Quatro meses após a invasão dos Cylons à Nova Caprica, o local está deserto e paranoico. O presidente e uma nova força policial humana são meras ferramentas da toda-poderosa Autoridade da Ocupação dos Cylons. Mas os oprimidos residentes do planeta, agarram-se a duas frágeis esperanças: o enfraquecimento dos Cylons pelo movimento de resistência humana e o resgate por parte do comandante Adama e sua frota.

Os líderes dos Cylons ficam frustrados com o suicídio de Duck, encarado como um retrocesso na nobre tentativa de viver pacificamente com os humanos. Como resultado, eles ordenam à polícia humana que prenda centenas de rebeldes em uma grande operação.

Os Cylons iniciaram uma operação brutal contra o crescente movimento de resistência humana em Nova Caprica. E, com o tempo se esgotando para os colonos, o comandante Adama deverá lançar mão de sua tentativa de resgate antes do planejado.

O bom senso de Tyrol é posto à prova quando ele participa de julgamentos secretos contra os humanos que colaboraram com os Cylons, depois, eles são secretamente executados por traição. Mas somente Tyrol tem coragem de fazer a pergunta que todos temem: e se o tribunal cometer um erro? E se eles condenarem um inocente à morte?

Enquanto Tigh e Starbuck espalham seu descontentamento a bordo da Galactica por causa da aflição em Nova Caprica, um ví­rus mortal encontrado em um artefato da décima terceira tribo, força os cylons a tomarem medidas drásticas para proteger seu futuro. Ao mesmo tempo em que Adama manobra para manter a tripulação unida, Baltar, a bordo de uma nave base, percebe que deverá encarar sozinho a ira dos cylons.

Apolo arma um plano que ameaça a existência da cultura cylon, ele pretende utilizar o vírus que está na nave cylon para destruir toda a civilização do inimigo. Enquanto isso, Adama e Roslin, contestados por Helo, devem decidir se seguem com o plano de usar uma arma biológica contra os inimigos.

O comandante Adama enfrenta o momento mais obscuro de sua carreira militar quando o Tenente Daniel Novacek, um piloto que se acreditava ter sido morto durante uma missão secreta, escapa do poder dos cylons e chega à Galactica em busca de vingança contra Adama, que o deixou para trás.

Um campeonato de boxe a bordo da Galactica tem a intenção de ajudar os oficiais e a tripulação a liberar energia e aliviar o estresse. Mas logo ele traz à tona velhos ressentimentos, incluindo as questões entre Apolo e Starbuck, geradas em Nova Caprica.

Uma contaminação acidental no processamento de alimentos da frota, deixa os tripulantes sem ter o que comer. Com milhares de pessoas prestes a sucumbir à fome, os pilotos da Galactica têm de comandar múltiplas missões para guiar a frota através de uma perigosa região do espaço em direção a uma nova fonte de alimentos. Enquanto isso, Kat se reencontra com seu passado e D’Anna se aproxima de uma descoberta surpreendente sobre os cinco cylons desconhecidos.

Tyrol descobre o Templo dos Cinco num planeta onde eles encontram algas comestíveis. O templo talvez guarde o Olho de Júpiter, que se acredita ser capaz de mostrar o caminho para a Terra e que foi deixado pela décima terceira tribo. Os cylons têm um grande interesse nessa descoberta. Athena descobre que seu bebê, Hera, está vivo. Lee conta com Anders para ajudá-lo a construir uma proteção para o Olho. E seu relacionamento com Kara complica ainda mais a situação.

Com a Galactica dominada por quatro naves de base cylon, e as forças coloniais sob a pressão de um pelotão de centuriões cylon, testa-se até onde o Comandante Adama está disposto a ir para se apoderar do artefato que mostra o caminho para a Terra. E Apolo arrisca a missão para salvar Starbuck, que foi abatida e está ferida em seu caça.

Preso e sob acusações de traição, o ex-Presidente Colonial Gaius Baltar sobrevive a uma tentativa de suicídio e enfrenta técnicas extremas de interrogação por parte de seus captores a bordo da Galactica. Ele agora será julgado por ter entregue o governo aos cylons em Nova Caprica.

Helo suspeita que um médico esteja assassinando seus pacientes a bordo da Galactica por motivos raciais. Notícias sobre o iminente julgamento de Baltar causam incômodo na frota.

Após semanas sem notícias dos cylons, a tripulação da Galactica respira em paz. Enquanto o Comandante Adama reflete sobre o que deixou para trás, um acidente envolve Tyrol e Cally, que ficam presos na câmara de compressão.

Depois que um acidente quase tira a vida da Presidente Roslin, Tyrol desafia o Comandante Adama a estabelecer condições mais seguras de trabalho na frota, e acaba se tornando a causa de um protesto dos trabalhadores de uma nave de minério.

Kara continua a ter sonhos sobre Leoben Conoy, e a mandala que ela pintou em seu antigo apartamento em Caprica. Enquanto está numa patrulha, ela encontra um cylon. Quando Tyrol não consegue confirmar as alegações de Kara de que a nave cylon destruiu seu caça, o Comandante Adama e Lee começam a questionar a estabilidade mental dela.

Quando o representante legal de Baltar sofre tentativa de assassinato, Adama pede a Lee que proteja seu novo advogado. Depois que assume a tarefa, Lee procura se envolver mais na defesa de Baltar.

No julgamento de Baltar, o advogado Romo Lampkin tenta persuadir o júri, tarefa aparentemente impossível. Apolo se vê em uma situação delicada, perdendo a confiança do Comandante Adama, da Presidente Roslin, de sua esposa e talvez de toda a frota. E o Coronel Saul Tigh ouve uma estranha música na nave.

Romo e Apolo conseguem inocentar Baltar alegando que ele não tinha alternativa a não ser se entregar aos cylons em Nova Caprica. Anders, Tori e Tyrol também ouvem uma música soando na nave. Estes três e Tigh seguem o rastro da música e se encontram em uma sala, onde percebem que são cylons. Nesse momento, uma frota cylon aparece e uma queda de energia deixa a Galactica impossibilitada de saltar. Durante o combate, Kara aparece de repente ao lado do viper de Lee e diz que esteve na Terra.