Prue está preocupada, já que Piper e Leo desapareceram, e sem o "Poder das Três" as Halliwell ficam menos poderosas, pois agora sabem da existência do Conselho do Inferno, que enviou os demônios e bruxos que as atacaram nos últimos dois anos. Em seguida, ela e Phoebe testemunham um assassinato, e são obrigadas a mentirem quando o advogado Cole Turner aparece no caso, pois precisam preservar suas identidades de bruxas. Enquanto isso, Piper e Leo retornam e percebem que não podem mais ficar juntos. Participação musical da banda Barenaked Ladies.

Piper avisa Leo que eles tem que se casar em menos de 24 horas, senão os superiores vão impedir que os dois troquem alianças. Ao tentarem ajudar Piper, as irmãs Halliwell encontram um casal, Christopher e Brooke, que foram amaldiçoados por um bruxo que queria o amor de Brooke. Prue, Piper e Phoebe descobrem que com essa maldição, Christopher se transforma em uma coruja durante o dia, e Brooke em um lobo a noite.

Phoebe encontra uma pequena menina, Kate, que está sendo aterrorizada por duendes, porque está protegendo uma fada que eles pretendem prejudicar. Embora Prue e Phoebe achem que a garota precisa de ajuda, Piper entre em greve de ajudar inocentes até que os superiores permitam que ela e Leo possam se ver novamente. Enquanto Prue e Phoebe tentam salvar Kate e a fada dos duendes, Cole tenta entrar na casa das Halliwell para conseguir o Livro das Sombras.

Na noite do "Dia das Bruxas" as Halliwell estão prontas para festejar a data, quando os Grimlocks voltam dos mortos para se vingarem delas. Como os Grimlocks começam a atacar, Prue, Piper e Phoebe são enviadas por um túnel do tempo para a Virgínia, no ano de 1670. Leo e Morris tentam destruir os Grimlocks enquanto as Halliwell não voltam. No passado, as irmãs descobrem que um grupo de bruxas as chamou para ajudarem uma mulher que vai dar a luz uma criança mágica. Cole volta para o passado para ajudar a bruxa má que prendeu essa mãe em sua casa. Participação musical da banda Snake River Conspiracy.

Piper e Phoebe estão preocupadas com Prue, que desde que voltou do passado ficou obcecada com a Tríade do Mal, pois descobriu que mandaram alguém para destruir a linha familiar das Halliwell. Assim, quando Prue descobre que arrombaram sua casa, ela acredita que foi algo sobrenatural enviado pela Tríade, enquanto suas irmãs acham que foi um humano, então pedem ajuda a Morris. Cole é avisado que seus superiores enviaram outro demônio para destruir as Halliwell. Piper acredita que não consegue ter uma noite romântica com Leo, porque os superiores estão interferindo na relação dos dois. Participação musical da banda Marvelous 3.

Cole usa uma magia em Prue para que ela ache um homem que sente as emoções de todos ao seu redor, não podendo controlar esse poder. Para tentar ajudar esse homem, Prue adquire o poder dele. O homem revela ser um demônio que tem como objetivo destruir Prue e suas irmãs. Enquanto isso, Leo fica chateado com Piper, pois ela não entende que é difícil para ele tentar ser um mortal e Phoebe e Cole finalmente assumem estar apaixonados um pelo outro. Participação musical da banda Idol.

Um membro da Tríade do Mal manda Cole destruir as Encantadas, para ele não continuar seu romance com Phoebe, ou o matarão. Cole pede a ajuda de Andras, o espírito da raiva, que joga as irmãs uma contra a outra, fazendo elas se odiarem. Como começam usar seus poderes contra si, o Poder das Três desaparece, deixando as irmãs sem poderes e totalmente indefesas.  Participação musical da banda Fastball.

Prue e Piper juntam-se a um demômio caçador de recompensas para destruir Balthazar, mas Phoebe tem outros planos para o homem que ama.

Um alquimista chamado Kierkan cria Terra, uma essência de vida de seu próprio sangue que possui o poder de controlar seres humanos. Quando Terra escapa do controle de Kierkan, ela entra para o corpo de uma pessoa com o objetivo de encontrar uma das Encantadas para que ele possa destruir seu criador de uma vez por todas. Enquanto organiza a reunião de 10 anos da sua turma do ginásio, Piper é possuída pelo poder de Terra, que tem um tempo limitado de vida, e após um determinado período, pode matar a alma da pessoa em que está. Enquanto isso, Phoebe pesquisa a história da família de Cole e Prue tenta ajudar Piper na sua reunião.

