Os Espíritos Antigos do Mal dão nova vida a Mumm-Ra e Ma-Mutt, enviam-nos para New Thundera e constroem uma nova pirâmide para Mumm-Ra. Os Thundercats se despedem da Terceira Terra e partem para Thundera, deixando Tygra e Pumyra para trás para assistir o Covil do Gato e a Torre dos Presságios. Os Thundercats logo chegam e começam os planos para construir um novo covil. Enquanto isso, Mumm-Ra descobre que a gravidade do planeta é controlada pelo giroscópio sob as rochas agitadas no centro do planeta. O giroscópio é guardado por Jaguara, uma antiga feiticeira Thundercat. Mumm-Ra se disfarça de Jaga e coloca Jaguara sob um feitiço, fazendo-a mudar a rotação do giroscópio para expulsar os Thundercats do planeta. Enquanto os Thundercats estão flutuando, Lion-O chama o Olho de Thundera para ajudá-lo, e ele quebra o feitiço de Mumm-Ra ... mas não antes que Mumm-Ra faça parte do regulador do Giroscópio. Sem esses controles, o planeta será destruído dentro de 2 horas ...

Mais e mais terremotos estão ocorrendo devido ao mau funcionamento do giroscópio. Enquanto isso, Lion-O recebe um sinal de socorro dos refugiados trovianos, e ele, Cheetara e Snarf vão encontrá-los. Mumm-Ra ressuscita Grune, o Destruidor, e Grune procura Lion-O e Cheetara. Grune encontra e luta com eles, quebra a Espada dos Presságios, e então ele os acorrenta nas Rochas Agitadas. Snarf, que estava escondido, reúne os pedaços da Espada para levar de volta a Bengali para serem consertados. Snarf é capturado por Char, um ladrão que quer a espada para si. Snarf o engana para reformular a Espada, e quando ela é tão boa quanto nova, Lion-O começa a sentir isso, e assim ele o chama. A espada vai até ele, ele escapa e derrota Grune. Mas Mumm-Ra ainda tem o regulador do giroscópio ...

Lion-O, Panthro e Thunderkittens levam o Whisker, um novo veículo voador, para o Churning Rocks para resgatar os refugiados Thunderian que haviam chamado dali. Os Thundercats são capturados pelo Two-Time, um robô com 2 cabeças. A Two-Time os leva a bordo de sua nave espacial, Dome-Down, e os Thundercats vêem que ele também capturou os refugiados. Lion-O vence Two-Time e os refugiados são libertados. Enquanto isso, Lynx-O, Cheetara e Bengali localizam Mumm-Ra perto das Churning Rocks e informam Lion-O sobre isso. Lion-O, Panthro e os Thundekittens vão para Churning Rocks e confrontam Mumm-Ra, que está na forma de Jaga novamente. Eles quebram o feitiço de Mumm-Ra (novamente) sobre Jaguara, que havia consertado temporariamente o giroscópio. Lion-O derrota Mumm-Ra, mas Mumm-Ra lembra a todos que, eventualmente, o planeta será destruído sem os controles reais, que ele ainda tem ...

Depois de outro terremoto causado por Mumm-Ra arruinar o novo canteiro de obras de Cats Lair, os Thundercats vão ver Jaguara e confrontam Mumm-Ra. Infelizmente, Mumm-Ra coloca um campo de força sobre a entrada. Jaga aparece para Lion-O e diz para ele usar o Olho de Thundera para chegar a Jaguara e ao Giroscópio. Lion-O faz isso e luta contra Mumm-Ra, que o joga no poço sem fundo, embaixo do giroscópio. Lion-O, no entanto, consegue jogar seu gancho para o topo, o que o puxa de volta. Lion-O então brilha o sinal, que passa pelo campo de força. Todos os Thundercats saltam através do sinal que os leva através do campo de força. Juntos, eles disparam todas as armas contra Mumm-Ra e ele é derrotado. Mas antes de partir, ele quebra o cordão que segura o giroscópio acima do poço e ele cai. Agora, New Thundera está literalmente caindo aos pedaços. Mas Lion-O joga a espada no local onde costumava estar o Giroscópio e pede ajuda aos Ancestrais Thundercat.

