Da SD-6-Chef Sloane vermisst wird, hat Anthony Geiger von der Allianz die Leitung der Zentrale übernommen. Aber Sark misstraut ihm und äußert seine Bedenken auch Sydney gegenüber. Außerdem erwähnt er einen 47. Server. Tatsächlich kann die CIA diesen ausfindig machen und lässt sich von Sydney wertvolle Daten senden, die zur weltweiten Zerstörung der SD-Zellen führen.

Vše se zdá jako obrácené vzhůru nohama, což začne tajemným zmizením Sloanea, které přivede Anthonyho Geigera, nového vedoucího SD-6. Jak se Jack Sydney snaží udržet se krok napřed před Geigerem, aby neodhalil jejich tajemství, Will a Francie učiní svůj vlastní šokující objev, když se Francie připravuje na otevření své nové restaurace.

Po výsadkové operaci k zajištění něčeho, zvaného Server 47, Sydney objeví klíčovou slabinu, která by mohla zničit celou Alianci. Ale aby dostala své plány do akce, musí říct Dixonovi pravdu o všem, když je Jack zajat, a Dixon se musí rozhodnout odhalit tajné kódy, což umožní CIA rozjet celosvětovou ofenzívu za účelem likvidace všech buněk SD a zničení celé Aliance navždy.

斯隆消失後，新局長加入了 SD-6。

슬론이 사라진 뒤 새 국장이 SD-6에 합류한다.

La CIA se entera de la desaparición de Sloane e informa de que la Alianza ha enviado un nuevo director provisional al SD-6 llamado Anthony Geiger. La nueva misión de Sydney y Jack es acercarse a Geiger, ahora que Jack ya no es "amigo" del director. Incluso Sark está preocupado por el nuevo director e informa Sydney de que ha estado curioseando en el servidor 47, un servidor secreto de la Alianza. Sydney se da cuenta enseguida de que este servidor puede ser el tendón de Aquiles de la Alianza así que informa a la CIA de la existencia del mismo.

Vaughn localiza el servidor en un Boeing 747 que está constantemente volando y que sólo aterriza para repostar y proveer de víveres y "diversiones" al encargado del servidor. La misión de Sydney será infiltrarse como una de las diversiones y una vez allí acceder al servidor y descargar su información. La misión es un éxito y Sydney obtiene los ficheros, destruyendo el avión y escapando mediante un paracaídas.

Cuestiones personales. Vaughn le dice a Sydney que no puede seguir viviendo de este modo, que no puede dormir cuando ella está en una misión y que le resulta imposible continuar con la idea de que las personas que los juntaron (el SD-6, la Alianza y Sloane) son las mismas que los matarían si se enteraran de que trabajan codo con codo. Por otro lado, Will le dice a Francie que no va a seguir trabajando de camarero dado que tiene un trabajo de periodista. Francie se alegra mucho por él y acaban besándose.

Geiger descubre que Sloane sospechaba que Jack y Sydney eran agentes dobles y aprovecha el hecho de que Jack está en el SD-6 para confirmar los datos del servidor 47 para detenerle. Jack es capaz de avisar a Sydney, la cual se pone muy nerviosa al saber que su padre podría morir a manos de Geiger en las próximas horas. La CIA descarta un ataque al SD-6 hasta que los datos no se confirmen pero Sydney no puede entrar al SD-6 sin ser apresada así que decide confiar en el único agente del SD-6 en el que puede hacerlo: Dixon. Cuando le revela toda la verdad, Dixon se queda perplejo y absolutamente boquiabierto. Sydney le dice que hay que actuar rápidamente y que si es capaz de verificar los datos, él mismo será capaz de ver que todo lo que le cuenta es cierto.

Sydney, viendo lo que se avecina, avisa a Will para que se vaya de la ciudad con Francie y ponerse a salvo hasta que todo pase. Dixon contacta con la CIA mediante correo electrónico: ha confirmado la información del servidor 47, la CIA tiene a la Alianza en la palma de su mano.

Inmediatamente, Kendall organiza un comando de ataque al SD-6 y desde el centro de operaciones conjuntas coordinan el ataque al resto de los SD repartidos por el mundo gracias a los ficheros de Sloane. Vaughn, Weiss y Sydney estarán en el comando que ataque al SD-6. Su misión será neutralizar dicha célula y rescatar a Jack. Ambas tienen éxito, el SD-6 cae y Sydney salva a su padre, matando a Geiger en el proceso. Segundos después del ataque, y libres ya de ataduras, Sydney y Vaughn se besan.

En una habitación, Sark está hablando con el propio Sloane, informándole de todo lo sucedido y de que "la misión ha sido un éxito". Sloane parece complacido y le comunica de que se alegra de que la fase uno del plan esté completada, que ya pueden pasar a la fase dos. Ordena además a Sark que compruebe si su nuevo aliado está en posición. Sark marca el teléfono de su otro aliado. La persona que descuelga es Francie, o alguien que se parece a ella, puesto que su lado yace con un tiro en la frente el cadáver de la verdadera Francie.

Dans un confortable 747, Sydney joue les call-girls pour un homme. Elle se rapproche de lui et l'oblige à lui révéler l'endroit où se trouve le serveur 47. Ayant eu l'info, elle le frappe et court télécharger les données du terminal. Avant de partir, elle doit maîtriser un garde. Mais le type de tout à l'heure braque une arme sur elle ...

לאחר שסלואן לא חוזר מחופשה, הברית ממנה לו מחליף, המגלה שג'ק וסידני הם סוכנים כפולים. סידני חושפת מסוף לא ידוע של הברית, והמידע שנמצא בו עשוי להיות המפתח להפלת הברית.

Sloane eltűnik, a Szövetség új embert nevez ki az SD-6 élére, a volt német kém, a kegyetlen Geiger személyében. Geiger rájön, hogy Sydney, és Jack kettős ügynök. Jack értesíti Sydneyt, hogy lebukott. A lány beszámol Dixonnak arról, hogy az SD-6 nem az, aminek hiszi, és megkéri, hogy segítsen megszerezni a biztonsági kódot. A kód ismeretében a CIA megrohamozza a szövetség összes szervezetét, és az utolsó pillanatban Jacket is megmentik a biztos haláltól. Saek és Sloane összeesküvést szervez a háttérben, melynek első fázisa fondorlatos módon sikerül...

Sydney and Jack are confronted by the new director of SD-6 who replaces Sloane, whose whereabouts and intentions are unknown. Meanwhile, romantic sparks begin to fly between Francie and Will.

Sloane è scomparso ed il suo posto viene preso da Geiger. Questi nutre dei sospetti nei confronti di Sydney e suo padre. Will lascia il ristorante di Francie e i due si scambiano un bacio romantico. Geiger legge una e-mail di Sloane che rivela chi sono gli agenti doppiogiochisti.

Sydney en Jack worden voor het blok gezet door de nieuwe directeur van SD-6 als hij de vermiste Sloane vervangt, wiens verblijfplaats en beweegredenen onbekend zijn. Er begint iets moois op te bloeien tussen Francie en Will.