Após ouvir notícias de que seu pai foi visto na cidade, Piper decide ir procurá-lo. Enquanto está dirigindo, Prue tenta aprender o nome de uma música que está presa na sua mente e acaba descobrindo que a fonte desta música é um caminhão de sorvete que parece estar seqüestrando crianças. Quando Prue e Phoebe tentam impedir que o sorveteiro seqüestre uma menina, as irmãs são sugadas para outra dimensão através do caminhão de sorvete, onde está com o Nada - uma força que arranca as vítimas de sua existência. Acreditando que as crianças precisam da sua ajuda, Prue e Phoebe as salvam, mas descobrem que foram enganadas e que agora vão precisar da ajuda de seu pai para consertar os problemas.

As Halliwell encontram Natalie, uma chama-branca que perdeu todo seu poder para o demônio Eames. Ela avisa as irmãs que Eames tem o poder de deflexão, que pode ser usado nelas, e assim os seus poderes não atingiriam o perigoso oponente, deixando-as totalmente vulneráveis para qualquer ataque. Assim, Natalie pede as Halliwell para se prevenirem, caso isso aconteça. As irmãs ignoram Natalie, enquanto Eames começa seu plano de aniquilar todos os chamas-brancas e bruxas que existem no mundo.  Participação musical da banda Box.

As irmãs pedem ajuda ao inspetor Morris para ele proteger um inocente que será atacado por um demônio, conforme apareceu na premonição de Phoebe. Chegando no local, antes do ataque, Prue se prepara para destruir o demônio, mas ele acaba fugindo com o inocente para o passado. Após pesquisarem um pouco, elas descobrem que humanos podem ser transformados em demônios quando são levados para um recrutamento onde serão treinados, pois assim a humanidade desaparece, mas antes desse processo terminar, eles precisam matar um inocente. Assim, Prue vê a oportunidade para restabelecer a humanidade do demônio, mas não sabe que para isso ela e suas irmãs vão ter que enfrentá-lo.

Durante o planejamento do casamento de Piper e Leo, Cole reaparece e se encontra com Phoebe e Prue é seqüestrada por um bruxo. Ao descobrir o que aconteceu com a irmã, Phoebe pede ajuda a Cole para achá-la, mesmo sabendo que ele pode perder a vida por se arriscar. Enquanto isso, a sacerdotisa Dantalian prepara Prue para se casar com um bruxo, pois assim poderá roubar o Livro das Sombras. Após se casar, Prue se torna má, ao mesmo tempo de suas irmãs, já que seus poderes estão interligados. Assim, o Livro das Sombras também se torna mal, e poderá ser usado por qualquer ser que pertence a natureza má.

Durante uma viagem à uma cidade fantasma junto com seu pai, Phoebe fica ligada magicamente à Bo, um espírito do passado que começa a experimentar os danos causados nele mesmo. Enquanto Piper e Prue tentam achar uma maneira de ajudar Phoebe, Leo descobre que Piper ainda não disse a seu pai que ele é um chama-branca. Quando Bo é ferido com um tiro, Phoebe também fica machucada. As irmãs descobrem que a cidade é amaldiçoada e decidem voltar no tempo para impedir que Bo leve um tiro. Prue é obrigada a trabalhar com Cole no passado para tentar quebrar a maldição e curar Bo e salvar Phoebe.

Quando chega o dia do casamento de Piper e Leo, Piper precisa da confiança de suas irmãs para que nada estrague o especial dia. Prue se sente cansada e perturbada por causa dos seus recentes sonhos, e não percebe que na verdade, enquanto ela dorme, seu corpo faz projeções astrais para lugares que ela freqüentava. Na noite antes do casamento, a Prue astral entra em uma briga com um homem que matou um homem, deixando Prue como a principal suspeita do assassinato. Quando a cerimônia está acontecendo, um homem que se envolveu com a Prue astral aparece, Prue desmaia, e sua projeção astral aparece e foge com ele, destruindo totalmente o casamento de sua irmã.