Os Espíritos Antigos do Mal trazem o Espectro do Espelho para Mumm-Ra, e ele o disfarça como um brinquedo de criança. Mumm-Ra, em seguida, intercepta uma cápsula de fuga trovão que traz uma garotinha. Ele dá o brinquedo para a criança (Leah) e sai. Ela é resgatada pelos Thundercats e entra na toca de New Cat com a boneca. A boneca se transforma no Espectro do Espelho quando deixada sozinha, e começa a destruir o Covil do Gato, e os Thundercats não têm idéia de onde o Espectro do Mal veio.

Wily Kit e Kat estão construindo um poço para o Covil do Novo Gato em New Thundera. Os Thundercats em New Thundera recebem um sinal de socorro de refugiados trovianos tentando encontrar seu caminho para New Thundera. Os gatinhos são deixados sozinhos com Snarf no New Cat's Lair, e Lion-O e Snarfer estão construindo um dispositivo de alerta precoce (acho que para fins climáticos). O resto dos Thundercats procura os refugiados no espaço. Quando Wily Kit e Kat atingem a água, eles acidentalmente libertam um monstro que Jaga preso no lago subterrâneo séculos atrás. Frogman, com poderes aquáticos, tenta afundar o covil dos novos gatos. Lion-O, no entanto, prende novamente Frogman em sua prisão aquosa.

Wily Kit e Kat, explorando New Thundera, tropeçam em um Orb of Gold e o pegam pensando que é parte de sua herança. Possuídos pelo poder da Esfera Dourada da Cidade, os ThunderKittens ficam gananciosos e deixam o poder do orbe superá-los. Mumm-Ra consegue segurar o orbe, e seus poderes ficam quatro vezes mais poderosos. Ele fica tão poderoso que destrói a Espada dos Presságios. Jar, o coletor de sucata o reforma para o Lion-O. Ele fica tão poderoso que desafia o poder dos antigos espíritos do mal. Eles o trancam fora de sua pirâmide até que ele entregue o Orbe a eles. Os espíritos do mal o deixaram voltar, mas destroem a Esfera Dourada da Cidade.

Jaguara não pode trabalhar o Gyro de New Thundera sozinha. Os Thundercats encomendam um robô para ajudá-la a executar o Gyro. Screw Loose, um robô especializado em Gyro's, chega a New Thundera. Mumm-Ra consegue atrapalhar o Screw Looses do cérebro para que ele se torne destrutivo em vez de útil. Os Thundercats devem ajudar Jagara a controlar o Screw Loose antes que o planeta inteiro seja destruído.

Mumm-Ra convoca Malcar, um alquimista antigo, a retornar dos mortos. O alquimista retorna velho e fraco, como era quando morreu. Mumm-Ra o leva para a floresta da juventude para restaurar sua juventude e poder. Malcar recupera seus poderes e os usa contra os Thundercats. Ele transforma todo o Thunderillium do planeta em Thundrainium.

Uma convergência das luas de Plun-Darr causa uma seca em Thundera. Panthro e Snarf vão procurar água, então Ezuka, a Serpente Voadora do Canal Sombrio que quer pegar água em si, ataca Panthro e Snarf e os faz cair no pântano dos Lilypads rindo, fazendo-os rir fora de controle. Ezuka ataca o covil, ainda à procura de água. Lion-O usa a Espada para fazer chover, então ele e Ben-Gali usam o Trovão para derreter um pouco de gelo, mas Mumm-Ra aparece e causa uma inundação. Lion-O chama os outros, que também libertam Panthro e Snarf das gargalhadas e eles usam um pouco da água dos Pântanos para fazer Mumm-Ra rir incontrolavelmente, e ele cai nas águas da inundação e é lavado.

