O Coronel Tight assume a chefia da Galactica. A frota faz um pulo de emergência, mas como as coordenadas corretas não foram transmitidas, o resto da frota se separa. Boomer está presa.

A Galactica consegue reunir a frota, mas um ví­rus de computador Cylon invade suas máquinas. Os Cylons centuriões que conseguiram se infiltrar na Galactica pretendem despressurizá-la, matando todos os tripulantes. Somente Lee e um pequeno esquadrão de fuzileiros têm condições de evitar o desastre. Em Caprica, Starbuck e Helo invadem o velho apartamento dela.

Adama ainda está em cirurgia. O grupo em Kobol tenta encontrar uma saída para sua situação, complicada pela presença de Cylons em Kobol. De volta a Galactica, a presidente Roslin está sem sua medicação.

A lei marcial está surtindo efeito negativo na frota e as naves começam a recusar reabastecer a Galactica. O Chefe Tyrol é preso, suspeito de ser um Cylon, e somente Gaius, pode provar sua inocência. A presidente, com a ajuda de Lee Adama, foge e se refugia na Cloud Nine com a ajuda do mais improvável dos aliados.

Adama retoma o comando da nave e ordena uma busca em todas as outras naves a procura da presidente. Mas não consegue encontrá-la antes dela mandar uma mensagem informando que sabe a localização da Terra. Mais de um terço da frota deixa Galactica e volta a Kobol para aguardar o retorno de Starbuck.

Adama se dirige a Kobol para encontrar Roslin e o grupo que está em busca do túmulo de Atena para, de uma vez por todas, resolverem suas diferenças.

Uma repórter vai a Galactica para fazer uma reportagem sobre a dura realidade da vida em tempos de guerra, mas ela tem segundas intenções.

Enquanto a tripulação da Galactica trabalha duro nas horas vagas num novo caça, Sharon informa Adama que o ví­rus de computador Cylon está alterando as funções básicas da nave em preparação para um grande ataque dos Cylons. Contra o relógio, Adama precisa decidir se Sharon é ou não confiável.

A Galactica encontra outra astronave perdida, a Pegasus. Mas nem tudo corre bem quando a Almirante Cain começa a se impor. Chefe e Helo atacam um oficial superior, são presos e sentenciados.

As astronaves Galactica e Pegasus preparam um ataque a nave Cylon de Ressureição, enquanto uma luta de poder ameaça terminar em uma guerra total entre a frota humana.

O conflito entre Adama e Cain se suspende momentaneamente enquanto as duas astronaves unem suas forças para atacar a nave Cylon. Apollo se encontra frente a uma decisão difícil e Baltar mostra interesse por Gina, a prisioneira Cylon de Cain.

A presidente Roslin começa a perder sua última batalha contra o câncer de mama. Um Viper sabotado leva a uma investigação que descobre um movimento de pessoas querendo um tratado de paz entre humanos e Cylons.

Durante a investigação do assassinato de um oficial colonial, Apollo se envolve com um grupo do crime organizado que movimenta o mercado negro entre a frota.

Um caça Cylon ataca a frota de caças Colonial em uma sucessão de ataques rápidos e fatais.

Uma mulher toma Reféns em Cloud Nine e exige que Adama lhe entregue Sharon para vingar a morte de seu marido durante ataque dos Cylons.

Apollo colabora na procura de um Raptor desaparecido enquanto o novo Comandante da Pegasus vai se tornando mais e mais instável.

Quando a consciência de Boomer se transfere a um novo corpo após sua morte na Galactica, ela enfrenta dificuldades em aceitar sua nova vida. Ela recebe ajuda da Nº Seis que teve um importante papel na destruição das Doze Colônias.

Chefe Tyrol vem tendo pesadelos terríveis e procura a ajuda de um padre. Kara lidera uma missão de resgate a Caprica. Roslin e Baltar disputam a eleição para presidência das Doze Colônias.

A missão de resgate enfrenta problemas, e a descoberta de um planeta habitável pode mudar drasticamente o resultado das eleições.