Enquanto está na praia com Phoebe, Prue percebe que uma mulher está as espionando, e nota uma sombra misteriosa atrás dela. Elas descobrem que a mulher está envolvida na investigação do Inspetor Davidson, que está a procura de Cole, pois acha que ele matou um promotor. Então, Prue decide seguir a mulher, e descobre que a sombra misteriosa na verdade é o Anjo da Morte, e fica obcecada ao descobrir que ele irá levar a vida de mais um inocente. Enquanto isso, Piper e Phoebe descobrem que dois demônios são os responsáveis pelas mortes, pois querem descobrir informações sobre o paradeiro de Cole, que está desaparecido, pondo a vida das irmãs Halliwell e do Inspetor Davidson em perigo.

Como estão sem privacidade na casa, Piper e Leo decidem que vão se mudar para um apartamento, não deixando Prue e Phoebe se meterem na decisão. As irmãs resolvem seus problemas familiares e o gato de uma jovem bruxa toma uma poção e se transforma em humano, e mata a jovem que estava com ele. Depois, ele encontra cada irmã individualmente, mas acaba sendo destruído por cada uma. Para descobrir o que está acontecendo, elas fazem um feitiço para invocar a bruxa que foi morta e ficam sabendo que gatos de bruxas tornam-se maus e livres após trair seu dono e viram demônios que devem morrer nove vezes para tornarem-se indestrutíveis e selar a transação até a Lua Nova, ou então falharão. Só que as Halliwell ficam com graves problemas quando o demônio é morto oito vezes por elas, estando prestes a completar seu objetivo.

Após matar um demônio para salvar um inocente, Phoebe descobre que o demônio que foi morto era o irmão de Cole. Assim, Cole explica que ele foi escolhido pela Fonte para entrar numa elite do mal chamada "Brotherhood of the Thorn", e que agora eles estão matando todos que sabem de seu plano secreto para não terem problemas. Contra a vontade de Phoebe, Cole decide voltar a elite para descobrir detalhes sobre o plano, pois somente dessa maneira poderá ajudar as irmãs a impedirem que eles coloquem o plano em execução.

Após a decepção com Cole, Raynor, o líder da Fraternidade, decide que ele deverá perder a coisa que está o impedindo de realizar seu trabalho como deveria, ou seja, o amor de Phoebe. A pedido de Raynor, Cole deve roubar um par de amuletos de proteção de duas bruxas diferentes, para provar que continua leal a organização. Embora tenha informado a Phoebe o plano da Fraternidade e que Raynor quer a prova de sua confiança, Cole acha tentador a proposta de se reverter para seu lado demoníaco novamente.

Phoebe tem uma premonição de um inocente sendo morto por um demônio, e acredita que Cole é o responsável por isso, então planeja derrotá-lo. Enquanto isso, Cole busca ajuda de um alquimista para ficar imune as poções que as irmãs fizeram para o destruir, e Piper ainda tenta controlar seu novo poder de destruição. As Halliwell descobrem que o demônio da premonição de Phoebe é uma Banshee, e não Cole como pensavam, e quando fazem um feitiço para atraí-la, Prue se transforma num cachorro.

Enquanto destroem Shax, um demônio assassino que está atrás de um médico, Prue e Piper não percebem que estão sendo filmadas por um canal de tv. Prue acha que não o destruíram realmente, e continuam atrás do demônio, mesmo todo mundo sabendo o segredo delas. Enquanto isso, Phoebe desce até o Inferno para usar um feitiço em Cole, com o objetivo de torná-lo bom novamente. Como o interesse nos poderes das Halliwell cresce, a imprensa e uma multidão cercam o casarão, fazendo-as perceberem que precisam recuperar o segredo o mais rápido possível. Leo descobre que a única forma de resolver o problema é retroceder o tempo e impedir que tudo seja revelado. Mas que para isso aconteça, Phoebe terá que fazer um pacto com a Fonte, que a obrigará a ficar no Inferno. Prue morre. OBS: A morte de Prue ficou em stand-by até o começo da quarta temporada. o episódio termina com Shax antingindo Prue e Piper, que ficam caidas no chão e sangrando. E só na quarta temporada descobrimos que Prue morreu. Como todos os personagens que morrem na série acabam aparecendo depois como fantasma ou white lighters, muitos fãs da série esperaram o momento do reaparecimento de Prue, o que nunca aconteceu, nem mesmo em foto. Muitos dizem que ela saiu brava com todos devido às brigas freqüentes com a atriz Alissa Milano (Phoebe), o que nunca foi confirmado. Seja como for, Prue sempre foi lembrada por todos como uma heroína.