O capitão Cracker e seu papagaio mecânico Polly pousam em Way-Out Back e libertam os Lunatacs e colocam Bragg e Crownan em uma das gaiolas do trem. Eles planejam ir para a Terceira Terra para atacá-la, já que a maioria dos Thundercats não está mais na Terceira Terra. Enquanto isso, os ThunderCats descobriram que Cracker escapou e Snarfer e Mandora vão pegá-lo. Bragg faz Crownan montar um extintor de incêndio, para que ele possa entrar no espaço e obter ajuda. Mandora o encontra, e os três vão para a Terceira Terra. Mandora luta com Cracker e os Lunatacs, mas é derrotada e ela e Snarfer são amarrados ao seu ciclo e enviados para uma montanha. Lion-O, Panthro e Cheetara chegam e Lion-O salva Mandora e os outros. Enquanto isso, Cracker e os Lunatacs vão atacar Cats Lair, apenas ocupado por Pumyra, mas Lion-O usa o sinal do Eye para fazer a ponte levadiça se inclinar, enviando Cracker e Lunatacs para o fosso. Os Lunatacs são exilados novamente.

Tygra, em uma viagem solo a New Thundera para conhecer os outros Thundercats, decide fazer um atalho através de uma chuva de meteoros. Seu navio está danificado e ele pousa em uma região inexplorada de New Thundera. A terra do musgo. Acontece que o musgo na terra do musgo faz parte de um monstro gigante que captura Tygra com seu musgo. Lion-O e Panthro partem para salvar Tygra e combater o Moss Monster.

Mumm-Ra tem um novo dispositivo, a Caldeira Bárbara da Babilônia, que ele planeja usar no Cats Lair. Ma-Mutt engana demais e Mumm-Ra o expulsa da pirâmide. Mais tarde, Thunderkittens, Snarf e Snarfer trazem Ma-Mutt de volta para Cats Lair e então Mumm-Ra dispara o raio do Boiler no Lair, o que faz com que ele comece a derreter. Snarfer faz um dispositivo de comunicação (porque Ma-Mutt estava tentando falar sobre o raio), para que eles pudessem entender Ma-Mutt. Ma-Mutt começa a contar a eles sobre a Caldeira, mas Mumm-Ra vê isso e, através do Caldeirão, a magia traz Ma-Mutt de volta à Pirâmide. Em seguida, os ThunderCats constroem um gigante Light-Shield e o usam para proteger o Covil, mas Mumm-Ra apenas aumenta o poder da Caldeira, destruindo o Escudo. O Lion-O usa o Cat Signal para empurrar o feixe para trás, o que faz com que a Caldeira exploda, e o Sinal restaura o Cats Lair.

Do Reino das Sombras, o Mestre das Sombras entra em contato com os Espíritos Antigos do Mal (ASOE), contando como ele capturou o pai de Lion-O, Claudus, pouco antes de Thundera explodir. Então o Mestre das Sombras, através de um pesadelo, mostra Lion-O, seu pai capturado, e desafia Lion-O a lutar. Lion-O vai para o Reino das Sombras através do Livro e da Espada dos Presságios e é capaz de lutar contra o Mestre das Sombras desde que a Espada permaneça ligada ao livro. No entanto, o Mestre das Sombras envia um bastão enorme para roubar a Espada. É bem-sucedido e, em seguida, Lion-O se torna muito fraco no Reino das Sombras. Enquanto isso, Mumm-Ra, sentindo que o ASOE se voltará contra ele em favor do Mestre das Sombras, envia Ma-Mutt para roubar secretamente a espada do bastão e colocá-la de volta perto do livro. Isso renova a força de Lion-O, que pede a espada, resgata Claudus e exila o Mestre das Sombras.

Um inspetor de ecologia (EI) vem a Thundera para inspecionar o novo covil dos gatos. Sua nave usa o sistema SWAN (Space Way Airborn Navigations) para direcioná-lo a planetas em todo o universo. Quando ele chega em Thundera, ele é emboscado pela Two-Time (veja Return to Thundera, Part III). O Two-Time usa um holograma para fazer o navio do EI colidir com uma montanha e, quando os Thundercats vêm resgatar o EI no Feliner, o Two-Time usa o holograma novamente. Lion-O consegue voar pela montanha e pousar o Feliner. Enquanto isso, Two-Time voa para o novo Cats Lair em sua nave espacial, Dome-Down. Ele realmente pega o covil inteiro e o guarda dentro de Dome-Down. Os Thundercats consertam o Feliner, resgatam o EI e depois voam para pegar o Dome-Down. Uma vez que eles pegam a nave espacial, Lion-O usa a espada para derrotar o Two-Time e enviá-lo voando para fora do navio. Em seguida, eles retornam o Cats Lair ao seu devido lugar.

