas é rejeitado por todos. Ele vê em Verônica uma amiga, mas não reage bem ao saber que ela o enganou o tempo todo fingindo ser sua amiga, para tirar sarro do vilão perante a sociedade. Enfurecido, o Pinguim sequestra Verônica. Batman terá de deter agora o pássaro do crime de coração partido.

O Pinguim assume o controle de um dos helicópteros de guerra das empresas Wayne, ameaçando a vida de todos em Gotham City. Ele atira contra Batman que é atingido por produtos químicos deixando-o com uma cegueira temporária. O Homem Morcego sai para impedir o Pinguim mesmo sem enxergar nada, enfrentando armadilhas mortais. Batman consegue o helicóptero de volta, prende o Pinguim e seus capangas e recupera sua visão.

O Ninja Kyodai Ken retorna ao templo japonês para encontrar um livro que o ensina uma técnica especial, o "Toque da Morte". Ele sequestra Kairi, uma jovem estudante de Yoru, que é o mestre de artes marciais de Kyodai e Bruce. Prometendo vingança contra Batman, Kyodai sequestra Alfred e desafia o Cavaleiro das Trevas para um combate mortal na beira de um vulcão. Batman precisa se proteger contra o Toque Mortal de Kyodai, antes de resgatar Alfred.

Lloyd "Eddie" Ventrix está prestes a perder o contato com sua filha, Kimberly, e sua ex-mulher, Helen, devido ao seu passado como um vigarista. Determinado a não perder Kimberly, Ventrix veste uma roupa especial roubada de onde ele costumava trabalhar enquanto estava em liberdade condicional, a qual lhe concede invisibilidade mas também torna-se altamente tóxica. Ele se apresenta como um amigo imaginário de Kimberly e rouba jóias para ela. Batman precisa resolver os crimes misteriosos e parar Ventrix, apesar da dificuldade que ele encontra de não conseguir vê-lo.

Robin é sequestrado misteriosamente enquanto voltava para sua Universidade. Batman começa uma busca mas não consegue encontrá-lo, até que é surpreendido dentro da Batcaverna, pela repentina aparição de Ra's Al Ghul, o líder enigmático de uma organização criminosa internacional, chamada Liga das Sombras. Ele pede ajuda pois sua filha Talia Al Ghul, também foi sequestrada. Eles conseguem encontrar Robin e Talia, mas tudo não passa de um plano de Ra's Al Ghul, para que Batman os leve até o Poço de Lázaro. Chegando lá, Ra's Al Ghul aparentemente morre, mas acaba sendo ressuscitado quando é lançado no Poço.

Ra's al Ghul revela que já viveu centenas de anos, que planeja destruir a Terra para criar um novo mundo e tenta convocar Batman para se juntar a ele. Mas, o morcego não aceita e como ele já sabia de muitas coisas relacionadas sobre a Liga das Sombras, Ra's al Ghul decide matá-lo, explodindo a caverna onde estavam. Batman e Robin escapam e tentam a todo custo impedir o planos do vilão.

A gangue de Ventríloquo cometem uma série de roubos em Gotham City. E Batman descobre a dupla personalidade (na animação é chamada de personalidade múltipla) de Scarface.

Surge um inimigo chamado Maxie Zeus, que se considera como um Deus em forma humana. Ele rouba uma arma experimental que o governo desenvolveu. O homem louco deseja usar a arma contra o povo de Gotham City e Batman deve colocar um fim no plano de Maxie contra a cidade que ele ama.