Sydney je konfrontována se svou matkou, která ji postřelí. Sydney se však podaří utéct. Do Tchaj-peje je vyslán pátrací tým, který má najít zmizelého Vaughna, ale po tom se slehla zem. Ukáže se, že se dokázal zachránit před utopením, ale vzápětí byl Kasinovem zajat a odvezen do Francie. Tam však shodou okolností míří také Sydney při plnění dalšího úkolu. Objevuje Vaughna a podaří se jí ho osvobodit. Pro záchranu Willa vymýšlí Jack složitý plán. Will je přistižen v narkomanském doupěti pod vlivem drog. Před novináři prohlásí, že má s drogami problémy už tři roky a že všechno, co za tu dobu napsal, včetně článku, kde se zmínil o SD-6, si vymyslel. Sloanea to upokojí a přestane mu usilovat o život.

Sloane se stal právoplatným členem Aliance. A dozvěděl se o existenci disku, na kterém jsou informace, které zmizelá Irina používala k vydírání. Sydney musí disk získat.

SD-6 dostala informaci, že Sark chce ze Srí Lanky vypustit satelit vybavený terahertzovou kamerou, která vidí až sto metrů pod povrch země. Sloane chce vědět, co Sark hledá a vidět to, co uvidí Sark, a proto vyšle na Srí Lanku Sydney s Dixonem, aby do počítačového systému satelitu nainstalovali zařízení, které by předávalo signál kamery i SD-6. CIA chce po Sydney totéž. Sydney úkol úspěšně splní. SD-6 i CIA mají záznam terahertzové kamery, který ukazuje nějaký kovový předmět v hlubinách ledových jeskyní na Sibiři. Ten předmět je Rambaldiova hrací skřínka, která hraje melodii, v níž je zakódováno Rambaldiovo tajemství. Ale skřínku je možno spustit taky jen kódem a ten má Sark...

Sloana se snaží někdo přesvědčit, že jeho žena Emily nezemřela. Sydney se stále více sbližuje s matkou Irinou. Jack to nese velmi těžce a udělá vše pro to, aby dceru z jejího vlivu dostal.

Ve Vídni byl zavražděn Niels Heider, příslušník Triády, který prodával informace SD-6. Ve své poslední zprávě SD-6 uvedl, že Triáda vyvíjí a zkouší v Budapešti 16 zbraní nové generace. Sloane posílá do Budapešti Sydney a Dixona, aby zjistili o jaký druh zbraní se jedná, vyfotografovali je a okopírovali jejich plány.

Sydney v Budapešti zjišťuje, že 16 zbraní nové generace je 16 dětí ve věku šesti až sedmi let, které jsou tajně vycvičovány ke špionážní práci. Po skončení výcviku jim lektoři vymažou paměť a nic netušící děti mají být kontaktovány a nasazeny teprve až dospějí. Výcvik dětí vede bývalý psycholog z KGB Valerij Cholokov, který má s touto prací zkušenosti z dřívějška. Manolo, který na Jackův případ nastražil v minulé epizodě v domě na Madagaskaru výbušniny, je deportován do USA. V transferu ho navštíví Vaughn a dozví se od něj, že dostal úkol od Jacka...

SD-6 našla důkazy o existenci tří lidí, které Sark nakazil virem podobným ebole. Sydney a Jack se musí zmocnit jejich lékařských záznamů a krve.

U Vaughna se objevily první příznaky nemoci, kterou mu způsobila voda z Rambaldiho přístroje. Pokud nedostane protilék, do tří dnů zemře. Irina prozrazuje, že protilék, který při svých pokusech vyvinul Kasinov, je na bývalé estonské námořní základně, kam se pro něj vypravuje Sydney. Na základně se setkává se Sarkem, který ji zajme. Protilék jí vydá pod podmínkou, že mu předá Sloanea, kterého chce zabít. Sydney souhlasí a odlétá i se Sarkem do Tokia, kde má Sloane schůzku aliance. V převlečení za gejšu Sloanea omámí a předá Sarkovi, který ho nechá odvézt sanitkou.