Mumm-Ra ordena que Amortus, um ser que ele baniu para a Terra Sem Retorno séculos atrás, destrua o Lynx-O. Amortus faz o Lynx-O bater no Trovão, e então ele toca o rosto do Lynx-O. O feitiço do toque faz Lynx-O parecer um pária, então ele sai para se juntar a Amortus na Terra Sem Retorno. Os outros TCats, Lion-O, Panthro e Cheetara, vão atrás dele. Na Terra Sem Retorno, Amortus novamente toca Lynx-O, desta vez fazendo com que ele se torne pedra. Os outros TCats chegam e tentam derrotar Amortus, mas ele toca em todos eles, fazendo com que eles comecem a virar pedra. Mas assim que Lion-O está prestes a se transformar inteiramente em pedra, ele chama a Espada e ela as liberta. Ele também libera outros guerreiros presos por Amortus, e todos eles o derrotam.

Vultureman escapa do exílio, seqüestrando um bookmobile. Ele encontra um disco contendo história antiga sobre duas poderosas forças do mal na Terceira Terra: Mumm-Ra e seu inimigo Zaxx. Zaxx usou um medalhão de Rosencrest, mas Zaxx foi derrotado quando Mumm-Ra roubou o medalhão que prende Zaxx nele. Vultureman planeja obter o medalhão, derrotar Mumm-Ra e governar o universo. Então Zaxx usa Vultureman para encontrar e derrotar Mumm-Ra. Mas há um "efeito colateral" terrível no medalhão, qualquer um que o use perde a própria vida e SE TORNA Zaxx. Quando Vultureman descobre isso, ele muda de idéia. Os Thundercats são pegos nessa situação quando Vultureman ataca Panthro e Snarf e depois que eles caem, Snarf desaparece. Zaxx então usa Snarf para atacar Mumm-Ra e Zaxx assume o corpo de Snarf. Os outros Thundercats chegam e salvam Snarf. Mumm-Ra derrota Zaxx mais uma vez ao receber o medalhão, mas a pirâmide também entra em colapso em Mumm-Ra.

Os Thundercats usam um novo sinal da Torre para guiar uma nave Thunderian; a bordo estão o Barão Tass e o Sr. Grubber, um par desonesto de Thunderians. Mais tarde, Lion-O envia Torr, Baron Tass e Sr. Grubber para buscar água, mas no caminho o Barão para no Poço da Dúvida e pega um pouco de água. A água faz com que uma pessoa fique duvidosa de suas próprias habilidades. Quando eles voltam para os Thundercats, o Barão Tass dá um pouco da água para Lion-O. No caminho para inspecionar a nova torre no Whisker, o Lion-O sente os efeitos da água e causa o colapso do Whisker. Tass volta (de pegar seu guarda, homens-pedra gigantes) e manda-os atacar os Thundercats. Jagara faz com que os outros segurem a espada, e quando Lion-O agarra a espada, ele fica livre do efeito da água. Então ele luta contra a Guarda, e faz uma tempestade, o que faz com que a Guarda desmorone, e Tass promete mudar seus caminhos.

O novo Thundera está sendo despedaçado e os Thundercats devem apresentar certos artefatos em vários locais perigosos que costumavam ser lugares bonitos; então Lion-O deve entrar no livro e entregar a Chave de Thundera ao guardião do livro "" no dia 24. hora "", ou os Thundercats serão congelados no tempo e New Thundera será destruído. Mas Mumm-Ra rouba o livro e a chave e viaja pelo livro. Ele quer salvar New Thundera, mas quer que os Thundercats congelem no tempo. Os Espíritos Antigos do Mal tentam parar Mumm-Ra porque temem que, se Mumm-Ra entrar no livro, seus poderes deixarão de existir. Os outros Thundercats também têm problemas nos locais em que deveriam estar. Lion-O entra no livro usando a Sword of Omens e luta contra Mumm-Ra um contra um, nenhum deles usando mágica. Mesmo quando Mumm-Ra trapaceia, Lion-O ainda vence. O ASOE convoca seu "" campeão "", Pyron, para lutar contra Lion-O, mas Lion-O faz com que os dragões do livro o fritem ... Ele apresenta a chave