Pesadelos recorrentes de Thunderians mataram em Thundera quando ele fugiu em segurança com Jaga e os outros ThunderCats despertando Lion-O. Jaga vem lhe dizer que eles de fato sobreviveram e estão vivendo na Terceira Terra. Depois de se encontrarem com os outros ThunderCats, eles decidem começar a procurá-los, mas Mumm-Ra também tem planos.

A tentativa de resgate de Lion-O falha e os Thunderians capturados são levados para Fire Rock Mountain após outra tentativa fracassada de se libertar de seus captores.

Lion-O perde a Espada dos Presságios em uma avalanche. Panthro luta contra o Punho-Socador com o ThunderTank. Os Mutantes chegam a Fire Rock Mountain para assumir o controle dos prisioneiros.

Os Thunderians tentam escapar de sua prisão. Lion-O chega a Fire Roc Mountain e é confrontado por Hachiman, que acredita que Lion-O está causando o sofrimento de seu ancestral.

Lion-O e Hachiman são reconciliados e os ThunderCats se aproximam para resgatar os Thunderians da Fire Rock Mountain. Mas eles precisarão de ajuda sobrenatural se quiserem atravessar os gases do Thundranium para alcançá-los.

Mumm-Ra diz a Aluro que o Talismã Egora dará a quem o possuir o poder de extrema autoconfiança. Aluro encontra o talismã e o usa, junto com seus próprios poderes de hipnotismo, para "tirar" a autoconfiança dos Thundercats, deixando-os sem esperança e confusos. Apenas Snarf permanece e cabe a ele derrotar Aluro e restaurar os Thundercats.

Mumm-Ra planeja usar a lendária Máscara de Gargon para libertar uma criança adormecida nas colinas de Elfshima para usar contra os Thundercats. Quando Chilla e Tug Mug não conseguem pegar a máscara porque ela os transformou em pedra, Mumm-Ra a convoca e decide que precisa do Olho de Thundera para que a máscara possa usar a visão além da vista para despertar a criança gigante. Lynx-O adverte os Thundercats da máscara e da criança adormecida, mas Lion-O, Panthro e Willa ainda vão para a pirâmide, mas são transformados em pedra pela máscara. Mumm-Ra então usa o Olho de Thundera e a máscara para despertar o gigante. Mas Lynx-O e Ben-Gali no ataque de trovão derrotam o gigante e a máscara é destruída, restaurando todos que foram transformados em pedra, e o Olho de Thundera queima o livro que continha os terríveis segredos da máscara.

O Madd Bubbler, uma criatura antiga da terceira terra que vive em uma antiga mina de Thundrilium na montanha de ganchos, tem o poder de transformar todas as criaturas em seres malignos e fazer as pessoas aceitarem seu modo - "destruir ou ser destruído". Ele consegue seduzir os Luna-tacs para lutar um contra o outro, e depois Panthro, Tygra e Cheetarah. Eles caem sob o poder dos borbulhadores e começam a brigar até a morte. Lion-O, observando essas ocorrências através da espada dos presságios, descobre por Jaga que os snarfs não são capazes do mal. Ele convoca Snarf e Snarfer e diz a eles para recuperar os Thundercats da mina para que eles possam voltar ao seu estado normal.

Mumm-Ra convoca os Berserkers e reveste sua armadura com Thundrainium e os envia para atacar os Thundercats na Torre dos Presságios. Percebendo que sua armadura é revestida com Thundrainium, os Thundercats na torre precisam de ajuda e Lion-O e Tygra os resgatam. Eles criam uma tempestade de vento para afastar o Thundrainium e os Berserkers recuam. Enquanto isso, os Lunataks invadem o Covil dos Gatos e os Thundercats devem voltar correndo para salvar os Thunderkittens e Snarf que estão sendo mantidos como escravos dos Lunataks.

