No último capítulo da série, Malcolm e seus pais percebem que a bolsa de estudos não é suficiente para cobrir a matrícula de Harvard. Hal promete a Malcolm que vai conseguir os cinco mil dólares que faltam de alguma forma.

Malcolm organiza um baile 'anti-graduação' junto com os meninos que sempre deixam de lado. Reese se torna o par ideal para o baile, mediante pagamento. E Dewey rouba a carteira de Hal porque não foi lhe dada muita atenção.

Reese finge ser vegetariano para conquistar uma garota. Hal dá uma lição de vida a Dewey. E Malcolm tenta enganar sua mãe usando Craig, mas depois se arrepende.

Malcolm não consegue encarar a verdade sobre a doença de Stevie; Lois perde a cabeça.

Um concurso de dança ensina Malcolm que a beleza é o que o público busca. Lois está decidida a sobreviver à concorrência de um novo caminhão. E Hal descobre um refúgio dos sonhos para solteiros enterrado no quintal.

Hal sente traído quando seu amigo Trey cobra dois mil dólares para arrumar um dente. Malcolm e Dewey encontram um colchão novo na rua e Reese ensina Lois a andar de bicicleta.

Quando quatro meninas da escola humilham Reese, Lois quer se vingar delas. Enquanto isso, Hal constrói uma máquina do tempo e a esconde de Lois na garagem.

Hal e Lois acompanham Francis à sua festa de aniversário de seu primeiro ano nos Alcoólicos Anônimos. Sozinhos em casa, Malcolm, Reese e Dewey discutem sobre onde ir quando Dewey encontra a chave reserva do carro de Hal.

Quando o avô dos meninos morre, Hal se recusa a chorar e simula estar bem. Então, começa a cuidar mais de seus filhos com a esperança de que eles se lembrem com mais carinho do pai que ele foi e é.

Quando Lois e Malcolm pegam mononucleose, ambos são forçados a dividir o mesmo quarto. Enquanto isso, Hal se aproxima de seus vizinhos e Dewey ensina a Reese como fazer Jamie ser seu escravo.

Malcolm ignora todas as propostas que os recrutadores universitários lhe fazem e Hal se diverte que queiram sua atenção. O casamento de Reese não parece florescer e Dewey percebe o quão pobre é Francis.

Enquanto Lois e Hal acompanham Dewey em um concurso de piano, Ida traz uma menina para ficar com Malcolm e Reese que os faz competir em uma série de desafios. O vencedor se casa com ela.

Enquanto Malcolm tem de lidar com o fotógrafo do anuário para obter uma boa foto, Hal, Lois e Dewey descobrem que ele recebeu um cheque de sua bolsa de estudos e tentam pegar o dinheiro. Reese volta a trabalhar como cortador de carne.

Para preservar um prêmio acadêmico que ganhou uma vez, Herkabe faz com que Malcolm arruine seu atestado de qualificações. Enquanto isso, Lois não consegue se livrar de uma vizinha pegajosa e Hal dá conselhos amorosos para Dewey.

Quando uma colega do exército vem visitar Reese, ele se esforça para entender a atração que sente por ela, sua melhor amiga. Hal inveja as palmilhas ortopédicas de Lois e Dewey se vinga de Malcolm por uma dívida antiga.

Durante um apagão, cada membro da família faz coisas de forma diferente: Lois cozinha um bife para Hal, Malcolm tenta colocar três meninas holandesas na casa e Francis tenta roubar o troféu de um peixe.

Malcolm começa a namorar a garota mais popular, mas ela se recusa a ser vista em público com ele. Enquanto isso, Lois quer que Reese arrume um emprego e Hal fica chateado quando Dewey não se importa que lhes negaram acesso ao mini campo de golfe.

Jessica fica com a família por alguns dias e ensina a Malcolm como manipular Lois. Enquanto isso, Reese vai para a China e Hal tem de lidar com uma abelha irritada.

No Halloween, Hal fica chocado ao saber que um assassinato ocorreu na casa há muitos anos. Reese e Dewey são perseguidos por um velhinho por atirarem ovos na sua casa e Lois tenta sair do trabalho mais cedo para ir pedir doces com Jamie.

A antipatia de Reese com Stevie chega a um ponto crítico. Enquanto isso, Hal quer que Dewey pare de fumar tentando abandonar seu vício em café. Finalmente, Lois tenta fazer com que Jamie diga suas primeiras palavras.

Quando o seguro de saúde familiar expira no fim de semana, Hal tenta manter todos sãos e salvos, sem explicar o motivo. Enquanto isso, Lois pensa que Craig é o fofoqueiro de Lucky Aide.

Quando a família vai ao Festival do Homem em Chamas, Malcolm fica obcecado por um curandeiro e Reese com festival em si. Além disso, os assistentes interpretam mal a atitude de Hal para com a arte ao vivo.