Sydney získá protilék a zachrání Vaughna. Je však velice překvapená, když přijde do sídla SD-6 a uvidí tam Sarka i Sloanea...

SD-6 se zmocní tajných kódů, ale ani Jack neví, k čemu doopravdy slouží. CIA odhalí, že jsou to kódy k ovládání jaderných hlavic, které byly před půl rokem ukradeny.

Irině se podaří přemluvit Jacka, aby ji spolu se Sydney vzal na výpravu do Kašmíru za získáním šesti jaderných hlavic od Lidové revoluční fronty, na jejíž základně to Irina dobře zná. Společně odjíždějí do Indie, a i přes různé náznaky sbližování rodiny je Jack k Irině stále krajně nedůvěřivý. Přesto se v krajní nouzi uvolí dát jí určitou samostatnost, ale vypadá to, že Irina zradila jeho a Sydney a je stále spojenkyní vůdce povstalců Cuvéeho. Nakonec přímo na základně zjišťují, že jádra hlavic mají být použita k uskutečnění dávného Rambaldiho experimentu, který měl dokázat samoobnovu buněk a nesmrtelnost života. Mezitím však Indové v obavě z jaderného útoku Pákistánci podporovaných vzbouřenců na základnu zaútočí. Irina mezitím osvobozuje Jacka a Sydney a Vaughn je zachraňuje vrtulníkem z bombardované základny. Výsledkem jejich mise je nejen získání jader z šesti hlavic, ale i květiny jako výsledku experimentu.

Laboratorní testy po návratu domů ukáží, že květina je čtyři sta až šest set let stará...

Sark upadl v podezření, že není k SD-6 loajální. Aby se očistil, předává informace o existenci systému, který by SD-6 dal do ruky mocnou zbraň.

Hned tři různé organizace mají zájem o přístup na Echelon, ale jen CIA má čisté úmysly.

Když Sydney zjistí, že byl Marshall unesen, bojuje s bezcitným Sloanem o možnost přivést zpět Marshalla, který je mučen známým tchajwanským mučitelem Dr. Lee. Dr. Lee chce odhalit kód pro přístup k přísně tajnému bezpečnostnímu systému Echelon. Sydney a Dixon jsou místo toho posláni do Vietnamu, aby obnovili pevný disk pro Echelon.

Mezitím se Kendall a zbytek CIA horečně snaží, aby se zabránilo SD-6 v přístupu k Echelonu. Jack si uvědomuje, že jediný kdo jim může pomoci je Irina.

Ariana Kaneová podezřívá Jacka a také Sydney, o které si myslí, že je dvojitý agent. Už je téměř odhalí, ale nakonec se vše robrátí proti ní. Navíc se ukáže, že podezření o zabití Emily Sloanové Jackem je lež, protože Emily je naživu. Sloane si bere dovolenou a Jack je pověřen velením SD-6.

Vše se zdá jako obrácené vzhůru nohama, což začne tajemným zmizením Sloanea, které přivede Anthonyho Geigera, nového vedoucího SD-6. Jak se Jack Sydney snaží udržet se krok napřed před Geigerem, aby neodhalil jejich tajemství, Will a Francie učiní svůj vlastní šokující objev, když se Francie připravuje na otevření své nové restaurace.

Po výsadkové operaci k zajištění něčeho, zvaného Server 47, Sydney objeví klíčovou slabinu, která by mohla zničit celou Alianci. Ale aby dostala své plány do akce, musí říct Dixonovi pravdu o všem, když je Jack zajat, a Dixon se musí rozhodnout odhalit tajné kódy, což umožní CIA rozjet celosvětovou ofenzívu za účelem likvidace všech buněk SD a zničení celé Aliance navždy.

Vědec Markovič vymyslel technologii Helix, s jejíž pomocí se dá snadno měnit podoba člověka v jiného. To by byla mocná zbraň v rukou teroristů a jiných zločinců. CIA musí dvojníky i Helix najít a zničit.