Mumm-Ra usa o Farol da Ilha Ravage para fazer dos Thundercats seus escravos. Quando o farol coloca Lion-O, Panthro, Cheetara e Pumyra sob seu poder, eles são facilmente capturados pelos Mutantes, e Snarf deve obter os outros na torre em busca de ajuda, mas Ben-Gali logo cai sob o poder do farol. até Lynx-O, Snarf e Snarfer, para salvar os Thundercats "escravizados".

Enquanto enterra uma das cápsulas do tempo que transportou os Thundercats para a Terceira Terra, ela se despedaça e Lion-O fica preso em seus gases, tornando-o cada vez mais jovem a cada minuto. Os outros Thundercats devem encontrar uma maneira de reverter o processo e perceber que a Caverna do Tempo é o único caminho, mas devem colocar o Lion-O lá antes que ele "desapareça" da existência. As coisas pioram quando o jovem Lion-O e Snarf são capturados pelos Lunataks.

Vultureman desenvolve uma arma sônica para destruir os Thundercats. Como os outros Mutantes se recusam a ajudar, Vultureman decide seguir sozinho até que os Lunataks o "sequestrem" e o forçam a ajudá-los. Vultureman usa uma pedra sonora lendária para alimentar o dispositivo e ele e os Lunataks a usam contra os Thundercats na Torre dos Presságios. Os Thundercats mal escapam e são salvos pelo Lion-O, mas perdem a torre para os Lunataks. Os Thundercats devem projetar uma arma sonora própria com uma pedra sonora para combater a arma de Vultureman e retomar a Torre dos Presságios.

A Terceira Terra está experimentando um eclipse lunar total e Mumm-Ra usa esse eclipse para lançar um feitiço que fará com que Cats Lair e tudo nele funcionem mal. Os Thundercats notam isso primeiro quando as coisas começam a desmoronar e falham. Lion-O e Panthro devem lutar contra os Mutantes enquanto tiverem problemas para executar o Thundertank. Eles ainda conseguem derrotar os Mutantes, mas batem no Thundertank. Lion-O percebe que esse deve ser o trabalho maligno de Mumm-Ra e vai para a pirâmide para impedir Mumm-Ra. Enquanto isso, Cats Lair está piorando quando Cheetara e Tygra correm para consertar as coisas no covil, mas são atacados pelos Lunataks. Eles derrotam os Lunataks temporariamente, mas os Lunataks retornam para acabar com o Lair. Para quebrar o feitiço, Lion-O deve usar a Espada para bloquear o sol.

Snarfer está fazendo uma viagem de volta à Terceira Terra, trazendo comida para os Thundercats, mas ele é atingido por Chilla. Mandora, o caçador do mal, vê isso e puxa Chilla. Chilla, no entanto, congela Mandora e foge. Mandora insiste na ajuda dos Thundercats para capturar Chilla. Mas quando ela e Lynx-O vão para Darkside para capturar Chilla, eles caem em uma das armadilhas dos Lunataks. Parece que os Lunataks queriam o quadro Braille para que os Thundercats não pudessem chegar até eles. Mas quando a diretoria desaparece, eles tentam obter as informações do Lynx-O para onde foram, mas Mandora escapa e libera o Lynx-O. Ela é enganada, no entanto, e ela e Lynx-O são atirados para o espaço em uma cápsula. Lion-O os derruba usando a Espada, e eles retornam a Darkside e Mandora consegue capturar Chilla.

Depois de ouvir Snarf contando aos Thunderkittens e Pumyra uma história sobre o cinto mágico de Mumm-Rana e a rainha Luna (avó de Luna), Luna e Amuk viajam para a pirâmide branca e pegam o cinto de Mumm-Rana, destruindo sua pirâmide. Pumyra tenta detê-la, mas ela fica selada na pirâmide. Amuk fica com ciúmes quando Luna não precisa mais dele e durante seu "" pequeno temperamento "", ele acidentalmente liberta Pumyra. Então Luna força Slithe e Monkian a ajudá-la a emboscar Lion-O e Panthro. Durante a batalha com "" Princess "" Luna, Lion-O usa a espada para restaurar Mumm-Rana e ela retoma o cinturão e derrota Luna. Amuk mais tarde chega e destrói o cinto.

