11 meses se passaram desde que a Aliança da Terra e a ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty) entraram em guerra. No satélite de recursos Heliópolis da nação neutra Orb, na região L5, Kira Yamato, aluno de ensino técnico, vai ao laboratório e acaba se envolvendo em um plano de captura de Gundam das Forças da ZAFT.

Em meio às chamas, Athrun rouba o último Gundam, MS Aegis, e foge. Kira e Murrue também entram no Strike Gundam e fogem por pouco da explosão da fábrica. Mas tem um GINN da ZAFT os aguardando!

Le Creuset, pilotando um CGUE, ataca Kira. Nesse momento, o Archangel aparece diante deles. O disparo do Gundam Strike contra Rau cria um buraco enorme na colônia. Todos ficam atordoados por seu poder. Vendo que a situação não esta a seu favor, Le Creuset se afasta da batalha.

Do espaço aéreo da agora destruída Heliópolis, Kira volta ao Archangel com um salva-vidas. Flay estava dentro dele. Archangel resolve ir para o satélite militar Artemis para pedir ajuda.

Os quatro Gundams roubados aparecem diante do Strike. As Forças da ZAFT decidem usar todos os Gundams no ataque. Kira e Athrun se enfrentam de novo.

Fugindo por pouco das Forças da ZAFT, o Archangel se abriga no satélite militar Artemis. No entanto, a tripulação é recebida pela desconfiança dos supostos aliados.

O Archangel consegue fugir no meio do ataque da ZAFT, no entanto a falta de suprimentos se torna um problema cada vez mais urgente. La Flaga sugere levar a nave para o cinturão de detritos para angariar materiais de naves naufragadas.

O pod salva-vidas resgatado no cinturão de detritos continha uma garota e um robô: Lacus Clyne e Haro. Lacus é filha do atual presidente do Conselho Supremo das PLANTs, Siegel Clyne.

O tão esperado resgate finalmente chega. Há um breve momento de calmaria no Archangel. Eles vão se unir às naves de escolta Montgomery, Bernard e Law. O pai da Flay, George Allster, vice-ministro da Federação Atlântica, está a bordo do Montgomery.

O Archangel conseguiu impedir o ataque da Vesalius da ZAFT usando Lacus Clyne como refém, mas o choque de ver toda uma frota sendo destruída diante de seus olhos mais ainda mais prejudicial.

Como prometido, Kira volta ao Archangel. É feita uma audiência por ele ter entregado Lacus para a ZAFT sem permissão, mas Murrue consegue amenizar a questão.

Archangel finalmente se encontra com a 8ª frota das Forças Aliadas da Terra. Relutante em participar das ações, Kira faz a manutenção da Strike e Murrue vai agradecê-lo por todo seu serviço.

Na órbita da Terra, uma batalha intensa começa entre a 8ª frota das Forças Aliadas da Terra e as Forças da ZAFT. Embora as Forças Aliadas da Terra tenham vantagem numérica, as forças de Rau Le Creuset, com GINNs e os quatro Gundams, destroem as naves das Forças Aliadas sem parar.

Na entrada na atmosfera, para salvar a Strike depois da batalha contra a Duel, o Archangel sai de trajetória e acaba na África, território da ZAFT.

O Archangel aterrissa em uma região desértica no norte da África. Sem ter tempo para relaxar, eles são atacados pelas Forças da ZAFT à noite. Os atacantes são um esquadrão de elite liderados por Andrew Waltfeld, também conhecido como o Tigre do Deserto.

Com a ajuda da Alvorada do Deserto, a Strike conseguiu repelir o ataque dos BuCUEs liderados por Waltfeld. Depois que o dia raia, outros integrantes da Alvorada do Deserto se unem ao Archangel.

Waltfeld, o Tigre do Deserto, ataca Tassil, a cidade dos rebeldes. Mísseis disparados dos BuCUEs envolvem a cidade em chamas. No entanto, os homens de Waltfeld avisaram os moradores antes, então não houve nenhuma morte.

Kira e Cagalli vão para a cidade de Banadiya, onde fica a base da ZAFT, para comprar comida e suprimentos para o acampamento. Sem querer, os dois se encontram com o Tigre do Deserto, Andrew Waltfeld, enquanto almoçam e não sabem como lidar com a hospitalidade dele.

Em uma PLANT, Athrun tem um dia de folga depois de muito tempo e vai até a mansão da Lacus para uma visita. A mansão dos Clyne fica numa região residencial exclusiva da PLANT e os dois aproveitam uma conversa agradável.

Yzak e Dearka, que estavam na base de Gibraltar, se unem a Lesseps. Diante da batalha contra o Archangel, o Tigre do Deserto aceita os reforços, pois quanto mais, melhor.

Strike e Archangel rumam ao Alasca depois de derrotar Waltfeld em uma batalha intensa. Cagalli insiste que será útil na nave e se convida para entrar a bordo do Archangel.

Athrun, Nicol e Le Creuset e unem. A frota de Le Creuset finalmente está de volta junta. Como Le Creuset não pode ir lutar para se preparar para a Operação Spit Break, ele indica Athrun como líder da equipe de perseguição da Archangel.

O Skygrasper da Cagalli derruba um avião de carga que levava a Aegis, mas acaba caindo em uma ilha deserta. Na praia, ela encontra Athrun, que estava no avião de transporte.

Nas águas da Orb, o Archangel e os quatro Gundams da equipe de Athrun travam uma batalha intensa. Perto da fronteira da Orb, o Archangel vai sendo encurralado pela equipe de Athrun.