S tím souvisí i vyšetřování, které řídí Sydney, kdy mladá agentka CIA zemře a okamžitě padá podezření na jejího kolegu a milence agenta Jima Lennoxe. Je Jim skutečný nebo jen jeho dvojník?

Sloane je opět na scéně a chce sestavit Rambaldiho artefakty v novou zbraň. Sám to nedokáže, a proto unese matematika Caplana, který jako jediný může pomoci.

Sydney má konečně možnost opustit CIA, jenže únos geniálního matematika, jí přivádí zpět do boje.

Když se Sloaneovi dostane do rukou děsivá Rimbaldiho zbraň, která způsobuje vnitřní samovznícení, musí se Sydney obrátit o pomoc na zrazeného Dixona. Ale když její ex-parťák odmítá jakoukoli pomoc, nemá jinou možnost než provést misi sama. Když je Sydney unesena, musí Vaughn přesvědčit Dixona, aby pomohl CIA při záchraně Sydney z tábora v Afghánistánu.

CIA zoufale pátrá po zrádkyni Irině Derevkové. Stopy je zavedou do Stuttgertu a blíže též Sarkovi a Sloanovi. Irina se Sloanem chtějí získat výsledky výzkumu lidského genomu. Mohli by si vyrobit geneticky cílený virus. Události však přinutí Sloana, aby se všeho vzdal a zůstal s Emily. A Sydney dostane zprávu vysílanou Irininými náušnicemi, že pravda chce svůj čas.

Sydney v poslední minutě zachrání Caplana před smrtí. Francie zneužila Willa k získání snímků ze satelitu, z nichž se Sloane dozví, že Dixon zastřelil Emily a postará se o to, aby zemřela i Dixonova žena.

Dixon se snaží vyrovnat se smrtí své ženy, ale do práce se vrací už za čtyři dny, odhodlaný vystopovat Arvina Sloana. Vaughn pochybuje o jeho schopnosti poradit si v terénu, ale Dixon na této práci trvá, což přiměje Vaughna zvážit možné ohrožení Sydneyho. CIA rozluští stránku v Rambaldiho knize, která obsahuje proroctví o soudném dni, který má přijít za tři dny. Začíná tak zoufalý boj o nalezení Rambaldiho přístroje dříve, než stihne naplnit svou předpověď.

CIA hledá ve vlastních řadách krtka, který se už dvakrát naboural do počítačového satelitního systému. Hlavním podezřelým je Will Tippin. Jack Bristow dá Willa zatknout a vyslýchat. Výslechy k ničemu nevedou, Will si nevzpomíná ani na běžné věci ze své minulosti a CIA začíná mít pochybnosti, jestli je Will skutečný Will, nebo jestli jde o nastrčeného dvojníka. Kendall požaduje, aby byl Will převezen k tvrdému výslechu do speciální věznice Camp Harris. Sydney a Will jsou proti. Kendall nakonec Willův převoz do Camp Harris prosadí. Sydney a Vaughn odlétají do Berlína pátrat po neznámé zdvojené osobě, kterou před časem vytvořil Markovič. Francie, respektive její kopie-dvojnice, dá Willa během převozu do Camp Harris unést. Will únoscům uteče s skrývá se. Agenti CIA i FBI mají rozkaz ho zabít. Sydney chce Willa zachránit tím, že dokáže jeho nevinu. Will jí dá telefonicky tip na počítačový server v Marseilles, v kterém mají být informace o identitě dosud neznámé zdvojené osoby. Sydney pronikne do střeženého serveru, ale tam ji už na ni čeká Irina, která všechny počítače vymazala, ale má kopii souborů, o které má Sydney zájem a je ochotná je Sydney za protislužbu předat...

Will Tippin je nakonec zproštěn všech obvinění. Irina pošle Sydney s Jackem do Zurichu s tím, že tam Sloane ukrývá Rambaldiho artefakty. Je to však past a Jack je Sloanem zajat. Mezitím Vaughn a Sydney letí do Stockholmu chytit Sarka. Will zjistí, že Francie je ve skutečnosti dvojník Allison a celou dobu ho jen využívala.