Hatchiman resgata uma velha que não sabia que era Luna. Ela o "convida" para sua "caverna" e lá ela, Chilla e Aluro o atacam e pegam sua espada, o Thundercutter. Os Thunderkittens encontram Hatchiman e o resgatam. Os Lunataks planejam usar o Thundercutter com seu novo robô samurai, Automaton, para combater Lion-O e a Sword of Omens. O Thundercutter não pode dizer quem é bom e quem é mau na luta, mas quando Hatchiman toca a espada, o Thundercutter destrói o robô.

Entediados e sentindo que não são mais necessários, os Thunderkittens fogem de casa, mas logo se deparam com problemas quando ficam doentes devido às bagas que colheram. Uma criatura conhecida como Cudi salva suas vidas. Quando os outros Thundercats os encontram, os Thunderkittens convidam Cudi para o Cats Lair. Mas Mumm-Ra tem observado a situação e se disfarça de Cudi para entrar no Covil. Muitos desastres ocorrem e a culpa é do falso Cudi, que prende os Thundercats na câmara do conselho. Os Thundercats percebem que é Mumm-Ra e eles conseguem escapar e derrotá-lo.

Com apenas Lion-O e Snarf guardando o Lair, Mumm-Ra decide que esta é uma oportunidade perfeita para invadir o Lair, então Ma-Mutt captura Snarf e Mumm-Ra troca Snarf e Ma-Mutt. Ma-Mutt (que agora parece Snarf) vai para Cats Lair e dá a Lion-O algumas frutas envenenadas. Lion-O fica doente e percebe que esse Snarf é realmente Ma-Mutt e Mumm-Ra chega e derrota Lion-O. O pesadelo de Snarfer de Snarf se tornar um cachorro faz com que ele, Ben-Gali e Pumyra, vá para Cats Lair, mas Mumm-Ra cria uma armadilha para eles. Ele envia Ma-Mutt para pegar Snarfer e Lion-O se torna melhor novamente e distrai Mumm-Ra. Quando Lion-O convoca os outros Thundercats, Snarf (que agora parece Ma-Mutt), usando o canto de Mumm-Ra que transforma Mumm-Ra no eterno, torna-se ... Snarf-Ra o eterno e ele resgata Ben-Gali, Pumyra e eles, por sua vez, resgatam Snarfer de Ma-Mutt. Então Snarf-Ra desafia Mumm-Ra e o derrota. Depois que a batalha termina, Lion-O usa a espada para restaurar Snarf ao seu estado original.

Vultureman cria uma arma que atira em Thundrainium puro na esperança de destruir os Thundercats. Suas primeiras vítimas são os Thunderkittens que caem em uma caverna profunda e se machucam. Lion-O e Snarf procuram os gatinhos desaparecidos. Enquanto isso, Vultureman deve obter mais Thundrainium de Chilla em Darkside e também é ordenado pela Slithe para consertar as máquinas dos Mutantes. Os Thunderkittens são salvos por um Wollo e descobrem que a vila Wollo foi "" congelada "" e são capturados e usados como isca para atrair Lion-O. Quando Lion-O e Snarf chegam, eles são abatidos pela arma de Vultureman e Lion-O se torna fraco e convoca os Thundercats. Assim que Vultureman está prestes a acabar com Lion-O, Ben-Gali chega, destrói a arma de Vultureman e afasta os Mutantes e Chilla. Lion-O então usa a espada para restaurar a vila Wollo.