Dentro da doca da Orb, técnicos trabalham para consertar o Archangel. Erica Simmons, engenheira da Morgenroete, também responsável pelo desenvolvimento da Astray, analisa os dados enviados pelo Archangel.

Graças aos esforços de Murrue, a tripulação de estudantes pode se encontrar com seus pais no quartel da Orb. Pais e filhos se reúnem depois de muito tempo e aproveitam o momento de felicidade.

O conserto e o abastecimento do Archangel terminam e a nave está pronta para deixar Orb. Enquanto isso, a equipe de Athrun Zala espera além das fronteiras da Orb para a saída do Archangel.

Kira derruba o Blitz Gundam da equipe do Athrun. Murdoch e todos da equipe técnica lhe dão os parabéns. Ele não consegue comemorar o fato de ter matado alguém.

É perdido o contato com a Strike e um Skygrasper, deixando o Archangel em caos. Além disso, a perseguição da ZAFT avariou muito a nave.

Muitos foram perdidos, mas o Archangel finalmente chega no quartel das Forças Aliadas da Terra no Alasca (JOSH-A). Mas a tripulação não pode desembarcar e recebe ordens de ficar em prontidão.

O ataque de Miriallia e Flay contra o prisioneiro Dearka se tora um grande problema no Archangel. Natarle fala com Murrue sobre a importância de seguir as normas militares e questiona a falta de controle de Murrue para lidar com prisioneiros e armas.

A tripulação que apoiou o Archangel por todo esse tempo fica abalada ao saber que três integrantes serão transferidos. Para piorar, há ordens dizendo que o Archangel não vai mais compor a 8ª frota, mas sim as forças de defesa do Alasca.

No Alasca, o Archangel está numa batalha intensa contra as Forças da ZAFT. As naves aparecem e avançam. As forças principais das Forças Aliadas estão alocadas no Panamá, então a situação não é fácil.

O relatório sobre o fracasso da Operação Spit Break chega ao QG do comitê de segurança nacional da ZAFT. Ao mesmo tempo, Patrick Zala descobre que Freedom Gundam, desenvolvido em segredo pela ZAFT, foi roubado.

Com grandes avarias, Archangel foge por pouco da autodestruição da base no Alasca. Ele ruma a Orb para consertar os danos e chega à Ilha Onogoro. Cagalli, ao confirmar que Kira está vivo, chora de emoção. Ela conta a ele sobre como encontrou Athrun.

Com a queda da base do Panamá, as Forças Aliadas da Terra perdem o propulsor de massa e ficam sem como ir ao espaço. Começam a surgir os planos de como tomar o último propulsor de massa da Terra.

Orb pede negociações de paz várias vezes, mas Azrael e a Aliança ignoram. As Forças Aliadas da Terra já decidiram tomar Orb à força.

Kusanagi e Archangel são lançados ao espaço. O acoplamento de Kusanagi é feito e eles rumam às colônias abandonadas em L4 para reabastecimento de água e demais suprimentos.

Athrun vai às PLANTs falar com seu pai, o presidente do Conselho Supremo, e pergunta quais são suas verdadeiras intenções no combate. Kira se oferece para a escolta do ônibus de Athrun com a Freedom.

Na base na cratera de Ptolomeu a Lua, Dominion, outra nave de classe Archangel, é posta em órbita e faz uma simulação de combate. A cadeira de capitão é ocupada pela tenente Natarle Badgiruel.

Dominion ataca para destruir o Archangel. Os três Gundams da Aliança da Terra são subjugados pela combinação de ataques de Kira e Athrun.

Kira e Mu perseguem Le Creuset até dentro de um prédio abandonado. O prédio era um laboratório de pesquisas da colônia Mendel. Le Creuset, La Flaga e Kira entram em combate armado.

A batalha entre Archangel e Dominion recomeça. Le Creuset lança a Vesalius e cruza entre as duas naves de guerra, pois seu alvo é a Eternal.

Com o disco da Flay, a Aliança da Terra agora tem a tecnologia de neutralizar a perturbação-N. Manipulado por Azrael, os mísseis nucleares são lançados ao espaço.

O raio Gênesis destrói a linha de frente da frota da Aliança em um piscar de olhos. Era o trunfo da ZAFT escondido o tempo todo por Mirage Colloid. Ele pode facilmente mirar na Terra.

O segundo raio do Gênesis destrói a base lunar da Aliança da Terra. O próximo alvo pode ser a Terra. A Aliança reúne a tropa devastada e lança novamente os Peacemakers.

Mesmo com todas as baixas, a luta continua. O ônibus da Flay vaga para longe do Dominion, onde Freedom e Providence têm uma luta intensa.

GENESIS' second attack cripples the Earth Alliance's reinforcements and destroys their Ptolemaeus lunar base. The Three Ships Alliance save the PLANTs from the second wave of nukes. Mu fights Rau in the ZGMF-X13A Providence while Kira and Athrun fight the Forbidden, Raider, and Calamity. On the Dominion, Natarle becomes fed up with Muruta and orders the crew to escape. Muruta fires at the Archangel , but Mu sacrifices himself to protect them. In revenge, the Archangel fires and destroys the Dominion.

The Archangel, Eternal, and Kusanagi plunge into the battle, trying to keep both sides from using their weapons of mass destruction. Rau destroys Flay's escape shuttle, killing everyone on board. Flay's spirit visits the grief striken Kira to apoligizes and thanks him. Kira destroys the Providence with the Freedom, while Athrun remote-destructs the Justice to destroys GENESIS. With both the PLANTs and the Earth Alliance forces in disarray, the renegade moderate faction of the PLANTs seize the opportunity to call for a cease-fire, effectively ending the war.