Depois de ouvir Snarf contando aos Thunderkittens e Pumyra uma história sobre o cinto mágico de Mumm-Rana e a rainha Luna (avó de Luna), Luna e Amuk viajam para a pirâmide branca e pegam o cinto de Mumm-Rana, destruindo sua pirâmide. Pumyra tenta detê-la, mas ela fica selada na pirâmide. Amuk fica com ciúmes quando Luna não precisa mais dele e durante seu "" pequeno temperamento "", ele acidentalmente liberta Pumyra. Então Luna força Slithe e Monkian a ajudá-la a emboscar Lion-O e Panthro. Durante a batalha com "" Princess "" Luna, Lion-O usa a espada para restaurar Mumm-Rana e ela retoma o cinturão e derrota Luna. Amuk mais tarde chega e destrói o cinto.

Hatchiman resgata uma velha que não sabia que era Luna. Ela o "convida" para sua "caverna" e lá ela, Chilla e Aluro o atacam e pegam sua espada, o Thundercutter. Os Thunderkittens encontram Hatchiman e o resgatam. Os Lunataks planejam usar o Thundercutter com seu novo robô samurai, Automaton, para combater Lion-O e a Sword of Omens. O Thundercutter não pode dizer quem é bom e quem é mau na luta, mas quando Hatchiman toca a espada, o Thundercutter destrói o robô.

Entediados e sentindo que não são mais necessários, os Thunderkittens fogem de casa, mas logo se deparam com problemas quando ficam doentes devido às bagas que colheram. Uma criatura conhecida como Cudi salva suas vidas. Quando os outros Thundercats os encontram, os Thunderkittens convidam Cudi para o Cats Lair. Mas Mumm-Ra tem observado a situação e se disfarça de Cudi para entrar no Covil. Muitos desastres ocorrem e a culpa é do falso Cudi, que prende os Thundercats na câmara do conselho. Os Thundercats percebem que é Mumm-Ra e eles conseguem escapar e derrotá-lo.

Com apenas Lion-O e Snarf guardando o Lair, Mumm-Ra decide que esta é uma oportunidade perfeita para invadir o Lair, então Ma-Mutt captura Snarf e Mumm-Ra troca Snarf e Ma-Mutt. Ma-Mutt (que agora parece Snarf) vai para Cats Lair e dá a Lion-O algumas frutas envenenadas. Lion-O fica doente e percebe que esse Snarf é realmente Ma-Mutt e Mumm-Ra chega e derrota Lion-O. O pesadelo de Snarfer de Snarf se tornar um cachorro faz com que ele, Ben-Gali e Pumyra, vá para Cats Lair, mas Mumm-Ra cria uma armadilha para eles. Ele envia Ma-Mutt para pegar Snarfer e Lion-O se torna melhor novamente e distrai Mumm-Ra. Quando Lion-O convoca os outros Thundercats, Snarf (que agora parece Ma-Mutt), usando o canto de Mumm-Ra que transforma Mumm-Ra no eterno, torna-se ... Snarf-Ra o eterno e ele resgata Ben-Gali, Pumyra e eles, por sua vez, resgatam Snarfer de Ma-Mutt. Então Snarf-Ra desafia Mumm-Ra e o derrota. Depois que a batalha termina, Lion-O usa a espada para restaurar Snarf ao seu estado original.

Vultureman cria uma arma que atira em Thundrainium puro na esperança de destruir os Thundercats. Suas primeiras vítimas são os Thunderkittens que caem em uma caverna profunda e se machucam. Lion-O e Snarf procuram os gatinhos desaparecidos. Enquanto isso, Vultureman deve obter mais Thundrainium de Chilla em Darkside e também é ordenado pela Slithe para consertar as máquinas dos Mutantes. Os Thunderkittens são salvos por um Wollo e descobrem que a vila Wollo foi "" congelada "" e são capturados e usados como isca para atrair Lion-O. Quando Lion-O e Snarf chegam, eles são abatidos pela arma de Vultureman e Lion-O se torna fraco e convoca os Thundercats. Assim que Vultureman está prestes a acabar com Lion-O, Ben-Gali chega, destrói a arma de Vultureman e afasta os Mutantes e Chilla. Lion-O então usa a espada para restaurar a vila Wollo.